ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N2 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.003, 0.036, 0.068, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.051 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.012, 0.053, 0.094, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.053 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.014, 0.064, 0.113, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.064 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.022, 0.091, 0.160, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.091 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.041, 0.154, 0.267, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.154 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.033, 0.154, 0.275, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.154 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.046, 0.171, 0.295, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.171 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.047, 0.173, 0.298, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.173 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.072, 0.250, 0.428, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.250 std_dev=0.178
C5' A 0, 0.049, 0.238, 0.427, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.238 std_dev=0.189
O3' A 0, 0.056, 0.270, 0.484, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.270 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.123, 0.421, 0.718, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.421 std_dev=0.298
O2' A 0, 0.051, 0.357, 0.662, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.357 std_dev=0.305
P A 0, 0.128, 0.437, 0.747, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.437 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.156, 0.533, 0.911, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.533 std_dev=0.377
OP1 A 0, 0.171, 0.583, 0.995, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.583 std_dev=0.412
P B 0, 0.171, 0.599, 1.027, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.599 std_dev=0.428
OP1 B 0, 0.166, 0.609, 1.053, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.609 std_dev=0.444
O5' B 0, 0.194, 0.662, 1.131, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.662 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.232, 0.793, 1.354, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.793 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.244, 0.838, 1.431, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.838 std_dev=0.593
O3' B 0, 0.258, 0.898, 1.539, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.898 std_dev=0.640
N2 B 0, 0.271, 0.930, 1.590, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.930 std_dev=0.660
C2' B 0, 0.263, 0.923, 1.583, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.923 std_dev=0.660
C3' B 0, 0.250, 0.925, 1.600, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.925 std_dev=0.675
N3 B 0, 0.285, 0.981, 1.676, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.981 std_dev=0.695
C4' B 0, 0.283, 0.981, 1.680, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.981 std_dev=0.698
C2 B 0, 0.295, 1.013, 1.730, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.013 std_dev=0.718
C1' B 0, 0.299, 1.025, 1.751, 1.578 max_d=1.578 avg_d=1.025 std_dev=0.726
C4 B 0, 0.321, 1.102, 1.883, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.102 std_dev=0.781
N9 B 0, 0.332, 1.136, 1.940, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.136 std_dev=0.804
O4' B 0, 0.331, 1.139, 1.947, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.139 std_dev=0.808
N1 B 0, 0.333, 1.143, 1.953, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.143 std_dev=0.810
C5 B 0, 0.363, 1.246, 2.129, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.246 std_dev=0.883
C6 B 0, 0.365, 1.254, 2.142, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.254 std_dev=0.888
C8 B 0, 0.379, 1.297, 2.215, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.297 std_dev=0.918
O6 B 0, 0.395, 1.356, 2.316, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.356 std_dev=0.961
N7 B 0, 0.395, 1.356, 2.317, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.356 std_dev=0.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.06 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.14 0.03 0.06 0.07 0.10 0.09 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.24 0.03 0.25 0.25 0.26
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03 0.07 0.00 0.08 0.10 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.03 0.06 0.00 0.08 0.10 0.08
C5' 0.05 0.07 0.14 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.10 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.08 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08
N1 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.16 0.03 0.05 0.01 0.07 0.09 0.07
N2 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.18 0.07 0.08 0.00 0.08 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.06 0.04 0.01 0.07 0.09 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.08 0.00 0.09 0.11 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.05 0.10 0.08 0.09 0.16 0.06 0.15 0.11 0.16 0.07 0.00 0.03 0.02 0.25 0.12 0.30 0.36 0.31
O3' 0.13 0.19 0.04 0.01 0.14 0.04 0.12 0.10 0.14 0.05 0.16 0.20 0.18 0.07 0.10 0.03 0.00 0.09 0.03 0.13 0.12 0.05 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.07 0.03 0.06 0.08 0.06
O5' 0.09 0.07 0.24 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.08 0.25 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.03 0.05 0.00 0.07 0.10 0.08
OP1 0.09 0.08 0.25 0.04 0.08 0.02 0.08 0.02 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.30 0.12 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.10 0.25 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.36 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.09 0.26 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.31 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.26 0.03 0.02 0.10 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.40 0.06 0.19 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05
C2 0.09 0.06 0.29 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.39 0.03 0.17 0.04 0.08 0.06 0.02 0.04
C2' 0.05 0.15 0.15 0.12 0.12 0.20 0.13 0.19 0.15 0.10 0.15 0.16 0.12 0.12 0.09 0.29 0.16 0.29 0.12 0.15 0.12 0.11 0.15
C3' 0.08 0.05 0.28 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.04 0.45 0.04 0.18 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05
C4 0.08 0.02 0.29 0.08 0.04 0.08 0.05 0.10 0.05 0.06 0.04 0.01 0.03 0.06 0.06 0.39 0.05 0.17 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04
C4' 0.09 0.05 0.28 0.03 0.04 0.08 0.03 0.11 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.44 0.02 0.16 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04
C5 0.11 0.05 0.33 0.13 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.04 0.06 0.09 0.09 0.39 0.07 0.14 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07
C5' 0.13 0.06 0.33 0.09 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.06 0.07 0.06 0.09 0.46 0.04 0.11 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03
C6 0.14 0.10 0.34 0.16 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.38 0.09 0.13 0.09 0.12 0.15 0.11 0.10
C8 0.10 0.01 0.31 0.10 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.40 0.07 0.14 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04
N1 0.12 0.10 0.33 0.13 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.39 0.06 0.13 0.08 0.12 0.13 0.07 0.08
N2 0.07 0.06 0.28 0.03 0.05 0.11 0.06 0.15 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.40 0.04 0.18 0.02 0.07 0.07 0.05 0.05
N3 0.07 0.02 0.28 0.05 0.03 0.10 0.04 0.13 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.40 0.04 0.18 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05
N7 0.12 0.04 0.33 0.14 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.05 0.02 0.05 0.09 0.09 0.39 0.09 0.13 0.07 0.07 0.11 0.09 0.07
N9 0.07 0.02 0.28 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.39 0.06 0.17 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05
O2' 0.08 0.16 0.09 0.19 0.13 0.23 0.13 0.19 0.14 0.11 0.15 0.17 0.14 0.12 0.11 0.24 0.24 0.31 0.12 0.14 0.13 0.11 0.15
O3' 0.28 0.23 0.46 0.18 0.23 0.09 0.22 0.08 0.21 0.24 0.21 0.23 0.24 0.22 0.25 0.65 0.14 0.07 0.20 0.20 0.18 0.18 0.15
O4' 0.14 0.08 0.35 0.10 0.09 0.03 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.11 0.49 0.05 0.11 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02
O5' 0.16 0.08 0.36 0.12 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.07 0.08 0.09 0.10 0.12 0.48 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06
O6 0.16 0.14 0.36 0.20 0.16 0.13 0.17 0.11 0.17 0.17 0.15 0.13 0.14 0.18 0.16 0.37 0.12 0.13 0.12 0.17 0.20 0.15 0.15
OP1 0.17 0.09 0.37 0.13 0.12 0.08 0.11 0.07 0.09 0.14 0.09 0.08 0.11 0.12 0.14 0.48 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09
OP2 0.20 0.12 0.41 0.19 0.14 0.11 0.13 0.09 0.12 0.17 0.11 0.11 0.13 0.15 0.17 0.50 0.13 0.06 0.11 0.12 0.18 0.12 0.12
P 0.18 0.10 0.38 0.15 0.12 0.08 0.11 0.06 0.10 0.14 0.09 0.09 0.11 0.12 0.14 0.48 0.09 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.05 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.11 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.06 0.17 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.18 0.02 0.05 0.05 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.38 0.03 0.20 0.33 0.31
C3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.08 0.02 0.11 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.07 0.11 0.15 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.14 0.12 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03
C5' 0.09 0.04 0.18 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.13 0.06 0.02 0.03 0.13 0.10 0.09 0.07 0.02 0.01 0.11 0.06 0.07 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.02 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.08 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05
N1 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.05 0.12 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04
N2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.09 0.19 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06
N3 0.02 0.00 0.09 0.11 0.00 0.12 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.05 0.17 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
N7 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.05
O2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.18 0.07 0.12 0.09 0.17 0.05 0.26 0.38 0.30 0.02 0.05 0.00 0.11 0.02 0.38 0.14 0.30 0.35 0.35
O3' 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.08 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.11 0.00 0.06 0.14 0.02 0.14 0.09 0.06
O4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.12 0.19 0.17 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.16 0.05 0.21 0.13 0.14
O5' 0.12 0.03 0.38 0.19 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.38 0.14 0.16 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04
OP1 0.05 0.01 0.20 0.11 0.02 0.14 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.30 0.14 0.21 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.01 0.33 0.15 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.35 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.04 0.31 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.05 0.35 0.06 0.14 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00