ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51438

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.011, 0.038, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.059, 0.204, 0.349, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.204 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.060, 0.229, 0.398, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.229 std_dev=0.169
O4' A 0, 0.025, 0.294, 0.563, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.294 std_dev=0.269
P B 0, 0.154, 0.445, 0.737, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.445 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.168, 0.486, 0.803, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.486 std_dev=0.317
C3' A 0, 0.120, 0.500, 0.880, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.500 std_dev=0.380
C4' A 0, 0.112, 0.559, 1.005, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.559 std_dev=0.447
O3' A 0, 0.189, 0.662, 1.135, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.662 std_dev=0.473
OP2 B 0, 0.533, 1.274, 2.015, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.274 std_dev=0.741
C5' A 0, 0.161, 0.913, 1.666, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.913 std_dev=0.753
P A 0, 0.358, 1.130, 1.902, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.130 std_dev=0.772
O5' A 0, 0.103, 0.948, 1.793, 2.313 max_d=2.313 avg_d=0.948 std_dev=0.845
O5' B 0, 0.733, 1.927, 3.120, 3.170 max_d=3.170 avg_d=1.927 std_dev=1.193
OP1 A 0, 0.966, 2.460, 3.955, 3.948 max_d=3.948 avg_d=2.460 std_dev=1.494
C8 B 0, 1.054, 2.570, 4.086, 3.684 max_d=3.684 avg_d=2.570 std_dev=1.516
N7 B 0, 0.806, 2.323, 3.841, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.323 std_dev=1.517
OP2 A 0, 0.559, 2.244, 3.929, 4.098 max_d=4.098 avg_d=2.244 std_dev=1.685
C5' B 0, 1.202, 3.247, 5.292, 5.273 max_d=5.273 avg_d=3.247 std_dev=2.045
C5 B 0, 1.458, 3.573, 5.689, 5.508 max_d=5.508 avg_d=3.573 std_dev=2.115
N9 B 0, 1.662, 4.058, 6.454, 6.179 max_d=6.179 avg_d=4.058 std_dev=2.396
C6 B 0, 1.517, 3.954, 6.390, 6.661 max_d=6.661 avg_d=3.954 std_dev=2.436
O6 B 0, 0.850, 3.326, 5.801, 6.963 max_d=6.963 avg_d=3.326 std_dev=2.476
C4 B 0, 1.957, 4.678, 7.399, 6.751 max_d=6.751 avg_d=4.678 std_dev=2.721
O4' B 0, 1.619, 4.394, 7.170, 7.296 max_d=7.296 avg_d=4.394 std_dev=2.776
C4' B 0, 1.660, 4.558, 7.456, 7.404 max_d=7.404 avg_d=4.558 std_dev=2.898
C1' B 0, 1.919, 4.932, 7.946, 7.904 max_d=7.904 avg_d=4.932 std_dev=3.013
N1 B 0, 2.247, 5.373, 8.498, 7.793 max_d=7.793 avg_d=5.373 std_dev=3.126
C3' B 0, 1.868, 5.136, 8.404, 8.141 max_d=8.141 avg_d=5.136 std_dev=3.268
C2' B 0, 2.129, 5.550, 8.970, 9.065 max_d=9.065 avg_d=5.550 std_dev=3.421
N3 B 0, 2.540, 6.158, 9.777, 9.050 max_d=9.050 avg_d=6.158 std_dev=3.619
C2 B 0, 2.692, 6.407, 10.122, 8.972 max_d=8.972 avg_d=6.407 std_dev=3.715
O2' B 0, 2.408, 6.484, 10.560, 11.074 max_d=11.074 avg_d=6.484 std_dev=4.076
O3' B 0, 2.124, 6.257, 10.390, 10.053 max_d=10.053 avg_d=6.257 std_dev=4.133
N2 B 0, 3.256, 7.805, 12.354, 11.043 max_d=11.043 avg_d=7.805 std_dev=4.549

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.14 0.05
C2 0.02 0.00 0.20 0.26 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.26 0.14 0.18 0.01 0.31 0.42 0.24
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.14 0.05 0.18 0.22 0.18 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.35 0.23 0.14
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.29 0.15 0.29 0.25 0.21 0.21 0.14 0.02 0.01 0.01 0.10 0.30 0.41 0.22 0.18
C4 0.02 0.02 0.12 0.21 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.07 0.20 0.01 0.31 0.35 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.13 0.22 0.07 0.08 0.04 0.22 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.17 0.22 0.16 0.07
C5 0.01 0.02 0.10 0.25 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.26 0.03 0.33 0.01 0.48 0.52 0.38
C5' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.25 0.00 0.24 0.34 0.15 0.06 0.04 0.36 0.15 0.05 0.04 0.03 0.00 0.31 0.18 0.22 0.00
C6 0.01 0.01 0.14 0.29 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.31 0.04 0.35 0.00 0.55 0.63 0.45
C8 0.03 0.03 0.05 0.15 0.01 0.22 0.01 0.34 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.16 0.12 0.36 0.03 0.40 0.33 0.32
N1 0.02 0.01 0.18 0.29 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.31 0.10 0.28 0.00 0.44 0.56 0.36
N2 0.03 0.00 0.22 0.25 0.02 0.08 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.25 0.17 0.14 0.00 0.27 0.40 0.19
N3 0.03 0.01 0.18 0.21 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.20 0.14 0.13 0.01 0.25 0.31 0.16
N7 0.02 0.03 0.05 0.21 0.01 0.22 0.00 0.36 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.24 0.08 0.42 0.03 0.56 0.56 0.47
N9 0.00 0.03 0.05 0.14 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.18 0.02 0.25 0.22 0.15
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.09 0.06 0.07 0.32 0.18 0.11
O3' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.21 0.03 0.26 0.04 0.31 0.16 0.31 0.25 0.20 0.24 0.13 0.03 0.00 0.01 0.14 0.34 0.51 0.21 0.20
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.12 0.10 0.17 0.14 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.12 0.03 0.21 0.18 0.10
O5' 0.02 0.18 0.05 0.10 0.20 0.02 0.33 0.00 0.35 0.36 0.28 0.14 0.13 0.42 0.18 0.06 0.14 0.12 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.13 0.30 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.34 0.03 0.42 0.00 0.67 0.75 0.55
OP1 0.24 0.31 0.35 0.41 0.31 0.22 0.48 0.18 0.55 0.40 0.44 0.27 0.25 0.56 0.25 0.32 0.51 0.21 0.01 0.67 0.00 0.04 0.02
OP2 0.14 0.42 0.23 0.22 0.35 0.16 0.52 0.22 0.63 0.33 0.56 0.40 0.31 0.56 0.22 0.18 0.21 0.18 0.01 0.75 0.04 0.00 0.02
P 0.05 0.24 0.14 0.18 0.23 0.07 0.38 0.00 0.45 0.32 0.36 0.19 0.16 0.47 0.15 0.11 0.20 0.10 0.01 0.55 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.84 0.94 0.87 0.88 0.79 0.90 0.66 0.70 0.70 0.54 0.83 1.05 0.95 0.54 0.72 0.78 0.83 0.84 0.41 0.65 0.04 0.28 0.09
C2 0.63 0.68 0.67 0.58 0.61 0.64 0.55 0.58 0.57 0.48 0.63 0.72 0.69 0.50 0.57 0.48 0.50 0.62 0.36 0.56 0.04 0.26 0.11
C2' 1.25 1.45 1.28 1.31 1.22 1.31 1.05 1.03 1.11 0.86 1.30 1.59 1.44 0.86 1.11 1.15 1.29 1.23 0.69 1.03 0.19 0.40 0.31
C3' 1.44 1.64 1.51 1.57 1.40 1.50 1.22 1.17 1.27 1.03 1.48 1.80 1.64 1.01 1.29 1.38 1.58 1.40 0.85 1.17 0.29 0.45 0.42
C4 0.62 0.63 0.72 0.71 0.54 0.69 0.46 0.57 0.47 0.41 0.54 0.69 0.65 0.41 0.51 0.62 0.68 0.60 0.37 0.45 0.04 0.24 0.11
C4' 1.10 1.25 1.14 1.17 1.04 1.14 0.86 0.87 0.90 0.71 1.09 1.40 1.25 0.69 0.95 1.04 1.14 1.08 0.56 0.82 0.03 0.25 0.14
C5 0.50 0.42 0.65 0.63 0.35 0.54 0.24 0.44 0.23 0.24 0.31 0.51 0.46 0.22 0.35 0.67 0.67 0.44 0.32 0.20 0.06 0.20 0.11
C5' 1.13 1.24 1.20 1.26 1.06 1.17 0.89 0.90 0.92 0.77 1.09 1.38 1.25 0.74 0.99 1.09 1.23 1.08 0.63 0.83 0.09 0.25 0.22
C6 0.47 0.39 0.62 0.55 0.30 0.51 0.16 0.40 0.15 0.15 0.26 0.48 0.43 0.13 0.30 0.71 0.69 0.43 0.31 0.10 0.07 0.17 0.11
C8 0.59 0.54 0.72 0.75 0.45 0.65 0.33 0.50 0.32 0.31 0.42 0.64 0.58 0.28 0.44 0.74 0.77 0.53 0.35 0.28 0.05 0.22 0.11
N1 0.40 0.33 0.55 0.46 0.29 0.43 0.25 0.38 0.25 0.24 0.27 0.38 0.36 0.26 0.29 0.49 0.54 0.35 0.29 0.26 0.07 0.19 0.11
N2 0.78 0.92 0.74 0.56 0.82 0.74 0.76 0.68 0.80 0.65 0.87 0.97 0.91 0.67 0.75 0.50 0.40 0.80 0.42 0.77 0.04 0.31 0.14
N3 0.75 0.83 0.77 0.73 0.73 0.79 0.64 0.67 0.67 0.54 0.76 0.90 0.84 0.56 0.67 0.60 0.63 0.76 0.41 0.64 0.03 0.28 0.11
N7 0.54 0.48 0.69 0.68 0.38 0.57 0.23 0.43 0.22 0.22 0.34 0.59 0.52 0.18 0.37 0.79 0.74 0.47 0.32 0.15 0.07 0.20 0.11
N9 0.69 0.71 0.78 0.80 0.60 0.76 0.50 0.61 0.51 0.43 0.60 0.79 0.73 0.42 0.56 0.70 0.77 0.66 0.39 0.47 0.03 0.25 0.11
O2' 1.15 1.42 1.14 1.13 1.14 1.19 0.95 0.89 1.03 0.70 1.25 1.61 1.40 0.70 1.00 1.06 1.11 1.16 0.48 0.94 0.07 0.36 0.07
O3' 1.71 2.00 1.76 1.80 1.68 1.73 1.45 1.33 1.52 1.19 1.79 2.22 1.98 1.16 1.52 1.67 1.85 1.65 0.95 1.40 0.29 0.48 0.46
O4' 0.77 0.85 0.80 0.81 0.70 0.82 0.56 0.63 0.59 0.46 0.72 0.96 0.86 0.44 0.63 0.74 0.77 0.77 0.35 0.53 0.14 0.27 0.07
O5' 1.12 1.17 1.23 1.31 1.04 1.16 0.91 0.93 0.92 0.84 1.04 1.27 1.19 0.81 1.00 1.10 1.29 1.05 0.74 0.85 0.25 0.37 0.36
O6 0.70 0.68 0.78 0.67 0.54 0.74 0.36 0.55 0.38 0.25 0.53 0.80 0.71 0.20 0.50 1.02 0.93 0.70 0.37 0.29 0.09 0.12 0.14
OP1 0.96 1.08 1.11 1.26 0.95 0.98 0.88 0.75 0.91 0.81 1.00 1.17 1.08 0.82 0.89 0.93 1.25 0.86 0.70 0.87 0.48 0.63 0.54
OP2 1.35 1.30 1.55 1.64 1.22 1.38 1.09 1.16 1.07 1.08 1.18 1.38 1.34 1.01 1.21 1.47 1.67 1.23 1.04 0.99 0.58 0.63 0.65
P 1.09 1.11 1.24 1.36 1.01 1.13 0.91 0.91 0.91 0.87 1.00 1.19 1.13 0.84 0.98 1.11 1.35 0.99 0.79 0.85 0.36 0.49 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.19 0.02 0.17 0.39 0.30
C2 0.02 0.00 0.33 0.27 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.48 0.20 0.25 0.01 0.26 0.41 0.39
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.04 0.10 0.19 0.17 0.16 0.26 0.39 0.32 0.09 0.04 0.02 0.04 0.05 0.38 0.15 0.25 0.50 0.42
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.24 0.00 0.30 0.02 0.33 0.26 0.31 0.28 0.23 0.30 0.18 0.01 0.01 0.02 0.05 0.36 0.22 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.18 0.24 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.31 0.12 0.25 0.01 0.27 0.42 0.38
C4' 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.18 0.01 0.10 0.06 0.16 0.07 0.27 0.03 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.30 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.34 0.23 0.07 0.30 0.01 0.33 0.44 0.40
C5' 0.09 0.16 0.19 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.22 0.17 0.16 0.15 0.24 0.14 0.13 0.19 0.03 0.01 0.20 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.33 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.30 0.10 0.31 0.01 0.34 0.43 0.42
C8 0.01 0.01 0.16 0.26 0.01 0.18 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.41 0.06 0.10 0.30 0.02 0.32 0.45 0.37
N1 0.02 0.01 0.26 0.31 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.39 0.17 0.28 0.01 0.30 0.42 0.41
N2 0.02 0.01 0.39 0.28 0.01 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.57 0.23 0.23 0.03 0.24 0.40 0.39
N3 0.01 0.00 0.32 0.23 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.47 0.20 0.23 0.01 0.24 0.40 0.37
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.43 0.13 0.05 0.34 0.02 0.37 0.47 0.41
N9 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.18 0.02 0.23 0.02 0.25 0.42 0.34
O2' 0.06 0.21 0.02 0.01 0.23 0.27 0.34 0.13 0.32 0.41 0.23 0.26 0.20 0.43 0.24 0.00 0.05 0.17 0.27 0.37 0.15 0.53 0.33
O3' 0.32 0.48 0.04 0.01 0.31 0.03 0.23 0.19 0.30 0.06 0.39 0.57 0.47 0.13 0.18 0.05 0.00 0.20 0.20 0.30 0.61 0.34 0.32
O4' 0.01 0.20 0.05 0.02 0.12 0.01 0.07 0.03 0.10 0.10 0.17 0.23 0.20 0.05 0.02 0.17 0.20 0.00 0.05 0.08 0.07 0.27 0.20
O5' 0.19 0.25 0.38 0.05 0.25 0.01 0.30 0.01 0.31 0.30 0.28 0.23 0.23 0.34 0.23 0.27 0.20 0.05 0.00 0.32 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.15 0.36 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.37 0.30 0.08 0.32 0.00 0.36 0.43 0.43
OP1 0.17 0.26 0.25 0.22 0.27 0.12 0.33 0.11 0.34 0.32 0.30 0.24 0.24 0.37 0.25 0.15 0.61 0.07 0.02 0.36 0.00 0.03 0.01
OP2 0.39 0.41 0.50 0.14 0.42 0.06 0.44 0.02 0.43 0.45 0.42 0.40 0.40 0.47 0.42 0.53 0.34 0.27 0.01 0.43 0.03 0.00 0.02
P 0.30 0.39 0.42 0.09 0.38 0.05 0.40 0.01 0.42 0.37 0.41 0.39 0.37 0.41 0.34 0.33 0.32 0.20 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00