ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51430

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.003, 0.031, 0.060, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.003, 0.032, 0.066, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.001, 0.036, 0.071, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.036 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.003, 0.072, 0.142, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.072 std_dev=0.070
P B 0, 0.233, 0.413, 0.592, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.413 std_dev=0.179
OP2 B 0, 0.178, 0.542, 0.906, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.542 std_dev=0.364
O5' B 0, 0.493, 1.102, 1.712, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.102 std_dev=0.610
O4' A 0, -0.303, 0.308, 0.919, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.308 std_dev=0.611
C2' A 0, -0.295, 0.349, 0.993, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.349 std_dev=0.644
OP1 B 0, 0.543, 1.253, 1.963, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.253 std_dev=0.710
C5' B 0, 0.608, 1.365, 2.121, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.365 std_dev=0.756
C4' A 0, -0.354, 0.432, 1.218, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.432 std_dev=0.786
O4' B 0, 0.759, 1.555, 2.351, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.555 std_dev=0.796
C3' A 0, -0.347, 0.512, 1.371, 3.451 max_d=3.451 avg_d=0.512 std_dev=0.859
O3' A 0, -0.215, 0.719, 1.653, 3.866 max_d=3.866 avg_d=0.719 std_dev=0.934
O2' A 0, -0.450, 0.527, 1.505, 3.879 max_d=3.879 avg_d=0.527 std_dev=0.978
C1' B 0, 1.165, 2.447, 3.729, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.447 std_dev=1.282
C4' B 0, 1.059, 2.377, 3.695, 3.695 max_d=3.695 avg_d=2.377 std_dev=1.318
N3 B 0, 0.745, 2.074, 3.403, 6.209 max_d=6.209 avg_d=2.074 std_dev=1.329
N9 B 0, 0.858, 2.390, 3.921, 6.438 max_d=6.438 avg_d=2.390 std_dev=1.531
N2 B 0, 0.613, 2.150, 3.687, 6.790 max_d=6.790 avg_d=2.150 std_dev=1.537
C5' A 0, -0.743, 0.800, 2.342, 6.089 max_d=6.089 avg_d=0.800 std_dev=1.543
C2 B 0, 0.577, 2.219, 3.861, 7.551 max_d=7.551 avg_d=2.219 std_dev=1.642
C4 B 0, 0.801, 2.457, 4.112, 7.312 max_d=7.312 avg_d=2.457 std_dev=1.655
O5' A 0, -0.779, 0.974, 2.726, 6.933 max_d=6.933 avg_d=0.974 std_dev=1.753
C8 B 0, 1.387, 3.506, 5.626, 8.179 max_d=8.179 avg_d=3.506 std_dev=2.119
N1 B 0, 1.319, 3.507, 5.695, 9.802 max_d=9.802 avg_d=3.507 std_dev=2.188
C3' B 0, 1.556, 3.791, 6.025, 5.687 max_d=5.687 avg_d=3.791 std_dev=2.235
C2' B 0, 1.696, 4.063, 6.430, 5.930 max_d=5.930 avg_d=4.063 std_dev=2.367
C5 B 0, 1.444, 3.850, 6.255, 9.558 max_d=9.558 avg_d=3.850 std_dev=2.405
P A 0, -1.158, 1.343, 3.844, 9.918 max_d=9.918 avg_d=1.343 std_dev=2.501
OP2 A 0, -1.065, 1.502, 4.069, 10.330 max_d=10.330 avg_d=1.502 std_dev=2.567
C6 B 0, 1.840, 4.607, 7.373, 10.990 max_d=10.990 avg_d=4.607 std_dev=2.766
N7 B 0, 1.835, 4.604, 7.374, 10.080 max_d=10.080 avg_d=4.604 std_dev=2.770
OP1 A 0, -1.270, 1.606, 4.483, 11.411 max_d=11.411 avg_d=1.606 std_dev=2.877
O3' B 0, 2.009, 5.150, 8.290, 7.547 max_d=7.547 avg_d=5.150 std_dev=3.140
O2' B 0, 2.016, 5.327, 8.638, 8.147 max_d=8.147 avg_d=5.327 std_dev=3.311
O6 B 0, 2.508, 6.137, 9.767, 13.079 max_d=13.079 avg_d=6.137 std_dev=3.629

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.07 0.13 0.09 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.09 0.04 0.08 0.15 0.09
C2 0.09 0.00 0.13 0.13 0.03 0.32 0.02 0.69 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.16 0.26 0.65 0.03 1.15 0.37 0.70
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.15 0.09 0.07 0.11 0.17 0.12 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.10 0.18 0.05
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.12 0.00 0.23 0.02 0.20 0.34 0.14 0.21 0.13 0.34 0.16 0.02 0.01 0.02 0.21 0.26 0.27 0.28 0.16
C4 0.04 0.03 0.07 0.12 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.14 0.19 0.02 0.41 0.23 0.15
C4' 0.01 0.32 0.02 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.07 0.31 0.20 0.43 0.31 0.24 0.08 0.18 0.02 0.01 0.02 0.07 0.12 0.17 0.04
C5 0.03 0.02 0.07 0.23 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.12 0.06 0.21 0.02 0.19 0.60 0.30
C5' 0.05 0.69 0.15 0.02 0.27 0.01 0.09 0.00 0.20 0.46 0.48 0.92 0.65 0.36 0.08 0.06 0.14 0.02 0.02 0.12 0.16 0.13 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.16 0.15 0.11 0.17 0.01 0.42 0.48 0.18
C8 0.02 0.04 0.07 0.34 0.01 0.31 0.01 0.46 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.21 0.09 0.18 0.70 0.03 0.60 1.01 0.84
N1 0.07 0.01 0.11 0.14 0.02 0.20 0.02 0.48 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.15 0.20 0.41 0.02 0.88 0.19 0.42
N2 0.13 0.01 0.17 0.21 0.04 0.43 0.03 0.92 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.21 0.21 0.32 0.91 0.04 1.58 0.69 1.06
N3 0.09 0.01 0.12 0.13 0.01 0.31 0.01 0.65 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.12 0.14 0.26 0.59 0.03 0.95 0.33 0.61
N7 0.02 0.03 0.07 0.34 0.01 0.24 0.01 0.36 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.23 0.13 0.11 0.61 0.03 0.50 1.09 0.80
N9 0.01 0.05 0.03 0.16 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.23 0.03 0.13 0.44 0.28
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.10 0.18 0.17 0.06 0.16 0.21 0.12 0.21 0.12 0.23 0.13 0.00 0.06 0.14 0.12 0.19 0.12 0.22 0.10
O3' 0.22 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.14 0.15 0.09 0.15 0.21 0.14 0.13 0.08 0.06 0.00 0.15 0.25 0.18 0.46 0.33 0.22
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.18 0.20 0.32 0.26 0.11 0.02 0.14 0.15 0.00 0.11 0.08 0.10 0.09 0.04
O5' 0.09 0.65 0.08 0.21 0.19 0.02 0.21 0.02 0.17 0.70 0.41 0.91 0.59 0.61 0.23 0.12 0.25 0.11 0.00 0.21 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.26 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.19 0.18 0.08 0.21 0.00 0.30 0.69 0.31
OP1 0.08 1.15 0.10 0.27 0.41 0.12 0.19 0.16 0.42 0.60 0.88 1.58 0.95 0.50 0.13 0.12 0.46 0.10 0.02 0.30 0.00 0.03 0.01
OP2 0.15 0.37 0.18 0.28 0.23 0.17 0.60 0.13 0.48 1.01 0.19 0.69 0.33 1.09 0.44 0.22 0.33 0.09 0.03 0.69 0.03 0.00 0.02
P 0.09 0.70 0.05 0.16 0.15 0.04 0.30 0.02 0.18 0.84 0.42 1.06 0.61 0.80 0.28 0.10 0.22 0.04 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 0.87 0.90 1.01 0.80 0.89 0.82 0.83 0.85 0.78 0.86 0.93 0.85 0.84 0.75 0.72 1.09 0.74 0.61 0.89 0.13 0.20 0.11
C2 0.52 0.65 0.68 0.76 0.59 0.60 0.60 0.64 0.64 0.54 0.65 0.67 0.61 0.57 0.55 0.47 0.86 0.47 0.49 0.65 0.09 0.17 0.10
C2' 0.88 1.03 1.08 1.18 0.94 1.05 0.97 0.95 1.00 0.95 1.00 1.11 1.00 1.03 0.89 0.90 1.27 0.88 0.61 1.06 0.19 0.20 0.11
C3' 0.85 0.97 1.02 1.16 0.89 1.08 0.98 0.92 1.03 0.97 0.97 1.07 0.95 1.11 0.84 0.85 1.29 0.88 0.60 1.16 0.22 0.20 0.11
C4 0.74 0.80 0.91 0.98 0.73 0.87 0.71 0.78 0.74 0.66 0.77 0.84 0.78 0.68 0.70 0.75 1.07 0.69 0.62 0.74 0.15 0.22 0.11
C4' 0.39 0.46 0.49 0.64 0.38 0.69 0.53 0.54 0.58 0.55 0.47 0.56 0.44 0.71 0.34 0.41 0.79 0.52 0.45 0.75 0.39 0.43 0.32
C5 0.87 0.82 1.13 1.17 0.76 0.99 0.71 0.80 0.73 0.68 0.78 0.87 0.82 0.66 0.75 1.07 1.31 0.75 0.69 0.73 0.29 0.27 0.11
C5' 0.52 0.32 0.37 0.48 0.23 0.79 0.39 0.56 0.45 0.43 0.27 0.47 0.38 0.61 0.25 0.67 0.77 0.68 0.71 0.69 0.81 0.81 0.76
C6 0.87 0.77 1.20 1.21 0.72 0.94 0.66 0.74 0.67 0.68 0.72 0.81 0.77 0.63 0.74 1.16 1.31 0.68 0.68 0.65 0.37 0.30 0.11
C8 0.93 0.90 1.13 1.20 0.82 1.07 0.79 0.85 0.83 0.74 0.86 0.97 0.90 0.77 0.80 1.09 1.38 0.83 0.70 0.87 0.25 0.26 0.12
N1 0.66 0.68 0.91 0.91 0.64 0.71 0.63 0.65 0.64 0.63 0.66 0.70 0.66 0.61 0.64 0.76 0.93 0.53 0.58 0.63 0.24 0.24 0.11
N2 0.39 0.56 0.60 0.78 0.50 0.47 0.55 0.56 0.61 0.46 0.60 0.58 0.51 0.55 0.43 0.55 1.05 0.33 0.36 0.67 0.25 0.12 0.14
N3 0.58 0.71 0.74 0.85 0.65 0.69 0.65 0.70 0.68 0.58 0.71 0.75 0.68 0.62 0.60 0.55 0.95 0.55 0.52 0.69 0.09 0.17 0.10
N7 0.98 0.89 1.27 1.32 0.82 1.11 0.76 0.85 0.79 0.72 0.84 0.95 0.90 0.71 0.81 1.29 1.53 0.84 0.73 0.81 0.34 0.29 0.12
N9 0.80 0.86 0.95 1.04 0.78 0.95 0.77 0.82 0.81 0.72 0.83 0.91 0.84 0.76 0.74 0.81 1.15 0.76 0.64 0.83 0.16 0.22 0.11
O2' 0.97 1.15 1.25 1.32 1.04 1.06 1.04 0.98 1.07 1.03 1.10 1.25 1.12 1.08 0.99 1.13 1.42 0.93 0.60 1.09 0.24 0.22 0.14
O3' 1.08 1.26 1.24 1.34 1.17 1.23 1.29 1.05 1.34 1.28 1.27 1.37 1.23 1.44 1.12 1.05 1.42 1.08 0.68 1.49 0.26 0.19 0.18
O4' 0.38 0.46 0.47 0.59 0.38 0.61 0.46 0.51 0.50 0.44 0.46 0.53 0.44 0.55 0.34 0.38 0.75 0.46 0.46 0.60 0.33 0.40 0.27
O5' 0.78 0.53 0.74 0.81 0.40 1.03 0.34 0.74 0.41 0.29 0.39 0.69 0.61 0.45 0.41 1.05 1.15 0.87 0.81 0.60 0.82 0.77 0.75
O6 0.99 0.77 1.46 1.44 0.75 1.01 0.66 0.72 0.65 0.75 0.72 0.82 0.79 0.64 0.81 1.53 1.59 0.70 0.70 0.62 0.51 0.36 0.12
OP1 1.57 1.33 1.45 1.37 1.25 1.69 1.16 1.39 1.17 1.14 1.20 1.44 1.41 1.17 1.27 1.89 1.68 1.64 1.54 1.26 1.59 1.48 1.54
OP2 0.97 0.50 1.15 1.23 0.38 1.22 0.21 0.83 0.33 0.22 0.26 0.68 0.64 0.39 0.47 1.56 1.68 0.93 0.81 0.62 0.64 0.50 0.51
P 1.08 0.78 1.06 1.07 0.67 1.26 0.56 0.92 0.60 0.52 0.62 0.92 0.87 0.60 0.70 1.48 1.45 1.12 1.00 0.75 0.99 0.88 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.11 0.06 0.04 0.09 0.14 0.12 0.03 0.01 0.02 0.30 0.00 0.30 0.05 0.23 0.57 0.45
C2 0.11 0.00 0.32 0.29 0.01 0.12 0.03 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.32 0.50 0.20 0.29 0.02 0.43 0.68 0.57
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.22 0.14 0.18 0.24 0.38 0.32 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.67 0.11 0.51 0.97 0.72
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.25 0.18 0.28 0.32 0.27 0.20 0.13 0.03 0.02 0.01 0.44 0.25 0.27 0.61 0.41
C4 0.06 0.01 0.16 0.21 0.00 0.06 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.33 0.10 0.38 0.03 0.43 0.91 0.73
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.14 0.09 0.18 0.13 0.14 0.05 0.23 0.04 0.01 0.02 0.10 0.11 0.12 0.08
C5 0.03 0.03 0.09 0.21 0.01 0.08 0.00 0.32 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.25 0.05 0.57 0.02 0.62 1.31 1.02
C5' 0.11 0.22 0.22 0.02 0.22 0.01 0.32 0.00 0.33 0.39 0.26 0.23 0.18 0.42 0.23 0.08 0.24 0.02 0.02 0.38 0.11 0.12 0.02
C6 0.06 0.02 0.14 0.25 0.02 0.08 0.01 0.33 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.24 0.32 0.08 0.51 0.01 0.64 1.27 1.00
C8 0.04 0.01 0.18 0.18 0.01 0.14 0.02 0.39 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.11 0.11 0.83 0.05 0.72 1.59 1.22
N1 0.09 0.01 0.24 0.28 0.02 0.09 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.26 0.43 0.15 0.36 0.02 0.53 0.94 0.77
N2 0.14 0.01 0.38 0.32 0.01 0.18 0.03 0.23 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.41 0.58 0.24 0.35 0.04 0.47 0.60 0.50
N3 0.12 0.01 0.32 0.27 0.00 0.13 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.32 0.48 0.19 0.26 0.02 0.36 0.61 0.51
N7 0.03 0.03 0.12 0.20 0.02 0.14 0.01 0.42 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.33 0.13 0.06 0.82 0.05 0.81 1.74 1.32
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.23 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.15 0.20 0.02 0.49 0.04 0.43 1.00 0.79
O2' 0.02 0.32 0.01 0.03 0.18 0.23 0.23 0.08 0.24 0.33 0.26 0.41 0.32 0.33 0.15 0.00 0.10 0.14 0.46 0.28 0.39 0.79 0.49
O3' 0.30 0.50 0.07 0.02 0.33 0.04 0.25 0.24 0.32 0.11 0.43 0.58 0.48 0.13 0.20 0.10 0.00 0.21 0.34 0.30 0.30 0.44 0.32
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.15 0.24 0.19 0.06 0.02 0.14 0.21 0.00 0.18 0.06 0.20 0.29 0.26
O5' 0.30 0.29 0.67 0.44 0.38 0.02 0.57 0.02 0.51 0.83 0.36 0.35 0.26 0.82 0.49 0.46 0.34 0.18 0.00 0.61 0.02 0.01 0.01
O6 0.05 0.02 0.11 0.25 0.03 0.10 0.02 0.38 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.28 0.30 0.06 0.61 0.00 0.76 1.50 1.16
OP1 0.23 0.43 0.51 0.27 0.43 0.11 0.62 0.11 0.64 0.72 0.53 0.47 0.36 0.81 0.43 0.39 0.30 0.20 0.02 0.76 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.68 0.97 0.61 0.91 0.12 1.31 0.12 1.27 1.59 0.94 0.60 0.61 1.74 1.00 0.79 0.44 0.29 0.01 1.50 0.02 0.00 0.01
P 0.45 0.57 0.72 0.41 0.73 0.08 1.02 0.02 1.00 1.22 0.77 0.50 0.51 1.32 0.79 0.49 0.32 0.26 0.01 1.16 0.01 0.01 0.00