ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51441

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.014, 0.051, 0.089, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.051 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.012, 0.051, 0.090, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.051 std_dev=0.039
N3 A 0, 0.005, 0.047, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.006, 0.050, 0.094, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.050 std_dev=0.044
C2 A 0, -0.006, 0.041, 0.088, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.041 std_dev=0.047
C1' A 0, 0.007, 0.058, 0.108, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.058 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.021, 0.117, 0.214, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.117 std_dev=0.096
OP2 B 0, 0.028, 0.125, 0.222, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.125 std_dev=0.097
P B 0, 0.015, 0.166, 0.317, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.166 std_dev=0.151
O5' B 0, -0.078, 0.364, 0.805, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.364 std_dev=0.442
OP1 B 0, -0.102, 0.459, 1.020, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.459 std_dev=0.561
C2' A 0, -0.277, 0.929, 2.135, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.929 std_dev=1.206
O4' A 0, -0.311, 0.916, 2.143, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.916 std_dev=1.227
O3' A 0, -0.236, 1.017, 2.270, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.017 std_dev=1.253
C5' B 0, -0.351, 0.986, 2.323, 2.876 max_d=2.876 avg_d=0.986 std_dev=1.337
C3' A 0, -0.351, 1.126, 2.604, 3.214 max_d=3.214 avg_d=1.126 std_dev=1.478
C4' B 0, -0.365, 1.125, 2.615, 3.231 max_d=3.231 avg_d=1.125 std_dev=1.490
C8 B 0, -0.397, 1.138, 2.674, 3.309 max_d=3.309 avg_d=1.138 std_dev=1.535
O4' B 0, -0.360, 1.176, 2.712, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.176 std_dev=1.536
C4' A 0, -0.388, 1.212, 2.812, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.212 std_dev=1.600
C3' B 0, -0.392, 1.211, 2.814, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.211 std_dev=1.603
N7 B 0, -0.442, 1.206, 2.854, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.206 std_dev=1.648
O3' B 0, -0.426, 1.264, 2.955, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.264 std_dev=1.691
C1' B 0, -0.415, 1.322, 3.059, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.322 std_dev=1.737
N9 B 0, -0.421, 1.337, 3.096, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.337 std_dev=1.759
C2' B 0, -0.433, 1.370, 3.173, 3.917 max_d=3.917 avg_d=1.370 std_dev=1.803
O2' A 0, -0.391, 1.413, 3.216, 3.959 max_d=3.959 avg_d=1.413 std_dev=1.804
C5 B 0, -0.501, 1.436, 3.373, 4.175 max_d=4.175 avg_d=1.436 std_dev=1.937
O2' B 0, -0.469, 1.476, 3.421, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.476 std_dev=1.945
C4 B 0, -0.492, 1.525, 3.541, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.525 std_dev=2.016
O6 B 0, -0.544, 1.601, 3.746, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.601 std_dev=2.145
C6 B 0, -0.558, 1.614, 3.785, 4.683 max_d=4.683 avg_d=1.614 std_dev=2.172
N3 B 0, -0.546, 1.773, 4.092, 5.048 max_d=5.048 avg_d=1.773 std_dev=2.319
N1 B 0, -0.608, 1.855, 4.317, 5.335 max_d=5.335 avg_d=1.855 std_dev=2.463
C2 B 0, -0.586, 1.939, 4.463, 5.503 max_d=5.503 avg_d=1.939 std_dev=2.524
N2 B 0, -0.602, 2.219, 5.040, 6.199 max_d=6.199 avg_d=2.219 std_dev=2.821
C5' A 0, -0.741, 2.158, 5.057, 6.256 max_d=6.256 avg_d=2.158 std_dev=2.899
O5' A 0, -0.841, 2.332, 5.505, 6.818 max_d=6.818 avg_d=2.332 std_dev=3.173
P A 0, -1.186, 3.216, 7.617, 9.440 max_d=9.440 avg_d=3.216 std_dev=4.402
OP1 A 0, -1.317, 3.608, 8.534, 10.573 max_d=10.573 avg_d=3.608 std_dev=4.926
OP2 A 0, -1.370, 3.627, 8.624, 10.694 max_d=10.694 avg_d=3.627 std_dev=4.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.12 0.07 0.01 0.01 0.04 0.29 0.01 0.10 0.02 0.47 0.04 0.10
C2 0.07 0.00 0.53 0.87 0.00 0.45 0.02 0.77 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.48 0.02 1.15 0.05 0.61 1.87 1.28
C2' 0.00 0.53 0.00 0.01 0.26 0.01 0.10 0.18 0.22 0.33 0.39 0.60 0.53 0.20 0.02 0.01 0.04 0.01 0.30 0.15 0.51 0.08 0.30
C3' 0.02 0.87 0.01 0.00 0.47 0.00 0.31 0.01 0.49 0.22 0.72 0.99 0.83 0.05 0.11 0.03 0.01 0.01 0.10 0.42 0.19 0.12 0.12
C4 0.04 0.00 0.26 0.47 0.00 0.23 0.01 0.32 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.01 0.47 0.02 0.28 0.93 0.47
C4' 0.00 0.45 0.01 0.00 0.23 0.00 0.11 0.01 0.22 0.22 0.35 0.50 0.43 0.12 0.02 0.25 0.02 0.00 0.04 0.16 0.15 0.23 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.31 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.21 0.04 0.02 0.18 0.01 0.78 0.76 0.15
C5' 0.04 0.77 0.18 0.01 0.32 0.01 0.13 0.00 0.32 0.44 0.59 0.94 0.70 0.29 0.03 0.06 0.18 0.03 0.01 0.22 0.33 0.41 0.02
C6 0.02 0.04 0.22 0.49 0.02 0.22 0.01 0.32 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.03 0.03 0.17 0.20 0.01 0.48 0.00 0.46 1.21 0.50
C8 0.00 0.02 0.33 0.22 0.02 0.22 0.03 0.44 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.34 0.36 0.06 0.67 0.03 1.59 0.27 0.76
N1 0.05 0.02 0.39 0.72 0.01 0.35 0.00 0.59 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.09 0.38 0.02 0.90 0.03 0.19 1.72 1.02
N2 0.12 0.01 0.60 0.99 0.02 0.50 0.03 0.94 0.08 0.02 0.07 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.60 0.05 1.42 0.11 1.11 2.23 1.65
N3 0.07 0.01 0.53 0.83 0.00 0.43 0.02 0.70 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.40 0.03 1.03 0.03 0.46 1.51 1.08
N7 0.01 0.03 0.20 0.05 0.01 0.12 0.02 0.29 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.34 0.23 0.05 0.44 0.03 1.57 0.04 0.56
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.16 0.02 0.07 0.02 0.75 0.26 0.10
O2' 0.04 0.06 0.01 0.03 0.10 0.25 0.21 0.06 0.17 0.34 0.09 0.08 0.08 0.34 0.16 0.00 0.02 0.19 0.21 0.22 0.46 0.05 0.25
O3' 0.29 0.48 0.04 0.01 0.12 0.02 0.04 0.18 0.20 0.36 0.38 0.60 0.40 0.23 0.16 0.02 0.00 0.21 0.25 0.15 0.54 0.20 0.31
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.19 0.21 0.00 0.02 0.02 0.22 0.12 0.02
O5' 0.10 1.15 0.30 0.10 0.47 0.04 0.18 0.01 0.48 0.67 0.90 1.42 1.03 0.44 0.07 0.21 0.25 0.02 0.00 0.33 0.02 0.02 0.02
O6 0.02 0.05 0.15 0.42 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.03 0.03 0.11 0.03 0.03 0.02 0.22 0.15 0.02 0.33 0.00 0.72 1.10 0.34
OP1 0.47 0.61 0.51 0.19 0.28 0.15 0.78 0.33 0.46 1.59 0.19 1.11 0.46 1.57 0.75 0.46 0.54 0.22 0.02 0.72 0.00 0.03 0.01
OP2 0.04 1.87 0.08 0.12 0.93 0.23 0.76 0.41 1.21 0.27 1.72 2.23 1.51 0.04 0.26 0.05 0.20 0.12 0.02 1.10 0.03 0.00 0.01
P 0.10 1.28 0.30 0.12 0.47 0.04 0.15 0.02 0.50 0.76 1.02 1.65 1.08 0.56 0.10 0.25 0.31 0.02 0.02 0.34 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.03 0.18 0.31 0.15 0.49 0.12 0.65 0.01 0.28 0.06 0.06 0.09 0.21 0.24 0.20 0.28 0.44 0.17 0.09 0.28 0.18 0.21
C2 0.16 0.22 0.04 0.13 0.09 0.38 0.18 0.56 0.30 0.06 0.29 0.22 0.12 0.10 0.05 0.14 0.12 0.35 0.10 0.42 0.15 0.11 0.13
C2' 1.12 0.87 0.94 0.98 1.05 1.20 1.05 1.31 0.93 1.18 0.84 0.80 0.96 1.16 1.12 0.95 0.87 1.25 0.53 0.87 0.25 0.49 0.44
C3' 0.97 0.35 0.75 0.88 0.71 1.20 0.70 1.42 0.44 1.05 0.29 0.22 0.55 0.95 0.91 0.78 0.78 1.22 0.74 0.34 0.68 0.85 0.80
C4 0.41 0.12 0.30 0.40 0.25 0.60 0.19 0.76 0.07 0.37 0.06 0.11 0.21 0.27 0.35 0.35 0.37 0.56 0.08 0.04 0.26 0.12 0.16
C4' 0.09 0.66 0.13 0.09 0.24 0.45 0.25 0.76 0.53 0.19 0.71 0.81 0.44 0.06 0.03 0.10 0.03 0.41 0.07 0.61 0.22 0.31 0.25
C5 0.61 0.41 0.52 0.61 0.49 0.78 0.42 0.90 0.33 0.54 0.34 0.41 0.48 0.45 0.56 0.57 0.58 0.73 0.03 0.21 0.32 0.12 0.17
C5' 0.10 0.86 0.20 0.06 0.32 0.53 0.30 0.93 0.65 0.25 0.91 1.07 0.59 0.09 0.02 0.16 0.05 0.52 0.29 0.72 0.56 0.65 0.58
C6 0.61 0.39 0.53 0.60 0.47 0.79 0.38 0.91 0.29 0.51 0.32 0.41 0.46 0.39 0.54 0.59 0.57 0.74 0.05 0.16 0.34 0.11 0.17
C8 0.67 0.52 0.59 0.69 0.59 0.83 0.55 0.94 0.46 0.63 0.46 0.51 0.58 0.57 0.64 0.61 0.66 0.78 0.03 0.36 0.30 0.10 0.14
N1 0.37 0.07 0.26 0.33 0.17 0.57 0.08 0.73 0.03 0.26 0.03 0.09 0.16 0.12 0.27 0.36 0.31 0.54 0.04 0.15 0.25 0.12 0.16
N2 0.08 0.54 0.18 0.08 0.40 0.20 0.53 0.39 0.66 0.25 0.63 0.53 0.42 0.46 0.24 0.05 0.06 0.15 0.09 0.78 0.05 0.00 0.01
N3 0.19 0.19 0.07 0.18 0.04 0.41 0.11 0.60 0.25 0.13 0.27 0.22 0.09 0.02 0.10 0.14 0.16 0.38 0.12 0.37 0.18 0.12 0.14
N7 0.78 0.65 0.71 0.80 0.70 0.92 0.63 1.01 0.55 0.70 0.58 0.66 0.70 0.63 0.74 0.74 0.77 0.87 0.06 0.44 0.32 0.09 0.14
N9 0.46 0.21 0.36 0.47 0.33 0.64 0.29 0.79 0.18 0.43 0.16 0.19 0.29 0.36 0.42 0.38 0.43 0.60 0.08 0.09 0.27 0.13 0.16
O2' 1.07 1.17 0.94 0.90 1.16 1.00 1.18 1.00 1.20 1.09 1.18 1.16 1.16 1.15 1.11 0.94 0.80 1.08 0.20 1.20 0.23 0.04 0.02
O3' 0.72 0.16 0.50 0.61 0.48 0.91 0.46 1.10 0.23 0.78 0.10 0.07 0.33 0.68 0.65 0.54 0.53 0.94 0.47 0.13 0.42 0.54 0.53
O4' 0.28 0.87 0.43 0.21 0.56 0.08 0.58 0.38 0.80 0.23 0.92 0.96 0.70 0.35 0.36 0.40 0.22 0.01 0.39 0.88 0.25 0.21 0.25
O5' 0.56 0.40 0.22 0.44 0.13 0.95 0.14 1.33 0.21 0.69 0.45 0.60 0.13 0.52 0.45 0.27 0.29 0.97 0.71 0.30 0.92 1.07 0.99
O6 0.79 0.60 0.73 0.80 0.64 0.95 0.53 1.04 0.45 0.62 0.51 0.64 0.67 0.51 0.71 0.80 0.78 0.89 0.15 0.31 0.38 0.06 0.13
OP1 0.17 1.07 0.65 0.48 0.55 0.18 0.47 0.59 0.75 0.07 1.05 1.31 0.84 0.05 0.23 0.59 0.73 0.31 0.10 0.76 0.40 0.61 0.50
OP2 0.74 0.71 0.33 0.68 0.08 1.38 0.07 1.93 0.43 0.90 0.79 1.02 0.31 0.61 0.57 0.41 0.53 1.35 1.42 0.56 1.98 1.97 1.92
P 0.44 0.68 0.04 0.29 0.07 0.91 0.04 1.36 0.42 0.61 0.71 0.92 0.37 0.41 0.32 0.10 0.11 0.94 0.81 0.50 1.17 1.28 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.03 0.33 0.03 0.33 0.32 0.32
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.07 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.25 0.01 0.23 0.13 0.21
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.14 0.17 0.11 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.40 0.07 0.35 0.15 0.32
C4 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.33 0.03 0.30 0.26 0.29
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.10 0.11 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.19 0.03
C5 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.40 0.00 0.39 0.36 0.38
C5' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.14 0.08 0.15 0.15 0.10 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.10 0.04 0.09 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.05 0.42 0.00 0.43 0.43 0.42
C8 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.33 0.02 0.28 0.20 0.29
N1 0.04 0.02 0.07 0.14 0.04 0.10 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.15 0.05 0.38 0.02 0.39 0.39 0.37
N2 0.03 0.01 0.11 0.17 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.21 0.04 0.29 0.03 0.30 0.29 0.28
N3 0.00 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.29 0.04 0.27 0.24 0.26
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.41 0.02 0.39 0.36 0.40
N9 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.26 0.01 0.22 0.15 0.22
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
O3' 0.03 0.16 0.02 0.02 0.08 0.03 0.07 0.02 0.11 0.00 0.15 0.21 0.13 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.37 0.08 0.40 0.16 0.33
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.15 0.03 0.11 0.23 0.13
O5' 0.08 0.33 0.25 0.40 0.33 0.03 0.40 0.01 0.42 0.33 0.38 0.29 0.29 0.41 0.26 0.02 0.37 0.15 0.00 0.48 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.07 0.00 0.12 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.48 0.00 0.52 0.52 0.50
OP1 0.06 0.33 0.23 0.35 0.30 0.01 0.39 0.02 0.43 0.28 0.39 0.30 0.27 0.39 0.22 0.02 0.40 0.11 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.32 0.13 0.15 0.26 0.19 0.36 0.31 0.43 0.20 0.39 0.29 0.24 0.36 0.15 0.06 0.16 0.23 0.02 0.52 0.02 0.00 0.02
P 0.05 0.32 0.21 0.32 0.29 0.03 0.38 0.01 0.42 0.29 0.37 0.28 0.26 0.40 0.22 0.03 0.33 0.13 0.01 0.50 0.01 0.02 0.00