ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51424

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 7, 3, 12, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.040 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.044 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.070, 0.141, 0.212, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.141 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.065, 0.153, 0.240, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.153 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.201, 0.332, 0.463, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.332 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.105, 0.241, 0.377, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.241 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.183, 0.321, 0.459, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.321 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.069, 0.236, 0.402, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.236 std_dev=0.166
P A 0, 0.196, 0.368, 0.541, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.368 std_dev=0.173
P B 0, 0.265, 0.453, 0.641, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.453 std_dev=0.188
C5' B 0, 0.276, 0.473, 0.670, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.473 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.258, 0.458, 0.658, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.458 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.219, 0.428, 0.637, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.428 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.211, 0.429, 0.647, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.429 std_dev=0.218
OP2 B 0, 0.252, 0.481, 0.710, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.481 std_dev=0.229
C3' A 0, -0.009, 0.220, 0.450, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.220 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.151, 0.382, 0.613, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.382 std_dev=0.231
O3' B 0, 0.228, 0.459, 0.690, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.459 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.272, 0.526, 0.781, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.526 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.223, 0.482, 0.741, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.482 std_dev=0.259
O3' A 0, -0.238, 0.214, 0.665, 3.080 max_d=3.080 avg_d=0.214 std_dev=0.451
O4' B 0, 0.143, 0.630, 1.117, 3.472 max_d=3.472 avg_d=0.630 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.048, 0.611, 1.174, 3.962 max_d=3.962 avg_d=0.611 std_dev=0.563
C1' B 0, 0.023, 0.671, 1.319, 4.619 max_d=4.619 avg_d=0.671 std_dev=0.648
O2' B 0, -0.010, 0.685, 1.380, 4.949 max_d=4.949 avg_d=0.685 std_dev=0.695
N9 B 0, -0.139, 0.686, 1.511, 5.840 max_d=5.840 avg_d=0.686 std_dev=0.825
C8 B 0, -0.251, 0.679, 1.609, 6.559 max_d=6.559 avg_d=0.679 std_dev=0.930
N3 B 0, -0.151, 0.780, 1.712, 6.585 max_d=6.585 avg_d=0.780 std_dev=0.931
C4 B 0, -0.209, 0.733, 1.675, 6.645 max_d=6.645 avg_d=0.733 std_dev=0.942
C2 B 0, -0.265, 0.816, 1.896, 7.594 max_d=7.594 avg_d=0.816 std_dev=1.081
C5 B 0, -0.355, 0.743, 1.841, 7.704 max_d=7.704 avg_d=0.743 std_dev=1.098
N7 B 0, -0.385, 0.717, 1.820, 7.723 max_d=7.723 avg_d=0.717 std_dev=1.102
N2 B 0, -0.260, 0.866, 1.993, 7.914 max_d=7.914 avg_d=0.866 std_dev=1.127
N1 B 0, -0.400, 0.822, 2.043, 8.546 max_d=8.546 avg_d=0.822 std_dev=1.222
C6 B 0, -0.449, 0.796, 2.041, 8.704 max_d=8.704 avg_d=0.796 std_dev=1.245
O6 B 0, -0.563, 0.836, 2.235, 9.745 max_d=9.745 avg_d=0.836 std_dev=1.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.09 0.02 0.08 0.15 0.09
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.07 0.02 0.08 0.18 0.10
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.08 0.03 0.10 0.10 0.09 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.17 0.08 0.18 0.24 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12 0.06 0.06 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.18 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.18 0.11
C5' 0.03 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.10 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.03 0.07 0.01 0.10 0.19 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.08 0.01 0.10 0.17 0.11
N1 0.03 0.01 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.03 0.07 0.01 0.09 0.18 0.11
N2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.05 0.07 0.03 0.08 0.18 0.10
N3 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.03 0.07 0.01 0.07 0.17 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.02 0.08 0.01 0.11 0.19 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.17 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.11 0.10 0.04 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.00 0.04 0.07 0.12 0.12 0.14 0.26 0.15
O3' 0.12 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.06 0.09 0.07 0.18 0.14 0.11 0.04 0.04 0.00 0.07 0.11 0.08 0.18 0.15 0.14
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04
O5' 0.09 0.07 0.17 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.11 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.03 0.08 0.00 0.12 0.20 0.13
OP1 0.08 0.08 0.18 0.07 0.08 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.08 0.14 0.18 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.18 0.24 0.04 0.18 0.02 0.18 0.01 0.19 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.26 0.15 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.10 0.19 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 0.90 0.41 0.09 0.75 0.20 0.82 0.12 0.95 0.60 0.97 0.93 0.79 0.73 0.62 0.49 0.07 0.43 0.10 1.02 0.15 0.18 0.11
C2 0.44 0.70 0.35 0.08 0.62 0.18 0.64 0.12 0.70 0.48 0.73 0.72 0.65 0.56 0.52 0.38 0.08 0.39 0.12 0.70 0.22 0.20 0.14
C2' 0.53 0.91 0.43 0.14 0.74 0.26 0.78 0.16 0.90 0.56 0.96 0.96 0.81 0.67 0.61 0.50 0.09 0.47 0.09 0.95 0.19 0.13 0.13
C3' 0.48 0.82 0.39 0.10 0.68 0.23 0.71 0.16 0.82 0.52 0.87 0.87 0.73 0.62 0.56 0.46 0.06 0.44 0.09 0.87 0.20 0.14 0.14
C4 0.47 0.79 0.40 0.10 0.69 0.18 0.75 0.10 0.84 0.58 0.85 0.80 0.71 0.69 0.58 0.45 0.10 0.39 0.10 0.88 0.13 0.18 0.10
C4' 0.49 0.89 0.38 0.08 0.74 0.19 0.81 0.12 0.94 0.59 0.98 0.93 0.78 0.72 0.60 0.47 0.09 0.42 0.11 1.03 0.15 0.16 0.11
C5 0.45 0.73 0.42 0.14 0.65 0.17 0.71 0.09 0.78 0.57 0.78 0.73 0.66 0.68 0.56 0.44 0.13 0.37 0.12 0.83 0.10 0.20 0.11
C5' 0.49 0.90 0.40 0.08 0.75 0.17 0.83 0.11 0.97 0.61 1.00 0.94 0.78 0.75 0.61 0.49 0.11 0.40 0.12 1.07 0.12 0.17 0.10
C6 0.42 0.65 0.40 0.16 0.59 0.17 0.64 0.11 0.69 0.53 0.69 0.65 0.60 0.60 0.52 0.40 0.16 0.34 0.14 0.72 0.11 0.24 0.14
C8 0.48 0.81 0.43 0.13 0.71 0.17 0.78 0.09 0.88 0.61 0.88 0.82 0.72 0.74 0.60 0.48 0.12 0.38 0.11 0.95 0.10 0.18 0.10
N1 0.41 0.63 0.36 0.12 0.57 0.16 0.59 0.09 0.64 0.48 0.65 0.63 0.58 0.54 0.49 0.36 0.12 0.35 0.11 0.65 0.14 0.22 0.10
N2 0.43 0.67 0.30 0.08 0.58 0.22 0.56 0.18 0.61 0.40 0.66 0.69 0.63 0.45 0.49 0.34 0.07 0.42 0.17 0.57 0.31 0.24 0.22
N3 0.47 0.79 0.36 0.08 0.68 0.19 0.73 0.12 0.81 0.53 0.84 0.81 0.72 0.64 0.56 0.42 0.08 0.41 0.12 0.84 0.19 0.20 0.13
N7 0.47 0.75 0.44 0.16 0.67 0.18 0.74 0.11 0.82 0.60 0.82 0.75 0.68 0.71 0.58 0.46 0.15 0.36 0.13 0.88 0.11 0.21 0.13
N9 0.49 0.84 0.42 0.11 0.73 0.19 0.80 0.10 0.90 0.61 0.91 0.86 0.75 0.74 0.61 0.48 0.09 0.40 0.10 0.97 0.12 0.18 0.09
O2' 0.41 0.86 0.32 0.09 0.64 0.17 0.66 0.11 0.81 0.40 0.90 0.93 0.74 0.51 0.49 0.40 0.09 0.36 0.14 0.85 0.16 0.22 0.15
O3' 0.26 0.57 0.16 0.15 0.42 0.08 0.44 0.12 0.55 0.27 0.61 0.63 0.49 0.35 0.32 0.23 0.22 0.24 0.17 0.59 0.16 0.20 0.14
O4' 0.50 0.90 0.39 0.08 0.76 0.17 0.85 0.11 0.98 0.62 1.00 0.93 0.79 0.77 0.62 0.48 0.11 0.40 0.14 1.08 0.14 0.20 0.12
O5' 0.46 0.83 0.39 0.08 0.70 0.14 0.78 0.09 0.91 0.58 0.92 0.86 0.72 0.71 0.57 0.47 0.12 0.35 0.13 1.00 0.11 0.19 0.10
O6 0.41 0.60 0.42 0.21 0.55 0.20 0.60 0.15 0.64 0.51 0.64 0.59 0.55 0.58 0.50 0.40 0.19 0.33 0.20 0.67 0.19 0.30 0.22
OP1 0.45 0.86 0.40 0.07 0.71 0.12 0.80 0.08 0.93 0.58 0.96 0.90 0.74 0.73 0.58 0.48 0.12 0.34 0.14 1.03 0.11 0.20 0.11
OP2 0.35 0.70 0.32 0.09 0.58 0.08 0.66 0.13 0.78 0.48 0.79 0.72 0.59 0.61 0.46 0.39 0.20 0.23 0.21 0.87 0.19 0.27 0.19
P 0.44 0.82 0.39 0.06 0.69 0.11 0.78 0.08 0.91 0.58 0.92 0.85 0.71 0.72 0.56 0.47 0.13 0.32 0.15 1.01 0.12 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.05 0.02 0.36 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.17 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.09 0.06 0.02 0.48 0.15 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.08 0.07 0.07 0.13 0.21 0.16 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.33 0.09 0.10
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.08 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.11 0.14 0.06
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.05 0.10 0.02 0.44 0.13 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.18 0.01 0.42 0.20 0.11
C5' 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.05 0.06 0.05 0.11 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.16 0.01 0.45 0.18 0.12
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.06 0.07 0.27 0.02 0.34 0.30 0.13
N1 0.01 0.00 0.13 0.12 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.08 0.10 0.02 0.48 0.14 0.15
N2 0.03 0.01 0.21 0.11 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.11 0.10 0.06 0.02 0.49 0.18 0.20
N3 0.01 0.00 0.16 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.09 0.05 0.02 0.47 0.14 0.17
N7 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.07 0.04 0.27 0.02 0.36 0.32 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.14 0.02 0.40 0.15 0.08
O2' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.11 0.10 0.04 0.09 0.18 0.07 0.19 0.12 0.17 0.08 0.00 0.02 0.07 0.09 0.12 0.27 0.09 0.05
O3' 0.13 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.11 0.10 0.07 0.06 0.02 0.00 0.09 0.15 0.06 0.09 0.13 0.11
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.08 0.10 0.09 0.04 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.05 0.33 0.13 0.12
O5' 0.05 0.06 0.04 0.12 0.10 0.01 0.18 0.00 0.16 0.27 0.10 0.06 0.05 0.27 0.14 0.09 0.15 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.13 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.06 0.05 0.19 0.00 0.44 0.23 0.13
OP1 0.36 0.48 0.33 0.11 0.44 0.16 0.42 0.07 0.45 0.34 0.48 0.49 0.47 0.36 0.40 0.27 0.09 0.33 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.15 0.09 0.14 0.13 0.07 0.20 0.02 0.18 0.30 0.14 0.18 0.14 0.32 0.15 0.09 0.13 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.10 0.06 0.11 0.05 0.11 0.01 0.12 0.13 0.15 0.20 0.17 0.14 0.08 0.05 0.11 0.12 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00