ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.018, 0.039, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.022, 0.050, 0.077, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.025, 0.053, 0.082, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.053 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.027, 0.059, 0.090, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.059 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.031, 0.071, 0.111, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.071 std_dev=0.040
C4 A 0, 0.030, 0.070, 0.110, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.070 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.039, 0.091, 0.144, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.091 std_dev=0.052
N7 A 0, 0.048, 0.105, 0.162, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.057, 0.128, 0.199, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.128 std_dev=0.071
OP2 B 0, 0.186, 0.538, 0.889, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.538 std_dev=0.351
P B 0, 0.209, 0.586, 0.963, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.586 std_dev=0.377
OP1 B 0, 0.212, 0.689, 1.167, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.689 std_dev=0.477
O2' A 0, 0.287, 1.006, 1.725, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.006 std_dev=0.719
C2' A 0, 0.145, 0.890, 1.636, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.890 std_dev=0.745
O4' A 0, 0.099, 0.855, 1.611, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.855 std_dev=0.756
O5' B 0, 0.245, 1.197, 2.149, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.197 std_dev=0.952
C4' A 0, 0.151, 1.299, 2.447, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.299 std_dev=1.148
N9 B 0, 0.139, 1.364, 2.588, 5.352 max_d=5.352 avg_d=1.364 std_dev=1.224
C3' A 0, 0.188, 1.419, 2.649, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.419 std_dev=1.231
C8 B 0, 0.240, 1.506, 2.772, 4.657 max_d=4.657 avg_d=1.506 std_dev=1.266
C4 B 0, 0.225, 1.694, 3.163, 6.304 max_d=6.304 avg_d=1.694 std_dev=1.469
C1' B 0, 0.333, 1.974, 3.615, 5.259 max_d=5.259 avg_d=1.974 std_dev=1.641
N3 B 0, 0.186, 1.829, 3.471, 7.271 max_d=7.271 avg_d=1.829 std_dev=1.643
C5' B 0, 0.299, 2.067, 3.835, 4.229 max_d=4.229 avg_d=2.067 std_dev=1.768
O3' A 0, 0.285, 2.059, 3.833, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.059 std_dev=1.774
C2' B 0, 0.415, 2.252, 4.089, 5.260 max_d=5.260 avg_d=2.252 std_dev=1.837
C5' A 0, 0.241, 2.129, 4.017, 4.362 max_d=4.362 avg_d=2.129 std_dev=1.888
C2 B 0, 0.330, 2.230, 4.129, 8.092 max_d=8.092 avg_d=2.230 std_dev=1.900
O4' B 0, 0.335, 2.276, 4.217, 4.730 max_d=4.730 avg_d=2.276 std_dev=1.941
C5 B 0, 0.442, 2.416, 4.390, 6.112 max_d=6.112 avg_d=2.416 std_dev=1.974
N7 B 0, 0.346, 2.371, 4.395, 5.083 max_d=5.083 avg_d=2.371 std_dev=2.025
C3' B 0, 0.387, 2.457, 4.528, 4.851 max_d=4.851 avg_d=2.457 std_dev=2.071
N2 B 0, 0.232, 2.344, 4.456, 9.191 max_d=9.191 avg_d=2.344 std_dev=2.112
C4' B 0, 0.339, 2.464, 4.588, 4.877 max_d=4.877 avg_d=2.464 std_dev=2.125
N1 B 0, 0.661, 3.015, 5.370, 7.949 max_d=7.949 avg_d=3.015 std_dev=2.355
C6 B 0, 0.613, 3.264, 5.915, 6.983 max_d=6.983 avg_d=3.264 std_dev=2.651
O2' B 0, 0.469, 3.156, 5.843, 6.364 max_d=6.364 avg_d=3.156 std_dev=2.687
O3' B 0, 0.474, 3.174, 5.874, 6.232 max_d=6.232 avg_d=3.174 std_dev=2.700
O5' A 0, 0.174, 2.886, 5.597, 6.186 max_d=6.186 avg_d=2.886 std_dev=2.712
O6 B 0, 0.621, 4.202, 7.782, 8.144 max_d=8.144 avg_d=4.202 std_dev=3.580
P A 0, 0.215, 3.899, 7.584, 8.292 max_d=8.292 avg_d=3.899 std_dev=3.685
OP2 A 0, 0.240, 4.124, 8.009, 8.783 max_d=8.783 avg_d=4.124 std_dev=3.884
OP1 A 0, 0.255, 4.903, 9.550, 10.621 max_d=10.621 avg_d=4.903 std_dev=4.647

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.18 0.04 0.17 0.35 0.18
C2 0.04 0.00 0.48 0.32 0.01 0.21 0.01 0.43 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.51 0.47 0.42 0.49 0.03 0.93 0.38 0.61
C2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.26 0.02 0.16 0.10 0.26 0.22 0.40 0.56 0.45 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.38 0.23 0.48 0.41 0.38
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.22 0.01 0.23 0.02 0.28 0.21 0.32 0.35 0.28 0.21 0.13 0.03 0.01 0.02 0.40 0.30 0.61 0.19 0.34
C4 0.02 0.01 0.26 0.22 0.00 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.25 0.22 0.23 0.02 0.29 0.59 0.22
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.11 0.18 0.16 0.26 0.20 0.14 0.06 0.16 0.02 0.01 0.02 0.11 0.24 0.23 0.03
C5 0.02 0.01 0.16 0.23 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.11 0.42 0.02 0.30 0.99 0.43
C5' 0.05 0.43 0.10 0.02 0.21 0.01 0.17 0.00 0.23 0.30 0.35 0.53 0.39 0.24 0.10 0.08 0.10 0.02 0.01 0.21 0.36 0.42 0.02
C6 0.03 0.02 0.26 0.28 0.02 0.11 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.30 0.33 0.19 0.32 0.01 0.32 0.92 0.33
C8 0.02 0.01 0.22 0.21 0.01 0.18 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.21 0.25 0.91 0.04 0.88 1.33 0.98
N1 0.04 0.01 0.40 0.32 0.02 0.16 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.43 0.43 0.33 0.33 0.03 0.66 0.58 0.41
N2 0.05 0.01 0.56 0.35 0.01 0.26 0.02 0.53 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.63 0.56 0.51 0.72 0.05 1.31 0.42 0.91
N3 0.04 0.01 0.45 0.28 0.00 0.20 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.40 0.42 0.44 0.03 0.79 0.32 0.52
N7 0.01 0.01 0.10 0.21 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.13 0.83 0.04 0.81 1.45 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.08 0.02 0.39 0.03 0.27 0.72 0.38
O2' 0.02 0.51 0.00 0.03 0.26 0.16 0.21 0.08 0.30 0.23 0.43 0.63 0.47 0.18 0.09 0.00 0.05 0.11 0.17 0.28 0.31 0.31 0.21
O3' 0.12 0.47 0.02 0.01 0.25 0.02 0.23 0.10 0.33 0.21 0.43 0.56 0.40 0.19 0.08 0.05 0.00 0.09 0.38 0.35 0.75 0.23 0.35
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.22 0.01 0.11 0.02 0.19 0.25 0.33 0.51 0.42 0.13 0.02 0.11 0.09 0.00 0.15 0.14 0.21 0.17 0.12
O5' 0.18 0.49 0.38 0.40 0.23 0.02 0.42 0.01 0.32 0.91 0.33 0.72 0.44 0.83 0.39 0.17 0.38 0.15 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.23 0.30 0.02 0.11 0.02 0.21 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.28 0.35 0.14 0.43 0.00 0.37 1.15 0.47
OP1 0.17 0.93 0.48 0.61 0.29 0.24 0.30 0.36 0.32 0.88 0.66 1.31 0.79 0.81 0.27 0.31 0.75 0.21 0.02 0.37 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.38 0.41 0.19 0.59 0.23 0.99 0.42 0.92 1.33 0.58 0.42 0.32 1.45 0.72 0.31 0.23 0.17 0.02 1.15 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.61 0.38 0.34 0.22 0.03 0.43 0.02 0.33 0.98 0.41 0.91 0.52 0.94 0.38 0.21 0.35 0.12 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 1.69 1.59 1.66 1.36 1.07 2.27 0.90 2.93 1.38 2.51 1.53 1.11 2.34 0.82 2.41 2.10 0.40 0.66 3.76 0.14 0.19 0.21
C2 0.46 1.07 1.41 1.38 0.95 0.95 1.70 0.86 2.05 1.18 1.66 0.88 0.67 1.95 0.56 1.92 1.48 0.34 0.68 2.56 0.15 0.23 0.23
C2' 0.70 2.43 1.06 1.12 2.10 0.57 2.97 0.49 3.63 2.09 3.23 2.26 1.85 3.01 1.55 1.80 1.56 0.77 0.33 4.42 0.56 0.65 0.51
C3' 0.58 2.09 1.37 1.50 1.77 0.84 2.68 0.66 3.36 1.83 2.94 1.91 1.49 2.77 1.24 2.17 2.06 0.53 0.42 4.21 0.47 0.53 0.43
C4 0.54 1.37 1.51 1.55 1.17 1.07 2.03 0.94 2.54 1.32 2.10 1.18 0.88 2.21 0.71 2.15 1.80 0.40 0.69 3.23 0.13 0.16 0.20
C4' 0.97 1.35 2.04 2.21 1.01 1.55 1.94 1.25 2.66 1.08 2.22 1.21 0.82 2.04 0.56 2.96 2.85 0.74 0.95 3.57 0.29 0.14 0.35
C5 0.55 1.24 1.45 1.50 1.07 1.10 1.89 0.99 2.36 1.26 1.94 1.05 0.78 2.09 0.65 1.99 1.67 0.45 0.70 3.02 0.14 0.14 0.20
C5' 1.49 0.94 2.53 2.75 0.69 2.10 1.52 1.73 2.22 0.74 1.74 0.90 0.73 1.67 0.57 3.44 3.48 1.26 1.32 3.16 0.54 0.26 0.60
C6 0.52 1.01 1.35 1.35 0.89 1.05 1.63 0.98 2.02 1.12 1.63 0.83 0.61 1.86 0.52 1.76 1.40 0.44 0.70 2.59 0.16 0.15 0.21
C8 0.60 1.51 1.54 1.63 1.25 1.15 2.15 1.00 2.74 1.37 2.30 1.33 0.98 2.29 0.77 2.21 1.93 0.47 0.70 3.52 0.14 0.14 0.20
N1 0.48 0.92 1.31 1.28 0.82 0.98 1.52 0.93 1.85 1.06 1.48 0.74 0.55 1.76 0.47 1.70 1.29 0.39 0.71 2.34 0.14 0.15 0.22
N2 0.41 0.93 1.35 1.21 0.87 0.81 1.54 0.73 1.78 1.12 1.43 0.76 0.60 1.82 0.52 1.80 1.26 0.30 0.64 2.18 0.19 0.34 0.26
N3 0.49 1.32 1.49 1.50 1.14 0.99 1.98 0.86 2.44 1.30 2.00 1.12 0.86 2.18 0.69 2.15 1.74 0.34 0.66 3.06 0.14 0.22 0.22
N7 0.59 1.35 1.49 1.55 1.14 1.15 1.99 1.02 2.52 1.30 2.09 1.16 0.85 2.17 0.70 2.06 1.77 0.48 0.71 3.24 0.15 0.15 0.20
N9 0.57 1.55 1.55 1.62 1.29 1.10 2.18 0.95 2.78 1.38 2.34 1.36 1.01 2.31 0.79 2.27 1.96 0.42 0.68 3.55 0.12 0.16 0.20
O2' 0.81 2.73 0.83 0.85 2.31 0.39 3.13 0.37 3.84 2.18 3.52 2.60 2.12 3.07 1.71 1.58 1.30 0.94 0.30 4.60 0.60 0.74 0.56
O3' 0.70 2.50 1.06 1.18 2.14 0.53 3.03 0.44 3.72 2.16 3.35 2.34 1.89 3.07 1.59 1.84 1.77 0.80 0.31 4.55 0.70 0.75 0.65
O4' 1.21 1.08 2.27 2.40 0.75 1.80 1.65 1.52 2.36 0.79 1.92 0.96 0.63 1.75 0.43 3.16 2.95 1.01 1.21 3.27 0.52 0.27 0.61
O5' 2.02 0.90 3.02 3.19 0.78 2.52 1.06 2.00 1.63 0.57 1.17 1.14 1.18 1.27 0.98 3.96 3.97 1.73 1.53 2.54 0.63 0.35 0.70
O6 0.52 0.89 1.26 1.23 0.78 1.03 1.48 0.97 1.84 1.02 1.48 0.72 0.51 1.70 0.45 1.58 1.21 0.47 0.67 2.38 0.21 0.23 0.21
OP1 3.18 1.93 4.07 4.25 1.78 3.58 0.91 2.91 0.95 1.11 1.13 2.39 2.42 0.73 2.04 5.06 5.22 2.84 2.30 1.56 1.28 0.78 1.32
OP2 1.94 1.03 2.81 2.99 0.88 2.37 1.20 1.76 1.66 0.83 1.15 1.35 1.31 1.53 0.97 3.72 3.82 1.64 1.17 2.55 0.47 0.59 0.50
P 2.55 1.27 3.46 3.67 1.15 3.04 0.80 2.43 1.22 0.66 0.91 1.66 1.72 0.96 1.42 4.39 4.54 2.27 1.85 2.09 0.83 0.47 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.03 0.38 0.01 0.17 0.04 0.45 0.22 0.19
C2 0.07 0.00 0.36 0.28 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.37 0.20 0.34 0.02 0.40 0.89 0.25
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.22 0.18 0.15 0.29 0.42 0.34 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.46 0.15 0.50 0.37 0.54
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.29 0.01 0.41 0.02 0.43 0.40 0.36 0.25 0.22 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.13 0.48 0.10 0.21 0.12
C4 0.03 0.01 0.19 0.29 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.10 0.36 0.03 0.40 0.85 0.25
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.14 0.28 0.07 0.16 0.10 0.28 0.11 0.34 0.06 0.01 0.02 0.19 0.19 0.10 0.05
C5 0.02 0.01 0.11 0.41 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.07 0.04 0.51 0.02 0.34 1.17 0.39
C5' 0.07 0.10 0.22 0.02 0.12 0.01 0.23 0.00 0.23 0.31 0.15 0.13 0.11 0.35 0.13 0.12 0.23 0.01 0.01 0.30 0.20 0.17 0.03
C6 0.04 0.01 0.18 0.43 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.34 0.10 0.07 0.54 0.01 0.32 1.30 0.44
C8 0.03 0.01 0.15 0.40 0.01 0.28 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.42 0.18 0.17 0.52 0.04 0.35 1.00 0.35
N1 0.06 0.01 0.29 0.36 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.22 0.14 0.45 0.02 0.35 1.14 0.36
N2 0.09 0.01 0.42 0.25 0.01 0.16 0.02 0.13 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.26 0.51 0.26 0.30 0.04 0.43 0.80 0.23
N3 0.07 0.01 0.34 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.42 0.21 0.29 0.02 0.43 0.71 0.21
N7 0.02 0.01 0.08 0.46 0.01 0.28 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.46 0.21 0.12 0.62 0.04 0.31 1.30 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.32 0.04 0.41 0.67 0.21
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.21 0.34 0.35 0.12 0.34 0.42 0.24 0.26 0.17 0.46 0.23 0.00 0.04 0.24 0.36 0.40 0.29 0.48 0.48
O3' 0.38 0.37 0.03 0.01 0.19 0.06 0.07 0.23 0.10 0.18 0.22 0.51 0.42 0.21 0.12 0.04 0.00 0.24 0.31 0.14 0.58 0.44 0.38
O4' 0.01 0.20 0.03 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.17 0.14 0.26 0.21 0.12 0.02 0.24 0.24 0.00 0.23 0.07 0.47 0.31 0.23
O5' 0.17 0.34 0.46 0.13 0.36 0.02 0.51 0.01 0.54 0.52 0.45 0.30 0.29 0.62 0.32 0.36 0.31 0.23 0.00 0.62 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.15 0.48 0.03 0.19 0.02 0.30 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.40 0.14 0.07 0.62 0.00 0.28 1.49 0.53
OP1 0.45 0.40 0.50 0.10 0.40 0.19 0.34 0.20 0.32 0.35 0.35 0.43 0.43 0.31 0.41 0.29 0.58 0.47 0.02 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.89 0.37 0.21 0.85 0.10 1.17 0.17 1.30 1.00 1.14 0.80 0.71 1.30 0.67 0.48 0.44 0.31 0.02 1.49 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.25 0.54 0.12 0.25 0.05 0.39 0.03 0.44 0.35 0.36 0.23 0.21 0.47 0.21 0.48 0.38 0.23 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00