ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51434

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.031, 0.053, 0.075, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.053 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.043 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.032, 0.055, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.055 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.037, 0.064, 0.091, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.064 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.041, 0.071, 0.100, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.071 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.050, 0.086, 0.121, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.086 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.070, 0.119, 0.167, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.119 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.082, 0.140, 0.198, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.140 std_dev=0.058
OP2 B 0, 0.185, 0.351, 0.517, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.351 std_dev=0.166
O4' A 0, 0.151, 0.336, 0.520, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.336 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.204, 0.409, 0.614, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.409 std_dev=0.205
P B 0, 0.200, 0.428, 0.655, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.428 std_dev=0.228
O2' A 0, 0.219, 0.466, 0.713, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.466 std_dev=0.247
C4' A 0, 0.304, 0.585, 0.866, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.585 std_dev=0.281
C3' A 0, 0.305, 0.629, 0.953, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.629 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.512, 0.953, 1.394, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.953 std_dev=0.441
O3' A 0, 0.429, 0.927, 1.426, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.927 std_dev=0.498
O5' B 0, 0.208, 0.873, 1.538, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.873 std_dev=0.665
O5' A 0, 0.562, 1.280, 1.998, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.280 std_dev=0.718
P A 0, 0.856, 1.601, 2.345, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.601 std_dev=0.745
OP2 A 0, 0.911, 1.675, 2.440, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.675 std_dev=0.764
OP1 A 0, 0.974, 1.817, 2.659, 2.494 max_d=2.494 avg_d=1.817 std_dev=0.843
OP1 B 0, 0.210, 1.187, 2.164, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.187 std_dev=0.977
C5' B 0, 0.383, 1.460, 2.538, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.460 std_dev=1.077
C4' B 0, 0.526, 2.255, 3.983, 4.024 max_d=4.024 avg_d=2.255 std_dev=1.728
O4' B 0, 0.605, 2.505, 4.406, 4.434 max_d=4.434 avg_d=2.505 std_dev=1.900
C3' B 0, 0.518, 2.715, 4.911, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.715 std_dev=2.197
C8 B 0, 0.630, 2.990, 5.349, 6.347 max_d=6.347 avg_d=2.990 std_dev=2.359
C1' B 0, 0.730, 3.330, 5.929, 5.750 max_d=5.750 avg_d=3.330 std_dev=2.600
O3' B 0, 0.679, 3.302, 5.925, 6.088 max_d=6.088 avg_d=3.302 std_dev=2.623
C2' B 0, 0.841, 3.607, 6.374, 6.325 max_d=6.325 avg_d=3.607 std_dev=2.767
N9 B 0, 0.655, 3.428, 6.202, 6.219 max_d=6.219 avg_d=3.428 std_dev=2.774
N7 B 0, 0.644, 3.454, 6.263, 7.150 max_d=7.150 avg_d=3.454 std_dev=2.809
O2' B 0, 1.127, 4.401, 7.674, 7.372 max_d=7.372 avg_d=4.401 std_dev=3.274
C5 B 0, 1.048, 4.357, 7.666, 7.552 max_d=7.552 avg_d=4.357 std_dev=3.309
C4 B 0, 1.040, 4.388, 7.737, 7.486 max_d=7.486 avg_d=4.388 std_dev=3.348
C6 B 0, 1.556, 5.361, 9.166, 8.711 max_d=8.711 avg_d=5.361 std_dev=3.805
N3 B 0, 1.438, 5.321, 9.203, 9.131 max_d=9.131 avg_d=5.321 std_dev=3.882
O6 B 0, 1.667, 5.597, 9.527, 9.389 max_d=9.389 avg_d=5.597 std_dev=3.930
N1 B 0, 1.964, 6.239, 10.514, 10.258 max_d=10.258 avg_d=6.239 std_dev=4.275
C2 B 0, 1.900, 6.226, 10.552, 10.459 max_d=10.459 avg_d=6.226 std_dev=4.326
N2 B 0, 2.345, 7.278, 12.212, 12.211 max_d=12.211 avg_d=7.278 std_dev=4.933

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.06 0.18 0.25 0.11
C2 0.05 0.00 0.33 0.34 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.27 0.44 0.04 0.37 0.02 0.31 0.32 0.29
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.11 0.02 0.18 0.10 0.27 0.38 0.32 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.34 0.15 0.16
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.19 0.00 0.15 0.01 0.22 0.13 0.30 0.39 0.32 0.09 0.06 0.01 0.00 0.02 0.35 0.21 0.46 0.11 0.25
C4 0.03 0.01 0.18 0.19 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.03 0.43 0.03 0.34 0.30 0.30
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.11 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.15 0.14 0.33 0.07
C5 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.11 0.00 0.24 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.02 0.56 0.03 0.46 0.40 0.42
C5' 0.05 0.19 0.02 0.01 0.18 0.01 0.24 0.00 0.26 0.23 0.23 0.18 0.17 0.26 0.16 0.06 0.05 0.02 0.01 0.29 0.24 0.42 0.02
C6 0.05 0.01 0.18 0.22 0.02 0.13 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.14 0.28 0.03 0.56 0.01 0.47 0.45 0.45
C8 0.01 0.02 0.10 0.13 0.01 0.11 0.01 0.23 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.13 0.05 0.62 0.05 0.45 0.31 0.39
N1 0.05 0.01 0.27 0.30 0.02 0.14 0.01 0.23 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.38 0.04 0.47 0.01 0.40 0.40 0.38
N2 0.05 0.00 0.38 0.39 0.01 0.15 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.52 0.05 0.31 0.03 0.27 0.31 0.25
N3 0.05 0.00 0.32 0.32 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.38 0.04 0.32 0.01 0.26 0.28 0.23
N7 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.26 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.68 0.05 0.54 0.45 0.50
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.16 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.43 0.05 0.32 0.24 0.25
O2' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.12 0.06 0.08 0.06 0.14 0.08 0.22 0.34 0.26 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.13 0.18 0.19 0.04
O3' 0.01 0.44 0.01 0.00 0.22 0.03 0.18 0.05 0.28 0.13 0.38 0.52 0.38 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.26 0.26 0.52 0.14 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.12 0.04 0.09 0.38 0.14
O5' 0.23 0.37 0.28 0.35 0.43 0.01 0.56 0.01 0.56 0.62 0.47 0.31 0.32 0.68 0.43 0.06 0.26 0.12 0.00 0.60 0.01 0.01 0.01
O6 0.06 0.02 0.16 0.21 0.03 0.15 0.03 0.29 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.13 0.26 0.04 0.60 0.00 0.52 0.51 0.50
OP1 0.18 0.31 0.34 0.46 0.34 0.14 0.46 0.24 0.47 0.45 0.40 0.27 0.26 0.54 0.32 0.18 0.52 0.09 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.32 0.15 0.11 0.30 0.33 0.40 0.42 0.45 0.31 0.40 0.31 0.28 0.45 0.24 0.19 0.14 0.38 0.01 0.51 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.29 0.16 0.25 0.30 0.07 0.42 0.02 0.45 0.39 0.38 0.25 0.23 0.50 0.25 0.04 0.27 0.14 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.15 1.71 1.60 1.40 1.20 0.94 1.02 0.58 1.08 0.90 1.42 2.12 1.59 0.98 1.03 1.71 1.50 0.87 0.52 1.00 0.15 0.16 0.04
C2 0.87 1.42 0.95 0.91 0.96 0.68 0.64 0.40 0.69 0.58 1.11 1.66 1.36 0.62 0.74 0.98 0.91 0.86 0.43 0.47 0.14 0.13 0.04
C2' 1.15 1.83 1.70 1.39 1.37 0.78 1.34 0.43 1.51 1.14 1.73 2.10 1.65 1.31 1.15 1.82 1.42 0.65 0.39 1.52 0.21 0.44 0.33
C3' 1.11 1.96 1.66 1.34 1.37 0.71 1.33 0.37 1.56 1.07 1.88 2.30 1.71 1.23 1.12 1.80 1.38 0.59 0.38 1.57 0.34 0.51 0.43
C4 1.11 1.90 1.28 1.12 1.33 0.81 1.16 0.48 1.30 0.85 1.68 2.22 1.72 0.95 1.05 1.35 1.12 0.93 0.48 1.13 0.06 0.12 0.04
C4' 1.11 1.74 1.67 1.41 1.19 0.85 1.04 0.48 1.16 0.91 1.50 2.17 1.58 1.01 1.00 1.82 1.55 0.73 0.43 1.14 0.11 0.29 0.19
C5 1.18 2.19 1.17 0.94 1.58 0.75 1.48 0.39 1.76 0.94 2.12 2.44 1.94 1.11 1.21 1.27 0.88 1.00 0.44 1.67 0.10 0.11 0.07
C5' 1.08 1.85 1.60 1.35 1.21 0.80 1.05 0.44 1.21 0.86 1.62 2.31 1.64 0.94 0.99 1.76 1.48 0.70 0.45 1.16 0.24 0.35 0.29
C6 1.15 2.12 1.00 0.71 1.61 0.65 1.55 0.30 1.82 0.95 2.10 2.28 1.90 1.16 1.22 1.12 0.62 1.00 0.38 1.72 0.18 0.10 0.09
C8 1.28 2.31 1.41 1.16 1.62 0.86 1.50 0.48 1.81 0.98 2.22 2.66 2.02 1.11 1.26 1.52 1.15 1.02 0.49 1.76 0.06 0.12 0.06
N1 1.01 1.77 0.87 0.67 1.35 0.61 1.16 0.30 1.31 0.72 1.62 1.91 1.64 0.83 1.02 0.96 0.60 0.95 0.36 1.11 0.08 0.11 0.07
N2 0.61 0.95 0.72 0.84 0.50 0.60 0.09 0.39 0.20 0.47 0.59 1.20 0.96 0.60 0.32 0.74 0.88 0.76 0.40 0.37 0.29 0.14 0.06
N3 0.95 1.45 1.23 1.16 0.97 0.80 0.73 0.51 0.69 0.75 1.09 1.78 1.38 0.81 0.82 1.27 1.20 0.84 0.49 0.55 0.18 0.13 0.04
N7 1.27 2.40 1.27 0.99 1.72 0.78 1.65 0.40 2.02 1.02 2.39 2.69 2.09 1.22 1.32 1.39 0.93 1.04 0.45 2.01 0.15 0.11 0.08
N9 1.19 2.01 1.45 1.25 1.40 0.89 1.23 0.53 1.41 0.91 1.80 2.38 1.80 0.99 1.13 1.54 1.28 0.95 0.51 1.28 0.07 0.13 0.04
O2' 1.20 1.58 1.89 1.55 1.31 0.89 1.35 0.55 1.42 1.27 1.43 1.80 1.51 1.48 1.20 2.06 1.64 0.66 0.43 1.64 0.12 0.39 0.25
O3' 1.16 2.05 1.77 1.38 1.45 0.67 1.44 0.40 1.67 1.21 1.99 2.42 1.77 1.38 1.20 1.94 1.41 0.52 0.40 1.71 0.50 0.65 0.60
O4' 1.15 1.75 1.60 1.42 1.17 0.96 0.92 0.61 0.98 0.80 1.42 2.23 1.61 0.84 0.98 1.74 1.57 0.89 0.55 0.84 0.21 0.10 0.06
O5' 1.38 2.06 1.77 1.57 1.52 1.14 1.36 0.80 1.53 1.10 1.89 2.44 1.87 1.14 1.30 1.90 1.68 1.08 0.75 1.46 0.42 0.31 0.33
O6 1.21 2.24 0.99 0.57 1.76 0.60 1.80 0.24 2.13 1.11 2.31 2.36 1.98 1.39 1.35 1.15 0.43 1.03 0.32 2.13 0.30 0.09 0.11
OP1 1.40 2.15 1.77 1.55 1.56 1.12 1.40 0.77 1.60 1.11 1.99 2.56 1.94 1.16 1.32 1.92 1.64 1.08 0.73 1.53 0.35 0.27 0.29
OP2 1.29 2.18 1.56 1.37 1.55 0.97 1.44 0.68 1.71 1.06 2.09 2.56 1.91 1.15 1.27 1.66 1.38 0.99 0.74 1.68 0.30 0.30 0.31
P 1.29 2.05 1.64 1.45 1.46 1.03 1.30 0.71 1.50 1.01 1.89 2.46 1.84 1.07 1.22 1.76 1.53 1.01 0.72 1.42 0.34 0.25 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.27 0.01 0.14 0.03 0.30 0.70 0.26
C2 0.03 0.00 0.27 0.16 0.02 0.10 0.03 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.31 0.21 0.13 0.02 0.56 0.92 0.49
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.18 0.14 0.14 0.22 0.32 0.25 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.12 0.28 0.53 0.21
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.18 0.01 0.27 0.02 0.28 0.29 0.22 0.13 0.11 0.33 0.17 0.01 0.01 0.01 0.32 0.32 0.22 0.11 0.17
C4 0.02 0.02 0.14 0.18 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.17 0.10 0.25 0.01 0.44 0.72 0.29
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.07 0.22 0.04 0.17 0.11 0.20 0.08 0.22 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.46 0.13
C5 0.02 0.03 0.08 0.27 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.22 0.08 0.04 0.43 0.02 0.41 0.49 0.18
C5' 0.06 0.12 0.18 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.10 0.23 0.08 0.18 0.12 0.22 0.06 0.04 0.18 0.00 0.01 0.16 0.09 0.22 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.11 0.08 0.39 0.00 0.47 0.55 0.25
C8 0.02 0.02 0.14 0.29 0.01 0.22 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.38 0.16 0.14 0.65 0.04 0.23 0.21 0.20
N1 0.03 0.00 0.22 0.22 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.20 0.16 0.24 0.02 0.54 0.76 0.38
N2 0.05 0.01 0.32 0.13 0.03 0.17 0.03 0.18 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.24 0.40 0.26 0.15 0.02 0.62 1.03 0.59
N3 0.04 0.01 0.25 0.11 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.33 0.20 0.10 0.01 0.52 0.93 0.47
N7 0.02 0.03 0.07 0.33 0.00 0.20 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.37 0.16 0.08 0.65 0.04 0.29 0.23 0.22
N9 0.00 0.02 0.02 0.17 0.00 0.08 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01 0.34 0.03 0.33 0.58 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.22 0.22 0.04 0.17 0.38 0.06 0.24 0.14 0.37 0.19 0.00 0.05 0.15 0.23 0.23 0.15 0.51 0.11
O3' 0.27 0.31 0.02 0.01 0.17 0.01 0.08 0.18 0.11 0.16 0.20 0.40 0.33 0.16 0.10 0.05 0.00 0.17 0.36 0.13 0.53 0.14 0.30
O4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.14 0.16 0.26 0.20 0.08 0.01 0.15 0.17 0.00 0.05 0.07 0.29 0.81 0.34
O5' 0.14 0.13 0.12 0.32 0.25 0.01 0.43 0.01 0.39 0.65 0.24 0.15 0.10 0.65 0.34 0.23 0.36 0.05 0.00 0.48 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.32 0.01 0.12 0.02 0.16 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.23 0.13 0.07 0.48 0.00 0.46 0.43 0.24
OP1 0.30 0.56 0.28 0.22 0.44 0.08 0.41 0.09 0.47 0.23 0.54 0.62 0.52 0.29 0.33 0.15 0.53 0.29 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 0.92 0.53 0.11 0.72 0.46 0.49 0.22 0.55 0.21 0.76 1.03 0.93 0.23 0.58 0.51 0.14 0.81 0.02 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.49 0.21 0.17 0.29 0.13 0.18 0.03 0.25 0.20 0.38 0.59 0.47 0.22 0.17 0.11 0.30 0.34 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00