ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51426

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 5, 4, 4, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.002, 0.026, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.001, 0.028, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.028 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.001, 0.031, 0.062, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, -0.002, 0.032, 0.066, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.004, 0.047, 0.090, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.047 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.002, 0.057, 0.112, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.057 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.004, 0.070, 0.136, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.070 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.056, 0.257, 0.458, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.257 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.079, 0.285, 0.490, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.285 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.135, 0.346, 0.557, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.346 std_dev=0.211
P B 0, 0.369, 0.592, 0.816, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.592 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.260, 0.547, 0.834, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.547 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.474, 0.761, 1.049, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.761 std_dev=0.288
C4' A 0, 0.062, 0.375, 0.688, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.375 std_dev=0.313
C3' A 0, 0.107, 0.430, 0.754, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.430 std_dev=0.324
C5' B 0, 0.596, 0.989, 1.381, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.989 std_dev=0.392
OP1 B 0, 0.145, 0.589, 1.033, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.589 std_dev=0.444
O5' A 0, 0.234, 0.679, 1.124, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.679 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.161, 0.609, 1.057, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.609 std_dev=0.448
C4' B 0, 0.502, 1.010, 1.517, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.010 std_dev=0.507
C3' B 0, 0.662, 1.201, 1.739, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.201 std_dev=0.539
C5' A 0, 0.132, 0.705, 1.279, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.705 std_dev=0.573
P A 0, 0.178, 0.819, 1.459, 3.314 max_d=3.314 avg_d=0.819 std_dev=0.641
OP1 A 0, 0.246, 0.897, 1.548, 3.450 max_d=3.450 avg_d=0.897 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.848, 1.533, 2.217, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.533 std_dev=0.685
OP2 A 0, 0.231, 0.986, 1.741, 3.789 max_d=3.789 avg_d=0.986 std_dev=0.755
O4' B 0, -0.030, 0.973, 1.977, 4.859 max_d=4.859 avg_d=0.973 std_dev=1.003
C2' B 0, 0.254, 1.271, 2.288, 5.549 max_d=5.549 avg_d=1.271 std_dev=1.017
O2' B 0, 0.309, 1.431, 2.553, 6.093 max_d=6.093 avg_d=1.431 std_dev=1.122
C1' B 0, -0.136, 1.142, 2.420, 6.283 max_d=6.283 avg_d=1.142 std_dev=1.278
N9 B 0, -0.472, 1.113, 2.698, 6.983 max_d=6.983 avg_d=1.113 std_dev=1.585
C8 B 0, -0.522, 1.159, 2.840, 7.266 max_d=7.266 avg_d=1.159 std_dev=1.681
C4 B 0, -0.918, 1.159, 3.235, 7.869 max_d=7.869 avg_d=1.159 std_dev=2.076
N7 B 0, -0.954, 1.199, 3.352, 8.190 max_d=8.190 avg_d=1.199 std_dev=2.153
N3 B 0, -1.083, 1.261, 3.606, 8.739 max_d=8.739 avg_d=1.261 std_dev=2.345
C5 B 0, -1.180, 1.191, 3.563, 8.544 max_d=8.544 avg_d=1.191 std_dev=2.371
C2 B 0, -1.450, 1.409, 4.269, 11.102 max_d=11.102 avg_d=1.409 std_dev=2.860
C6 B 0, -1.575, 1.350, 4.275, 10.967 max_d=10.967 avg_d=1.350 std_dev=2.925
N1 B 0, -1.637, 1.465, 4.567, 12.002 max_d=12.002 avg_d=1.465 std_dev=3.102
N2 B 0, -1.630, 1.613, 4.856, 13.126 max_d=13.126 avg_d=1.613 std_dev=3.243
O6 B 0, -1.786, 1.503, 4.792, 12.587 max_d=12.587 avg_d=1.503 std_dev=3.289

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.17 0.51 0.29
C2 0.04 0.00 0.13 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.06 0.20 0.01 0.24 0.50 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.16 0.13 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.05 0.18 0.30 0.15
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.01 0.10 0.02 0.12 0.06 0.15 0.19 0.16 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.29 0.12 0.33 0.16 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.02 0.21 0.01 0.22 0.48 0.26
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07 0.07 0.05 0.11 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.36 0.15
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.30 0.01 0.25 0.45 0.26
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.00 0.17 0.00 0.18 0.18 0.14 0.09 0.08 0.21 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.21 0.18 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.31 0.00 0.27 0.45 0.28
C8 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.30 0.02 0.21 0.44 0.23
N1 0.03 0.01 0.10 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.04 0.26 0.01 0.26 0.48 0.28
N2 0.05 0.00 0.16 0.19 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.25 0.08 0.17 0.02 0.24 0.51 0.29
N3 0.04 0.00 0.13 0.16 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.19 0.06 0.16 0.01 0.22 0.50 0.28
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.35 0.02 0.26 0.41 0.26
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.01 0.19 0.49 0.25
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.11 0.15 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.09 0.13 0.38 0.23
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.13 0.01 0.11 0.04 0.14 0.08 0.19 0.25 0.19 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.28 0.14 0.49 0.09 0.22
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.08 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.04 0.21 0.57 0.36
O5' 0.06 0.20 0.18 0.29 0.21 0.01 0.30 0.01 0.31 0.30 0.26 0.17 0.16 0.35 0.19 0.04 0.28 0.09 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.04 0.35 0.00 0.31 0.45 0.31
OP1 0.17 0.24 0.18 0.33 0.22 0.09 0.25 0.18 0.27 0.21 0.26 0.24 0.22 0.26 0.19 0.13 0.49 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.50 0.30 0.16 0.48 0.36 0.45 0.30 0.45 0.44 0.48 0.51 0.50 0.41 0.49 0.38 0.09 0.57 0.02 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.28 0.15 0.14 0.26 0.15 0.26 0.02 0.28 0.23 0.28 0.29 0.28 0.26 0.25 0.23 0.22 0.36 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.49 1.91 0.35 0.30 1.15 0.21 1.23 0.38 1.59 0.71 1.90 2.34 1.52 1.00 0.72 0.24 0.48 0.43 0.25 1.71 0.18 0.13 0.11
C2 0.44 1.66 0.20 0.21 1.05 0.25 1.01 0.38 1.29 0.48 1.59 1.88 1.40 0.70 0.62 0.13 0.38 0.46 0.26 1.25 0.15 0.11 0.08
C2' 0.44 1.61 0.51 0.46 1.02 0.19 1.19 0.37 1.50 0.88 1.66 1.96 1.26 1.14 0.71 0.38 0.61 0.22 0.26 1.71 0.19 0.20 0.14
C3' 0.43 1.60 0.51 0.49 0.98 0.24 1.16 0.40 1.47 0.89 1.65 1.98 1.23 1.14 0.69 0.39 0.62 0.19 0.32 1.68 0.29 0.27 0.23
C4 0.46 1.93 0.25 0.23 1.16 0.23 1.20 0.36 1.57 0.62 1.93 2.27 1.53 0.90 0.69 0.16 0.41 0.41 0.26 1.61 0.20 0.10 0.10
C4' 0.47 1.88 0.39 0.34 1.12 0.18 1.22 0.37 1.60 0.77 1.89 2.33 1.48 1.05 0.71 0.28 0.51 0.35 0.26 1.76 0.23 0.19 0.15
C5 0.45 1.97 0.22 0.19 1.22 0.27 1.30 0.35 1.75 0.62 2.08 2.24 1.53 0.94 0.72 0.18 0.36 0.37 0.29 1.82 0.26 0.10 0.13
C5' 0.46 1.92 0.36 0.33 1.12 0.19 1.22 0.37 1.62 0.75 1.94 2.39 1.49 1.03 0.70 0.26 0.51 0.31 0.29 1.77 0.33 0.25 0.23
C6 0.46 1.87 0.24 0.17 1.23 0.31 1.35 0.35 1.79 0.62 2.03 2.02 1.47 0.96 0.73 0.24 0.31 0.38 0.31 1.85 0.29 0.09 0.15
C8 0.47 2.04 0.26 0.22 1.22 0.24 1.31 0.35 1.77 0.67 2.12 2.41 1.57 0.99 0.73 0.18 0.40 0.37 0.27 1.87 0.25 0.12 0.12
N1 0.45 1.72 0.20 0.17 1.16 0.30 1.19 0.37 1.52 0.53 1.77 1.85 1.42 0.81 0.69 0.20 0.32 0.42 0.31 1.50 0.23 0.10 0.12
N2 0.43 1.38 0.21 0.23 0.89 0.25 0.80 0.40 0.99 0.38 1.25 1.57 1.22 0.55 0.53 0.14 0.40 0.52 0.21 0.94 0.11 0.15 0.10
N3 0.46 1.78 0.28 0.26 1.08 0.22 1.08 0.37 1.38 0.59 1.70 2.10 1.46 0.84 0.66 0.17 0.43 0.45 0.23 1.39 0.15 0.10 0.08
N7 0.46 2.03 0.24 0.19 1.24 0.26 1.36 0.34 1.85 0.66 2.18 2.33 1.55 1.00 0.74 0.20 0.36 0.35 0.29 1.97 0.28 0.12 0.14
N9 0.47 1.97 0.29 0.25 1.18 0.22 1.24 0.36 1.63 0.67 1.98 2.37 1.55 0.97 0.71 0.18 0.44 0.40 0.26 1.71 0.20 0.11 0.10
O2' 0.50 1.65 0.55 0.45 1.09 0.17 1.27 0.39 1.60 0.91 1.72 1.98 1.32 1.18 0.77 0.42 0.58 0.33 0.24 1.84 0.21 0.24 0.19
O3' 0.54 1.47 0.65 0.59 0.99 0.32 1.22 0.43 1.48 1.05 1.56 1.80 1.14 1.27 0.79 0.54 0.70 0.25 0.36 1.73 0.31 0.33 0.27
O4' 0.58 2.08 0.37 0.27 1.25 0.26 1.30 0.39 1.71 0.72 2.06 2.56 1.66 1.02 0.79 0.30 0.45 0.51 0.26 1.81 0.19 0.13 0.11
O5' 0.65 2.19 0.49 0.40 1.38 0.21 1.49 0.29 1.93 0.95 2.26 2.64 1.72 1.25 0.93 0.36 0.50 0.45 0.21 2.08 0.30 0.23 0.27
O6 0.48 1.81 0.31 0.21 1.26 0.34 1.48 0.33 1.95 0.72 2.08 1.90 1.42 1.12 0.78 0.33 0.27 0.40 0.32 2.11 0.36 0.09 0.19
OP1 0.35 1.92 0.35 0.49 1.11 0.37 1.29 0.49 1.74 0.82 2.04 2.35 1.42 1.12 0.68 0.26 0.75 0.17 0.42 1.95 0.48 0.25 0.35
OP2 0.25 1.78 0.37 0.60 0.94 0.59 1.11 0.71 1.60 0.67 1.93 2.21 1.26 0.93 0.51 0.39 0.87 0.26 0.65 1.80 0.71 0.46 0.58
P 0.31 1.96 0.27 0.45 1.10 0.37 1.25 0.52 1.72 0.73 2.06 2.41 1.45 1.03 0.63 0.19 0.73 0.13 0.44 1.90 0.50 0.28 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.41 0.24 0.21
C2 0.02 0.00 0.28 0.14 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.33 0.22 0.28 0.66 0.01 0.64 0.93 0.57
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.17 0.21 0.34 0.28 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.08 0.35 0.20 0.13
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.15 0.10 0.18 0.14 0.12 0.04 0.02 0.01 0.01 0.17 0.06 0.37 0.21 0.16
C4 0.01 0.01 0.14 0.06 0.00 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.14 0.49 0.01 0.53 0.71 0.41
C4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.13 0.10 0.17 0.23 0.17 0.09 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.20 0.07 0.13
C5 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.07 0.49 0.01 0.58 0.82 0.45
C5' 0.02 0.39 0.01 0.01 0.22 0.00 0.20 0.00 0.27 0.17 0.36 0.46 0.34 0.15 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.25 0.11 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.06 0.00 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.13 0.58 0.00 0.66 0.99 0.56
C8 0.01 0.01 0.17 0.15 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.15 0.24 0.02 0.41 0.39 0.19
N1 0.02 0.00 0.21 0.10 0.01 0.17 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.22 0.66 0.01 0.66 1.03 0.61
N2 0.03 0.00 0.34 0.18 0.01 0.23 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.42 0.29 0.34 0.70 0.01 0.67 0.96 0.61
N3 0.02 0.00 0.28 0.14 0.00 0.17 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.20 0.27 0.57 0.01 0.59 0.77 0.47
N7 0.02 0.02 0.10 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.14 0.07 0.34 0.02 0.55 0.63 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.30 0.01 0.42 0.44 0.24
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.15 0.04 0.07 0.03 0.15 0.14 0.26 0.42 0.31 0.08 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.11 0.37 0.13 0.17
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.09 0.03 0.05 0.03 0.08 0.18 0.16 0.29 0.20 0.14 0.04 0.05 0.00 0.03 0.16 0.07 0.40 0.26 0.19
O4' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.15 0.22 0.34 0.27 0.07 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.09 0.46 0.20 0.28
O5' 0.15 0.66 0.14 0.17 0.49 0.01 0.49 0.01 0.58 0.24 0.66 0.70 0.57 0.34 0.30 0.05 0.16 0.09 0.00 0.57 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.07 0.09 0.57 0.00 0.70 1.03 0.59
OP1 0.41 0.64 0.35 0.37 0.53 0.20 0.58 0.11 0.66 0.41 0.66 0.67 0.59 0.55 0.42 0.37 0.40 0.46 0.02 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.93 0.20 0.21 0.71 0.07 0.82 0.04 0.99 0.39 1.03 0.96 0.77 0.63 0.44 0.13 0.26 0.20 0.01 1.03 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.57 0.13 0.16 0.41 0.13 0.45 0.02 0.56 0.19 0.61 0.61 0.47 0.33 0.24 0.17 0.19 0.28 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00