ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51444

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O5' A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
P A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP2 A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP1 A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C8 B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N7 B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N9 B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O6 B 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5' B 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.000, 0.356, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
P B 0, 0.000, 0.361, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.361 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.000, 0.365, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C2 B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
O4' B 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
OP1 B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C3' B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O2' B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394
N2 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
OP2 B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04
N2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03
O5' 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
OP1 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.07
C2 0.08 0.01 0.10 0.11 0.00 0.11 0.02 0.11 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.11 0.08 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03
C2' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.07 0.03 0.10 0.02 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06 0.11 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.06
C3' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.04 0.07
C4 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04 0.08
C4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04 0.07
C5 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02 0.06 0.08 0.11 0.11
C5' 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.05 0.07
C6 0.07 0.01 0.10 0.11 0.00 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.10 0.05 0.01 0.04 0.08 0.13 0.11
C8 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.11 0.11
N1 0.09 0.00 0.12 0.13 0.01 0.11 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.13 0.08 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07
N2 0.10 0.00 0.11 0.13 0.02 0.14 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.13 0.11 0.13 0.04 0.01 0.12 0.03
N3 0.05 0.03 0.06 0.08 0.02 0.08 0.05 0.07 0.06 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.02 0.04
N7 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.08 0.15 0.13
N9 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.05 0.09
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.03 0.02 0.06
O3' 0.00 0.08 0.02 0.03 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06 0.11 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.06 0.04 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.08
O5' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.12 0.08 0.07
O6 0.07 0.00 0.11 0.12 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.12 0.05 0.04 0.02 0.09 0.20 0.14
OP1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.15 0.08 0.06
OP2 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.16 0.11 0.07
P 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.18 0.03 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.17 0.01 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.07 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.21 0.06 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.16 0.03 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01
O3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.09 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.24 0.09 0.01
OP1 0.04 0.18 0.01 0.07 0.17 0.06 0.20 0.06 0.22 0.16 0.21 0.16 0.15 0.20 0.13 0.01 0.11 0.02 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.09 0.03 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00