ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51423

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 12, 7, 3, 0, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.039, 0.083, 0.127, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.083 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.023, 0.078, 0.134, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.078 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.056, 0.119, 0.181, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.119 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.060, 0.138, 0.216, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.138 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.057, 0.136, 0.215, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.136 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.084, 0.183, 0.281, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.183 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.091, 0.207, 0.323, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.207 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.078, 0.207, 0.336, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.207 std_dev=0.129
P A 0, 0.129, 0.299, 0.470, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.299 std_dev=0.171
OP1 A 0, 0.158, 0.335, 0.511, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.335 std_dev=0.176
OP1 B 0, 0.103, 0.319, 0.534, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.319 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.144, 0.366, 0.587, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.366 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.135, 0.372, 0.609, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.372 std_dev=0.237
P B 0, 0.099, 0.341, 0.583, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.341 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.111, 0.400, 0.688, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.400 std_dev=0.288
C5' B 0, 0.080, 0.369, 0.658, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.369 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.091, 0.380, 0.669, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.380 std_dev=0.289
O3' B 0, 0.145, 0.442, 0.739, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.442 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.173, 0.473, 0.772, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.473 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.094, 0.394, 0.693, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.394 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.126, 0.426, 0.726, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.426 std_dev=0.300
O4' B 0, 0.100, 0.417, 0.734, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.417 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.123, 0.450, 0.776, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.450 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.144, 0.477, 0.810, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.477 std_dev=0.333
N9 B 0, 0.144, 0.488, 0.831, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.488 std_dev=0.343
N7 B 0, 0.174, 0.529, 0.884, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.529 std_dev=0.355
C4 B 0, 0.177, 0.553, 0.930, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.553 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.191, 0.571, 0.951, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.571 std_dev=0.380
N3 B 0, 0.194, 0.598, 1.001, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.598 std_dev=0.404
C6 B 0, 0.223, 0.634, 1.046, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.634 std_dev=0.411
O6 B 0, 0.248, 0.671, 1.094, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.671 std_dev=0.423
C2 B 0, 0.218, 0.650, 1.082, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.650 std_dev=0.432
N1 B 0, 0.230, 0.665, 1.100, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.665 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.237, 0.699, 1.161, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.699 std_dev=0.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.05 0.07 0.01 0.13 0.09 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.12 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.09 0.07 0.05
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.10 0.10 0.07
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.04 0.08 0.11 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.06 0.00 0.12 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.04 0.06 0.01 0.13 0.10 0.08
N2 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.05 0.09 0.01 0.15 0.10 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.05 0.06 0.01 0.11 0.07 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.09 0.11 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06
O3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.17 0.11 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.09 0.08 0.08 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.06 0.00 0.12 0.13 0.09
OP1 0.05 0.13 0.06 0.07 0.09 0.05 0.10 0.06 0.12 0.08 0.13 0.15 0.11 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.10 0.02 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.12 0.08 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06
C2 0.06 0.05 0.09 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.13 0.11 0.06 0.06 0.08 0.10 0.09 0.09
C2' 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.13 0.11 0.16 0.13 0.10 0.09 0.14 0.09 0.12 0.08
C3' 0.15 0.14 0.17 0.17 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.13 0.14 0.17 0.15 0.20 0.18 0.15 0.14 0.18 0.13 0.17 0.14
C4 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.10 0.08 0.14 0.08 0.11
C4' 0.10 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.08 0.09 0.13 0.10 0.15 0.13 0.10 0.09 0.14 0.08 0.13 0.09
C5 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.07 0.11 0.15 0.10 0.20 0.12 0.16
C5' 0.12 0.10 0.14 0.14 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.16 0.15 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.10
C6 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.07 0.12 0.17 0.12 0.23 0.15 0.20
C8 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.08 0.12 0.14 0.10 0.18 0.10 0.14
N1 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.08 0.12 0.09 0.19 0.14 0.16
N2 0.08 0.07 0.12 0.13 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.15 0.15 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.05
N3 0.05 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.12 0.10 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07
N7 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.17 0.12 0.11 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.10 0.14 0.17 0.12 0.21 0.13 0.18
N9 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.10
O2' 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.16 0.14 0.12 0.13 0.17 0.14 0.17 0.14 0.13 0.12 0.18 0.11 0.16 0.12
O3' 0.23 0.22 0.23 0.23 0.23 0.23 0.24 0.23 0.25 0.25 0.23 0.20 0.22 0.26 0.23 0.25 0.24 0.23 0.22 0.26 0.20 0.26 0.23
O4' 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.13 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07
O5' 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.07 0.12 0.06 0.11 0.07
O6 0.15 0.16 0.15 0.13 0.16 0.16 0.16 0.21 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.14 0.09 0.17 0.23 0.16 0.27 0.19 0.24
OP1 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.15 0.15 0.14 0.12 0.12 0.16 0.13 0.15 0.13 0.12 0.12 0.17 0.12 0.15 0.12
OP2 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.13 0.08 0.12 0.09
P 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.08 0.08 0.13 0.10 0.13 0.10 0.09 0.08 0.13 0.08 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.08 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.09 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.09 0.07
O3' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.09 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.06 0.00 0.07 0.09 0.08
OP1 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00