ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.029
P B 0, 0.139, 0.444, 0.748, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.444 std_dev=0.305
OP1 B 0, 0.163, 0.532, 0.902, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.532 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.157, 0.575, 0.993, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.575 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.061, 0.647, 1.233, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.647 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.022, 0.632, 1.242, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.632 std_dev=0.610
C4' B 0, 0.086, 0.770, 1.454, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.770 std_dev=0.684
C3' B 0, -0.025, 0.776, 1.577, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.776 std_dev=0.801
O4' A 0, -0.271, 0.654, 1.578, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.654 std_dev=0.925
O3' B 0, 0.094, 1.047, 2.000, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.047 std_dev=0.953
C2' A 0, -0.255, 0.703, 1.661, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.703 std_dev=0.958
C4' A 0, -0.256, 0.921, 2.099, 3.360 max_d=3.360 avg_d=0.921 std_dev=1.178
O4' B 0, -0.057, 1.134, 2.325, 3.363 max_d=3.363 avg_d=1.134 std_dev=1.191
C3' A 0, -0.270, 0.925, 2.121, 3.369 max_d=3.369 avg_d=0.925 std_dev=1.196
C2' B 0, 0.052, 1.251, 2.451, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.251 std_dev=1.200
O3' A 0, -0.202, 1.030, 2.262, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.030 std_dev=1.232
O2' B 0, 0.174, 1.480, 2.786, 3.688 max_d=3.688 avg_d=1.480 std_dev=1.306
O2' A 0, -0.334, 1.064, 2.463, 4.127 max_d=4.127 avg_d=1.064 std_dev=1.398
C1' B 0, -0.036, 1.372, 2.781, 3.674 max_d=3.674 avg_d=1.372 std_dev=1.409
N9 B 0, -0.248, 1.630, 3.509, 5.065 max_d=5.065 avg_d=1.630 std_dev=1.878
C8 B 0, -0.326, 1.577, 3.480, 5.386 max_d=5.386 avg_d=1.577 std_dev=1.903
O5' A 0, -0.442, 1.650, 3.741, 6.526 max_d=6.526 avg_d=1.650 std_dev=2.092
C5' A 0, -0.575, 1.524, 3.623, 6.205 max_d=6.205 avg_d=1.524 std_dev=2.099
N7 B 0, -0.454, 1.941, 4.337, 6.825 max_d=6.825 avg_d=1.941 std_dev=2.395
C4 B 0, -0.371, 2.029, 4.429, 6.390 max_d=6.390 avg_d=2.029 std_dev=2.400
N3 B 0, -0.360, 2.229, 4.819, 6.576 max_d=6.576 avg_d=2.229 std_dev=2.590
C5 B 0, -0.497, 2.209, 4.914, 7.486 max_d=7.486 avg_d=2.209 std_dev=2.706
C2 B 0, -0.503, 2.619, 5.741, 8.049 max_d=8.049 avg_d=2.619 std_dev=3.122
P A 0, -1.220, 1.990, 5.199, 9.485 max_d=9.485 avg_d=1.990 std_dev=3.210
C6 B 0, -0.631, 2.643, 5.917, 9.055 max_d=9.055 avg_d=2.643 std_dev=3.274
N2 B 0, -0.525, 2.866, 6.257, 8.441 max_d=8.441 avg_d=2.866 std_dev=3.391
N1 B 0, -0.643, 2.814, 6.272, 9.256 max_d=9.256 avg_d=2.814 std_dev=3.458
OP1 A 0, -1.136, 2.432, 6.000, 10.551 max_d=10.551 avg_d=2.432 std_dev=3.568
O6 B 0, -0.751, 2.862, 6.475, 10.183 max_d=10.183 avg_d=2.862 std_dev=3.613
OP2 A 0, -0.960, 2.665, 6.290, 10.559 max_d=10.559 avg_d=2.665 std_dev=3.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.32 0.03 0.51 0.26 0.34
C2 0.05 0.00 0.50 0.79 0.02 0.49 0.02 0.71 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.45 0.25 0.28 0.03 0.72 0.15 0.29
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.24 0.02 0.10 0.23 0.19 0.27 0.37 0.60 0.49 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.60 0.13 0.76 0.53 0.67
C3' 0.03 0.79 0.01 0.00 0.43 0.01 0.36 0.02 0.47 0.36 0.66 0.95 0.74 0.33 0.19 0.02 0.01 0.02 0.24 0.43 0.16 0.30 0.20
C4 0.02 0.02 0.24 0.43 0.00 0.22 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.13 0.13 0.25 0.02 0.68 0.33 0.31
C4' 0.01 0.49 0.02 0.01 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.29 0.37 0.62 0.46 0.21 0.07 0.31 0.03 0.01 0.03 0.14 0.23 0.20 0.04
C5 0.01 0.02 0.10 0.36 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.09 0.06 0.48 0.02 1.01 0.66 0.63
C5' 0.09 0.71 0.23 0.02 0.24 0.01 0.06 0.00 0.21 0.51 0.52 0.96 0.64 0.38 0.11 0.10 0.26 0.02 0.01 0.12 0.40 0.37 0.02
C6 0.02 0.02 0.19 0.47 0.01 0.19 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.14 0.12 0.34 0.01 0.92 0.58 0.48
C8 0.02 0.03 0.27 0.36 0.02 0.29 0.01 0.51 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.38 0.36 0.16 0.94 0.04 1.46 1.01 1.13
N1 0.03 0.01 0.37 0.66 0.02 0.37 0.02 0.52 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.31 0.20 0.15 0.03 0.72 0.26 0.15
N2 0.06 0.01 0.60 0.95 0.02 0.62 0.02 0.96 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.23 0.65 0.31 0.51 0.04 0.97 0.37 0.60
N3 0.06 0.01 0.49 0.74 0.01 0.46 0.01 0.64 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.40 0.25 0.25 0.02 0.61 0.12 0.25
N7 0.02 0.03 0.16 0.33 0.02 0.21 0.01 0.38 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.39 0.30 0.09 0.87 0.04 1.51 1.07 1.11
N9 0.01 0.03 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.20 0.18 0.01 0.49 0.03 0.84 0.50 0.58
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.14 0.31 0.27 0.10 0.24 0.38 0.14 0.23 0.15 0.39 0.20 0.00 0.08 0.20 0.32 0.30 0.59 0.25 0.43
O3' 0.36 0.45 0.04 0.01 0.13 0.03 0.09 0.26 0.14 0.36 0.31 0.65 0.40 0.30 0.18 0.08 0.00 0.24 0.22 0.14 0.52 0.27 0.28
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.02 0.12 0.16 0.20 0.31 0.25 0.09 0.01 0.20 0.24 0.00 0.09 0.09 0.15 0.18 0.09
O5' 0.32 0.28 0.60 0.24 0.25 0.03 0.48 0.01 0.34 0.94 0.15 0.51 0.25 0.87 0.49 0.32 0.22 0.09 0.00 0.46 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.13 0.43 0.02 0.14 0.02 0.12 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.30 0.14 0.09 0.46 0.00 1.11 0.76 0.65
OP1 0.51 0.72 0.76 0.16 0.68 0.23 1.01 0.40 0.92 1.46 0.72 0.97 0.61 1.51 0.84 0.59 0.52 0.15 0.03 1.11 0.00 0.03 0.02
OP2 0.26 0.15 0.53 0.30 0.33 0.20 0.66 0.37 0.58 1.01 0.26 0.37 0.12 1.07 0.50 0.25 0.27 0.18 0.02 0.76 0.03 0.00 0.01
P 0.34 0.29 0.67 0.20 0.31 0.04 0.63 0.02 0.48 1.13 0.15 0.60 0.25 1.11 0.58 0.43 0.28 0.09 0.01 0.65 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.17 0.47 0.42 0.14 0.56 0.10 0.59 0.11 0.16 0.11 0.23 0.20 0.16 0.17 0.50 0.77 0.59 0.21 0.17 0.15 0.36 0.16
C2 0.17 0.12 0.32 0.25 0.15 0.42 0.20 0.49 0.20 0.24 0.15 0.11 0.12 0.26 0.17 0.27 0.60 0.47 0.24 0.23 0.18 0.30 0.21
C2' 0.25 0.41 0.73 0.56 0.36 0.39 0.45 0.37 0.52 0.34 0.49 0.41 0.36 0.44 0.30 0.63 0.69 0.34 0.27 0.59 0.46 0.88 0.41
C3' 0.58 0.72 1.02 0.81 0.68 0.50 0.75 0.38 0.81 0.67 0.78 0.72 0.69 0.75 0.63 0.94 0.80 0.35 0.58 0.88 0.74 1.17 0.74
C4 0.26 0.15 0.40 0.35 0.16 0.53 0.14 0.59 0.12 0.21 0.10 0.18 0.18 0.20 0.19 0.40 0.67 0.58 0.22 0.15 0.15 0.33 0.16
C4' 0.25 0.35 0.62 0.45 0.29 0.33 0.34 0.22 0.40 0.28 0.37 0.38 0.33 0.37 0.24 0.59 0.67 0.27 0.20 0.47 0.40 0.78 0.43
C5 0.32 0.20 0.38 0.35 0.22 0.58 0.19 0.63 0.16 0.26 0.16 0.23 0.23 0.23 0.25 0.39 0.61 0.65 0.23 0.17 0.15 0.31 0.13
C5' 0.27 0.39 0.60 0.44 0.36 0.25 0.45 0.08 0.49 0.41 0.43 0.41 0.36 0.51 0.31 0.54 0.61 0.17 0.39 0.59 0.65 1.00 0.68
C6 0.31 0.20 0.31 0.28 0.24 0.55 0.23 0.63 0.20 0.30 0.18 0.21 0.22 0.28 0.27 0.30 0.51 0.64 0.24 0.21 0.17 0.27 0.12
C8 0.36 0.25 0.46 0.43 0.23 0.61 0.17 0.65 0.15 0.24 0.18 0.29 0.28 0.19 0.26 0.50 0.69 0.68 0.22 0.16 0.14 0.36 0.13
N1 0.22 0.16 0.28 0.23 0.19 0.46 0.22 0.55 0.21 0.27 0.17 0.15 0.16 0.28 0.22 0.23 0.52 0.53 0.24 0.23 0.19 0.25 0.15
N2 0.15 0.16 0.33 0.22 0.19 0.33 0.25 0.39 0.26 0.27 0.22 0.14 0.15 0.31 0.19 0.25 0.58 0.38 0.26 0.31 0.23 0.30 0.26
N3 0.18 0.09 0.36 0.30 0.13 0.46 0.16 0.52 0.16 0.21 0.11 0.11 0.11 0.23 0.15 0.34 0.66 0.50 0.23 0.20 0.17 0.34 0.21
N7 0.38 0.26 0.42 0.40 0.27 0.63 0.22 0.66 0.19 0.28 0.21 0.30 0.29 0.24 0.30 0.47 0.62 0.71 0.23 0.18 0.15 0.33 0.12
N9 0.30 0.19 0.45 0.41 0.17 0.57 0.13 0.61 0.11 0.20 0.12 0.24 0.22 0.17 0.20 0.47 0.72 0.62 0.22 0.14 0.14 0.35 0.15
O2' 0.32 0.27 0.33 0.21 0.29 0.59 0.35 0.66 0.39 0.35 0.35 0.24 0.25 0.39 0.30 0.27 0.60 0.74 0.24 0.45 0.18 0.51 0.15
O3' 0.26 0.47 0.72 0.43 0.44 0.23 0.58 0.15 0.66 0.49 0.59 0.44 0.40 0.63 0.37 0.65 0.51 0.18 0.31 0.78 0.47 0.98 0.54
O4' 0.22 0.17 0.42 0.34 0.09 0.45 0.09 0.45 0.12 0.14 0.09 0.25 0.19 0.19 0.11 0.47 0.72 0.47 0.20 0.20 0.30 0.53 0.34
O5' 0.58 0.48 0.47 0.51 0.41 0.72 0.26 0.59 0.23 0.27 0.34 0.58 0.53 0.20 0.41 0.78 0.98 0.75 0.23 0.17 0.29 0.51 0.27
O6 0.38 0.27 0.28 0.27 0.31 0.59 0.31 0.67 0.28 0.38 0.26 0.26 0.29 0.35 0.35 0.29 0.40 0.70 0.26 0.29 0.19 0.25 0.12
OP1 0.86 0.75 0.59 0.65 0.75 0.93 0.72 0.87 0.70 0.77 0.70 0.80 0.78 0.77 0.78 0.96 1.03 1.03 0.79 0.71 0.94 1.06 0.92
OP2 1.12 1.10 1.00 0.97 0.97 1.16 0.79 0.92 0.78 0.73 0.94 1.23 1.14 0.64 0.94 1.40 1.41 1.20 0.53 0.66 0.19 0.21 0.19
P 0.73 0.65 0.58 0.61 0.54 0.83 0.35 0.63 0.32 0.33 0.47 0.78 0.69 0.24 0.53 1.00 1.13 0.86 0.25 0.21 0.33 0.52 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.27 0.01 0.18 0.04 0.17 0.25 0.17
C2 0.05 0.00 0.14 0.14 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.27 0.10 0.09 0.03 0.12 0.17 0.10
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.17 0.04 0.10 0.09 0.18 0.15 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.38 0.03 0.38 0.49 0.41
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.26 0.31 0.20 0.11 0.11 0.34 0.19 0.03 0.01 0.02 0.08 0.31 0.08 0.12 0.05
C4 0.03 0.01 0.06 0.18 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.13 0.06 0.09 0.02 0.10 0.16 0.09
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.09 0.16 0.04 0.06 0.05 0.16 0.07 0.28 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.02
C5 0.03 0.02 0.03 0.27 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.35 0.06 0.04 0.10 0.02 0.11 0.15 0.10
C5' 0.07 0.05 0.17 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.04 0.07 0.07 0.13 0.02 0.11 0.17 0.02 0.01 0.12 0.11 0.03 0.02
C6 0.04 0.02 0.04 0.26 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.39 0.05 0.05 0.12 0.01 0.14 0.17 0.12
C8 0.03 0.01 0.10 0.31 0.01 0.16 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.18 0.09 0.10 0.05 0.08 0.15 0.07
N1 0.04 0.01 0.09 0.20 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.34 0.14 0.07 0.09 0.02 0.12 0.16 0.10
N2 0.05 0.01 0.18 0.11 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.22 0.37 0.12 0.11 0.05 0.13 0.17 0.11
N3 0.05 0.01 0.15 0.11 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.31 0.11 0.11 0.03 0.13 0.18 0.12
N7 0.04 0.02 0.08 0.34 0.02 0.16 0.01 0.13 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.34 0.20 0.07 0.14 0.05 0.13 0.16 0.11
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.21 0.08 0.02 0.11 0.04 0.11 0.19 0.11
O2' 0.01 0.27 0.00 0.03 0.27 0.28 0.35 0.11 0.39 0.27 0.34 0.22 0.22 0.34 0.21 0.00 0.03 0.18 0.25 0.42 0.26 0.53 0.32
O3' 0.27 0.27 0.03 0.01 0.13 0.02 0.06 0.17 0.05 0.18 0.14 0.37 0.31 0.20 0.08 0.03 0.00 0.19 0.26 0.10 0.38 0.41 0.34
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.07 0.12 0.11 0.07 0.02 0.18 0.19 0.00 0.10 0.06 0.10 0.12 0.07
O5' 0.18 0.09 0.38 0.08 0.09 0.01 0.10 0.01 0.12 0.10 0.09 0.11 0.11 0.14 0.11 0.25 0.26 0.10 0.00 0.18 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.03 0.31 0.02 0.12 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.42 0.10 0.06 0.18 0.00 0.20 0.22 0.18
OP1 0.17 0.12 0.38 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.08 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.26 0.38 0.10 0.02 0.20 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.17 0.49 0.12 0.16 0.04 0.15 0.03 0.17 0.15 0.16 0.17 0.18 0.16 0.19 0.53 0.41 0.12 0.03 0.22 0.02 0.00 0.02
P 0.17 0.10 0.41 0.05 0.09 0.02 0.10 0.02 0.12 0.07 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.32 0.34 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00