ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51451

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 2, 3, 4, 1, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.028, 0.107, 0.185, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.107 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.047, 0.143, 0.239, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.143 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.062, 0.176, 0.291, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.176 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.091, 0.224, 0.358, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.224 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.065, 0.221, 0.378, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.221 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.097, 0.287, 0.477, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.287 std_dev=0.190
O5' A 0, 0.135, 0.326, 0.517, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.326 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.159, 0.394, 0.629, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.394 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.122, 0.375, 0.627, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.375 std_dev=0.253
P B 0, 0.168, 0.431, 0.693, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.431 std_dev=0.263
P A 0, 0.109, 0.431, 0.752, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.431 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.153, 0.526, 0.898, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.526 std_dev=0.373
OP2 A 0, 0.108, 0.516, 0.925, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.516 std_dev=0.408
OP1 B 0, 0.297, 0.736, 1.175, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.736 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.192, 0.656, 1.120, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.656 std_dev=0.464
C5' B 0, 0.159, 0.887, 1.616, 3.213 max_d=3.213 avg_d=0.887 std_dev=0.728
C4' B 0, 0.114, 1.145, 2.175, 4.814 max_d=4.814 avg_d=1.145 std_dev=1.030
C3' B 0, 0.173, 1.249, 2.325, 4.676 max_d=4.676 avg_d=1.249 std_dev=1.076
O3' B 0, 0.230, 1.388, 2.547, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.388 std_dev=1.158
O4' B 0, -0.091, 1.142, 2.374, 6.333 max_d=6.333 avg_d=1.142 std_dev=1.233
C8 B 0, -0.260, 1.184, 2.627, 7.160 max_d=7.160 avg_d=1.184 std_dev=1.444
C1' B 0, -0.114, 1.406, 2.927, 7.710 max_d=7.710 avg_d=1.406 std_dev=1.520
N9 B 0, -0.196, 1.340, 2.877, 7.879 max_d=7.879 avg_d=1.340 std_dev=1.537
C2' B 0, 0.036, 1.574, 3.112, 7.192 max_d=7.192 avg_d=1.574 std_dev=1.538
N7 B 0, -0.200, 1.452, 3.104, 7.936 max_d=7.936 avg_d=1.452 std_dev=1.652
C4 B 0, -0.152, 1.733, 3.618, 9.092 max_d=9.092 avg_d=1.733 std_dev=1.885
C5 B 0, -0.211, 1.704, 3.619, 9.088 max_d=9.088 avg_d=1.704 std_dev=1.915
O2' B 0, -0.038, 1.922, 3.882, 9.259 max_d=9.259 avg_d=1.922 std_dev=1.960
N3 B 0, -0.071, 2.221, 4.513, 10.221 max_d=10.221 avg_d=2.221 std_dev=2.292
C6 B 0, -0.198, 2.145, 4.487, 10.346 max_d=10.346 avg_d=2.145 std_dev=2.343
N6 B 0, -0.255, 2.291, 4.838, 10.735 max_d=10.735 avg_d=2.291 std_dev=2.546
C2 B 0, -0.099, 2.574, 5.247, 11.238 max_d=11.238 avg_d=2.574 std_dev=2.673
N1 B 0, -0.148, 2.553, 5.253, 11.367 max_d=11.367 avg_d=2.553 std_dev=2.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.11 0.01 0.13 0.18 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.13 0.12 0.08
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.10 0.14 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.17 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.16 0.20 0.15
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.13 0.00 0.17 0.22 0.16
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.13 0.01 0.14 0.17 0.13
N1 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.12 0.01 0.15 0.20 0.14
N2 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.12 0.05 0.11 0.01 0.12 0.18 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.10 0.01 0.11 0.16 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.14 0.01 0.18 0.21 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.14 0.10
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.11 0.08 0.05
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.05 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.10 0.05 0.06 0.00 0.03 0.13 0.13 0.17 0.17 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.02 0.07 0.10 0.08
O5' 0.07 0.11 0.08 0.09 0.11 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.05 0.13 0.07 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.14 0.00 0.19 0.23 0.18
OP1 0.07 0.13 0.13 0.14 0.12 0.08 0.16 0.08 0.17 0.14 0.15 0.12 0.11 0.18 0.11 0.11 0.17 0.07 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.18 0.12 0.12 0.17 0.04 0.20 0.02 0.22 0.17 0.20 0.18 0.16 0.21 0.14 0.08 0.17 0.10 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.08 0.09 0.12 0.03 0.15 0.03 0.16 0.13 0.14 0.12 0.10 0.16 0.10 0.05 0.13 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.01 2.32 1.04 0.75 1.53 0.66 1.44 0.43 1.92 0.77 2.37 1.94 1.91 0.92 1.08 1.13 0.76 0.82 0.28 0.21 0.11 0.13
C2 0.82 1.83 0.85 0.64 1.24 0.57 1.19 0.41 1.47 0.75 1.78 1.56 1.41 0.89 0.90 0.86 0.62 0.69 0.26 0.17 0.12 0.13
C2' 0.97 2.28 1.03 0.77 1.45 0.67 1.33 0.46 1.83 0.61 2.31 1.89 1.82 0.75 0.99 1.11 0.80 0.79 0.29 0.22 0.13 0.15
C3' 0.97 2.30 1.03 0.76 1.47 0.65 1.38 0.45 1.88 0.66 2.35 1.91 1.91 0.83 1.01 1.10 0.77 0.77 0.31 0.27 0.15 0.17
C4 0.90 2.11 0.92 0.66 1.43 0.56 1.44 0.38 1.83 0.86 2.15 1.77 1.88 1.07 1.02 0.97 0.63 0.71 0.27 0.23 0.10 0.14
C4' 1.02 2.37 1.06 0.77 1.53 0.66 1.44 0.43 1.93 0.74 2.41 1.97 1.93 0.89 1.07 1.16 0.78 0.81 0.28 0.22 0.10 0.13
C5 0.82 2.01 0.84 0.57 1.36 0.47 1.45 0.31 1.81 0.95 2.07 1.66 1.93 1.20 0.99 0.87 0.51 0.61 0.26 0.27 0.12 0.15
C5' 1.03 2.39 1.06 0.76 1.57 0.64 1.51 0.41 2.01 0.82 2.46 1.99 2.05 1.01 1.11 1.16 0.76 0.80 0.30 0.24 0.10 0.12
C6 0.70 1.80 0.74 0.48 1.21 0.38 1.32 0.26 1.61 0.95 1.83 1.48 1.73 1.19 0.89 0.73 0.42 0.50 0.24 0.29 0.14 0.15
C8 0.91 2.22 0.94 0.63 1.50 0.52 1.55 0.33 2.00 0.94 2.31 1.83 2.14 1.20 1.07 1.00 0.59 0.68 0.27 0.27 0.11 0.14
N1 0.70 1.70 0.73 0.51 1.15 0.43 1.19 0.31 1.44 0.86 1.68 1.43 1.47 1.05 0.85 0.72 0.47 0.54 0.24 0.23 0.11 0.14
N2 0.80 1.65 0.84 0.68 1.11 0.63 0.95 0.47 1.18 0.58 1.53 1.45 1.00 0.63 0.80 0.86 0.68 0.73 0.27 0.13 0.19 0.14
N3 0.92 2.05 0.94 0.70 1.39 0.62 1.32 0.43 1.68 0.75 2.04 1.74 1.62 0.89 0.99 0.99 0.69 0.76 0.27 0.18 0.12 0.13
N7 0.83 2.09 0.86 0.56 1.42 0.45 1.52 0.29 1.92 0.98 2.18 1.72 2.09 1.26 1.02 0.90 0.50 0.60 0.26 0.30 0.13 0.15
N9 0.96 2.24 0.98 0.69 1.50 0.59 1.50 0.39 1.95 0.86 2.31 1.87 2.02 1.07 1.07 1.04 0.67 0.75 0.27 0.23 0.10 0.14
O2' 0.99 2.26 1.07 0.82 1.40 0.72 1.20 0.49 1.67 0.50 2.23 1.89 1.55 0.56 0.96 1.18 0.88 0.82 0.29 0.19 0.15 0.15
O3' 0.97 2.28 1.06 0.80 1.44 0.69 1.31 0.49 1.81 0.59 2.31 1.89 1.80 0.73 0.99 1.14 0.83 0.79 0.33 0.27 0.17 0.19
O4' 1.05 2.39 1.06 0.76 1.57 0.66 1.50 0.42 1.99 0.83 2.44 1.99 2.00 0.99 1.12 1.17 0.76 0.83 0.28 0.22 0.12 0.14
O5' 1.00 2.35 1.05 0.75 1.57 0.61 1.58 0.39 2.06 0.92 2.45 1.95 2.17 1.15 1.13 1.12 0.73 0.74 0.33 0.26 0.14 0.13
O6 0.59 1.67 0.65 0.38 1.11 0.29 1.26 0.21 1.53 0.97 1.71 1.35 1.69 1.23 0.81 0.63 0.32 0.39 0.23 0.34 0.19 0.16
OP1 0.98 2.37 1.02 0.71 1.58 0.57 1.61 0.35 2.09 0.96 2.48 1.95 2.23 1.20 1.13 1.09 0.68 0.71 0.31 0.30 0.15 0.16
OP2 0.86 2.20 0.90 0.60 1.47 0.45 1.57 0.29 2.03 1.00 2.33 1.79 2.22 1.27 1.05 0.94 0.55 0.59 0.30 0.36 0.16 0.22
P 0.94 2.31 0.98 0.67 1.54 0.52 1.58 0.32 2.06 0.96 2.42 1.89 2.21 1.20 1.10 1.04 0.63 0.67 0.28 0.31 0.12 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.13 0.13 0.26 0.16
C2 0.04 0.00 0.25 0.34 0.02 0.36 0.00 0.57 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.29 0.37 0.72 0.78 0.99 0.80
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.08 0.11 0.14 0.18 0.25 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.26 0.28 0.20
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.21 0.01 0.20 0.02 0.24 0.19 0.31 0.31 0.23 0.19 0.12 0.02 0.01 0.02 0.06 0.18 0.20 0.09
C4 0.01 0.02 0.13 0.21 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.17 0.33 0.33 0.50 0.33
C4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.15 0.00 0.11 0.01 0.16 0.24 0.28 0.35 0.14 0.20 0.07 0.14 0.03 0.00 0.02 0.14 0.13 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.20 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.07 0.34 0.42 0.55 0.41
C5' 0.05 0.57 0.08 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.28 0.42 0.45 0.52 0.28 0.38 0.16 0.07 0.10 0.02 0.01 0.19 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.17 0.15 0.40 0.48 0.64 0.46
C8 0.02 0.02 0.14 0.19 0.01 0.24 0.02 0.42 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.15 0.22 0.56 0.64 0.70 0.68
N1 0.04 0.00 0.18 0.31 0.03 0.28 0.02 0.45 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.17 0.25 0.29 0.58 0.66 0.86 0.65
N3 0.04 0.01 0.25 0.31 0.00 0.35 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.38 0.63 0.64 0.81 0.66
N6 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.18 0.10 0.40 0.54 0.67 0.51
N7 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.15 0.14 0.52 0.65 0.73 0.67
N9 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.03 0.25 0.28 0.38 0.30
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.11 0.14 0.13 0.07 0.13 0.25 0.17 0.23 0.15 0.22 0.10 0.00 0.06 0.11 0.11 0.22 0.24 0.13
O3' 0.12 0.29 0.01 0.01 0.13 0.03 0.12 0.10 0.17 0.15 0.25 0.26 0.18 0.15 0.04 0.06 0.00 0.09 0.15 0.35 0.29 0.19
O4' 0.00 0.37 0.02 0.02 0.17 0.00 0.07 0.02 0.15 0.22 0.29 0.38 0.10 0.14 0.03 0.11 0.09 0.00 0.06 0.13 0.21 0.14
O5' 0.13 0.72 0.18 0.06 0.33 0.02 0.34 0.01 0.40 0.56 0.58 0.63 0.40 0.52 0.25 0.11 0.15 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.78 0.26 0.18 0.33 0.14 0.42 0.19 0.48 0.64 0.66 0.64 0.54 0.65 0.28 0.22 0.35 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.99 0.28 0.20 0.50 0.13 0.55 0.12 0.64 0.70 0.86 0.81 0.67 0.73 0.38 0.24 0.29 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.80 0.20 0.09 0.33 0.05 0.41 0.01 0.46 0.68 0.65 0.66 0.51 0.67 0.30 0.13 0.19 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00