ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51429

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.018
P B 0, 0.130, 0.330, 0.531, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.330 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.120, 0.359, 0.598, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.359 std_dev=0.239
O3' A 0, 0.042, 0.330, 0.617, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.330 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.024, 0.359, 0.695, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.359 std_dev=0.336
C5' B 0, -0.017, 0.366, 0.748, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.366 std_dev=0.382
OP1 B 0, -0.020, 0.417, 0.853, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.417 std_dev=0.436
C3' A 0, -0.139, 0.348, 0.835, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.348 std_dev=0.487
C4' B 0, -0.084, 0.447, 0.978, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.447 std_dev=0.531
O4' A 0, -0.255, 0.341, 0.936, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.341 std_dev=0.596
C2' A 0, -0.281, 0.319, 0.919, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.319 std_dev=0.600
C4' A 0, -0.288, 0.395, 1.078, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.395 std_dev=0.683
O4' B 0, -0.366, 0.572, 1.510, 3.904 max_d=3.904 avg_d=0.572 std_dev=0.938
O2' A 0, -0.483, 0.547, 1.577, 4.241 max_d=4.241 avg_d=0.547 std_dev=1.030
C3' B 0, -0.450, 0.636, 1.722, 4.515 max_d=4.515 avg_d=0.636 std_dev=1.086
O3' B 0, -0.577, 0.678, 1.933, 5.171 max_d=5.171 avg_d=0.678 std_dev=1.255
O5' A 0, -0.651, 0.677, 2.005, 5.401 max_d=5.401 avg_d=0.677 std_dev=1.328
C5' A 0, -0.632, 0.696, 2.025, 5.460 max_d=5.460 avg_d=0.696 std_dev=1.329
C1' B 0, -0.662, 0.775, 2.211, 5.909 max_d=5.909 avg_d=0.775 std_dev=1.436
C2' B 0, -0.706, 0.830, 2.366, 6.323 max_d=6.323 avg_d=0.830 std_dev=1.536
O2' B 0, -0.761, 0.922, 2.606, 6.940 max_d=6.940 avg_d=0.922 std_dev=1.684
N9 B 0, -1.040, 0.919, 2.877, 7.945 max_d=7.945 avg_d=0.919 std_dev=1.959
P A 0, -1.101, 0.905, 2.912, 8.099 max_d=8.099 avg_d=0.905 std_dev=2.006
C8 B 0, -1.268, 0.941, 3.150, 8.871 max_d=8.871 avg_d=0.941 std_dev=2.209
C4 B 0, -1.288, 1.096, 3.480, 9.659 max_d=9.659 avg_d=1.096 std_dev=2.384
OP2 A 0, -1.331, 1.063, 3.457, 9.564 max_d=9.564 avg_d=1.063 std_dev=2.394
OP1 A 0, -1.351, 1.125, 3.602, 10.004 max_d=10.004 avg_d=1.125 std_dev=2.476
N3 B 0, -1.276, 1.203, 3.681, 10.102 max_d=10.102 avg_d=1.203 std_dev=2.479
N7 B 0, -1.598, 1.103, 3.804, 10.808 max_d=10.808 avg_d=1.103 std_dev=2.701
C5 B 0, -1.606, 1.183, 3.971, 11.203 max_d=11.203 avg_d=1.183 std_dev=2.788
C2 B 0, -1.592, 1.380, 4.351, 12.057 max_d=12.057 avg_d=1.380 std_dev=2.971
N2 B 0, -1.687, 1.535, 4.758, 13.113 max_d=13.113 avg_d=1.535 std_dev=3.222
C6 B 0, -1.917, 1.364, 4.646, 13.164 max_d=13.164 avg_d=1.364 std_dev=3.282
N1 B 0, -1.875, 1.446, 4.767, 13.386 max_d=13.386 avg_d=1.446 std_dev=3.321
O6 B 0, -2.225, 1.473, 5.171, 14.774 max_d=14.774 avg_d=1.473 std_dev=3.698

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.14 0.31 0.07
C2 0.03 0.00 0.35 0.31 0.01 0.19 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.09 0.04 0.41 0.01 1.01 0.37 0.50
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.05 0.13 0.21 0.26 0.42 0.34 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.25 0.09 0.22 0.13 0.19
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.02 0.12 0.14 0.23 0.39 0.29 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.08 0.16 0.23 0.22
C4 0.02 0.01 0.16 0.13 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.05 0.03 0.17 0.02 0.49 0.40 0.14
C4' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.08 0.15 0.24 0.18 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.10 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.14 0.02 0.39 0.53 0.09
C5' 0.03 0.52 0.05 0.02 0.25 0.00 0.16 0.00 0.26 0.13 0.42 0.65 0.47 0.09 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.21 0.08 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.03 0.18 0.01 0.59 0.50 0.14
C8 0.01 0.01 0.21 0.14 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.05 0.02 0.23 0.03 0.08 0.64 0.27
N1 0.02 0.00 0.26 0.23 0.01 0.15 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.03 0.31 0.01 0.87 0.38 0.35
N2 0.03 0.00 0.42 0.39 0.01 0.24 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.11 0.05 0.57 0.02 1.31 0.48 0.73
N3 0.03 0.00 0.34 0.29 0.00 0.18 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.09 0.04 0.37 0.02 0.83 0.34 0.41
N7 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.05 0.02 0.21 0.03 0.12 0.67 0.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.11 0.02 0.19 0.45 0.10
O2' 0.02 0.25 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.04 0.10 0.20 0.19 0.31 0.23 0.15 0.06 0.00 0.04 0.02 0.29 0.10 0.25 0.15 0.25
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.05 0.04 0.04 0.00 0.04 0.17 0.06 0.15 0.28 0.16
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.20 0.03 0.08 0.39 0.20
O5' 0.07 0.41 0.25 0.26 0.17 0.03 0.14 0.00 0.18 0.23 0.31 0.57 0.37 0.21 0.11 0.29 0.17 0.20 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.08 0.02 0.06 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.10 0.06 0.03 0.17 0.00 0.53 0.57 0.11
OP1 0.14 1.01 0.22 0.16 0.49 0.10 0.39 0.08 0.59 0.08 0.87 1.31 0.83 0.12 0.19 0.25 0.15 0.08 0.01 0.53 0.00 0.04 0.00
OP2 0.31 0.37 0.13 0.23 0.40 0.15 0.53 0.10 0.50 0.64 0.38 0.48 0.34 0.67 0.45 0.15 0.28 0.39 0.02 0.57 0.04 0.00 0.00
P 0.07 0.50 0.19 0.22 0.14 0.02 0.09 0.02 0.14 0.27 0.35 0.73 0.41 0.23 0.10 0.25 0.16 0.20 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.38 2.49 1.10 0.58 2.23 0.46 2.54 0.08 2.82 1.99 2.75 2.47 2.21 2.42 1.87 0.97 0.35 1.00 0.36 3.01 0.42 0.10 0.12
C2 1.02 1.84 0.73 0.34 1.56 0.40 1.53 0.07 1.68 1.07 1.84 1.92 1.71 1.24 1.26 0.54 0.13 0.89 0.36 1.63 0.43 0.11 0.11
C2' 1.94 2.82 1.66 1.13 2.67 0.97 2.96 0.52 3.14 2.57 3.05 2.78 2.61 2.95 2.40 1.56 0.93 1.51 0.75 3.28 0.09 0.26 0.24
C3' 1.73 2.55 1.42 0.94 2.42 0.80 2.73 0.35 2.92 2.41 2.80 2.49 2.33 2.76 2.19 1.31 0.76 1.33 0.65 3.11 0.09 0.22 0.21
C4 1.26 2.41 1.02 0.53 2.07 0.47 2.20 0.12 2.45 1.56 2.54 2.45 2.16 1.90 1.65 0.86 0.28 0.97 0.37 2.48 0.47 0.13 0.13
C4' 1.23 2.12 0.92 0.50 1.96 0.39 2.26 0.05 2.48 1.89 2.38 2.07 1.88 2.25 1.69 0.74 0.30 0.90 0.40 2.68 0.17 0.07 0.07
C5 1.19 2.56 1.05 0.57 2.04 0.50 2.10 0.21 2.43 1.32 2.65 2.67 2.25 1.64 1.54 0.90 0.32 0.92 0.38 2.41 0.50 0.15 0.15
C5' 1.31 2.04 1.02 0.69 1.92 0.60 2.16 0.26 2.33 1.88 2.25 2.00 1.85 2.16 1.71 0.81 0.55 1.05 0.67 2.48 0.29 0.35 0.37
C6 1.03 2.33 0.92 0.50 1.74 0.48 1.65 0.25 1.94 0.91 2.27 2.52 2.07 1.14 1.25 0.77 0.26 0.83 0.39 1.85 0.51 0.16 0.15
C8 1.33 2.78 1.18 0.65 2.28 0.51 2.52 0.18 2.96 1.69 3.04 2.86 2.41 2.15 1.77 1.07 0.40 0.96 0.37 3.13 0.50 0.15 0.16
N1 0.94 1.95 0.76 0.38 1.51 0.43 1.39 0.18 1.59 0.79 1.86 2.10 1.79 0.96 1.12 0.58 0.16 0.82 0.39 1.49 0.50 0.13 0.12
N2 0.82 1.42 0.49 0.17 1.21 0.30 1.15 0.11 1.26 0.82 1.40 1.49 1.34 0.93 0.99 0.30 0.14 0.78 0.31 1.22 0.34 0.10 0.10
N3 1.18 2.07 0.86 0.42 1.84 0.41 1.93 0.06 2.09 1.47 2.16 2.10 1.90 1.71 1.53 0.68 0.18 0.95 0.34 2.10 0.43 0.11 0.12
N7 1.25 2.79 1.15 0.64 2.17 0.52 2.31 0.23 2.76 1.43 2.97 2.93 2.40 1.82 1.62 1.03 0.39 0.92 0.37 2.83 0.51 0.17 0.17
N9 1.34 2.58 1.11 0.59 2.23 0.48 2.48 0.13 2.79 1.80 2.81 2.61 2.28 2.22 1.80 0.98 0.35 0.99 0.36 2.93 0.46 0.12 0.14
O2' 2.17 3.10 1.91 1.31 2.94 1.11 3.27 0.61 3.46 2.84 3.35 3.05 2.87 3.28 2.65 1.88 1.10 1.67 0.77 3.63 0.18 0.24 0.20
O3' 1.60 2.52 1.27 0.75 2.37 0.59 2.74 0.16 2.98 2.35 2.83 2.45 2.26 2.77 2.10 1.18 0.53 1.17 0.44 3.25 0.31 0.07 0.05
O4' 1.03 2.07 0.74 0.30 1.83 0.20 2.13 0.16 2.39 1.63 2.33 2.06 1.80 2.03 1.50 0.56 0.09 0.70 0.22 2.60 0.38 0.15 0.16
O5' 1.16 1.71 0.87 0.59 1.67 0.48 1.91 0.14 2.02 1.74 1.91 1.64 1.57 1.96 1.53 0.67 0.50 0.89 0.53 2.16 0.22 0.28 0.27
O6 0.91 2.31 0.89 0.50 1.56 0.48 1.41 0.32 1.74 0.63 2.18 2.61 2.01 0.82 1.05 0.76 0.28 0.74 0.38 1.60 0.50 0.19 0.17
OP1 1.43 1.84 1.19 1.06 1.80 1.00 1.94 0.71 2.02 1.82 1.97 1.79 1.74 1.95 1.69 0.91 1.02 1.28 1.18 2.10 1.11 0.97 1.01
OP2 0.57 0.91 0.44 0.41 0.90 0.41 1.07 0.58 1.16 0.97 1.07 0.86 0.81 1.13 0.81 0.36 0.42 0.44 0.39 1.29 0.41 0.42 0.42
P 0.99 1.40 0.75 0.57 1.39 0.48 1.57 0.19 1.65 1.47 1.56 1.33 1.29 1.63 1.29 0.52 0.56 0.78 0.57 1.77 0.46 0.34 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.07 0.02 0.05 0.12 0.08
C2 0.03 0.00 0.15 0.19 0.01 0.33 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.13 0.25 0.50 0.01 0.50 0.39 0.52
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.10 0.08 0.06 0.13 0.17 0.14 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.06 0.01 0.16 0.03 0.11 0.33 0.09 0.29 0.20 0.31 0.15 0.02 0.01 0.01 0.21 0.16 0.20 0.05 0.15
C4 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.06 0.13 0.10 0.01 0.11 0.19 0.07
C4' 0.01 0.33 0.04 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.28 0.22 0.43 0.32 0.22 0.07 0.21 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.05 0.20 0.01 0.21 0.59 0.31
C5' 0.06 0.68 0.10 0.03 0.27 0.00 0.11 0.00 0.22 0.40 0.48 0.89 0.64 0.32 0.07 0.09 0.11 0.02 0.01 0.14 0.13 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.11 0.10 0.11 0.00 0.13 0.47 0.18
C8 0.01 0.01 0.06 0.33 0.01 0.28 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.18 0.15 0.64 0.02 0.57 1.01 0.76
N1 0.03 0.00 0.13 0.09 0.01 0.22 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.09 0.19 0.29 0.01 0.28 0.10 0.26
N2 0.04 0.01 0.17 0.29 0.01 0.43 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.19 0.30 0.73 0.02 0.76 0.76 0.82
N3 0.03 0.00 0.14 0.20 0.00 0.32 0.00 0.64 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.25 0.46 0.01 0.46 0.36 0.46
N7 0.01 0.01 0.04 0.31 0.00 0.22 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.20 0.09 0.57 0.02 0.58 1.09 0.75
N9 0.00 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.21 0.02 0.16 0.42 0.26
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.14 0.21 0.20 0.09 0.22 0.18 0.19 0.12 0.10 0.22 0.11 0.00 0.04 0.16 0.19 0.25 0.21 0.06 0.16
O3' 0.12 0.13 0.02 0.01 0.06 0.02 0.12 0.11 0.11 0.18 0.09 0.19 0.15 0.20 0.06 0.04 0.00 0.07 0.26 0.15 0.30 0.04 0.22
O4' 0.00 0.25 0.02 0.01 0.13 0.00 0.05 0.02 0.10 0.15 0.19 0.30 0.25 0.09 0.02 0.16 0.07 0.00 0.07 0.07 0.12 0.10 0.07
O5' 0.07 0.50 0.09 0.21 0.10 0.02 0.20 0.01 0.11 0.64 0.29 0.73 0.46 0.57 0.21 0.19 0.26 0.07 0.00 0.20 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.15 0.07 0.20 0.00 0.26 0.70 0.34
OP1 0.05 0.50 0.11 0.20 0.11 0.06 0.21 0.13 0.13 0.57 0.28 0.76 0.46 0.58 0.16 0.21 0.30 0.12 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.39 0.07 0.05 0.19 0.19 0.59 0.27 0.47 1.01 0.10 0.76 0.36 1.09 0.42 0.06 0.04 0.10 0.01 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.52 0.07 0.15 0.07 0.05 0.31 0.02 0.18 0.76 0.26 0.82 0.46 0.75 0.26 0.16 0.22 0.07 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00