ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.012, 0.046, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.046 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.043, 0.079, 0.114, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.079 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.053, 0.134, 0.214, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.134 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.094, 0.204, 0.314, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.204 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.043, 0.162, 0.281, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.162 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.086, 0.244, 0.402, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.244 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.049, 0.232, 0.414, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.232 std_dev=0.183
O5' B 0, 0.230, 0.484, 0.739, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.484 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.207, 0.464, 0.721, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.464 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.264, 0.541, 0.819, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.541 std_dev=0.278
P B 0, 0.200, 0.493, 0.787, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.493 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.175, 0.468, 0.762, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.468 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.271, 0.576, 0.880, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.576 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.240, 0.547, 0.854, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.547 std_dev=0.307
O4' B 0, 0.263, 0.590, 0.917, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.590 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.244, 0.574, 0.903, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.574 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.262, 0.599, 0.936, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.599 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.280, 0.624, 0.969, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.624 std_dev=0.344
C5' A 0, 0.073, 0.424, 0.774, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.424 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.280, 0.631, 0.982, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.631 std_dev=0.351
N9 B 0, 0.245, 0.599, 0.953, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.599 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.215, 0.613, 1.010, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.613 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.319, 0.723, 1.127, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.723 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.209, 0.614, 1.019, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.614 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.421, 0.867, 1.313, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.867 std_dev=0.446
N3 B 0, 0.185, 0.648, 1.112, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.648 std_dev=0.463
C6 B 0, 0.217, 0.686, 1.155, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.686 std_dev=0.469
O6 B 0, 0.266, 0.755, 1.243, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.755 std_dev=0.488
P A 0, 0.121, 0.635, 1.149, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.635 std_dev=0.514
C2 B 0, 0.154, 0.679, 1.204, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.679 std_dev=0.525
N1 B 0, 0.172, 0.705, 1.238, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.705 std_dev=0.533
O5' A 0, 0.060, 0.606, 1.153, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.606 std_dev=0.546
N2 B 0, 0.141, 0.732, 1.324, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.732 std_dev=0.591
OP2 A 0, -0.133, 1.225, 2.583, 3.350 max_d=3.350 avg_d=1.225 std_dev=1.358
OP1 A 0, -0.204, 1.421, 3.046, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.421 std_dev=1.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.02 1.02 0.42 0.48
C2 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.09 0.05 0.05 0.02 1.11 0.10 0.42
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.53 0.31 0.30
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.29 0.63 0.32
C4 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 1.19 0.11 0.44
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.53 0.66 0.44
C5 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 1.32 0.22 0.43
C5' 0.03 0.15 0.05 0.01 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.09 0.17 0.15 0.12 0.13 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.19 0.06 0.05 0.02
C6 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 1.31 0.25 0.43
C8 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.03 0.01 1.38 0.22 0.43
N1 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.07 0.02 1.21 0.14 0.42
N2 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.07 0.05 0.03 1.02 0.14 0.41
N3 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03 0.02 1.06 0.16 0.42
N7 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 1.40 0.34 0.42
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 1.20 0.13 0.44
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.51 0.38 0.31
O3' 0.08 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.06 0.15 0.08 0.08 0.07 0.04 0.00 0.10 0.04 0.02 0.47 1.05 0.50
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04 0.00 0.02 0.10 0.00 0.12 0.02 1.12 0.51 0.55
O5' 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.03 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.12 0.00 0.11 0.01 0.03 0.00
O6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.11 0.00 1.36 0.37 0.42
OP1 1.02 1.11 0.53 0.29 1.19 0.53 1.32 0.06 1.31 1.38 1.21 1.02 1.06 1.40 1.20 0.51 0.47 1.12 0.01 1.36 0.00 0.02 0.00
OP2 0.42 0.10 0.31 0.63 0.11 0.66 0.22 0.05 0.25 0.22 0.14 0.14 0.16 0.34 0.13 0.38 1.05 0.51 0.03 0.37 0.02 0.00 0.00
P 0.48 0.42 0.30 0.32 0.44 0.44 0.43 0.02 0.43 0.43 0.42 0.41 0.42 0.42 0.44 0.31 0.50 0.55 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.34 0.24 0.18 0.31 0.17 0.35 0.17 0.40 0.27 0.39 0.34 0.31 0.34 0.26 0.39 0.18 0.19 0.17 0.46 0.22 0.13 0.18
C2 0.16 0.23 0.25 0.18 0.22 0.15 0.25 0.14 0.29 0.19 0.27 0.23 0.21 0.25 0.18 0.40 0.18 0.13 0.13 0.34 0.15 0.19 0.14
C2' 0.17 0.30 0.26 0.17 0.26 0.14 0.30 0.13 0.36 0.22 0.35 0.30 0.26 0.28 0.21 0.44 0.17 0.15 0.13 0.43 0.14 0.12 0.12
C3' 0.18 0.31 0.25 0.17 0.27 0.15 0.31 0.14 0.36 0.23 0.35 0.31 0.27 0.28 0.22 0.42 0.17 0.15 0.14 0.42 0.16 0.12 0.14
C4 0.17 0.29 0.23 0.17 0.27 0.15 0.31 0.15 0.35 0.24 0.33 0.29 0.26 0.30 0.22 0.37 0.16 0.16 0.14 0.40 0.19 0.13 0.16
C4' 0.17 0.25 0.24 0.17 0.23 0.15 0.25 0.15 0.29 0.20 0.28 0.25 0.23 0.24 0.19 0.40 0.17 0.14 0.13 0.33 0.17 0.12 0.16
C5 0.17 0.31 0.21 0.15 0.28 0.15 0.33 0.15 0.36 0.26 0.35 0.31 0.28 0.32 0.24 0.32 0.15 0.17 0.14 0.41 0.21 0.12 0.18
C5' 0.23 0.15 0.37 0.24 0.15 0.19 0.13 0.18 0.13 0.16 0.13 0.15 0.16 0.13 0.18 0.54 0.22 0.18 0.19 0.13 0.12 0.16 0.12
C6 0.17 0.30 0.20 0.16 0.28 0.15 0.32 0.15 0.35 0.27 0.33 0.30 0.28 0.33 0.24 0.29 0.16 0.17 0.14 0.40 0.23 0.14 0.19
C8 0.17 0.32 0.21 0.14 0.29 0.14 0.34 0.14 0.38 0.26 0.37 0.33 0.29 0.33 0.24 0.34 0.14 0.17 0.13 0.44 0.20 0.12 0.18
N1 0.16 0.26 0.22 0.17 0.25 0.15 0.29 0.15 0.32 0.23 0.29 0.26 0.24 0.29 0.21 0.33 0.17 0.15 0.14 0.36 0.20 0.15 0.16
N2 0.17 0.18 0.27 0.20 0.16 0.15 0.19 0.14 0.23 0.14 0.21 0.18 0.16 0.18 0.14 0.45 0.20 0.12 0.13 0.28 0.12 0.25 0.16
N3 0.16 0.24 0.25 0.18 0.22 0.14 0.26 0.14 0.30 0.20 0.28 0.24 0.22 0.25 0.19 0.41 0.18 0.13 0.13 0.36 0.15 0.16 0.13
N7 0.17 0.33 0.19 0.14 0.30 0.14 0.34 0.14 0.38 0.27 0.37 0.33 0.30 0.33 0.25 0.30 0.14 0.17 0.13 0.43 0.21 0.14 0.19
N9 0.17 0.31 0.23 0.16 0.28 0.15 0.32 0.15 0.37 0.25 0.35 0.31 0.28 0.31 0.23 0.37 0.16 0.16 0.14 0.42 0.19 0.12 0.17
O2' 0.20 0.37 0.26 0.17 0.31 0.15 0.37 0.15 0.44 0.27 0.42 0.37 0.32 0.34 0.25 0.45 0.17 0.17 0.15 0.51 0.16 0.14 0.13
O3' 0.23 0.41 0.24 0.19 0.36 0.19 0.41 0.18 0.48 0.31 0.47 0.41 0.36 0.39 0.30 0.40 0.20 0.20 0.18 0.55 0.22 0.15 0.17
O4' 0.18 0.30 0.23 0.17 0.27 0.17 0.31 0.17 0.35 0.24 0.33 0.30 0.27 0.30 0.23 0.37 0.18 0.17 0.16 0.40 0.22 0.13 0.19
O5' 0.14 0.12 0.25 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.41 0.14 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.13
O6 0.19 0.32 0.17 0.15 0.31 0.16 0.34 0.15 0.37 0.29 0.35 0.32 0.30 0.35 0.27 0.23 0.16 0.20 0.15 0.40 0.24 0.21 0.23
OP1 1.11 0.62 1.33 1.33 0.75 1.27 0.61 1.30 0.44 0.86 0.47 0.60 0.75 0.67 0.91 1.47 1.32 1.13 1.22 0.28 1.03 1.31 1.17
OP2 0.23 0.56 0.13 0.07 0.46 0.23 0.52 0.26 0.62 0.36 0.62 0.58 0.48 0.47 0.36 0.34 0.09 0.34 0.25 0.69 0.20 0.25 0.24
P 0.34 0.09 0.56 0.47 0.14 0.37 0.08 0.37 0.07 0.20 0.06 0.09 0.14 0.10 0.22 0.74 0.44 0.30 0.35 0.13 0.26 0.36 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.03 0.14 0.06 0.14
C2 0.05 0.00 0.14 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.07 0.05 0.06 0.03 0.05 0.14 0.06
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05 0.11 0.18 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.06 0.29 0.28 0.32
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.13 0.05
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.06 0.17 0.06
C5' 0.02 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03
C6 0.03 0.02 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.19 0.07
C8 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.03 0.04 0.10 0.02 0.05 0.13 0.05
N1 0.04 0.01 0.11 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.14 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.17 0.06
N2 0.08 0.00 0.18 0.08 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.15 0.06
N3 0.05 0.01 0.14 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.08 0.05 0.06 0.01 0.06 0.12 0.06
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.03 0.10 0.02 0.07 0.18 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.09 0.06
O2' 0.03 0.21 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.06 0.04 0.16 0.14 0.30 0.21 0.13 0.03 0.00 0.08 0.04 0.16 0.03 0.44 0.38 0.42
O3' 0.09 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.00 0.05 0.02 0.05 0.11 0.13 0.14
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.06 0.14 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.16 0.02 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.00 0.09 0.22 0.09
OP1 0.14 0.05 0.29 0.11 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.44 0.11 0.05 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.28 0.18 0.13 0.03 0.17 0.02 0.19 0.13 0.17 0.15 0.12 0.18 0.09 0.38 0.13 0.06 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.06 0.32 0.18 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.42 0.14 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00