ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51449

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 3, 3, 8, 5, 9, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.022, 0.041, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.004, 0.030, 0.057, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.047 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.014, 0.046, 0.078, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.046 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.020, 0.052, 0.085, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.052 std_dev=0.033
P B 0, 0.361, 0.590, 0.818, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.590 std_dev=0.228
OP2 B 0, 0.470, 0.774, 1.078, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.774 std_dev=0.304
O4' A 0, 0.448, 0.754, 1.060, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.754 std_dev=0.306
OP1 B 0, 0.388, 0.723, 1.059, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.723 std_dev=0.335
C2' A 0, 0.425, 0.766, 1.108, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.766 std_dev=0.341
C4' A 0, 0.825, 1.232, 1.639, 1.763 max_d=1.763 avg_d=1.232 std_dev=0.407
C3' A 0, 0.509, 0.960, 1.410, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.960 std_dev=0.450
O2' A 0, 0.911, 1.490, 2.069, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.490 std_dev=0.579
O3' A 0, 0.553, 1.410, 2.267, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.410 std_dev=0.857
C5' A 0, 1.015, 1.896, 2.777, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.896 std_dev=0.881
O5' A 0, 1.013, 2.104, 3.195, 3.701 max_d=3.701 avg_d=2.104 std_dev=1.091
O5' B 0, 0.742, 1.901, 3.060, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.901 std_dev=1.159
C5' B 0, 1.228, 2.755, 4.282, 5.234 max_d=5.234 avg_d=2.755 std_dev=1.527
P A 0, 1.092, 2.800, 4.508, 5.909 max_d=5.909 avg_d=2.800 std_dev=1.708
N7 B 0, 2.205, 3.983, 5.761, 6.711 max_d=6.711 avg_d=3.983 std_dev=1.778
OP1 A 0, 1.277, 3.267, 5.257, 6.554 max_d=6.554 avg_d=3.267 std_dev=1.990
C8 B 0, 1.670, 3.728, 5.786, 6.968 max_d=6.968 avg_d=3.728 std_dev=2.058
OP2 A 0, 1.006, 3.272, 5.539, 7.606 max_d=7.606 avg_d=3.272 std_dev=2.266
N6 B 0, 3.054, 5.369, 7.684, 8.754 max_d=8.754 avg_d=5.369 std_dev=2.315
C4' B 0, 0.685, 3.400, 6.116, 7.860 max_d=7.860 avg_d=3.400 std_dev=2.716
C5 B 0, 1.899, 4.751, 7.603, 9.186 max_d=9.186 avg_d=4.751 std_dev=2.852
O4' B 0, 0.785, 3.889, 6.994, 9.029 max_d=9.029 avg_d=3.889 std_dev=3.104
C6 B 0, 2.338, 5.447, 8.555, 10.195 max_d=10.195 avg_d=5.447 std_dev=3.108
N9 B 0, 0.927, 4.247, 7.567, 9.471 max_d=9.471 avg_d=4.247 std_dev=3.320
C3' B 0, 0.313, 3.641, 6.968, 8.795 max_d=8.795 avg_d=3.641 std_dev=3.327
O3' B 0, 0.230, 4.030, 7.831, 9.910 max_d=9.910 avg_d=4.030 std_dev=3.800
C4 B 0, 1.181, 4.985, 8.789, 10.936 max_d=10.936 avg_d=4.985 std_dev=3.804
C1' B 0, 0.556, 4.378, 8.200, 10.448 max_d=10.448 avg_d=4.378 std_dev=3.822
C2' B 0, 0.687, 4.514, 8.341, 10.633 max_d=10.633 avg_d=4.514 std_dev=3.827
N1 B 0, 2.111, 6.341, 10.570, 12.812 max_d=12.812 avg_d=6.341 std_dev=4.230
O2' B 0, 0.892, 5.626, 10.360, 13.130 max_d=13.130 avg_d=5.626 std_dev=4.734
N3 B 0, 1.080, 5.952, 10.824, 13.560 max_d=13.560 avg_d=5.952 std_dev=4.872
C2 B 0, 1.556, 6.558, 11.560, 14.271 max_d=14.271 avg_d=6.558 std_dev=5.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.37 0.01 0.23 0.04 0.39 0.41 0.23
C2 0.07 0.00 0.30 0.11 0.01 0.35 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.49 0.45 0.41 0.02 0.33 0.74 0.46
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.19 0.14 0.18 0.24 0.37 0.30 0.10 0.03 0.01 0.04 0.04 0.42 0.11 0.83 0.81 0.60
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.19 0.01 0.32 0.02 0.31 0.41 0.20 0.11 0.09 0.43 0.23 0.02 0.01 0.02 0.22 0.37 0.59 0.60 0.32
C4 0.03 0.01 0.17 0.19 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.28 0.23 0.46 0.02 0.41 0.83 0.56
C4' 0.02 0.35 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.07 0.39 0.21 0.49 0.35 0.32 0.11 0.30 0.04 0.01 0.02 0.10 0.29 0.33 0.12
C5 0.03 0.01 0.09 0.32 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.15 0.09 0.67 0.02 0.68 1.25 0.89
C5' 0.07 0.41 0.19 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.20 0.54 0.27 0.57 0.39 0.50 0.18 0.11 0.22 0.02 0.01 0.26 0.18 0.22 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.31 0.02 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.17 0.65 0.01 0.68 1.33 0.91
C8 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.39 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.56 0.18 0.26 0.85 0.02 0.85 1.23 0.99
N1 0.06 0.01 0.24 0.20 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.35 0.34 0.50 0.01 0.43 1.05 0.67
N2 0.08 0.00 0.37 0.11 0.01 0.49 0.01 0.57 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.46 0.62 0.55 0.42 0.02 0.40 0.59 0.40
N3 0.06 0.01 0.30 0.09 0.00 0.35 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.50 0.45 0.37 0.02 0.35 0.59 0.38
N7 0.02 0.01 0.10 0.43 0.01 0.32 0.00 0.50 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.53 0.18 0.16 0.89 0.02 0.99 1.54 1.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.23 0.17 0.02 0.48 0.03 0.45 0.75 0.55
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.14 0.30 0.29 0.11 0.24 0.56 0.18 0.46 0.31 0.53 0.23 0.00 0.05 0.21 0.36 0.32 0.87 0.99 0.61
O3' 0.37 0.49 0.04 0.01 0.28 0.04 0.15 0.22 0.20 0.18 0.35 0.62 0.50 0.18 0.17 0.05 0.00 0.23 0.27 0.16 0.48 0.60 0.25
O4' 0.01 0.45 0.04 0.02 0.23 0.01 0.09 0.02 0.17 0.26 0.34 0.55 0.45 0.16 0.02 0.21 0.23 0.00 0.20 0.12 0.18 0.36 0.24
O5' 0.23 0.41 0.42 0.22 0.46 0.02 0.67 0.01 0.65 0.85 0.50 0.42 0.37 0.89 0.48 0.36 0.27 0.20 0.00 0.76 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.37 0.02 0.10 0.02 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.32 0.16 0.12 0.76 0.00 0.88 1.59 1.10
OP1 0.39 0.33 0.83 0.59 0.41 0.29 0.68 0.18 0.68 0.85 0.43 0.40 0.35 0.99 0.45 0.87 0.48 0.18 0.02 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.74 0.81 0.60 0.83 0.33 1.25 0.22 1.33 1.23 1.05 0.59 0.59 1.54 0.75 0.99 0.60 0.36 0.01 1.59 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.46 0.60 0.32 0.56 0.12 0.89 0.02 0.91 0.99 0.67 0.40 0.38 1.17 0.55 0.61 0.25 0.24 0.01 1.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.02 2.53 1.29 0.50 1.77 0.54 1.96 0.71 2.57 1.03 2.80 2.05 2.86 1.42 1.23 1.73 0.54 0.79 0.50 0.20 0.18 0.18
C2 0.71 1.73 1.03 0.38 1.37 0.43 1.63 0.60 1.94 0.98 1.95 1.44 2.12 1.41 0.99 1.18 0.39 0.61 0.45 0.21 0.21 0.15
C2' 0.92 2.76 1.32 0.72 1.85 0.40 2.02 0.58 2.72 0.92 3.05 2.21 3.03 1.39 1.20 1.75 0.81 0.50 0.34 0.38 0.38 0.27
C3' 0.81 2.31 1.05 0.37 1.48 0.52 1.61 0.75 2.25 0.74 2.57 1.82 2.55 1.05 0.97 1.54 0.44 0.69 0.50 0.26 0.27 0.16
C4 1.32 2.70 1.67 0.80 2.13 0.61 2.35 0.59 2.81 1.42 2.93 2.32 2.99 1.88 1.61 2.05 0.74 0.87 0.47 0.22 0.15 0.17
C4' 1.34 2.52 1.36 0.64 1.85 0.96 1.98 1.09 2.53 1.34 2.77 2.10 2.83 1.56 1.46 1.83 0.59 1.24 0.86 0.42 0.37 0.53
C5 1.89 3.31 2.32 1.36 2.73 0.96 2.83 0.65 3.26 1.86 3.46 2.97 3.29 2.27 2.16 2.76 1.29 1.21 0.59 0.24 0.13 0.18
C5' 1.87 3.24 1.84 1.04 2.49 1.25 2.61 1.20 3.22 1.82 3.50 2.79 3.51 2.10 2.03 2.35 1.04 1.61 0.96 0.47 0.44 0.63
C6 1.98 3.07 2.49 1.53 2.67 1.06 2.71 0.69 2.98 1.95 3.14 2.84 2.98 2.27 2.23 2.82 1.38 1.28 0.66 0.25 0.14 0.18
C8 1.90 3.72 2.29 1.33 2.83 0.96 2.93 0.67 3.58 1.77 3.93 3.22 3.69 2.21 2.15 2.87 1.35 1.23 0.57 0.24 0.13 0.18
N1 1.32 2.20 1.75 0.91 1.92 0.63 2.09 0.51 2.32 1.52 2.35 1.99 2.41 1.86 1.59 1.91 0.72 0.85 0.48 0.23 0.13 0.16
N2 0.44 1.23 0.47 0.66 0.86 0.74 1.08 0.82 1.38 0.45 1.41 0.97 1.54 0.87 0.50 0.42 0.86 0.81 0.65 0.21 0.30 0.16
N3 0.76 1.96 1.05 0.38 1.46 0.45 1.72 0.65 2.14 0.94 2.20 1.60 2.36 1.40 1.02 1.29 0.42 0.65 0.47 0.21 0.21 0.16
N7 2.21 3.97 2.67 1.67 3.13 1.18 3.16 0.75 3.72 2.02 4.09 3.53 3.71 2.43 2.46 3.25 1.66 1.43 0.67 0.26 0.13 0.19
N9 1.40 2.99 1.73 0.85 2.25 0.65 2.44 0.63 3.03 1.41 3.25 2.53 3.25 1.86 1.66 2.20 0.84 0.93 0.48 0.22 0.15 0.17
O2' 0.73 2.59 1.19 0.77 1.65 0.50 1.82 0.68 2.52 0.78 2.88 2.03 2.81 1.22 1.01 1.53 0.87 0.55 0.44 0.32 0.25 0.25
O3' 0.84 1.54 0.82 0.55 0.92 1.00 0.97 1.20 1.47 0.76 1.75 1.16 1.72 0.69 0.75 1.27 0.47 1.12 0.97 0.50 0.38 0.55
O4' 1.50 2.71 1.54 0.74 2.09 1.02 2.28 1.10 2.81 1.55 2.98 2.30 3.13 1.86 1.67 1.99 0.66 1.34 0.91 0.47 0.46 0.62
O5' 2.09 3.88 2.17 1.26 2.92 1.19 3.01 0.88 3.74 1.94 4.15 3.33 4.00 2.29 2.30 2.75 1.37 1.59 0.70 0.51 0.55 0.54
O6 2.44 3.42 3.08 2.11 3.00 1.45 2.89 0.93 3.14 2.17 3.38 3.26 3.06 2.40 2.58 3.47 1.95 1.62 0.88 0.27 0.21 0.20
OP1 2.03 3.74 2.07 1.20 2.73 1.23 2.72 1.05 3.40 1.78 3.93 3.20 3.54 2.03 2.15 2.73 1.30 1.60 0.76 0.35 0.42 0.38
OP2 2.47 4.63 2.61 1.71 3.37 1.42 3.31 0.91 4.11 2.09 4.81 3.98 4.16 2.41 2.63 3.31 1.94 1.79 0.82 1.14 1.10 0.97
P 2.22 4.17 2.28 1.37 3.07 1.25 3.07 0.89 3.84 1.97 4.39 3.57 3.99 2.29 2.40 2.93 1.52 1.67 0.68 0.69 0.68 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.34 0.34 0.48 0.27
C2 0.04 0.00 0.25 0.31 0.01 0.13 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.29 0.13 0.62 0.41 1.24 0.67
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.22 0.11 0.13 0.19 0.25 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.67 0.42 0.87 0.51
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.29 0.01 0.37 0.02 0.39 0.33 0.36 0.27 0.43 0.38 0.24 0.02 0.01 0.02 0.42 0.23 0.46 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.29 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.17 0.07 0.58 0.38 1.12 0.65
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.20 0.15 0.11 0.21 0.21 0.11 0.31 0.02 0.00 0.02 0.49 0.12 0.29
C5 0.01 0.02 0.07 0.37 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.18 0.04 0.67 0.64 1.43 0.91
C5' 0.08 0.16 0.22 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.26 0.28 0.21 0.13 0.33 0.31 0.15 0.10 0.22 0.02 0.01 0.18 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.43 0.21 0.06 0.71 0.72 1.58 0.99
C8 0.02 0.02 0.13 0.33 0.01 0.20 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.28 0.17 0.10 0.56 0.57 1.14 0.81
N1 0.03 0.01 0.19 0.36 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.45 0.24 0.10 0.69 0.58 1.47 0.86
N3 0.04 0.01 0.25 0.27 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.37 0.30 0.13 0.55 0.32 1.03 0.53
N6 0.03 0.02 0.09 0.43 0.02 0.21 0.02 0.33 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.45 0.26 0.07 0.76 0.91 1.77 1.16
N7 0.02 0.02 0.08 0.38 0.01 0.21 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.35 0.22 0.07 0.66 0.78 1.47 1.03
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.49 0.30 0.90 0.53
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.33 0.31 0.38 0.10 0.43 0.28 0.45 0.37 0.45 0.35 0.21 0.00 0.05 0.22 0.40 0.64 0.68 0.39
O3' 0.31 0.29 0.02 0.01 0.17 0.02 0.18 0.22 0.21 0.17 0.24 0.30 0.26 0.22 0.11 0.05 0.00 0.22 0.40 0.71 0.40 0.39
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.10 0.10 0.13 0.07 0.07 0.02 0.22 0.22 0.00 0.19 0.43 0.17 0.29
O5' 0.34 0.62 0.67 0.42 0.58 0.02 0.67 0.01 0.71 0.56 0.69 0.55 0.76 0.66 0.49 0.40 0.40 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.41 0.42 0.23 0.38 0.49 0.64 0.18 0.72 0.57 0.58 0.32 0.91 0.78 0.30 0.64 0.71 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 1.24 0.87 0.46 1.12 0.12 1.43 0.11 1.58 1.14 1.47 1.03 1.77 1.47 0.90 0.68 0.40 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.67 0.51 0.18 0.65 0.29 0.91 0.02 0.99 0.81 0.86 0.53 1.16 1.03 0.53 0.39 0.39 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00