ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 6, 14, 18, 12, 15, 12, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.042 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.016, 0.057, 0.099, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.057 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.017, 0.065, 0.113, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.065 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.070, 0.157, 0.244, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.157 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.084, 0.178, 0.271, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.178 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.127, 0.263, 0.399, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.263 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.106, 0.245, 0.384, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.245 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.123, 0.263, 0.403, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.263 std_dev=0.140
P B 0, 0.298, 0.473, 0.649, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.473 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.191, 0.398, 0.604, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.398 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.268, 0.503, 0.739, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.503 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.200, 0.446, 0.691, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.446 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.163, 0.428, 0.693, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.428 std_dev=0.265
P A 0, 0.314, 0.643, 0.972, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.643 std_dev=0.329
OP2 A 0, 0.355, 0.703, 1.051, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.703 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.152, 0.502, 0.853, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.502 std_dev=0.350
OP1 A 0, 0.376, 0.784, 1.192, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.784 std_dev=0.408
O5' B 0, 0.283, 0.755, 1.228, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.755 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.196, 1.239, 2.282, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.239 std_dev=1.043
O3' B 0, 0.412, 1.644, 2.876, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.644 std_dev=1.232
C4' B 0, 0.252, 1.581, 2.909, 4.351 max_d=4.351 avg_d=1.581 std_dev=1.329
C3' B 0, 0.231, 1.615, 2.999, 4.799 max_d=4.799 avg_d=1.615 std_dev=1.384
O4' B 0, 0.106, 1.812, 3.518, 5.359 max_d=5.359 avg_d=1.812 std_dev=1.706
C8 B 0, -0.210, 1.826, 3.862, 7.221 max_d=7.221 avg_d=1.826 std_dev=2.036
C1' B 0, 0.006, 2.092, 4.177, 6.627 max_d=6.627 avg_d=2.092 std_dev=2.085
N9 B 0, -0.200, 1.935, 4.070, 6.400 max_d=6.400 avg_d=1.935 std_dev=2.135
C2' B 0, 0.059, 2.205, 4.350, 6.927 max_d=6.927 avg_d=2.205 std_dev=2.146
N7 B 0, -0.490, 1.693, 3.876, 9.712 max_d=9.712 avg_d=1.693 std_dev=2.183
C4 B 0, -0.379, 1.931, 4.241, 8.194 max_d=8.194 avg_d=1.931 std_dev=2.310
C5 B 0, -0.527, 1.798, 4.123, 10.295 max_d=10.295 avg_d=1.798 std_dev=2.325
C6 B 0, -0.460, 1.960, 4.381, 12.608 max_d=12.608 avg_d=1.960 std_dev=2.421
N3 B 0, -0.320, 2.111, 4.543, 8.192 max_d=8.192 avg_d=2.111 std_dev=2.431
N6 B 0, -0.478, 1.973, 4.424, 14.892 max_d=14.892 avg_d=1.973 std_dev=2.451
N1 B 0, -0.260, 2.216, 4.692, 12.563 max_d=12.563 avg_d=2.216 std_dev=2.476
C2 B 0, -0.262, 2.235, 4.731, 10.401 max_d=10.401 avg_d=2.235 std_dev=2.497
O2' B 0, -0.038, 2.824, 5.686, 8.772 max_d=8.772 avg_d=2.824 std_dev=2.862

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.12 0.02 0.12 0.12 0.11
C2 0.04 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.14 0.05 0.18 0.01 0.18 0.25 0.20
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.06 0.10 0.14 0.11 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.13 0.09 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.13 0.08 0.17 0.10 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03 0.19 0.01 0.18 0.24 0.20
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.04 0.06 0.04 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.09 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.23 0.01 0.24 0.30 0.25
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.14 0.09 0.09 0.21 0.12 0.06 0.05 0.02 0.01 0.20 0.14 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.03 0.23 0.01 0.25 0.33 0.27
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.24 0.02 0.23 0.26 0.24
N1 0.03 0.01 0.10 0.08 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.21 0.01 0.22 0.30 0.24
N2 0.05 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.18 0.06 0.17 0.03 0.16 0.24 0.19
N3 0.03 0.01 0.11 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.05 0.17 0.01 0.16 0.22 0.18
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.25 0.02 0.28 0.33 0.28
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.02 0.17 0.20 0.18
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.12 0.05 0.16 0.21 0.15 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.12 0.11 0.08 0.06
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.05 0.09 0.13 0.12 0.18 0.12 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.10 0.20 0.14 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.03 0.13 0.11 0.11
O5' 0.12 0.18 0.10 0.13 0.19 0.02 0.23 0.01 0.23 0.24 0.21 0.17 0.17 0.25 0.18 0.06 0.13 0.12 0.00 0.25 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.12 0.10 0.03 0.25 0.00 0.29 0.37 0.30
OP1 0.12 0.18 0.13 0.17 0.18 0.09 0.24 0.14 0.25 0.23 0.22 0.16 0.16 0.28 0.17 0.11 0.20 0.13 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.25 0.09 0.10 0.24 0.09 0.30 0.15 0.33 0.26 0.30 0.24 0.22 0.33 0.20 0.08 0.14 0.11 0.02 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.09 0.11 0.20 0.03 0.25 0.02 0.27 0.24 0.24 0.19 0.18 0.28 0.18 0.06 0.13 0.11 0.00 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 1.14 0.76 0.37 1.05 0.72 1.13 0.63 1.23 0.94 1.22 1.07 1.34 1.07 0.96 0.96 0.49 0.98 0.42 0.14 0.15 0.16
C2 0.93 0.86 0.85 0.42 0.86 0.79 0.81 0.70 0.84 0.76 0.83 0.89 0.93 0.79 0.86 0.93 0.42 1.04 0.47 0.14 0.22 0.16
C2' 0.57 0.96 0.44 0.17 0.82 0.47 0.97 0.41 1.14 0.74 1.11 0.83 1.34 0.93 0.69 0.55 0.29 0.68 0.30 0.14 0.16 0.13
C3' 0.63 1.00 0.53 0.22 0.87 0.50 1.00 0.44 1.16 0.79 1.14 0.87 1.33 0.96 0.74 0.67 0.33 0.70 0.32 0.14 0.15 0.13
C4 1.02 1.07 0.97 0.49 1.07 0.80 1.07 0.70 1.09 1.01 1.08 1.07 1.14 1.05 1.04 1.12 0.50 1.07 0.47 0.15 0.14 0.18
C4' 0.84 1.17 0.72 0.35 1.05 0.66 1.16 0.57 1.31 0.95 1.29 1.06 1.45 1.11 0.93 0.93 0.49 0.90 0.38 0.14 0.14 0.14
C5 1.11 1.08 1.14 0.59 1.11 0.84 1.10 0.74 1.08 1.11 1.07 1.10 1.09 1.10 1.11 1.29 0.52 1.09 0.50 0.18 0.18 0.21
C5' 0.98 1.28 0.90 0.49 1.18 0.77 1.29 0.66 1.42 1.10 1.40 1.18 1.56 1.24 1.07 1.14 0.60 1.00 0.45 0.19 0.19 0.21
C6 1.10 0.97 1.19 0.64 1.02 0.84 0.97 0.76 0.93 1.03 0.93 1.02 0.92 0.97 1.07 1.31 0.51 1.07 0.51 0.21 0.21 0.23
C8 1.10 1.20 1.09 0.56 1.19 0.83 1.24 0.72 1.27 1.16 1.25 1.18 1.32 1.23 1.15 1.30 0.55 1.09 0.48 0.18 0.17 0.20
N1 1.02 0.86 1.06 0.56 0.89 0.83 0.81 0.75 0.79 0.85 0.81 0.91 0.81 0.79 0.94 1.13 0.45 1.05 0.51 0.17 0.16 0.20
N2 0.76 0.71 0.62 0.29 0.67 0.74 0.73 0.66 0.79 0.63 0.72 0.73 0.96 0.86 0.65 0.67 0.35 0.99 0.43 0.14 0.35 0.15
N3 0.92 0.98 0.80 0.39 0.95 0.77 0.95 0.67 0.99 0.85 0.98 0.98 1.08 0.91 0.91 0.93 0.45 1.03 0.44 0.14 0.19 0.16
N7 1.15 1.16 1.20 0.63 1.19 0.85 1.21 0.75 1.21 1.20 1.18 1.17 1.23 1.22 1.18 1.39 0.55 1.10 0.50 0.20 0.21 0.22
N9 1.02 1.15 0.94 0.47 1.12 0.79 1.16 0.69 1.21 1.05 1.20 1.12 1.28 1.13 1.06 1.13 0.51 1.05 0.46 0.16 0.14 0.18
O2' 0.48 1.01 0.26 0.20 0.84 0.36 1.06 0.33 1.27 0.77 1.21 0.83 1.54 1.03 0.67 0.31 0.25 0.57 0.25 0.18 0.25 0.17
O3' 0.49 1.02 0.34 0.17 0.82 0.35 0.99 0.32 1.19 0.73 1.19 0.84 1.39 0.94 0.66 0.41 0.24 0.55 0.26 0.16 0.16 0.14
O4' 1.05 1.34 0.93 0.49 1.24 0.83 1.32 0.71 1.43 1.12 1.42 1.25 1.53 1.25 1.13 1.17 0.61 1.09 0.46 0.16 0.15 0.18
O5' 1.04 1.27 1.03 0.55 1.19 0.79 1.29 0.69 1.40 1.15 1.37 1.18 1.52 1.27 1.12 1.28 0.62 1.02 0.49 0.26 0.27 0.27
O6 1.13 0.95 1.29 0.71 1.01 0.84 0.95 0.77 0.90 1.04 0.90 1.01 0.86 0.96 1.07 1.41 0.52 1.04 0.51 0.25 0.29 0.26
OP1 1.04 1.30 1.06 0.58 1.21 0.79 1.33 0.69 1.45 1.18 1.42 1.20 1.59 1.31 1.13 1.34 0.65 1.00 0.49 0.27 0.28 0.27
OP2 1.22 1.33 1.31 0.77 1.32 0.93 1.40 0.81 1.46 1.33 1.41 1.29 1.56 1.41 1.28 1.59 0.77 1.14 0.60 0.32 0.38 0.35
P 1.17 1.36 1.20 0.69 1.31 0.90 1.41 0.78 1.50 1.29 1.47 1.29 1.62 1.40 1.25 1.49 0.73 1.11 0.55 0.28 0.30 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.15 0.12 0.18 0.15
C2 0.04 0.00 0.25 0.19 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.52 0.20 0.24 0.21 0.41 0.31
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.10 0.18 0.15 0.10 0.21 0.24 0.13 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.18 0.30 0.27 0.22
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.20 0.01 0.31 0.02 0.30 0.41 0.24 0.17 0.36 0.42 0.22 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.27 0.25
C4 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.28 0.11 0.31 0.26 0.43 0.37
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.26 0.08 0.15 0.12 0.23 0.09 0.28 0.03 0.01 0.02 0.09 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.31 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.18 0.05 0.47 0.44 0.63 0.56
C5' 0.06 0.14 0.18 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.14 0.31 0.10 0.15 0.20 0.30 0.11 0.12 0.19 0.02 0.01 0.06 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.25 0.09 0.44 0.45 0.67 0.56
C8 0.01 0.01 0.10 0.41 0.01 0.26 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.23 0.13 0.62 0.51 0.61 0.63
N1 0.03 0.00 0.21 0.24 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.39 0.16 0.32 0.32 0.56 0.43
N3 0.04 0.00 0.24 0.17 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.52 0.20 0.21 0.17 0.33 0.26
N6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.22 0.07 0.53 0.58 0.82 0.68
N7 0.01 0.01 0.06 0.42 0.01 0.23 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.23 0.07 0.64 0.61 0.77 0.72
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.14 0.01 0.35 0.26 0.36 0.36
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.20 0.28 0.28 0.12 0.28 0.34 0.24 0.21 0.32 0.36 0.20 0.00 0.06 0.19 0.23 0.24 0.26 0.21
O3' 0.30 0.52 0.04 0.01 0.28 0.03 0.18 0.19 0.25 0.23 0.39 0.52 0.22 0.23 0.14 0.06 0.00 0.19 0.34 0.40 0.40 0.36
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.13 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.19 0.19 0.00 0.12 0.08 0.19 0.12
O5' 0.15 0.24 0.18 0.29 0.31 0.02 0.47 0.01 0.44 0.62 0.32 0.21 0.53 0.64 0.35 0.23 0.34 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.21 0.30 0.24 0.26 0.09 0.44 0.06 0.45 0.51 0.32 0.17 0.58 0.61 0.26 0.24 0.40 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.41 0.27 0.27 0.43 0.12 0.63 0.19 0.67 0.61 0.56 0.33 0.82 0.77 0.36 0.26 0.40 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.31 0.22 0.25 0.37 0.03 0.56 0.02 0.56 0.63 0.43 0.26 0.68 0.72 0.36 0.21 0.36 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00