ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51435

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N7 A 0, -0.004, 0.024, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.024 std_dev=0.028
C8 A 0, -0.005, 0.027, 0.059, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.014, 0.051, 0.088, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.051 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.019, 0.085, 0.151, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.085 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.020, 0.094, 0.168, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.094 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.045, 0.136, 0.226, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.136 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.055, 0.163, 0.272, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.163 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.053, 0.164, 0.276, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.164 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.028, 0.169, 0.310, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.169 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.073, 0.235, 0.396, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.235 std_dev=0.161
O3' A 0, 0.092, 0.279, 0.467, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.279 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.034, 0.272, 0.510, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.272 std_dev=0.238
N2 B 0, 0.058, 0.307, 0.556, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.307 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.022, 0.295, 0.569, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.295 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.076, 0.361, 0.646, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.361 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.027, 0.330, 0.632, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.330 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.199, 0.502, 0.805, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.502 std_dev=0.303
P B 0, 0.040, 0.356, 0.671, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.356 std_dev=0.315
P A 0, 0.039, 0.355, 0.672, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.355 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.011, 0.332, 0.652, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.332 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.122, 0.470, 0.819, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.470 std_dev=0.349
C4 B 0, 0.006, 0.371, 0.736, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.371 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.090, 0.458, 0.827, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.458 std_dev=0.368
C6 B 0, 0.048, 0.419, 0.790, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.419 std_dev=0.371
N9 B 0, 0.025, 0.425, 0.826, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.425 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.022, 0.424, 0.826, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.424 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.079, 0.483, 0.888, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.483 std_dev=0.405
OP1 B 0, 0.068, 0.483, 0.898, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.483 std_dev=0.415
O6 B 0, 0.087, 0.521, 0.954, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.521 std_dev=0.433
C3' B 0, 0.057, 0.496, 0.935, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.496 std_dev=0.439
O4' B 0, 0.047, 0.495, 0.943, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.495 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.124, 0.576, 1.027, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.576 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.012, 0.482, 0.951, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.482 std_dev=0.470
N7 B 0, 0.025, 0.503, 0.981, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.503 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.059, 0.552, 1.044, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.552 std_dev=0.492
OP2 A 0, -0.006, 0.533, 1.072, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.533 std_dev=0.539
C5' B 0, 0.017, 0.739, 1.462, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.739 std_dev=0.723

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05 0.05 0.10 0.03 0.12 0.27 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.09 0.11 0.07
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.25 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.12 0.01 0.17 0.31 0.20
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.00
C6 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.12 0.01 0.19 0.34 0.21
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.11 0.03 0.16 0.27 0.18
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.12 0.02 0.16 0.31 0.20
N2 0.05 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.11 0.26 0.17
N3 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.09 0.02 0.09 0.24 0.15
N7 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.13 0.03 0.20 0.34 0.22
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.09 0.21 0.14
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.09 0.05
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.05 0.13 0.16 0.10
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.10 0.07
O5' 0.04 0.10 0.04 0.07 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.04 0.09 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.13 0.00 0.22 0.36 0.22
OP1 0.03 0.12 0.05 0.09 0.11 0.07 0.17 0.08 0.19 0.16 0.16 0.11 0.09 0.20 0.09 0.08 0.13 0.06 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.27 0.09 0.11 0.25 0.04 0.31 0.01 0.34 0.27 0.31 0.26 0.24 0.34 0.21 0.09 0.16 0.10 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.06 0.07 0.16 0.02 0.20 0.00 0.21 0.18 0.20 0.17 0.15 0.22 0.14 0.05 0.10 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.17 0.36 0.28 0.30 0.18 0.35 0.26 0.31 0.41 0.22 0.09 0.22 0.42 0.34 0.32 0.33 0.23 0.13 0.35 0.13 0.07 0.05
C2 0.34 0.21 0.38 0.33 0.36 0.18 0.38 0.19 0.30 0.45 0.22 0.12 0.29 0.44 0.40 0.30 0.35 0.29 0.17 0.29 0.14 0.08 0.07
C2' 0.28 0.15 0.34 0.23 0.29 0.13 0.34 0.25 0.30 0.41 0.20 0.11 0.20 0.42 0.34 0.30 0.26 0.22 0.10 0.34 0.10 0.09 0.05
C3' 0.29 0.17 0.33 0.21 0.30 0.11 0.36 0.25 0.32 0.43 0.22 0.12 0.22 0.44 0.35 0.30 0.23 0.22 0.12 0.37 0.11 0.09 0.06
C4 0.30 0.20 0.36 0.30 0.32 0.19 0.36 0.27 0.31 0.41 0.23 0.12 0.25 0.42 0.36 0.31 0.35 0.24 0.15 0.33 0.14 0.06 0.07
C4' 0.29 0.18 0.34 0.25 0.30 0.15 0.36 0.26 0.33 0.42 0.24 0.12 0.22 0.43 0.34 0.31 0.28 0.22 0.12 0.37 0.12 0.07 0.05
C5 0.28 0.21 0.34 0.30 0.31 0.23 0.34 0.35 0.30 0.37 0.24 0.13 0.25 0.38 0.33 0.29 0.36 0.22 0.15 0.31 0.16 0.07 0.09
C5' 0.25 0.17 0.30 0.21 0.27 0.14 0.33 0.29 0.30 0.38 0.22 0.13 0.21 0.40 0.31 0.26 0.26 0.17 0.10 0.35 0.12 0.06 0.04
C6 0.27 0.22 0.32 0.30 0.31 0.24 0.33 0.39 0.29 0.36 0.23 0.15 0.27 0.37 0.33 0.27 0.37 0.22 0.16 0.27 0.16 0.09 0.11
C8 0.28 0.20 0.35 0.30 0.30 0.23 0.35 0.35 0.32 0.38 0.25 0.13 0.24 0.40 0.33 0.32 0.36 0.21 0.15 0.36 0.15 0.08 0.09
N1 0.31 0.23 0.34 0.31 0.35 0.20 0.36 0.28 0.30 0.41 0.23 0.15 0.30 0.41 0.37 0.28 0.36 0.26 0.17 0.27 0.15 0.06 0.09
N2 0.37 0.19 0.40 0.36 0.37 0.20 0.38 0.16 0.30 0.47 0.20 0.12 0.29 0.46 0.42 0.31 0.37 0.33 0.17 0.28 0.13 0.11 0.07
N3 0.33 0.20 0.38 0.31 0.34 0.17 0.37 0.20 0.31 0.44 0.22 0.12 0.27 0.44 0.39 0.31 0.34 0.28 0.16 0.32 0.14 0.07 0.07
N7 0.27 0.21 0.34 0.30 0.30 0.25 0.33 0.39 0.31 0.36 0.25 0.15 0.24 0.38 0.32 0.30 0.36 0.21 0.15 0.33 0.16 0.09 0.10
N9 0.29 0.18 0.35 0.29 0.30 0.19 0.35 0.29 0.31 0.39 0.23 0.11 0.23 0.41 0.34 0.31 0.34 0.22 0.14 0.34 0.14 0.06 0.07
O2' 0.27 0.13 0.33 0.23 0.26 0.14 0.32 0.24 0.28 0.40 0.19 0.10 0.17 0.41 0.32 0.31 0.27 0.22 0.09 0.33 0.08 0.11 0.03
O3' 0.29 0.16 0.33 0.20 0.29 0.10 0.35 0.25 0.30 0.43 0.20 0.12 0.21 0.44 0.35 0.30 0.20 0.23 0.12 0.35 0.11 0.10 0.07
O4' 0.29 0.19 0.35 0.28 0.30 0.19 0.36 0.27 0.33 0.41 0.24 0.11 0.23 0.42 0.34 0.31 0.33 0.22 0.14 0.37 0.15 0.07 0.08
O5' 0.21 0.17 0.25 0.17 0.25 0.13 0.30 0.33 0.28 0.34 0.21 0.17 0.20 0.36 0.28 0.22 0.24 0.14 0.09 0.33 0.10 0.09 0.05
O6 0.22 0.22 0.27 0.30 0.27 0.30 0.28 0.49 0.24 0.29 0.22 0.17 0.24 0.30 0.27 0.24 0.38 0.19 0.13 0.22 0.18 0.12 0.13
OP1 0.14 0.14 0.20 0.15 0.17 0.17 0.20 0.38 0.18 0.25 0.14 0.19 0.15 0.26 0.20 0.18 0.24 0.07 0.10 0.22 0.13 0.11 0.09
OP2 0.11 0.17 0.17 0.19 0.15 0.26 0.18 0.49 0.17 0.22 0.14 0.26 0.17 0.25 0.17 0.16 0.29 0.10 0.20 0.23 0.27 0.25 0.24
P 0.15 0.15 0.21 0.16 0.19 0.17 0.24 0.39 0.22 0.28 0.16 0.18 0.16 0.30 0.22 0.18 0.26 0.07 0.11 0.27 0.17 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.13 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.02 0.30 0.14 0.22
C2 0.10 0.00 0.19 0.33 0.01 0.37 0.02 0.59 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.19 0.38 0.16 0.20 0.02 0.16 0.14 0.16
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.12 0.25 0.19 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.16 0.11
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.16 0.00 0.12 0.02 0.18 0.10 0.27 0.41 0.30 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.15 0.23 0.14
C4 0.04 0.01 0.07 0.16 0.00 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.07 0.36 0.01 0.31 0.21 0.28
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.18 0.00 0.15 0.00 0.23 0.05 0.32 0.46 0.32 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.21 0.18 0.19 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.06 0.34 0.02 0.30 0.20 0.27
C5' 0.04 0.59 0.02 0.02 0.32 0.00 0.33 0.00 0.45 0.14 0.55 0.71 0.47 0.23 0.15 0.05 0.05 0.01 0.00 0.46 0.28 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.18 0.01 0.23 0.01 0.45 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.19 0.10 0.28 0.00 0.22 0.16 0.20
C8 0.05 0.02 0.13 0.10 0.01 0.05 0.01 0.14 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.12 0.02 0.38 0.06 0.37 0.22 0.31
N1 0.06 0.00 0.12 0.27 0.01 0.32 0.02 0.55 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.31 0.14 0.22 0.02 0.16 0.13 0.15
N2 0.13 0.00 0.25 0.41 0.01 0.46 0.02 0.71 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.28 0.50 0.20 0.10 0.02 0.10 0.11 0.09
N3 0.10 0.00 0.19 0.30 0.01 0.32 0.01 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.19 0.32 0.15 0.30 0.01 0.26 0.19 0.25
N7 0.04 0.02 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.23 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.09 0.03 0.37 0.07 0.34 0.22 0.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.37 0.04 0.35 0.21 0.30
O2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.17 0.11 0.28 0.19 0.15 0.05 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07 0.08 0.16 0.07
O3' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.16 0.03 0.11 0.05 0.19 0.12 0.31 0.50 0.32 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.32 0.16 0.11 0.36 0.26
O4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.14 0.20 0.15 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.33 0.08 0.35 0.12 0.25
O5' 0.27 0.20 0.12 0.17 0.36 0.01 0.34 0.00 0.28 0.38 0.22 0.10 0.30 0.37 0.37 0.08 0.32 0.33 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.02 0.16 0.01 0.21 0.02 0.46 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.07 0.16 0.08 0.26 0.00 0.19 0.14 0.17
OP1 0.30 0.16 0.16 0.15 0.31 0.18 0.30 0.28 0.22 0.37 0.16 0.10 0.26 0.34 0.35 0.08 0.11 0.35 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.14 0.16 0.23 0.21 0.19 0.20 0.32 0.16 0.22 0.13 0.11 0.19 0.22 0.21 0.16 0.36 0.12 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.16 0.11 0.14 0.28 0.02 0.27 0.01 0.20 0.31 0.15 0.09 0.25 0.29 0.30 0.07 0.26 0.25 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00