ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51448

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 2, 8, 11, 14, 9, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.023, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.021, 0.043, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.043 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.041, 0.065, 0.090, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.065 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.014, 0.043, 0.071, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.038, 0.068, 0.099, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.068 std_dev=0.030
P B 0, 0.276, 0.506, 0.737, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.506 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.497, 0.788, 1.079, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.820, 1.169, 1.517, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.169 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.305, 0.729, 1.153, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.729 std_dev=0.424
C5' B 0, 1.393, 1.862, 2.332, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.862 std_dev=0.469
C2' A 0, 0.736, 1.218, 1.701, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.218 std_dev=0.482
O4' A 0, 0.712, 1.203, 1.695, 1.951 max_d=1.951 avg_d=1.203 std_dev=0.491
C4' B 0, 1.023, 1.640, 2.256, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.640 std_dev=0.616
C3' A 0, 1.137, 1.761, 2.384, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.761 std_dev=0.624
O3' B 0, 1.267, 1.932, 2.596, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.932 std_dev=0.664
C3' B 0, 0.902, 1.638, 2.374, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.638 std_dev=0.736
C4' A 0, 1.096, 1.844, 2.592, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.844 std_dev=0.748
O3' A 0, 1.574, 2.334, 3.095, 3.029 max_d=3.029 avg_d=2.334 std_dev=0.761
O2' A 0, 0.956, 1.841, 2.726, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.841 std_dev=0.885
O4' B 0, 0.975, 1.862, 2.749, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.862 std_dev=0.887
C2' B 0, 1.159, 2.127, 3.095, 5.290 max_d=5.290 avg_d=2.127 std_dev=0.968
O2' B 0, 1.493, 2.611, 3.728, 6.541 max_d=6.541 avg_d=2.611 std_dev=1.117
C5' A 0, 1.621, 2.749, 3.877, 4.684 max_d=4.684 avg_d=2.749 std_dev=1.128
C8 B 0, 1.423, 2.671, 3.919, 7.998 max_d=7.998 avg_d=2.671 std_dev=1.248
C1' B 0, 0.649, 1.905, 3.160, 6.214 max_d=6.214 avg_d=1.905 std_dev=1.255
N9 B 0, 1.031, 2.406, 3.781, 7.793 max_d=7.793 avg_d=2.406 std_dev=1.375
N7 B 0, 1.883, 3.322, 4.761, 9.722 max_d=9.722 avg_d=3.322 std_dev=1.439
O5' A 0, 1.682, 3.321, 4.960, 6.175 max_d=6.175 avg_d=3.321 std_dev=1.639
C4 B 0, 1.309, 3.034, 4.758, 9.622 max_d=9.622 avg_d=3.034 std_dev=1.724
C5 B 0, 1.737, 3.526, 5.316, 10.647 max_d=10.647 avg_d=3.526 std_dev=1.790
N3 B 0, 1.277, 3.325, 5.373, 10.519 max_d=10.519 avg_d=3.325 std_dev=2.048
C6 B 0, 1.964, 4.260, 6.557, 12.589 max_d=12.589 avg_d=4.260 std_dev=2.296
P A 0, 2.131, 4.436, 6.741, 8.491 max_d=8.491 avg_d=4.436 std_dev=2.305
N6 B 0, 2.372, 4.840, 7.308, 13.839 max_d=13.839 avg_d=4.840 std_dev=2.468
C2 B 0, 1.557, 4.058, 6.559, 12.369 max_d=12.369 avg_d=4.058 std_dev=2.501
OP1 A 0, 2.977, 5.541, 8.106, 9.547 max_d=9.547 avg_d=5.541 std_dev=2.564
N1 B 0, 1.833, 4.492, 7.152, 13.371 max_d=13.371 avg_d=4.492 std_dev=2.659
OP2 A 0, 1.542, 4.522, 7.503, 9.723 max_d=9.723 avg_d=4.522 std_dev=2.980

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.39 0.00 0.25 0.01 0.15 0.64 0.24
C2 0.04 0.00 0.24 0.12 0.01 0.25 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.60 0.29 0.29 0.01 0.30 0.84 0.48
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.24 0.13 0.12 0.20 0.29 0.24 0.06 0.03 0.00 0.03 0.04 0.33 0.11 0.30 0.90 0.40
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.19 0.01 0.34 0.03 0.31 0.48 0.20 0.15 0.10 0.48 0.25 0.02 0.01 0.01 0.44 0.38 0.49 0.70 0.37
C4 0.02 0.01 0.14 0.19 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.32 0.14 0.49 0.01 0.41 1.03 0.63
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.08 0.36 0.13 0.36 0.25 0.31 0.12 0.31 0.03 0.00 0.02 0.13 0.36 0.38 0.20
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.13 0.06 0.76 0.01 0.81 1.49 1.03
C5' 0.09 0.20 0.24 0.03 0.13 0.01 0.29 0.00 0.24 0.52 0.13 0.32 0.20 0.51 0.22 0.10 0.23 0.03 0.01 0.33 0.21 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.20 0.11 0.72 0.01 0.80 1.51 1.02
C8 0.01 0.01 0.12 0.48 0.00 0.36 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.24 0.18 1.01 0.03 1.04 1.66 1.23
N1 0.03 0.00 0.20 0.20 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.41 0.22 0.49 0.01 0.48 1.17 0.72
N2 0.04 0.00 0.29 0.15 0.01 0.36 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.76 0.36 0.22 0.02 0.43 0.72 0.46
N3 0.04 0.00 0.24 0.10 0.00 0.25 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.61 0.29 0.24 0.01 0.27 0.72 0.38
N7 0.01 0.01 0.06 0.48 0.01 0.31 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.48 0.22 0.11 1.04 0.03 1.20 1.90 1.40
N9 0.00 0.01 0.03 0.25 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.16 0.02 0.58 0.01 0.47 1.05 0.67
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.19 0.31 0.33 0.10 0.30 0.47 0.21 0.31 0.22 0.48 0.24 0.00 0.05 0.23 0.40 0.36 0.34 1.04 0.44
O3' 0.39 0.60 0.03 0.01 0.32 0.03 0.13 0.23 0.20 0.24 0.41 0.76 0.61 0.22 0.16 0.05 0.00 0.26 0.45 0.12 0.73 0.60 0.43
O4' 0.00 0.29 0.04 0.01 0.14 0.00 0.06 0.03 0.11 0.18 0.22 0.36 0.29 0.11 0.02 0.23 0.26 0.00 0.24 0.08 0.23 0.52 0.30
O5' 0.25 0.29 0.33 0.44 0.49 0.02 0.76 0.01 0.72 1.01 0.49 0.22 0.24 1.04 0.58 0.40 0.45 0.24 0.00 0.85 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.36 0.12 0.08 0.85 0.00 1.05 1.78 1.24
OP1 0.15 0.30 0.30 0.49 0.41 0.36 0.81 0.21 0.80 1.04 0.48 0.43 0.27 1.20 0.47 0.34 0.73 0.23 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.84 0.90 0.70 1.03 0.38 1.49 0.38 1.51 1.66 1.17 0.72 0.72 1.90 1.05 1.04 0.60 0.52 0.02 1.78 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.48 0.40 0.37 0.63 0.20 1.03 0.02 1.02 1.23 0.72 0.46 0.38 1.40 0.67 0.44 0.43 0.30 0.01 1.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 1.56 0.72 0.53 1.03 0.36 1.25 0.67 1.63 0.83 1.75 1.23 1.90 1.12 0.70 0.64 0.58 0.45 0.39 0.17 0.29 0.14
C2 0.38 1.20 0.58 0.49 0.87 0.36 1.06 0.60 1.29 0.72 1.33 0.98 1.45 1.00 0.59 0.45 0.51 0.45 0.40 0.15 0.32 0.11
C2' 0.77 2.04 1.06 0.84 1.49 0.37 1.73 0.43 2.17 1.12 2.28 1.68 2.49 1.52 1.07 0.95 0.88 0.42 0.27 0.29 0.40 0.28
C3' 0.42 1.40 0.62 0.45 0.92 0.41 1.15 0.70 1.51 0.83 1.61 1.08 1.82 1.08 0.64 0.57 0.48 0.45 0.39 0.20 0.36 0.18
C4 0.43 1.46 0.65 0.49 1.02 0.35 1.23 0.60 1.56 0.78 1.62 1.17 1.79 1.11 0.68 0.52 0.51 0.42 0.39 0.17 0.26 0.13
C4' 0.51 1.18 0.54 0.46 0.71 0.70 0.90 1.06 1.21 0.86 1.34 0.87 1.48 0.96 0.59 0.54 0.40 0.74 0.70 0.34 0.35 0.34
C5 0.45 1.48 0.61 0.46 1.05 0.35 1.28 0.54 1.59 0.80 1.66 1.19 1.83 1.15 0.71 0.48 0.44 0.41 0.38 0.20 0.20 0.14
C5' 0.51 1.18 0.51 0.45 0.69 0.71 0.84 1.06 1.14 0.79 1.30 0.88 1.38 0.87 0.56 0.54 0.40 0.74 0.68 0.29 0.30 0.28
C6 0.44 1.39 0.56 0.42 1.02 0.35 1.24 0.49 1.52 0.80 1.56 1.13 1.73 1.14 0.70 0.44 0.40 0.41 0.37 0.21 0.18 0.15
C8 0.47 1.61 0.67 0.48 1.11 0.34 1.33 0.57 1.70 0.81 1.80 1.28 1.97 1.16 0.73 0.56 0.49 0.40 0.38 0.19 0.21 0.14
N1 0.40 1.23 0.53 0.43 0.91 0.35 1.11 0.51 1.34 0.73 1.37 1.01 1.51 1.04 0.63 0.40 0.42 0.42 0.38 0.18 0.24 0.13
N2 0.36 1.01 0.57 0.51 0.74 0.37 0.91 0.64 1.08 0.68 1.11 0.83 1.19 0.88 0.53 0.43 0.57 0.51 0.41 0.14 0.37 0.12
N3 0.42 1.34 0.65 0.51 0.95 0.35 1.15 0.63 1.44 0.77 1.49 1.08 1.64 1.06 0.64 0.53 0.55 0.45 0.39 0.15 0.31 0.12
N7 0.47 1.59 0.63 0.46 1.12 0.34 1.35 0.53 1.70 0.82 1.78 1.27 1.96 1.20 0.75 0.51 0.44 0.40 0.38 0.21 0.18 0.15
N9 0.45 1.55 0.68 0.51 1.06 0.34 1.28 0.61 1.64 0.80 1.73 1.23 1.90 1.13 0.70 0.58 0.53 0.42 0.39 0.17 0.26 0.13
O2' 0.85 2.32 1.20 0.95 1.68 0.42 1.96 0.49 2.48 1.26 2.61 1.88 2.84 1.70 1.20 1.07 1.01 0.47 0.36 0.23 0.26 0.22
O3' 0.85 1.02 0.68 0.70 0.82 1.05 1.06 1.34 1.27 1.19 1.26 0.78 1.60 1.25 0.89 0.74 0.56 1.09 1.03 0.61 0.48 0.62
O4' 0.47 1.23 0.51 0.41 0.71 0.68 0.90 1.05 1.23 0.80 1.37 0.91 1.48 0.91 0.55 0.52 0.39 0.73 0.71 0.37 0.38 0.37
O5' 0.39 1.19 0.50 0.44 0.71 0.51 0.85 0.83 1.15 0.68 1.30 0.91 1.36 0.82 0.50 0.51 0.48 0.52 0.46 0.45 0.55 0.36
O6 0.47 1.41 0.54 0.40 1.07 0.35 1.30 0.44 1.58 0.86 1.60 1.15 1.80 1.21 0.75 0.44 0.37 0.41 0.36 0.25 0.16 0.17
OP1 0.70 1.07 0.69 0.77 0.77 0.92 0.89 1.20 1.07 0.93 1.17 0.87 1.25 0.98 0.74 0.70 0.76 0.86 0.71 0.49 0.51 0.38
OP2 0.68 1.24 0.81 0.86 0.85 0.78 0.92 0.92 1.16 0.76 1.31 1.02 1.30 0.85 0.71 0.81 0.97 0.73 0.81 1.16 1.17 1.02
P 0.61 1.13 0.69 0.76 0.75 0.80 0.85 1.06 1.07 0.80 1.21 0.90 1.25 0.87 0.65 0.69 0.82 0.74 0.67 0.73 0.74 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.18 0.44 0.32 0.23
C2 0.03 0.00 0.27 0.29 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.27 0.19 0.48 0.57 1.01 0.57
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.14 0.02 0.07 0.07 0.12 0.14 0.21 0.27 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.44 0.45 0.22
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.03 0.27 0.16 0.29 0.25 0.28 0.20 0.14 0.02 0.01 0.03 0.42 0.20 0.49 0.21
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.11 0.40 0.52 0.86 0.49
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.13 0.18 0.12 0.12 0.15 0.18 0.08 0.16 0.02 0.01 0.02 0.46 0.13 0.28
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.06 0.44 0.63 1.07 0.66
C5' 0.05 0.23 0.07 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.29 0.33 0.26 0.20 0.34 0.35 0.18 0.10 0.12 0.02 0.01 0.16 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.23 0.09 0.49 0.68 1.21 0.73
C8 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.11 0.11 0.38 0.54 0.83 0.54
N1 0.02 0.00 0.21 0.29 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.27 0.15 0.50 0.63 1.16 0.67
N3 0.03 0.00 0.27 0.25 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.19 0.42 0.52 0.84 0.47
N6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.15 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.24 0.07 0.51 0.78 1.34 0.84
N7 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.18 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.07 0.44 0.68 1.09 0.71
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.31 0.44 0.66 0.37
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.08 0.16 0.14 0.10 0.12 0.27 0.13 0.20 0.15 0.25 0.11 0.00 0.06 0.11 0.14 0.69 0.19 0.39
O3' 0.13 0.27 0.02 0.01 0.17 0.02 0.18 0.12 0.23 0.11 0.27 0.24 0.24 0.15 0.08 0.06 0.00 0.08 0.42 0.40 0.46 0.26
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.15 0.19 0.07 0.07 0.02 0.11 0.08 0.00 0.18 0.45 0.23 0.30
O5' 0.18 0.48 0.32 0.42 0.40 0.02 0.44 0.01 0.49 0.38 0.50 0.42 0.51 0.44 0.31 0.14 0.42 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.57 0.44 0.20 0.52 0.46 0.63 0.16 0.68 0.54 0.63 0.52 0.78 0.68 0.44 0.69 0.40 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 1.01 0.45 0.49 0.86 0.13 1.07 0.12 1.21 0.83 1.16 0.84 1.34 1.09 0.66 0.19 0.46 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.57 0.22 0.21 0.49 0.28 0.66 0.02 0.73 0.54 0.67 0.47 0.84 0.71 0.37 0.39 0.26 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00