ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51425

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 4, 4, 5, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.031, 0.049, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.049 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.050 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.026, 0.046, 0.066, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.046 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.030, 0.060, 0.090, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.060 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.072, 0.108, 0.143, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.108 std_dev=0.036
P B 0, 0.198, 0.366, 0.535, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.366 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.277, 0.530, 0.784, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.530 std_dev=0.254
OP1 B 0, 0.380, 0.778, 1.177, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.778 std_dev=0.398
O4' A 0, 0.690, 1.299, 1.908, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.299 std_dev=0.609
C2' A 0, 0.667, 1.357, 2.047, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.357 std_dev=0.690
C4' A 0, 1.017, 1.802, 2.588, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.802 std_dev=0.786
O5' B 0, 0.273, 1.081, 1.888, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.081 std_dev=0.807
O2' A 0, 1.000, 1.890, 2.779, 3.385 max_d=3.385 avg_d=1.890 std_dev=0.890
C3' A 0, 1.155, 2.133, 3.111, 3.750 max_d=3.750 avg_d=2.133 std_dev=0.978
O3' A 0, 1.679, 3.012, 4.344, 5.082 max_d=5.082 avg_d=3.012 std_dev=1.332
C5' B 0, 1.274, 2.616, 3.959, 4.801 max_d=4.801 avg_d=2.616 std_dev=1.342
C5' A 0, 1.158, 2.722, 4.286, 5.365 max_d=5.365 avg_d=2.722 std_dev=1.564
C8 B 0, 2.834, 4.641, 6.447, 6.426 max_d=6.426 avg_d=4.641 std_dev=1.806
O4' B 0, 1.535, 3.511, 5.487, 6.929 max_d=6.929 avg_d=3.511 std_dev=1.976
C4' B 0, 0.850, 2.861, 4.872, 6.462 max_d=6.462 avg_d=2.861 std_dev=2.011
O5' A 0, 0.912, 3.055, 5.197, 6.614 max_d=6.614 avg_d=3.055 std_dev=2.142
N9 B 0, 2.673, 4.872, 7.072, 7.918 max_d=7.918 avg_d=4.872 std_dev=2.199
N7 B 0, 3.586, 5.884, 8.182, 7.874 max_d=7.874 avg_d=5.884 std_dev=2.298
O3' B 0, 1.936, 4.254, 6.571, 7.941 max_d=7.941 avg_d=4.254 std_dev=2.317
C1' B 0, 1.518, 3.961, 6.404, 8.253 max_d=8.253 avg_d=3.961 std_dev=2.443
C3' B 0, 0.439, 2.907, 5.375, 7.407 max_d=7.407 avg_d=2.907 std_dev=2.468
C5 B 0, 4.230, 6.908, 9.586, 8.602 max_d=8.602 avg_d=6.908 std_dev=2.678
C4 B 0, 3.671, 6.350, 9.029, 9.574 max_d=9.574 avg_d=6.350 std_dev=2.679
C2' B 0, 0.511, 3.430, 6.349, 8.770 max_d=8.770 avg_d=3.430 std_dev=2.919
P A 0, 0.549, 3.696, 6.844, 9.010 max_d=9.010 avg_d=3.696 std_dev=3.147
N3 B 0, 3.973, 7.230, 10.487, 11.852 max_d=11.852 avg_d=7.230 std_dev=3.257
C6 B 0, 5.149, 8.433, 11.718, 10.757 max_d=10.757 avg_d=8.433 std_dev=3.285
O2' B 0, 0.302, 3.731, 7.160, 9.963 max_d=9.963 avg_d=3.731 std_dev=3.429
OP2 A 0, 0.095, 3.611, 7.127, 9.765 max_d=9.765 avg_d=3.611 std_dev=3.516
N1 B 0, 5.545, 9.171, 12.797, 12.025 max_d=12.025 avg_d=9.171 std_dev=3.626
C2 B 0, 4.969, 8.610, 12.251, 13.009 max_d=13.009 avg_d=8.610 std_dev=3.641
OP1 A 0, 0.711, 4.402, 8.094, 10.520 max_d=10.520 avg_d=4.402 std_dev=3.691
O6 B 0, 5.472, 9.187, 12.902, 12.258 max_d=12.258 avg_d=9.187 std_dev=3.715
N2 B 0, 5.414, 9.641, 13.869, 15.274 max_d=15.274 avg_d=9.641 std_dev=4.228

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.11 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.31 0.04 0.29 0.51 0.25
C2 0.06 0.00 0.50 0.79 0.01 0.50 0.01 0.76 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.49 0.27 1.12 0.02 1.30 1.39 1.20
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.25 0.03 0.10 0.27 0.19 0.28 0.37 0.63 0.50 0.18 0.03 0.01 0.04 0.03 0.63 0.14 0.72 0.71 0.60
C3' 0.03 0.79 0.01 0.00 0.42 0.01 0.31 0.04 0.44 0.30 0.65 0.98 0.74 0.25 0.15 0.02 0.01 0.04 0.30 0.40 0.41 0.29 0.19
C4 0.03 0.01 0.25 0.42 0.00 0.23 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.19 0.14 0.48 0.02 0.37 0.58 0.38
C4' 0.02 0.50 0.03 0.01 0.23 0.00 0.12 0.01 0.21 0.24 0.38 0.63 0.47 0.15 0.04 0.26 0.05 0.01 0.03 0.17 0.14 0.38 0.08
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.13 0.07 0.40 0.02 0.17 0.59 0.26
C5' 0.11 0.76 0.27 0.04 0.28 0.01 0.13 0.00 0.27 0.52 0.57 1.02 0.67 0.38 0.15 0.08 0.22 0.02 0.02 0.18 0.18 0.33 0.02
C6 0.04 0.01 0.19 0.44 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.32 0.19 0.12 0.53 0.01 0.44 0.74 0.45
C8 0.02 0.02 0.28 0.30 0.01 0.24 0.02 0.52 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.34 0.16 0.90 0.04 0.94 1.24 0.95
N1 0.05 0.01 0.37 0.65 0.02 0.38 0.01 0.57 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.29 0.36 0.21 0.88 0.02 1.01 1.18 0.94
N2 0.07 0.01 0.63 0.98 0.02 0.63 0.02 1.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.36 0.68 0.32 1.46 0.03 1.81 1.83 1.63
N3 0.06 0.01 0.50 0.74 0.01 0.47 0.02 0.67 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.44 0.26 0.96 0.02 1.02 1.08 0.97
N7 0.02 0.02 0.18 0.25 0.02 0.15 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.38 0.26 0.09 0.70 0.04 0.73 1.06 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.19 0.19 0.02 0.41 0.03 0.32 0.61 0.33
O2' 0.03 0.30 0.01 0.02 0.22 0.26 0.30 0.08 0.32 0.35 0.29 0.36 0.27 0.38 0.19 0.00 0.07 0.15 0.48 0.36 0.64 0.77 0.53
O3' 0.34 0.49 0.04 0.01 0.19 0.05 0.13 0.22 0.19 0.34 0.36 0.68 0.44 0.26 0.19 0.07 0.00 0.25 0.26 0.18 0.33 0.37 0.21
O4' 0.01 0.27 0.03 0.04 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.21 0.32 0.26 0.09 0.02 0.15 0.25 0.00 0.13 0.09 0.16 0.52 0.23
O5' 0.31 1.12 0.63 0.30 0.48 0.03 0.40 0.02 0.53 0.90 0.88 1.46 0.96 0.70 0.41 0.48 0.26 0.13 0.00 0.46 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.14 0.40 0.02 0.17 0.02 0.18 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.36 0.18 0.09 0.46 0.00 0.31 0.70 0.36
OP1 0.29 1.30 0.72 0.41 0.37 0.14 0.17 0.18 0.44 0.94 1.01 1.81 1.02 0.73 0.32 0.64 0.33 0.16 0.02 0.31 0.00 0.03 0.01
OP2 0.51 1.39 0.71 0.29 0.58 0.38 0.59 0.33 0.74 1.24 1.18 1.83 1.08 1.06 0.61 0.77 0.37 0.52 0.03 0.70 0.03 0.00 0.01
P 0.25 1.20 0.60 0.19 0.38 0.08 0.26 0.02 0.45 0.95 0.94 1.63 0.97 0.76 0.33 0.53 0.21 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.59 1.33 0.89 0.87 1.14 0.55 1.66 0.63 1.91 1.46 1.65 1.49 1.04 1.93 0.97 1.06 1.12 0.46 0.36 2.38 0.20 0.14 0.16
C2 0.36 1.05 0.56 0.65 0.68 0.50 0.98 0.61 1.09 1.03 1.07 1.29 0.84 1.30 0.55 0.69 0.90 0.45 0.33 1.31 0.20 0.19 0.14
C2' 1.13 1.93 1.21 1.03 1.85 0.51 2.43 0.52 2.70 2.15 2.36 1.90 1.64 2.67 1.65 1.30 1.11 0.76 0.66 3.20 0.48 0.45 0.44
C3' 1.10 1.67 1.22 1.09 1.71 0.64 2.32 0.69 2.54 2.19 2.14 1.62 1.41 2.67 1.61 1.34 1.20 0.78 0.87 3.07 0.88 0.84 0.81
C4 0.67 1.34 0.87 0.94 1.05 0.55 1.38 0.59 1.53 1.30 1.47 1.56 1.08 1.61 0.92 0.97 1.16 0.55 0.38 1.79 0.19 0.12 0.12
C4' 0.72 1.05 1.10 1.09 1.03 0.71 1.60 0.74 1.78 1.61 1.41 1.21 0.82 2.01 1.03 1.31 1.36 0.55 0.63 2.29 0.67 0.58 0.56
C5 0.92 1.56 1.12 1.26 1.21 0.78 1.36 0.72 1.53 1.24 1.63 1.76 1.31 1.42 1.07 1.16 1.46 0.76 0.48 1.64 0.19 0.10 0.10
C5' 0.93 0.95 1.31 1.35 0.96 0.95 1.42 0.96 1.50 1.61 1.18 1.18 0.79 1.87 1.07 1.54 1.63 0.78 0.94 1.94 1.02 0.93 0.92
C6 0.93 1.54 1.07 1.28 1.14 0.87 1.18 0.81 1.38 1.06 1.58 1.70 1.30 1.13 1.00 1.10 1.47 0.84 0.54 1.41 0.19 0.12 0.11
C8 0.98 1.67 1.26 1.34 1.37 0.77 1.62 0.71 1.83 1.43 1.83 1.86 1.41 1.70 1.21 1.31 1.55 0.75 0.46 2.05 0.20 0.10 0.10
N1 0.60 1.26 0.66 0.83 0.84 0.55 0.92 0.56 1.08 0.89 1.24 1.43 1.04 1.00 0.68 0.73 1.01 0.60 0.41 1.13 0.17 0.12 0.11
N2 0.39 0.93 0.71 0.78 0.60 0.82 0.92 0.91 1.01 0.97 0.92 1.16 0.79 1.30 0.44 0.79 1.02 0.57 0.40 1.25 0.23 0.28 0.19
N3 0.41 1.11 0.66 0.71 0.83 0.53 1.26 0.63 1.41 1.25 1.24 1.35 0.86 1.62 0.71 0.82 0.99 0.44 0.33 1.74 0.20 0.17 0.14
N7 1.10 1.75 1.37 1.51 1.40 0.94 1.53 0.83 1.73 1.34 1.85 1.95 1.51 1.51 1.24 1.40 1.74 0.88 0.53 1.84 0.21 0.11 0.10
N9 0.75 1.44 1.00 1.03 1.19 0.58 1.57 0.60 1.77 1.43 1.65 1.63 1.17 1.79 1.05 1.10 1.25 0.57 0.39 2.10 0.19 0.11 0.12
O2' 0.89 2.05 0.88 0.61 1.82 0.39 2.45 0.61 2.87 1.94 2.56 2.04 1.66 2.58 1.49 1.05 0.82 0.58 0.39 3.46 0.34 0.33 0.35
O3' 0.72 1.48 0.76 0.63 1.48 0.62 2.19 0.75 2.50 1.96 2.06 1.41 1.15 2.53 1.32 0.92 0.91 0.61 0.50 3.12 0.57 0.55 0.48
O4' 0.62 0.97 1.04 1.08 0.76 0.81 1.24 0.82 1.41 1.26 1.16 1.27 0.74 1.61 0.74 1.25 1.40 0.62 0.50 1.87 0.44 0.34 0.34
O5' 1.29 1.00 1.64 1.69 1.12 1.30 1.44 1.32 1.38 1.80 1.10 1.23 0.96 1.93 1.33 1.88 1.95 1.15 1.33 1.71 1.45 1.36 1.34
O6 1.15 1.69 1.34 1.63 1.30 1.21 1.28 1.11 1.55 1.00 1.77 1.82 1.48 1.05 1.13 1.36 1.86 1.07 0.69 1.59 0.22 0.20 0.15
OP1 1.84 1.38 2.20 2.23 1.46 1.82 1.54 1.73 1.39 1.99 1.29 1.63 1.43 1.97 1.71 2.56 2.53 1.65 1.83 1.57 1.96 1.78 1.83
OP2 1.57 1.36 1.78 1.92 1.31 1.61 1.44 1.69 1.40 1.83 1.37 1.62 1.28 1.81 1.51 2.06 2.18 1.53 1.82 1.57 2.10 1.92 1.91
P 1.50 1.17 1.84 1.93 1.16 1.54 1.30 1.53 1.21 1.74 1.13 1.48 1.15 1.74 1.40 2.14 2.23 1.37 1.59 1.42 1.75 1.60 1.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.13 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.22 0.05 0.73 0.49 0.36
C2 0.06 0.00 0.53 0.42 0.03 0.21 0.03 0.52 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.50 0.53 0.39 0.65 0.04 1.34 1.20 0.94
C2' 0.01 0.53 0.00 0.02 0.26 0.02 0.14 0.21 0.23 0.28 0.41 0.65 0.52 0.16 0.05 0.01 0.09 0.02 0.57 0.18 1.01 0.56 0.68
C3' 0.03 0.42 0.02 0.00 0.29 0.01 0.29 0.06 0.34 0.24 0.40 0.48 0.38 0.26 0.18 0.05 0.02 0.02 0.43 0.34 0.54 0.35 0.42
C4 0.03 0.03 0.26 0.29 0.00 0.15 0.01 0.41 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.24 0.31 0.21 0.48 0.03 1.29 0.93 0.78
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.02 0.18 0.16 0.20 0.25 0.19 0.16 0.09 0.27 0.04 0.01 0.03 0.18 0.23 0.31 0.07
C5 0.03 0.03 0.14 0.29 0.01 0.15 0.00 0.43 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.27 0.11 0.50 0.02 1.52 0.99 0.86
C5' 0.13 0.52 0.21 0.06 0.41 0.02 0.43 0.00 0.49 0.29 0.53 0.56 0.46 0.36 0.27 0.10 0.22 0.03 0.01 0.50 0.33 0.33 0.03
C6 0.04 0.03 0.23 0.34 0.02 0.18 0.01 0.49 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.31 0.35 0.19 0.58 0.01 1.60 1.18 0.98
C8 0.01 0.03 0.28 0.24 0.01 0.16 0.02 0.29 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.43 0.20 0.22 0.37 0.04 1.36 0.55 0.62
N1 0.06 0.01 0.41 0.40 0.03 0.20 0.02 0.53 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.39 0.46 0.30 0.65 0.03 1.51 1.26 1.01
N2 0.08 0.01 0.65 0.48 0.03 0.25 0.03 0.56 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.66 0.65 0.45 0.69 0.04 1.28 1.26 0.97
N3 0.06 0.01 0.52 0.38 0.02 0.19 0.02 0.46 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.48 0.49 0.38 0.57 0.03 1.20 1.04 0.82
N7 0.02 0.03 0.16 0.26 0.02 0.16 0.01 0.36 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.41 0.22 0.11 0.42 0.04 1.58 0.77 0.77
N9 0.01 0.04 0.05 0.18 0.01 0.09 0.02 0.27 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.19 0.19 0.02 0.34 0.04 1.13 0.64 0.58
O2' 0.03 0.50 0.01 0.05 0.24 0.27 0.28 0.10 0.31 0.43 0.39 0.66 0.48 0.41 0.19 0.00 0.13 0.18 0.35 0.34 0.87 0.42 0.49
O3' 0.28 0.53 0.09 0.02 0.31 0.04 0.27 0.22 0.35 0.20 0.46 0.65 0.49 0.22 0.19 0.13 0.00 0.20 0.37 0.34 0.48 0.40 0.35
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.21 0.01 0.11 0.03 0.19 0.22 0.30 0.45 0.38 0.11 0.02 0.18 0.20 0.00 0.26 0.15 0.24 0.47 0.21
O5' 0.22 0.65 0.57 0.43 0.48 0.03 0.50 0.01 0.58 0.37 0.65 0.69 0.57 0.42 0.34 0.35 0.37 0.26 0.00 0.59 0.03 0.02 0.01
O6 0.05 0.04 0.18 0.34 0.03 0.18 0.02 0.50 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.34 0.34 0.15 0.59 0.00 1.72 1.20 1.02
OP1 0.73 1.34 1.01 0.54 1.29 0.23 1.52 0.33 1.60 1.36 1.51 1.28 1.20 1.58 1.13 0.87 0.48 0.24 0.03 1.72 0.00 0.03 0.01
OP2 0.49 1.20 0.56 0.35 0.93 0.31 0.99 0.33 1.18 0.55 1.26 1.26 1.04 0.77 0.64 0.42 0.40 0.47 0.02 1.20 0.03 0.00 0.01
P 0.36 0.94 0.68 0.42 0.78 0.07 0.86 0.03 0.98 0.62 1.01 0.97 0.82 0.77 0.58 0.49 0.35 0.21 0.01 1.02 0.01 0.01 0.00