ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.019, 0.030, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.043, 0.071, 0.100, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.071 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.018, 0.047, 0.076, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.019, 0.049, 0.078, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.049 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.012, 0.051, 0.089, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.051 std_dev=0.039
C2 A 0, -0.002, 0.038, 0.078, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.038 std_dev=0.040
C1' A 0, -0.010, 0.037, 0.084, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.037 std_dev=0.047
N2 A 0, 0.022, 0.127, 0.232, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.127 std_dev=0.105
P B 0, 0.233, 0.448, 0.663, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.448 std_dev=0.215
OP1 B 0, 0.410, 0.747, 1.083, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.747 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.230, 0.596, 0.962, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.596 std_dev=0.366
C2' A 0, 0.001, 0.547, 1.093, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.547 std_dev=0.546
O4' A 0, -0.026, 0.542, 1.109, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.542 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.071, 0.683, 1.296, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.683 std_dev=0.612
O5' B 0, 0.680, 1.378, 2.076, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.378 std_dev=0.698
C4' A 0, 0.065, 0.875, 1.686, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.875 std_dev=0.810
C3' A 0, 0.054, 0.914, 1.774, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.914 std_dev=0.860
O3' A 0, 0.098, 1.342, 2.585, 3.728 max_d=3.728 avg_d=1.342 std_dev=1.243
C5' A 0, 0.055, 1.389, 2.722, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.389 std_dev=1.333
C5' B 0, 0.505, 1.854, 3.202, 4.524 max_d=4.524 avg_d=1.854 std_dev=1.349
C3' B 0, 0.725, 2.248, 3.771, 5.125 max_d=5.125 avg_d=2.248 std_dev=1.523
C2' B 0, 1.123, 2.688, 4.254, 5.315 max_d=5.315 avg_d=2.688 std_dev=1.566
O4' B 0, 0.874, 2.501, 4.127, 5.525 max_d=5.525 avg_d=2.501 std_dev=1.626
C4' B 0, 0.570, 2.229, 3.888, 5.630 max_d=5.630 avg_d=2.229 std_dev=1.659
C1' B 0, 1.068, 2.779, 4.490, 5.441 max_d=5.441 avg_d=2.779 std_dev=1.711
C8 B 0, 0.933, 2.688, 4.444, 6.608 max_d=6.608 avg_d=2.688 std_dev=1.755
N9 B 0, 0.958, 2.785, 4.612, 6.680 max_d=6.680 avg_d=2.785 std_dev=1.827
O5' A 0, -0.124, 1.814, 3.753, 5.741 max_d=5.741 avg_d=1.814 std_dev=1.939
O3' B 0, 0.396, 2.521, 4.646, 7.025 max_d=7.025 avg_d=2.521 std_dev=2.125
O2' B 0, 1.083, 3.302, 5.521, 7.549 max_d=7.549 avg_d=3.302 std_dev=2.219
N7 B 0, 0.963, 3.257, 5.551, 8.374 max_d=8.374 avg_d=3.257 std_dev=2.294
C4 B 0, 0.919, 3.260, 5.602, 8.626 max_d=8.626 avg_d=3.260 std_dev=2.341
C5 B 0, 0.915, 3.519, 6.123, 9.573 max_d=9.573 avg_d=3.519 std_dev=2.604
N3 B 0, 0.966, 3.624, 6.282, 9.517 max_d=9.517 avg_d=3.624 std_dev=2.658
P A 0, -0.300, 2.406, 5.111, 7.708 max_d=7.708 avg_d=2.406 std_dev=2.706
OP2 A 0, -0.358, 2.634, 5.626, 8.546 max_d=8.546 avg_d=2.634 std_dev=2.992
C2 B 0, 0.901, 4.050, 7.198, 11.422 max_d=11.422 avg_d=4.050 std_dev=3.148
C6 B 0, 0.910, 4.150, 7.391, 11.627 max_d=11.627 avg_d=4.150 std_dev=3.240
OP1 A 0, -0.376, 2.915, 6.206, 9.915 max_d=9.915 avg_d=2.915 std_dev=3.291
N1 B 0, 0.870, 4.295, 7.719, 12.432 max_d=12.432 avg_d=4.295 std_dev=3.424
N2 B 0, 0.954, 4.474, 7.993, 12.575 max_d=12.575 avg_d=4.474 std_dev=3.520
O6 B 0, 0.895, 4.625, 8.355, 12.733 max_d=12.733 avg_d=4.625 std_dev=3.730

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.07 0.13 0.09 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.21 0.04 0.25 0.40 0.19
C2 0.09 0.00 0.47 0.39 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.41 0.48 0.32 0.38 0.03 0.63 0.46 0.37
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.25 0.01 0.15 0.17 0.24 0.18 0.38 0.56 0.45 0.08 0.03 0.00 0.02 0.03 0.42 0.20 0.48 0.54 0.41
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.37 0.23 0.40 0.42 0.35 0.28 0.19 0.02 0.01 0.02 0.32 0.38 0.41 0.27 0.25
C4 0.04 0.01 0.25 0.30 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.29 0.17 0.32 0.01 0.26 0.64 0.24
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.16 0.20 0.14 0.19 0.14 0.20 0.10 0.19 0.02 0.01 0.02 0.18 0.31 0.17 0.09
C5 0.03 0.01 0.15 0.32 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.27 0.09 0.49 0.01 0.33 0.98 0.48
C5' 0.06 0.28 0.17 0.02 0.20 0.01 0.27 0.00 0.30 0.32 0.29 0.33 0.24 0.34 0.16 0.06 0.13 0.02 0.01 0.33 0.28 0.29 0.03
C6 0.05 0.01 0.24 0.37 0.01 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.36 0.16 0.46 0.01 0.35 0.96 0.43
C8 0.01 0.01 0.18 0.23 0.01 0.20 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.29 0.16 0.17 0.75 0.02 0.65 1.19 0.83
N1 0.07 0.01 0.38 0.40 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.35 0.44 0.26 0.39 0.03 0.48 0.69 0.33
N2 0.13 0.01 0.56 0.42 0.02 0.19 0.01 0.33 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.53 0.57 0.38 0.48 0.05 0.88 0.37 0.55
N3 0.09 0.00 0.45 0.35 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.37 0.43 0.31 0.32 0.01 0.56 0.37 0.30
N7 0.01 0.01 0.08 0.28 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.20 0.08 0.74 0.02 0.66 1.32 0.85
N9 0.00 0.03 0.03 0.19 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.39 0.02 0.23 0.71 0.36
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.23 0.19 0.25 0.06 0.28 0.29 0.35 0.53 0.37 0.28 0.16 0.00 0.05 0.15 0.26 0.29 0.49 0.47 0.30
O3' 0.22 0.48 0.02 0.01 0.29 0.02 0.27 0.13 0.36 0.16 0.44 0.57 0.43 0.20 0.13 0.05 0.00 0.15 0.30 0.36 0.55 0.28 0.27
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.16 0.17 0.26 0.38 0.31 0.08 0.02 0.15 0.15 0.00 0.14 0.13 0.30 0.23 0.16
O5' 0.21 0.38 0.42 0.32 0.32 0.02 0.49 0.01 0.46 0.75 0.39 0.48 0.32 0.74 0.39 0.26 0.30 0.14 0.00 0.54 0.03 0.01 0.01
O6 0.04 0.03 0.20 0.38 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.29 0.36 0.13 0.54 0.00 0.43 1.14 0.56
OP1 0.25 0.63 0.48 0.41 0.26 0.31 0.33 0.28 0.35 0.65 0.48 0.88 0.56 0.66 0.23 0.49 0.55 0.30 0.03 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.46 0.54 0.27 0.64 0.17 0.98 0.29 0.96 1.19 0.69 0.37 0.37 1.32 0.71 0.47 0.28 0.23 0.01 1.14 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.37 0.41 0.25 0.24 0.09 0.48 0.03 0.43 0.83 0.33 0.55 0.30 0.85 0.36 0.30 0.27 0.16 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.61 1.93 1.27 1.32 1.53 0.75 2.25 0.68 2.91 1.41 2.63 1.84 1.39 2.19 1.03 1.76 1.76 0.26 0.65 3.63 0.22 0.13 0.25
C2 0.44 1.42 0.98 1.04 1.24 0.56 1.79 0.57 2.10 1.22 1.85 1.32 1.10 1.84 0.86 1.26 1.27 0.24 0.61 2.45 0.15 0.12 0.26
C2' 1.14 2.86 1.25 1.14 2.42 0.48 3.15 0.34 3.86 2.22 3.59 2.74 2.28 3.03 1.85 1.55 1.42 0.77 0.45 4.61 0.40 0.47 0.32
C3' 1.02 2.60 1.30 1.24 2.21 0.57 3.00 0.42 3.69 2.13 3.37 2.46 2.02 2.95 1.70 1.70 1.66 0.64 0.54 4.49 0.36 0.43 0.33
C4 0.50 1.64 1.11 1.22 1.36 0.73 2.03 0.69 2.52 1.31 2.22 1.53 1.21 2.05 0.91 1.49 1.62 0.28 0.62 3.08 0.18 0.09 0.23
C4' 0.83 1.74 1.60 1.68 1.38 1.10 2.14 0.94 2.82 1.37 2.51 1.63 1.21 2.13 0.98 2.19 2.25 0.52 0.84 3.63 0.30 0.18 0.37
C5 0.44 1.52 1.01 1.19 1.26 0.76 1.89 0.73 2.34 1.25 2.05 1.42 1.11 1.95 0.83 1.35 1.60 0.30 0.58 2.87 0.21 0.14 0.20
C5' 1.10 1.40 1.92 2.05 1.13 1.49 1.85 1.26 2.49 1.20 2.14 1.30 0.99 1.91 0.87 2.56 2.69 0.87 1.07 3.30 0.46 0.33 0.54
C6 0.38 1.36 0.87 1.05 1.15 0.69 1.70 0.70 2.06 1.15 1.81 1.28 1.02 1.78 0.77 1.13 1.40 0.29 0.52 2.49 0.22 0.18 0.19
C8 0.50 1.69 1.13 1.30 1.36 0.83 2.07 0.77 2.63 1.32 2.33 1.59 1.21 2.09 0.90 1.56 1.79 0.32 0.61 3.29 0.21 0.13 0.21
N1 0.34 1.26 0.83 0.97 1.09 0.58 1.59 0.61 1.88 1.10 1.65 1.18 0.96 1.67 0.74 1.06 1.23 0.24 0.54 2.22 0.17 0.11 0.21
N2 0.48 1.36 0.96 0.90 1.23 0.44 1.66 0.48 1.88 1.18 1.69 1.26 1.10 1.70 0.89 1.19 1.00 0.26 0.63 2.10 0.19 0.21 0.31
N3 0.53 1.67 1.12 1.16 1.41 0.64 2.04 0.62 2.49 1.33 2.21 1.56 1.26 2.05 0.96 1.49 1.47 0.27 0.64 2.98 0.15 0.10 0.26
N7 0.46 1.58 1.04 1.24 1.29 0.82 1.96 0.78 2.46 1.27 2.17 1.49 1.14 2.01 0.85 1.42 1.70 0.33 0.57 3.05 0.23 0.17 0.19
N9 0.54 1.76 1.18 1.29 1.42 0.78 2.13 0.72 2.71 1.35 2.41 1.66 1.27 2.12 0.95 1.62 1.74 0.29 0.63 3.37 0.20 0.10 0.23
O2' 1.16 3.13 1.17 0.96 2.52 0.38 3.20 0.37 4.00 2.13 3.85 3.09 2.48 2.94 1.87 1.46 1.20 0.78 0.46 4.73 0.40 0.45 0.33
O3' 1.07 2.90 1.02 0.88 2.44 0.43 3.23 0.39 3.97 2.29 3.70 2.79 2.27 3.13 1.86 1.37 1.31 0.85 0.63 4.78 0.44 0.50 0.45
O4' 0.91 1.35 1.72 1.83 0.99 1.35 1.70 1.20 2.36 0.96 2.06 1.28 0.87 1.70 0.65 2.32 2.39 0.77 1.05 3.13 0.48 0.31 0.57
O5' 1.43 1.16 2.25 2.36 1.02 1.79 1.56 1.44 2.09 1.10 1.72 1.13 1.02 1.68 0.96 2.95 3.03 1.18 1.21 2.86 0.54 0.40 0.63
O6 0.40 1.35 0.78 0.98 1.14 0.69 1.65 0.72 1.99 1.13 1.77 1.29 1.03 1.72 0.78 1.00 1.31 0.33 0.46 2.39 0.26 0.28 0.17
OP1 2.28 1.39 3.09 3.13 1.38 2.56 1.29 2.08 1.55 1.26 1.31 1.59 1.67 1.39 1.56 3.91 3.88 1.98 1.71 2.19 0.97 0.65 1.02
OP2 1.40 1.22 2.12 2.23 1.12 1.67 1.64 1.25 2.07 1.26 1.65 1.26 1.16 1.86 1.02 2.84 2.96 1.11 0.86 2.80 0.42 0.54 0.51
P 1.82 1.12 2.61 2.72 1.04 2.17 1.27 1.74 1.69 1.01 1.35 1.26 1.26 1.43 1.14 3.37 3.47 1.56 1.35 2.43 0.59 0.38 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.26 0.01 0.23 0.02 0.71 0.46 0.33
C2 0.04 0.00 0.36 0.32 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.36 0.21 0.35 0.01 0.82 1.10 0.54
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.20 0.02 0.11 0.18 0.18 0.14 0.29 0.42 0.35 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.37 0.14 0.69 0.40 0.39
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.28 0.01 0.34 0.03 0.37 0.27 0.36 0.32 0.27 0.33 0.21 0.03 0.01 0.02 0.28 0.40 0.31 0.48 0.18
C4 0.02 0.01 0.20 0.28 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.22 0.12 0.30 0.02 0.85 1.00 0.49
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.23 0.09 0.12 0.08 0.23 0.11 0.24 0.02 0.01 0.03 0.17 0.25 0.29 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.01 0.15 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.21 0.07 0.36 0.01 0.91 1.21 0.57
C5' 0.10 0.23 0.18 0.03 0.26 0.01 0.36 0.00 0.36 0.40 0.30 0.22 0.21 0.43 0.25 0.10 0.18 0.03 0.01 0.40 0.28 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.14 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.26 0.11 0.40 0.01 0.90 1.33 0.62
C8 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.23 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.14 0.12 0.31 0.02 0.97 0.93 0.46
N1 0.03 0.00 0.29 0.36 0.01 0.09 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.31 0.17 0.38 0.01 0.86 1.26 0.59
N2 0.05 0.00 0.42 0.32 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.44 0.25 0.35 0.02 0.79 1.07 0.53
N3 0.04 0.00 0.35 0.27 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.34 0.20 0.31 0.02 0.79 0.95 0.48
N7 0.02 0.01 0.06 0.33 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.20 0.06 0.38 0.02 0.97 1.20 0.55
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.25 0.02 0.85 0.79 0.42
O2' 0.03 0.23 0.00 0.03 0.15 0.24 0.22 0.10 0.22 0.28 0.20 0.30 0.21 0.29 0.16 0.00 0.08 0.18 0.30 0.25 0.58 0.42 0.32
O3' 0.26 0.36 0.04 0.01 0.22 0.02 0.21 0.18 0.26 0.14 0.31 0.44 0.34 0.20 0.13 0.08 0.00 0.18 0.41 0.27 0.61 0.64 0.45
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.12 0.01 0.07 0.03 0.11 0.12 0.17 0.25 0.20 0.06 0.02 0.18 0.18 0.00 0.26 0.09 0.58 0.41 0.30
O5' 0.23 0.35 0.37 0.28 0.30 0.03 0.36 0.01 0.40 0.31 0.38 0.35 0.31 0.38 0.25 0.30 0.41 0.26 0.00 0.44 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.40 0.02 0.17 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.25 0.27 0.09 0.44 0.00 0.91 1.45 0.66
OP1 0.71 0.82 0.69 0.31 0.85 0.25 0.91 0.28 0.90 0.97 0.86 0.79 0.79 0.97 0.85 0.58 0.61 0.58 0.01 0.91 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 1.10 0.40 0.48 1.00 0.29 1.21 0.29 1.33 0.93 1.26 1.07 0.95 1.20 0.79 0.42 0.64 0.41 0.02 1.45 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.54 0.39 0.18 0.49 0.07 0.57 0.02 0.62 0.46 0.59 0.53 0.48 0.55 0.42 0.32 0.45 0.30 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00