ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51439

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.009, 0.039, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.038, 0.090, 0.142, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.090 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.044, 0.115, 0.185, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.115 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.054, 0.138, 0.222, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.138 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.070, 0.186, 0.301, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.186 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.073, 0.193, 0.313, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.193 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.097, 0.241, 0.385, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.241 std_dev=0.144
OP1 B 0, 0.141, 0.372, 0.602, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.372 std_dev=0.231
P B 0, 0.148, 0.414, 0.681, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.414 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.133, 0.417, 0.701, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.417 std_dev=0.284
C5' A 0, 0.184, 0.470, 0.757, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.470 std_dev=0.287
P A 0, 0.200, 0.543, 0.885, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.543 std_dev=0.342
O5' B 0, 0.204, 0.569, 0.934, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.569 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.258, 0.645, 1.032, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.645 std_dev=0.387
OP1 A 0, 0.229, 0.623, 1.018, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.623 std_dev=0.394
OP2 A 0, 0.213, 0.609, 1.005, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.609 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.243, 0.645, 1.048, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.645 std_dev=0.403
C4' B 0, 0.260, 0.716, 1.172, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.716 std_dev=0.456
C3' B 0, 0.291, 0.773, 1.256, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.773 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.301, 0.785, 1.270, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.785 std_dev=0.485
O4' B 0, 0.360, 0.887, 1.415, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.887 std_dev=0.527
O6 B 0, 0.348, 0.882, 1.416, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.882 std_dev=0.534
N7 B 0, 0.389, 0.926, 1.463, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.926 std_dev=0.537
C5 B 0, 0.374, 0.919, 1.463, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.919 std_dev=0.545
C6 B 0, 0.355, 0.903, 1.450, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.903 std_dev=0.547
C8 B 0, 0.407, 0.966, 1.525, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.966 std_dev=0.559
C4 B 0, 0.380, 0.947, 1.514, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.947 std_dev=0.567
N9 B 0, 0.401, 0.970, 1.538, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.970 std_dev=0.569
N1 B 0, 0.357, 0.946, 1.536, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.946 std_dev=0.590
C1' B 0, 0.418, 1.012, 1.606, 1.448 max_d=1.448 avg_d=1.012 std_dev=0.594
N3 B 0, 0.369, 0.965, 1.561, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.965 std_dev=0.596
C2 B 0, 0.359, 0.967, 1.575, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.967 std_dev=0.608
C2' B 0, 0.440, 1.074, 1.707, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.074 std_dev=0.633
N2 B 0, 0.361, 1.011, 1.661, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.011 std_dev=0.650
O2' B 0, 0.552, 1.322, 2.093, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.322 std_dev=0.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.09 0.03
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.10 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02
O5' 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.12 0.04
OP1 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.03 0.06 0.03 0.09 0.04 0.10 0.10 0.07 0.03 0.04 0.12 0.07 0.02 0.04 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.10 0.13 0.10 0.03 0.03 0.05 0.06 0.09 0.08 0.11 0.13 0.05 0.06 0.04 0.14 0.14 0.03 0.04 0.10 0.04 0.03 0.03
C2 0.05 0.13 0.11 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.12 0.04 0.14 0.16 0.10 0.05 0.03 0.11 0.14 0.07 0.06 0.13 0.07 0.04 0.05
C2' 0.05 0.10 0.13 0.10 0.03 0.02 0.05 0.07 0.09 0.07 0.12 0.13 0.06 0.06 0.03 0.14 0.14 0.03 0.05 0.11 0.05 0.04 0.04
C3' 0.09 0.07 0.16 0.12 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.10 0.02 0.08 0.07 0.18 0.16 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03
C4 0.03 0.12 0.09 0.08 0.06 0.03 0.07 0.07 0.11 0.04 0.14 0.15 0.08 0.06 0.01 0.10 0.13 0.05 0.05 0.13 0.05 0.04 0.04
C4' 0.12 0.04 0.19 0.14 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.13 0.05 0.08 0.02 0.10 0.09 0.21 0.18 0.06 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03
C5 0.02 0.14 0.07 0.07 0.08 0.03 0.10 0.08 0.13 0.05 0.15 0.15 0.10 0.08 0.04 0.06 0.11 0.06 0.06 0.14 0.06 0.06 0.05
C5' 0.13 0.05 0.20 0.16 0.05 0.08 0.04 0.08 0.02 0.13 0.05 0.08 0.04 0.09 0.10 0.23 0.19 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04
C6 0.03 0.14 0.04 0.06 0.10 0.04 0.11 0.07 0.14 0.06 0.16 0.16 0.12 0.09 0.06 0.03 0.10 0.07 0.07 0.15 0.07 0.07 0.06
C8 0.02 0.13 0.09 0.08 0.07 0.03 0.09 0.08 0.12 0.05 0.14 0.15 0.09 0.07 0.03 0.09 0.12 0.05 0.06 0.13 0.05 0.05 0.05
N1 0.03 0.14 0.06 0.07 0.09 0.03 0.10 0.06 0.14 0.04 0.15 0.16 0.11 0.08 0.04 0.05 0.11 0.06 0.06 0.15 0.05 0.06 0.05
N2 0.09 0.14 0.14 0.14 0.07 0.11 0.07 0.11 0.12 0.05 0.15 0.17 0.11 0.04 0.06 0.15 0.18 0.10 0.10 0.13 0.11 0.05 0.08
N3 0.06 0.12 0.12 0.11 0.05 0.06 0.06 0.08 0.11 0.05 0.13 0.15 0.08 0.05 0.03 0.13 0.15 0.06 0.06 0.12 0.07 0.04 0.05
N7 0.03 0.14 0.07 0.07 0.09 0.05 0.10 0.09 0.13 0.06 0.15 0.15 0.11 0.08 0.05 0.07 0.11 0.07 0.07 0.14 0.07 0.06 0.06
N9 0.03 0.11 0.10 0.09 0.05 0.02 0.07 0.07 0.11 0.06 0.13 0.14 0.08 0.06 0.02 0.11 0.13 0.04 0.05 0.12 0.05 0.04 0.04
O2' 0.03 0.12 0.11 0.09 0.05 0.02 0.06 0.07 0.11 0.05 0.13 0.15 0.08 0.05 0.02 0.12 0.12 0.04 0.06 0.13 0.06 0.05 0.05
O3' 0.10 0.06 0.17 0.13 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.13 0.08 0.10 0.02 0.11 0.09 0.19 0.15 0.04 0.01 0.08 0.03 0.02 0.01
O4' 0.10 0.06 0.17 0.13 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.11 0.07 0.10 0.02 0.08 0.07 0.18 0.16 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03
O5' 0.14 0.03 0.22 0.18 0.05 0.09 0.04 0.06 0.02 0.12 0.04 0.06 0.04 0.09 0.10 0.24 0.23 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03
O6 0.07 0.16 0.05 0.06 0.12 0.07 0.14 0.09 0.16 0.09 0.17 0.17 0.14 0.12 0.09 0.05 0.09 0.10 0.09 0.16 0.09 0.08 0.08
OP1 0.09 0.04 0.17 0.15 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.11 0.07 0.06 0.02 0.10 0.08 0.18 0.19 0.03 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03
OP2 0.07 0.10 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.11 0.11 0.12 0.12 0.08 0.11 0.07 0.14 0.12 0.07 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10
P 0.10 0.03 0.18 0.15 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.11 0.05 0.06 0.01 0.09 0.08 0.20 0.19 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.09 0.01 0.09 0.11 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.05
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.10 0.15 0.11 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.00 0.08 0.09 0.09
C8 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.09 0.00 0.10 0.11 0.11
N2 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.03 0.10 0.01 0.11 0.13 0.12
N3 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08
N7 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.12 0.17 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.12 0.08 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.01 0.09 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.09 0.10 0.09
OP1 0.03 0.09 0.08 0.10 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08 0.04 0.10 0.11 0.07 0.04 0.01 0.06 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.07 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.09 0.06 0.11 0.13 0.08 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.11 0.12 0.08 0.05 0.02 0.03 0.08 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00