ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
P B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
P A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
OP2 B 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N2 B 0, 0.000, 0.526, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C2 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N3 B 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
N1 B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565
C4 B 0, 0.000, 0.610, 1.221, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.610 std_dev=0.610
C6 B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C5 B 0, 0.000, 0.636, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.636 std_dev=0.636
O6 B 0, 0.000, 0.636, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.636 std_dev=0.636
N9 B 0, 0.000, 0.648, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.648 std_dev=0.648
O4' B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C1' B 0, 0.000, 0.665, 1.330, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.665 std_dev=0.665
O3' B 0, 0.000, 0.667, 1.335, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C2' B 0, 0.000, 0.691, 1.383, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.691 std_dev=0.691
C8 B 0, 0.000, 0.695, 1.390, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.695 std_dev=0.695
N7 B 0, 0.000, 0.696, 1.392, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.696 std_dev=0.696
C3' B 0, 0.000, 0.697, 1.395, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C4' B 0, 0.000, 0.698, 1.396, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.698 std_dev=0.698
O2' B 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
C5' B 0, 0.000, 0.849, 1.698, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.849 std_dev=0.849

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.06 0.02 0.05
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.03 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.07 0.00 0.06 0.02 0.04
N2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00
O3' 0.05 0.12 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.11 0.13 0.11 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.09 0.00 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.10 0.00 0.07 0.04 0.07
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.09 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.12 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.15 0.04 0.01 0.05 0.08 0.15 0.13 0.03
C2 0.14 0.16 0.19 0.10 0.15 0.02 0.15 0.05 0.16 0.14 0.16 0.19 0.16 0.15 0.15 0.23 0.07 0.05 0.07 0.15 0.15 0.10 0.04
C2' 0.11 0.10 0.14 0.06 0.11 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.16 0.04 0.03 0.02 0.10 0.12 0.20 0.02
C3' 0.10 0.09 0.12 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.03 0.02 0.01 0.10 0.12 0.18 0.02
C4 0.13 0.12 0.18 0.10 0.13 0.03 0.13 0.07 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.14 0.21 0.08 0.06 0.08 0.12 0.16 0.12 0.04
C4' 0.08 0.07 0.11 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.13 0.02 0.00 0.06 0.08 0.16 0.12 0.04
C5 0.18 0.16 0.23 0.16 0.17 0.09 0.17 0.14 0.16 0.17 0.16 0.18 0.17 0.18 0.18 0.25 0.12 0.10 0.09 0.15 0.14 0.14 0.03
C5' 0.07 0.07 0.11 0.03 0.08 0.03 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.13 0.01 0.00 0.10 0.08 0.19 0.11 0.07
C6 0.22 0.20 0.27 0.20 0.21 0.13 0.21 0.20 0.20 0.21 0.20 0.22 0.21 0.21 0.21 0.29 0.15 0.14 0.09 0.19 0.12 0.14 0.02
C8 0.15 0.11 0.19 0.12 0.13 0.06 0.13 0.11 0.12 0.14 0.11 0.13 0.13 0.15 0.14 0.21 0.10 0.08 0.08 0.11 0.15 0.14 0.03
N1 0.19 0.20 0.25 0.17 0.20 0.09 0.20 0.15 0.20 0.19 0.20 0.23 0.20 0.20 0.20 0.27 0.12 0.11 0.09 0.19 0.13 0.12 0.03
N2 0.12 0.16 0.18 0.07 0.15 0.02 0.15 0.01 0.16 0.13 0.16 0.20 0.16 0.14 0.14 0.22 0.04 0.02 0.06 0.15 0.14 0.06 0.05
N3 0.11 0.12 0.16 0.07 0.12 0.00 0.12 0.02 0.12 0.11 0.12 0.15 0.13 0.12 0.12 0.19 0.05 0.03 0.07 0.12 0.16 0.10 0.04
N7 0.18 0.14 0.23 0.16 0.16 0.10 0.16 0.16 0.15 0.17 0.14 0.16 0.16 0.18 0.18 0.24 0.13 0.11 0.09 0.14 0.14 0.14 0.02
N9 0.12 0.10 0.16 0.09 0.11 0.02 0.11 0.05 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.19 0.07 0.05 0.07 0.10 0.16 0.13 0.03
O2' 0.12 0.11 0.15 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.17 0.06 0.04 0.10 0.12 0.07 0.25 0.08
O3' 0.16 0.15 0.18 0.10 0.16 0.04 0.16 0.03 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.21 0.10 0.08 0.13 0.16 0.03 0.26 0.11
O4' 0.07 0.06 0.10 0.03 0.07 0.03 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.13 0.02 0.00 0.10 0.06 0.18 0.08 0.07
O5' 0.08 0.08 0.11 0.03 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.14 0.01 0.00 0.12 0.09 0.21 0.12 0.07
O6 0.26 0.23 0.31 0.25 0.25 0.19 0.24 0.28 0.24 0.25 0.23 0.25 0.24 0.26 0.25 0.32 0.20 0.19 0.10 0.23 0.08 0.15 0.00
OP1 0.08 0.07 0.11 0.04 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.13 0.02 0.01 0.10 0.08 0.20 0.13 0.06
OP2 0.15 0.13 0.19 0.12 0.14 0.07 0.14 0.11 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.21 0.10 0.08 0.08 0.13 0.15 0.17 0.02
P 0.11 0.10 0.15 0.07 0.11 0.02 0.11 0.06 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.17 0.05 0.04 0.11 0.11 0.18 0.14 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.35 0.01 0.33 0.13 0.18
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.53 0.01 0.30 0.12 0.30
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.43 0.03 0.39 0.09 0.23
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.18 0.04 0.30 0.26 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.49 0.01 0.33 0.01 0.26
C4' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.09 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.22 0.35 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.47 0.00 0.32 0.04 0.27
C5' 0.06 0.24 0.06 0.03 0.16 0.01 0.15 0.00 0.17 0.06 0.22 0.23 0.22 0.09 0.10 0.05 0.01 0.05 0.01 0.17 0.27 0.43 0.05
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.51 0.01 0.31 0.10 0.29
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.37 0.00 0.32 0.05 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.53 0.00 0.30 0.14 0.30
N2 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.56 0.01 0.31 0.21 0.34
N3 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.52 0.00 0.32 0.05 0.28
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.42 0.00 0.33 0.01 0.25
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.41 0.01 0.33 0.05 0.22
O2' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.44 0.03 0.40 0.04 0.26
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.29 0.01
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.02 0.24 0.25 0.05
O5' 0.35 0.53 0.43 0.18 0.49 0.00 0.47 0.01 0.51 0.37 0.53 0.56 0.52 0.42 0.41 0.44 0.02 0.15 0.00 0.49 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.49 0.00 0.30 0.11 0.29
OP1 0.33 0.30 0.39 0.30 0.33 0.22 0.32 0.27 0.31 0.32 0.30 0.31 0.32 0.33 0.33 0.40 0.23 0.24 0.02 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.12 0.09 0.26 0.01 0.35 0.04 0.43 0.10 0.05 0.14 0.21 0.05 0.01 0.05 0.04 0.29 0.25 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.30 0.23 0.07 0.26 0.04 0.27 0.05 0.29 0.21 0.30 0.34 0.28 0.25 0.22 0.26 0.01 0.05 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00