ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 8, 7, 11, 8, 9, 6, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.039 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.009, 0.041, 0.074, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.041 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.001, 0.032, 0.065, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.032 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.047 std_dev=0.037
P B 0, 0.253, 0.444, 0.635, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.444 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.287, 0.504, 0.721, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.504 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.240, 0.487, 0.735, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.487 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.102, 0.559, 1.017, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.559 std_dev=0.457
O4' A 0, -0.091, 0.401, 0.892, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.401 std_dev=0.491
C2' A 0, -0.092, 0.404, 0.901, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.404 std_dev=0.497
C3' A 0, -0.167, 0.523, 1.214, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.523 std_dev=0.691
C5' B 0, -0.021, 0.737, 1.495, 4.956 max_d=4.956 avg_d=0.737 std_dev=0.758
C4' A 0, -0.209, 0.570, 1.350, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.570 std_dev=0.780
O2' A 0, -0.146, 0.698, 1.543, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.698 std_dev=0.845
O3' A 0, -0.245, 0.636, 1.518, 2.773 max_d=2.773 avg_d=0.636 std_dev=0.881
C4' B 0, 0.051, 0.974, 1.898, 5.822 max_d=5.822 avg_d=0.974 std_dev=0.923
O4' B 0, 0.144, 1.081, 2.017, 6.319 max_d=6.319 avg_d=1.081 std_dev=0.936
C5' A 0, -0.187, 0.919, 2.025, 3.546 max_d=3.546 avg_d=0.919 std_dev=1.106
C8 B 0, 0.016, 1.153, 2.290, 7.340 max_d=7.340 avg_d=1.153 std_dev=1.137
C3' B 0, 0.027, 1.166, 2.305, 6.702 max_d=6.702 avg_d=1.166 std_dev=1.139
C1' B 0, 0.127, 1.294, 2.461, 7.558 max_d=7.558 avg_d=1.294 std_dev=1.167
O3' B 0, 0.062, 1.278, 2.495, 6.793 max_d=6.793 avg_d=1.278 std_dev=1.216
N9 B 0, 0.036, 1.272, 2.508, 8.063 max_d=8.063 avg_d=1.272 std_dev=1.236
N7 B 0, -0.067, 1.187, 2.440, 8.099 max_d=8.099 avg_d=1.187 std_dev=1.254
C2' B 0, 0.139, 1.403, 2.666, 7.668 max_d=7.668 avg_d=1.403 std_dev=1.263
O2' B 0, 0.294, 1.600, 2.905, 7.826 max_d=7.826 avg_d=1.600 std_dev=1.305
C4 B 0, -0.041, 1.402, 2.845, 9.415 max_d=9.415 avg_d=1.402 std_dev=1.443
C5 B 0, -0.110, 1.342, 2.794, 9.423 max_d=9.423 avg_d=1.342 std_dev=1.452
N3 B 0, -0.039, 1.583, 3.204, 10.538 max_d=10.538 avg_d=1.583 std_dev=1.621
C6 B 0, -0.175, 1.484, 3.143, 10.731 max_d=10.731 avg_d=1.484 std_dev=1.659
N6 B 0, -0.210, 1.480, 3.169, 10.921 max_d=10.921 avg_d=1.480 std_dev=1.690
O5' A 0, -0.400, 1.348, 3.096, 5.544 max_d=5.544 avg_d=1.348 std_dev=1.748
C2 B 0, -0.112, 1.702, 3.516, 11.706 max_d=11.706 avg_d=1.702 std_dev=1.814
N1 B 0, -0.173, 1.668, 3.509, 11.875 max_d=11.875 avg_d=1.668 std_dev=1.841
P A 0, -0.943, 1.702, 4.346, 7.970 max_d=7.970 avg_d=1.702 std_dev=2.645
OP1 A 0, -0.641, 2.166, 4.973, 8.815 max_d=8.815 avg_d=2.166 std_dev=2.807
OP2 A 0, -0.918, 2.257, 5.432, 9.679 max_d=9.679 avg_d=2.257 std_dev=3.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.32 0.02 0.37 0.47 0.23
C2 0.04 0.00 0.32 0.19 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.34 0.31 0.41 0.02 0.31 0.56 0.28
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.18 0.14 0.18 0.24 0.39 0.32 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.20 0.10 0.34 0.46 0.16
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.21 0.00 0.27 0.03 0.28 0.27 0.24 0.18 0.16 0.31 0.19 0.02 0.01 0.01 0.32 0.31 0.32 0.44 0.12
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.21 0.16 0.54 0.01 0.47 0.73 0.42
C4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.09 0.26 0.11 0.25 0.17 0.23 0.10 0.26 0.02 0.01 0.01 0.12 0.39 0.29 0.23
C5 0.01 0.01 0.07 0.27 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.12 0.07 0.75 0.01 0.76 1.09 0.73
C5' 0.05 0.25 0.18 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.34 0.23 0.31 0.23 0.34 0.15 0.09 0.16 0.02 0.01 0.28 0.38 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.28 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.13 0.71 0.01 0.72 1.07 0.69
C8 0.02 0.01 0.18 0.27 0.01 0.26 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.07 0.19 0.94 0.02 0.99 1.29 1.01
N1 0.02 0.01 0.24 0.24 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.23 0.55 0.01 0.45 0.77 0.42
N2 0.05 0.01 0.39 0.18 0.01 0.25 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.43 0.37 0.35 0.02 0.38 0.50 0.37
N3 0.03 0.00 0.32 0.16 0.01 0.17 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.35 0.30 0.37 0.02 0.32 0.50 0.27
N7 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.23 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.09 0.11 0.97 0.02 1.09 1.46 1.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.02 0.60 0.02 0.56 0.78 0.51
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.13 0.26 0.26 0.09 0.22 0.43 0.16 0.36 0.24 0.42 0.20 0.00 0.07 0.20 0.29 0.28 0.32 0.62 0.26
O3' 0.30 0.34 0.03 0.01 0.21 0.02 0.12 0.16 0.15 0.07 0.25 0.43 0.35 0.09 0.14 0.07 0.00 0.20 0.32 0.12 0.33 0.32 0.10
O4' 0.00 0.31 0.03 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.19 0.23 0.37 0.30 0.11 0.02 0.20 0.20 0.00 0.35 0.09 0.41 0.38 0.30
O5' 0.32 0.41 0.20 0.32 0.54 0.01 0.75 0.01 0.71 0.94 0.55 0.35 0.37 0.97 0.60 0.29 0.32 0.35 0.00 0.81 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.10 0.31 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.12 0.09 0.81 0.00 0.91 1.27 0.87
OP1 0.37 0.31 0.34 0.32 0.47 0.39 0.76 0.38 0.72 0.99 0.45 0.38 0.32 1.09 0.56 0.32 0.33 0.41 0.02 0.91 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.56 0.46 0.44 0.73 0.29 1.09 0.33 1.07 1.29 0.77 0.50 0.50 1.46 0.78 0.62 0.32 0.38 0.02 1.27 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.28 0.16 0.12 0.42 0.23 0.73 0.01 0.69 1.01 0.42 0.37 0.27 1.10 0.51 0.26 0.10 0.30 0.00 0.87 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.23 0.33 0.36 0.25 0.39 0.22 0.40 0.22 0.28 0.22 0.25 0.24 0.23 0.29 0.36 0.38 0.39 0.36 0.16 0.19 0.15
C2 0.24 0.15 0.22 0.24 0.13 0.31 0.15 0.32 0.20 0.12 0.18 0.14 0.27 0.16 0.15 0.29 0.28 0.30 0.32 0.16 0.19 0.15
C2' 0.60 0.53 0.54 0.49 0.55 0.55 0.53 0.51 0.52 0.56 0.52 0.55 0.51 0.53 0.57 0.60 0.48 0.61 0.52 0.42 0.43 0.41
C3' 0.45 0.29 0.40 0.40 0.33 0.45 0.30 0.44 0.27 0.37 0.26 0.33 0.27 0.32 0.39 0.46 0.42 0.48 0.42 0.25 0.34 0.27
C4 0.24 0.17 0.21 0.24 0.15 0.28 0.16 0.31 0.21 0.13 0.20 0.16 0.28 0.15 0.16 0.27 0.28 0.28 0.31 0.16 0.19 0.15
C4' 0.54 0.57 0.60 0.67 0.57 0.59 0.59 0.64 0.60 0.58 0.58 0.56 0.63 0.60 0.56 0.54 0.71 0.55 0.52 0.28 0.23 0.27
C5 0.22 0.28 0.16 0.16 0.23 0.20 0.28 0.23 0.34 0.19 0.33 0.24 0.40 0.26 0.20 0.24 0.22 0.23 0.25 0.16 0.19 0.16
C5' 0.49 0.56 0.58 0.69 0.55 0.57 0.59 0.65 0.62 0.56 0.60 0.53 0.67 0.60 0.53 0.50 0.75 0.49 0.52 0.41 0.32 0.35
C6 0.25 0.36 0.18 0.15 0.32 0.17 0.37 0.18 0.42 0.29 0.41 0.32 0.48 0.37 0.27 0.25 0.20 0.23 0.22 0.16 0.19 0.17
C8 0.23 0.23 0.18 0.20 0.18 0.23 0.21 0.27 0.27 0.15 0.27 0.20 0.33 0.19 0.17 0.25 0.26 0.25 0.28 0.16 0.19 0.16
N1 0.20 0.27 0.16 0.16 0.24 0.21 0.31 0.22 0.35 0.23 0.33 0.23 0.42 0.32 0.20 0.23 0.22 0.21 0.25 0.15 0.19 0.16
N2 0.32 0.15 0.29 0.30 0.16 0.39 0.13 0.39 0.16 0.16 0.14 0.18 0.21 0.14 0.21 0.36 0.33 0.39 0.37 0.19 0.20 0.16
N3 0.29 0.15 0.27 0.30 0.16 0.35 0.13 0.36 0.15 0.17 0.15 0.17 0.21 0.12 0.21 0.33 0.32 0.35 0.34 0.17 0.19 0.15
N7 0.24 0.32 0.17 0.16 0.26 0.19 0.30 0.22 0.36 0.21 0.36 0.28 0.42 0.28 0.22 0.25 0.22 0.24 0.24 0.16 0.19 0.17
N9 0.26 0.17 0.23 0.27 0.16 0.30 0.15 0.33 0.19 0.16 0.19 0.16 0.25 0.14 0.19 0.28 0.31 0.30 0.32 0.16 0.19 0.15
O2' 0.61 0.67 0.59 0.58 0.65 0.59 0.70 0.59 0.73 0.66 0.71 0.64 0.79 0.70 0.63 0.61 0.57 0.60 0.51 0.34 0.29 0.32
O3' 0.70 0.64 0.71 0.76 0.67 0.74 0.67 0.76 0.65 0.70 0.63 0.66 0.64 0.69 0.69 0.70 0.78 0.72 0.65 0.30 0.29 0.38
O4' 0.62 0.62 0.67 0.74 0.63 0.67 0.63 0.71 0.63 0.64 0.63 0.62 0.64 0.64 0.63 0.63 0.77 0.63 0.60 0.37 0.30 0.37
O5' 0.49 0.59 0.55 0.66 0.55 0.56 0.63 0.64 0.70 0.55 0.67 0.54 0.80 0.63 0.52 0.50 0.73 0.51 0.54 0.46 0.55 0.45
O6 0.34 0.49 0.26 0.18 0.44 0.19 0.50 0.16 0.54 0.41 0.53 0.44 0.59 0.49 0.39 0.31 0.20 0.30 0.19 0.18 0.19 0.19
OP1 0.72 1.21 0.92 1.07 1.07 0.77 1.23 0.88 1.39 0.99 1.37 1.06 1.57 1.19 0.91 0.71 1.15 0.62 0.59 0.37 0.38 0.31
OP2 0.66 0.97 0.79 0.95 0.87 0.73 1.00 0.83 1.13 0.83 1.10 0.85 1.28 0.99 0.77 0.66 1.04 0.64 0.66 0.65 0.75 0.64
P 0.78 1.18 0.95 1.10 1.06 0.83 1.20 0.93 1.34 1.00 1.31 1.05 1.48 1.18 0.94 0.78 1.17 0.70 0.67 0.41 0.43 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.22 0.21 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.18 0.03 0.14 0.18 0.37 0.20
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.21 0.16 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.15 0.19 0.37 0.21
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.24 0.06 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.19 0.25 0.45 0.27
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.14 0.12 0.10 0.15 0.15 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.10 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.02 0.19 0.26 0.47 0.28
C8 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.19 0.25 0.43 0.27
N1 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.16 0.02 0.17 0.22 0.43 0.24
N3 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.02 0.13 0.18 0.32 0.18
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.13 0.03 0.21 0.32 0.53 0.32
N7 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.21 0.31 0.50 0.32
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.19 0.33 0.20
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.35 0.13 0.19
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.13 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.06 0.05 0.00 0.02 0.09 0.23 0.13 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.25 0.16 0.17
O5' 0.08 0.14 0.09 0.10 0.15 0.01 0.19 0.01 0.19 0.19 0.17 0.13 0.21 0.21 0.14 0.06 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.18 0.21 0.14 0.19 0.24 0.25 0.10 0.26 0.25 0.22 0.18 0.32 0.31 0.19 0.35 0.23 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.37 0.16 0.13 0.37 0.06 0.45 0.10 0.47 0.43 0.43 0.32 0.53 0.50 0.33 0.13 0.13 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.20 0.12 0.08 0.21 0.12 0.27 0.02 0.28 0.27 0.24 0.18 0.32 0.32 0.20 0.19 0.12 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00