ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.005, 0.027, 0.050, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.005, 0.035, 0.064, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.009, 0.040, 0.071, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.011, 0.098, 0.186, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.098 std_dev=0.088
O4' A 0, -0.018, 0.125, 0.267, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.125 std_dev=0.142
C4' A 0, -0.071, 0.215, 0.502, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.215 std_dev=0.286
P B 0, 0.133, 0.423, 0.714, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.423 std_dev=0.290
C2' A 0, -0.090, 0.215, 0.520, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.215 std_dev=0.305
OP2 B 0, 0.197, 0.555, 0.914, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.555 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.219, 0.583, 0.948, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.583 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.108, 0.489, 0.870, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.489 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.282, 0.760, 1.238, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.760 std_dev=0.478
C5' A 0, -0.132, 0.357, 0.845, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.357 std_dev=0.488
O2' A 0, -0.205, 0.357, 0.919, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.357 std_dev=0.562
C5' B 0, 0.238, 0.853, 1.468, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.853 std_dev=0.615
C3' A 0, -0.246, 0.372, 0.989, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.372 std_dev=0.617
O4' B 0, 0.333, 0.963, 1.592, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.963 std_dev=0.630
O5' A 0, -0.280, 0.578, 1.436, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.578 std_dev=0.858
OP1 A 0, 0.012, 0.892, 1.773, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.892 std_dev=0.880
C1' B 0, 0.402, 1.354, 2.306, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.354 std_dev=0.952
C3' B 0, 0.295, 1.265, 2.235, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.265 std_dev=0.970
P A 0, -0.225, 0.823, 1.871, 3.103 max_d=3.103 avg_d=0.823 std_dev=1.048
O3' A 0, -0.462, 0.610, 1.681, 2.997 max_d=2.997 avg_d=0.610 std_dev=1.071
C2' B 0, 0.306, 1.453, 2.600, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.453 std_dev=1.147
O3' B 0, 0.252, 1.549, 2.845, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.549 std_dev=1.296
N9 B 0, 0.442, 1.936, 3.429, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.936 std_dev=1.493
O2' B 0, 0.317, 1.908, 3.500, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.908 std_dev=1.592
C4 B 0, 0.533, 2.452, 4.371, 4.493 max_d=4.493 avg_d=2.452 std_dev=1.919
C8 B 0, 0.213, 2.350, 4.486, 6.191 max_d=6.191 avg_d=2.350 std_dev=2.137
OP2 A 0, -0.905, 1.247, 3.398, 6.034 max_d=6.034 avg_d=1.247 std_dev=2.152
N3 B 0, 0.569, 2.784, 4.998, 5.382 max_d=5.382 avg_d=2.784 std_dev=2.214
C5 B 0, 0.452, 2.903, 5.355, 6.447 max_d=6.447 avg_d=2.903 std_dev=2.452
N7 B 0, 0.182, 2.848, 5.513, 7.637 max_d=7.637 avg_d=2.848 std_dev=2.666
C2 B 0, 0.602, 3.461, 6.320, 6.732 max_d=6.732 avg_d=3.461 std_dev=2.859
C6 B 0, 0.514, 3.511, 6.509, 7.445 max_d=7.445 avg_d=3.511 std_dev=2.997
N1 B 0, 0.602, 3.729, 6.857, 7.101 max_d=7.101 avg_d=3.729 std_dev=3.128
N2 B 0, 0.648, 4.100, 7.551, 7.976 max_d=7.976 avg_d=4.100 std_dev=3.451
O6 B 0, 0.418, 3.952, 7.486, 9.229 max_d=9.229 avg_d=3.952 std_dev=3.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.04 0.31 0.15
C2 0.06 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.09 0.06 0.41 0.04 0.19 0.90 0.46
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.09 0.16 0.04 0.14 0.09 0.17 0.07 0.01 0.05 0.01 0.24 0.11 0.28 0.25 0.20
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.17 0.01 0.29 0.03 0.27 0.38 0.17 0.10 0.06 0.40 0.21 0.03 0.01 0.01 0.28 0.32 0.46 0.16 0.22
C4 0.03 0.02 0.04 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.15 0.03 0.46 0.02 0.18 0.93 0.49
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.19 0.07 0.09 0.05 0.19 0.09 0.13 0.06 0.01 0.01 0.14 0.16 0.12 0.02
C5 0.02 0.02 0.10 0.29 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.12 0.29 0.02 0.61 0.02 0.27 1.28 0.69
C5' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.14 0.01 0.25 0.00 0.25 0.31 0.17 0.06 0.05 0.34 0.16 0.11 0.08 0.02 0.01 0.29 0.28 0.24 0.02
C6 0.03 0.03 0.09 0.27 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.17 0.28 0.03 0.63 0.01 0.30 1.38 0.73
C8 0.01 0.02 0.16 0.38 0.01 0.19 0.02 0.31 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.03 0.63 0.02 0.23 1.19 0.66
N1 0.04 0.02 0.04 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.24 0.17 0.04 0.54 0.03 0.26 1.18 0.62
N2 0.09 0.01 0.14 0.10 0.03 0.09 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.38 0.15 0.09 0.34 0.07 0.17 0.78 0.39
N3 0.05 0.01 0.09 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.30 0.09 0.05 0.34 0.04 0.15 0.73 0.38
N7 0.02 0.02 0.17 0.40 0.02 0.19 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.40 0.03 0.71 0.02 0.31 1.47 0.80
N9 0.01 0.02 0.07 0.21 0.01 0.09 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.17 0.02 0.42 0.02 0.14 0.80 0.43
O2' 0.01 0.31 0.01 0.03 0.18 0.13 0.12 0.11 0.17 0.02 0.24 0.38 0.30 0.03 0.07 0.00 0.06 0.10 0.19 0.15 0.32 0.11 0.17
O3' 0.04 0.09 0.05 0.01 0.15 0.06 0.29 0.08 0.28 0.35 0.17 0.15 0.09 0.40 0.17 0.06 0.00 0.05 0.14 0.35 0.54 0.16 0.14
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03 0.02 0.10 0.05 0.00 0.05 0.03 0.12 0.13 0.08
O5' 0.15 0.41 0.24 0.28 0.46 0.01 0.61 0.01 0.63 0.63 0.54 0.34 0.34 0.71 0.42 0.19 0.14 0.05 0.00 0.69 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.04 0.11 0.32 0.02 0.14 0.02 0.29 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.15 0.35 0.03 0.69 0.00 0.34 1.57 0.83
OP1 0.04 0.19 0.28 0.46 0.18 0.16 0.27 0.28 0.30 0.23 0.26 0.17 0.15 0.31 0.14 0.32 0.54 0.12 0.02 0.34 0.00 0.02 0.00
OP2 0.31 0.90 0.25 0.16 0.93 0.12 1.28 0.24 1.38 1.19 1.18 0.78 0.73 1.47 0.80 0.11 0.16 0.13 0.02 1.57 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.46 0.20 0.22 0.49 0.02 0.69 0.02 0.73 0.66 0.62 0.39 0.38 0.80 0.43 0.17 0.14 0.08 0.01 0.83 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.63 1.18 0.74 0.23 1.22 0.34 1.80 0.60 1.88 1.93 1.49 1.32 0.98 2.27 1.21 1.00 0.93 0.16 0.34 2.29 0.35 0.08 0.20
C2 0.51 0.86 0.61 0.24 0.95 0.37 1.52 0.61 1.47 1.87 1.05 1.13 0.72 2.10 1.08 0.77 0.92 0.25 0.38 1.79 0.32 0.05 0.21
C2' 0.56 1.36 0.57 0.37 1.28 0.49 1.88 0.70 2.04 1.87 1.69 1.50 1.12 2.29 1.18 0.88 1.18 0.12 0.32 2.48 0.29 0.07 0.16
C3' 0.55 1.34 0.55 0.37 1.29 0.46 1.93 0.64 2.10 1.91 1.71 1.46 1.09 2.34 1.19 0.85 1.21 0.14 0.35 2.57 0.36 0.13 0.23
C4 0.53 0.91 0.64 0.24 1.00 0.35 1.60 0.58 1.59 1.89 1.14 1.19 0.76 2.18 1.10 0.84 0.92 0.23 0.35 1.97 0.30 0.05 0.19
C4' 0.59 1.27 0.67 0.30 1.25 0.40 1.86 0.63 1.99 1.89 1.61 1.41 1.05 2.28 1.19 0.97 1.07 0.12 0.33 2.44 0.35 0.08 0.21
C5 0.47 0.75 0.59 0.25 0.84 0.32 1.45 0.50 1.39 1.85 0.90 1.17 0.61 2.10 1.01 0.74 0.87 0.28 0.32 1.78 0.21 0.11 0.17
C5' 0.56 1.15 0.65 0.26 1.19 0.36 1.82 0.59 1.94 1.91 1.50 1.31 0.94 2.30 1.17 0.93 1.03 0.21 0.40 2.40 0.45 0.18 0.31
C6 0.43 0.66 0.54 0.26 0.70 0.30 1.30 0.44 1.19 1.79 0.69 1.18 0.53 2.00 0.94 0.64 0.82 0.32 0.29 1.57 0.15 0.14 0.15
C8 0.50 0.85 0.63 0.24 0.95 0.34 1.58 0.54 1.57 1.89 1.08 1.19 0.70 2.18 1.07 0.83 0.89 0.26 0.34 1.99 0.26 0.11 0.19
N1 0.45 0.71 0.55 0.27 0.77 0.32 1.34 0.49 1.23 1.82 0.78 1.15 0.58 2.01 0.98 0.66 0.85 0.29 0.31 1.58 0.20 0.07 0.16
N2 0.53 0.89 0.60 0.24 0.99 0.41 1.51 0.69 1.46 1.84 1.09 1.09 0.76 2.04 1.09 0.76 0.96 0.25 0.43 1.74 0.39 0.12 0.26
N3 0.55 0.99 0.65 0.22 1.07 0.37 1.64 0.64 1.64 1.89 1.24 1.20 0.83 2.17 1.13 0.86 0.94 0.21 0.38 2.00 0.36 0.06 0.22
N7 0.45 0.73 0.58 0.24 0.82 0.33 1.45 0.49 1.39 1.84 0.87 1.17 0.58 2.10 1.00 0.74 0.86 0.30 0.32 1.81 0.20 0.15 0.18
N9 0.55 0.98 0.67 0.23 1.06 0.35 1.67 0.59 1.69 1.91 1.25 1.22 0.81 2.22 1.13 0.89 0.92 0.21 0.35 2.10 0.32 0.06 0.20
O2' 0.56 1.54 0.57 0.60 1.31 0.77 1.81 0.92 2.04 1.62 1.81 1.71 1.30 2.07 1.08 0.95 1.41 0.31 0.35 2.43 0.29 0.30 0.25
O3' 0.53 1.52 0.50 0.47 1.38 0.56 2.01 0.70 2.27 1.85 1.92 1.61 1.23 2.35 1.18 0.83 1.33 0.11 0.32 2.77 0.29 0.13 0.19
O4' 0.63 1.14 0.77 0.25 1.19 0.30 1.78 0.57 1.85 1.93 1.45 1.30 0.95 2.26 1.21 1.04 0.90 0.17 0.35 2.27 0.37 0.08 0.22
O5' 0.76 1.00 0.80 0.16 1.31 0.30 2.02 0.58 2.09 2.20 1.51 0.96 0.82 2.57 1.39 0.92 0.72 0.52 0.70 2.59 0.75 0.58 0.65
O6 0.39 0.60 0.48 0.25 0.53 0.27 1.14 0.34 0.97 1.71 0.43 1.24 0.46 1.87 0.85 0.54 0.74 0.37 0.26 1.35 0.09 0.23 0.13
OP1 0.65 1.06 0.72 0.15 1.27 0.31 1.98 0.55 2.08 2.11 1.54 1.13 0.85 2.52 1.30 0.91 0.85 0.35 0.49 2.62 0.44 0.34 0.39
OP2 1.16 1.05 1.09 0.52 1.64 0.67 2.38 0.90 2.42 2.62 1.72 0.59 0.94 3.00 1.78 1.00 0.35 1.06 1.26 2.97 1.46 1.28 1.35
P 0.79 0.89 0.81 0.18 1.30 0.39 2.02 0.64 2.08 2.25 1.45 0.81 0.72 2.61 1.41 0.89 0.65 0.63 0.80 2.61 0.88 0.70 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.10 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.23 0.01 0.27 0.04 0.13 0.46 0.26
C2 0.04 0.00 0.31 0.60 0.01 0.40 0.04 0.63 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.18 0.29 0.24 0.91 0.02 1.05 0.74 0.91
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.16 0.09 0.26 0.21 0.39 0.31 0.20 0.06 0.00 0.03 0.05 0.39 0.05 0.45 0.59 0.42
C3' 0.03 0.60 0.01 0.00 0.28 0.01 0.14 0.03 0.26 0.25 0.46 0.75 0.56 0.15 0.04 0.02 0.01 0.04 0.24 0.20 0.28 0.45 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.28 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.17 0.11 0.37 0.02 0.30 0.55 0.22
C4' 0.03 0.40 0.02 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.13 0.25 0.29 0.52 0.38 0.18 0.04 0.17 0.03 0.01 0.02 0.08 0.17 0.13 0.10
C5 0.02 0.04 0.06 0.14 0.01 0.05 0.00 0.27 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.20 0.17 0.05 0.45 0.02 0.32 0.99 0.49
C5' 0.10 0.63 0.16 0.03 0.24 0.01 0.27 0.00 0.27 0.62 0.45 0.87 0.56 0.53 0.27 0.11 0.16 0.03 0.02 0.27 0.11 0.21 0.04
C6 0.03 0.02 0.09 0.26 0.02 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.20 0.16 0.10 0.41 0.01 0.38 0.78 0.33
C8 0.03 0.01 0.26 0.25 0.01 0.25 0.01 0.62 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.31 0.13 0.99 0.03 0.92 1.65 1.20
N1 0.04 0.01 0.21 0.46 0.02 0.29 0.03 0.45 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.19 0.22 0.19 0.65 0.01 0.77 0.51 0.58
N2 0.04 0.01 0.39 0.75 0.01 0.52 0.05 0.87 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.22 0.39 0.28 1.28 0.03 1.51 1.27 1.43
N3 0.04 0.01 0.31 0.56 0.01 0.38 0.03 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.15 0.26 0.24 0.79 0.02 0.85 0.61 0.73
N7 0.05 0.06 0.20 0.15 0.04 0.18 0.02 0.53 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.00 0.05 0.27 0.27 0.10 0.85 0.04 0.82 1.67 1.11
N9 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.27 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.13 0.21 0.02 0.47 0.03 0.31 0.86 0.51
O2' 0.03 0.18 0.00 0.02 0.14 0.17 0.20 0.11 0.20 0.25 0.19 0.22 0.15 0.27 0.13 0.00 0.04 0.08 0.36 0.23 0.44 0.65 0.41
O3' 0.23 0.29 0.03 0.01 0.17 0.03 0.17 0.16 0.16 0.31 0.22 0.39 0.26 0.27 0.21 0.04 0.00 0.13 0.29 0.16 0.16 0.74 0.33
O4' 0.01 0.24 0.05 0.04 0.11 0.01 0.05 0.03 0.10 0.13 0.19 0.28 0.24 0.10 0.02 0.08 0.13 0.00 0.10 0.09 0.24 0.19 0.25
O5' 0.27 0.91 0.39 0.24 0.37 0.02 0.45 0.02 0.41 0.99 0.65 1.28 0.79 0.85 0.47 0.36 0.29 0.10 0.00 0.41 0.02 0.01 0.02
O6 0.04 0.02 0.05 0.20 0.02 0.08 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.23 0.16 0.09 0.41 0.00 0.37 1.00 0.45
OP1 0.13 1.05 0.45 0.28 0.30 0.17 0.32 0.11 0.38 0.92 0.77 1.51 0.85 0.82 0.31 0.44 0.16 0.24 0.02 0.37 0.00 0.03 0.02
OP2 0.46 0.74 0.59 0.45 0.55 0.13 0.99 0.21 0.78 1.65 0.51 1.27 0.61 1.67 0.86 0.65 0.74 0.19 0.01 1.00 0.03 0.00 0.01
P 0.26 0.91 0.42 0.24 0.22 0.10 0.49 0.04 0.33 1.20 0.58 1.43 0.73 1.11 0.51 0.41 0.33 0.25 0.02 0.45 0.02 0.01 0.00