ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51428

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 6, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.025, 0.057, 0.090, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.057 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.117, 0.197, 0.276, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.197 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.129, 0.229, 0.328, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.229 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.171, 0.295, 0.419, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.295 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.203, 0.339, 0.475, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.339 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.179, 0.324, 0.468, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.324 std_dev=0.144
P B 0, 0.456, 0.644, 0.832, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.644 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.257, 0.471, 0.685, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.471 std_dev=0.214
C5' A 0, 0.323, 0.556, 0.789, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.556 std_dev=0.233
OP1 B 0, 0.485, 0.788, 1.091, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.788 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.427, 0.767, 1.107, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.767 std_dev=0.340
OP2 A 0, 0.652, 1.012, 1.373, 1.478 max_d=1.478 avg_d=1.012 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.419, 0.799, 1.178, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.799 std_dev=0.379
P A 0, 0.632, 1.025, 1.417, 1.450 max_d=1.450 avg_d=1.025 std_dev=0.392
O5' B 0, 0.978, 1.452, 1.926, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.452 std_dev=0.474
OP1 A 0, 0.696, 1.257, 1.818, 1.887 max_d=1.887 avg_d=1.257 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.640, 1.222, 1.805, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.222 std_dev=0.582
C3' B 0, 1.358, 2.093, 2.828, 2.931 max_d=2.931 avg_d=2.093 std_dev=0.735
C5' B 0, 1.336, 2.088, 2.841, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.088 std_dev=0.753
C4' B 0, 1.681, 2.605, 3.529, 3.429 max_d=3.429 avg_d=2.605 std_dev=0.924
C2' B 0, 2.279, 3.720, 5.162, 5.021 max_d=5.021 avg_d=3.720 std_dev=1.441
O4' B 0, 2.329, 3.812, 5.295, 5.063 max_d=5.063 avg_d=3.812 std_dev=1.483
O2' B 0, 2.468, 4.235, 6.002, 7.140 max_d=7.140 avg_d=4.235 std_dev=1.767
C1' B 0, 2.708, 4.538, 6.368, 6.004 max_d=6.004 avg_d=4.538 std_dev=1.830
N9 B 0, 2.911, 4.974, 7.037, 6.419 max_d=6.419 avg_d=4.974 std_dev=2.063
C8 B 0, 2.971, 5.210, 7.448, 6.669 max_d=6.669 avg_d=5.210 std_dev=2.238
C4 B 0, 3.284, 5.685, 8.086, 7.386 max_d=7.386 avg_d=5.685 std_dev=2.401
N3 B 0, 3.563, 6.146, 8.728, 8.092 max_d=8.092 avg_d=6.146 std_dev=2.583
N7 B 0, 3.303, 5.943, 8.583, 7.657 max_d=7.657 avg_d=5.943 std_dev=2.640
C5 B 0, 3.473, 6.190, 8.906, 7.994 max_d=7.994 avg_d=6.190 std_dev=2.716
C2 B 0, 3.995, 7.039, 10.083, 9.286 max_d=9.286 avg_d=7.039 std_dev=3.044
C6 B 0, 3.923, 7.140, 10.357, 9.330 max_d=9.330 avg_d=7.140 std_dev=3.217
N1 B 0, 4.135, 7.459, 10.783, 9.825 max_d=9.825 avg_d=7.459 std_dev=3.324
N2 B 0, 4.442, 7.824, 11.206, 10.377 max_d=10.377 avg_d=7.824 std_dev=3.382
O6 B 0, 4.211, 7.857, 11.503, 10.323 max_d=10.323 avg_d=7.857 std_dev=3.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.05 0.21 0.01 0.17 0.15 0.13
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.11 0.18 0.15 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.05 0.24 0.05 0.13
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.12 0.17 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.26 0.08 0.31 0.07 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.22 0.01 0.17 0.13 0.14
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.08 0.11 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.27 0.02 0.20 0.17 0.17
C5' 0.03 0.08 0.03 0.04 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.15 0.11 0.07 0.07 0.17 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.18 0.15 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.27 0.01 0.21 0.18 0.18
C8 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.07 0.28 0.03 0.20 0.14 0.17
N1 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.24 0.01 0.19 0.17 0.16
N2 0.04 0.01 0.18 0.17 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.22 0.07 0.19 0.02 0.17 0.15 0.13
N3 0.03 0.01 0.15 0.13 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.05 0.19 0.01 0.16 0.13 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.30 0.03 0.22 0.18 0.20
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.21 0.02 0.16 0.11 0.12
O2' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.11 0.18 0.14 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.16 0.10 0.05
O3' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.03 0.06 0.04 0.09 0.09 0.14 0.22 0.16 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.21 0.09 0.35 0.11 0.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.07 0.21 0.09
O5' 0.10 0.21 0.19 0.26 0.22 0.01 0.27 0.01 0.27 0.28 0.24 0.19 0.19 0.30 0.21 0.06 0.21 0.06 0.00 0.28 0.03 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.08 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.04 0.28 0.00 0.22 0.20 0.19
OP1 0.12 0.17 0.24 0.31 0.17 0.11 0.20 0.15 0.21 0.20 0.19 0.17 0.16 0.22 0.16 0.16 0.35 0.07 0.03 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.15 0.05 0.07 0.13 0.21 0.17 0.31 0.18 0.14 0.17 0.15 0.13 0.18 0.11 0.10 0.11 0.21 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.13 0.19 0.14 0.02 0.17 0.02 0.18 0.17 0.16 0.13 0.12 0.20 0.12 0.05 0.20 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 1.11 0.37 0.22 0.38 0.51 0.61 0.60 0.56 0.91 0.65 1.78 0.92 1.17 0.37 0.47 0.21 0.56 0.47 0.99 0.21 0.25 0.25
C2 0.56 1.47 0.47 0.29 0.71 0.58 0.39 0.60 0.54 0.55 1.11 1.85 1.28 0.65 0.41 0.59 0.24 0.71 0.49 0.41 0.18 0.27 0.22
C2' 0.28 0.78 0.41 0.21 0.30 0.32 0.76 0.47 0.65 1.14 0.41 1.40 0.59 1.36 0.51 0.36 0.20 0.30 0.35 1.07 0.18 0.28 0.20
C3' 0.24 0.96 0.38 0.20 0.25 0.31 0.59 0.45 0.48 1.03 0.58 1.62 0.73 1.21 0.41 0.36 0.19 0.30 0.34 0.86 0.15 0.25 0.17
C4 0.57 1.68 0.48 0.29 0.74 0.57 0.45 0.60 0.64 0.59 1.32 2.25 1.37 0.72 0.43 0.62 0.25 0.70 0.50 0.52 0.19 0.25 0.25
C4' 0.33 1.07 0.35 0.20 0.35 0.46 0.61 0.56 0.55 0.94 0.64 1.77 0.87 1.18 0.37 0.44 0.19 0.49 0.43 0.98 0.16 0.22 0.20
C5 0.74 2.11 0.61 0.38 1.13 0.61 0.87 0.61 1.26 0.48 1.94 2.60 1.70 0.53 0.68 0.76 0.30 0.78 0.53 1.05 0.20 0.28 0.27
C5' 0.39 1.31 0.36 0.22 0.45 0.50 0.45 0.57 0.45 0.79 0.88 2.03 1.07 0.98 0.31 0.51 0.20 0.56 0.44 0.75 0.12 0.17 0.18
C6 0.85 2.29 0.71 0.45 1.40 0.63 1.25 0.61 1.71 0.57 2.26 2.60 1.87 0.67 0.89 0.84 0.34 0.83 0.55 1.54 0.21 0.32 0.28
C8 0.63 1.88 0.53 0.33 0.88 0.59 0.59 0.60 0.88 0.53 1.60 2.51 1.51 0.61 0.52 0.70 0.27 0.72 0.52 0.70 0.20 0.27 0.27
N1 0.77 1.98 0.64 0.41 1.22 0.62 0.99 0.61 1.32 0.46 1.83 2.24 1.69 0.51 0.76 0.76 0.31 0.81 0.54 1.09 0.20 0.29 0.26
N2 0.45 0.96 0.38 0.22 0.40 0.55 0.31 0.60 0.27 0.70 0.59 1.30 0.91 0.84 0.29 0.48 0.20 0.65 0.44 0.45 0.17 0.34 0.18
N3 0.46 1.30 0.40 0.24 0.49 0.54 0.40 0.60 0.37 0.75 0.85 1.84 1.10 0.95 0.33 0.52 0.21 0.64 0.47 0.58 0.18 0.25 0.22
N7 0.76 2.18 0.64 0.40 1.16 0.62 0.92 0.61 1.34 0.49 2.04 2.72 1.74 0.54 0.71 0.80 0.31 0.79 0.53 1.16 0.20 0.29 0.28
N9 0.51 1.55 0.44 0.27 0.63 0.56 0.42 0.60 0.52 0.67 1.16 2.20 1.26 0.83 0.38 0.59 0.23 0.66 0.49 0.57 0.19 0.25 0.25
O2' 0.43 0.48 0.51 0.27 0.60 0.31 1.15 0.50 1.12 1.39 0.52 0.98 0.41 1.69 0.76 0.39 0.22 0.29 0.36 1.60 0.24 0.34 0.26
O3' 0.33 0.72 0.46 0.25 0.30 0.23 0.75 0.39 0.60 1.20 0.38 1.35 0.51 1.37 0.57 0.37 0.22 0.22 0.29 1.00 0.19 0.31 0.19
O4' 0.47 1.26 0.40 0.26 0.48 0.58 0.57 0.64 0.55 0.83 0.78 1.98 1.06 1.08 0.38 0.56 0.24 0.66 0.50 0.96 0.21 0.25 0.26
O5' 0.52 1.61 0.51 0.36 0.69 0.52 0.55 0.55 0.68 0.78 1.27 2.33 1.29 0.91 0.46 0.64 0.34 0.61 0.49 0.72 0.40 0.47 0.39
O6 0.97 2.50 0.83 0.52 1.67 0.64 1.69 0.61 2.25 0.82 2.65 2.72 2.04 1.06 1.12 0.95 0.38 0.86 0.54 2.25 0.22 0.36 0.29
OP1 0.50 1.65 0.49 0.34 0.69 0.50 0.52 0.52 0.69 0.72 1.31 2.36 1.31 0.83 0.42 0.63 0.32 0.58 0.46 0.68 0.37 0.42 0.35
OP2 0.62 2.02 0.59 0.39 0.97 0.52 0.75 0.54 1.11 0.59 1.80 2.70 1.59 0.66 0.57 0.76 0.35 0.64 0.47 1.00 0.31 0.35 0.27
P 0.58 1.80 0.54 0.35 0.81 0.53 0.58 0.54 0.82 0.66 1.49 2.52 1.44 0.76 0.49 0.70 0.32 0.64 0.47 0.75 0.32 0.37 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.18 0.03 0.47 0.52 0.27
C2 0.02 0.00 0.46 0.31 0.01 0.23 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.45 0.38 0.82 0.01 1.07 1.40 1.03
C2' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.23 0.01 0.11 0.11 0.20 0.24 0.36 0.56 0.45 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.15 0.57 0.52 0.35
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.19 0.00 0.21 0.01 0.24 0.29 0.28 0.36 0.28 0.27 0.14 0.02 0.01 0.01 0.19 0.25 0.51 0.34 0.25
C4 0.01 0.01 0.23 0.19 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.20 0.20 0.62 0.02 0.99 1.14 0.83
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.16 0.00 0.16 0.01 0.19 0.13 0.22 0.25 0.20 0.15 0.09 0.15 0.01 0.00 0.02 0.20 0.22 0.20 0.10
C5 0.01 0.01 0.11 0.21 0.01 0.16 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.09 0.64 0.02 1.19 1.32 0.98
C5' 0.05 0.53 0.11 0.01 0.35 0.01 0.34 0.00 0.43 0.18 0.51 0.60 0.46 0.24 0.17 0.05 0.10 0.02 0.01 0.43 0.06 0.07 0.03
C6 0.01 0.01 0.20 0.24 0.01 0.19 0.01 0.43 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.26 0.23 0.17 0.74 0.00 1.30 1.52 1.13
C8 0.01 0.01 0.24 0.29 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.29 0.20 0.40 0.05 0.96 0.91 0.66
N1 0.02 0.01 0.36 0.28 0.01 0.22 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.36 0.29 0.82 0.02 1.23 1.54 1.14
N2 0.03 0.01 0.56 0.36 0.02 0.25 0.02 0.60 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.63 0.57 0.45 0.87 0.03 1.04 1.42 1.06
N3 0.02 0.01 0.45 0.28 0.01 0.20 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.40 0.37 0.71 0.01 0.93 1.18 0.86
N7 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01 0.15 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.25 0.10 0.51 0.05 1.19 1.17 0.88
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.39 0.03 0.80 0.84 0.57
O2' 0.01 0.50 0.00 0.02 0.24 0.15 0.20 0.05 0.26 0.30 0.39 0.63 0.47 0.25 0.12 0.00 0.04 0.13 0.17 0.24 0.47 0.46 0.29
O3' 0.14 0.45 0.02 0.01 0.20 0.01 0.16 0.10 0.23 0.29 0.36 0.57 0.40 0.25 0.08 0.04 0.00 0.11 0.18 0.23 0.45 0.21 0.19
O4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.20 0.00 0.09 0.02 0.17 0.20 0.29 0.45 0.37 0.10 0.01 0.13 0.11 0.00 0.12 0.13 0.24 0.39 0.20
O5' 0.18 0.82 0.28 0.19 0.62 0.02 0.64 0.01 0.74 0.40 0.82 0.87 0.71 0.51 0.39 0.17 0.18 0.12 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.15 0.25 0.02 0.20 0.02 0.43 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.24 0.23 0.13 0.74 0.00 1.41 1.59 1.19
OP1 0.47 1.07 0.57 0.51 0.99 0.22 1.19 0.06 1.30 0.96 1.23 1.04 0.93 1.19 0.80 0.47 0.45 0.24 0.02 1.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 1.40 0.52 0.34 1.14 0.20 1.32 0.07 1.52 0.91 1.54 1.42 1.18 1.17 0.84 0.46 0.21 0.39 0.02 1.59 0.01 0.00 0.00
P 0.27 1.03 0.35 0.25 0.83 0.10 0.98 0.03 1.13 0.66 1.14 1.06 0.86 0.88 0.57 0.29 0.19 0.20 0.01 1.19 0.00 0.00 0.00