ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51452

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.026 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.004, 0.038, 0.072, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.038 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.007, 0.046, 0.085, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.046 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.005, 0.047, 0.089, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.047 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.057, 0.106, 0.268, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.106 std_dev=0.163
C4' A 0, -0.029, 0.172, 0.373, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.172 std_dev=0.201
C2' A 0, -0.066, 0.136, 0.338, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.136 std_dev=0.202
P B 0, 0.134, 0.342, 0.550, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.342 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.116, 0.366, 0.617, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.366 std_dev=0.251
O2' A 0, -0.148, 0.243, 0.635, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.243 std_dev=0.391
OP2 B 0, 0.087, 0.488, 0.889, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.488 std_dev=0.401
C3' A 0, -0.206, 0.249, 0.704, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.249 std_dev=0.455
O5' A 0, -0.104, 0.388, 0.880, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.388 std_dev=0.492
C5' A 0, -0.161, 0.334, 0.829, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.334 std_dev=0.495
O5' B 0, -0.012, 0.569, 1.149, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.569 std_dev=0.581
P A 0, -0.239, 0.520, 1.279, 3.408 max_d=3.408 avg_d=0.520 std_dev=0.759
O3' A 0, -0.384, 0.395, 1.173, 3.523 max_d=3.523 avg_d=0.395 std_dev=0.779
OP1 A 0, -0.273, 0.642, 1.558, 4.192 max_d=4.192 avg_d=0.642 std_dev=0.916
C5' B 0, -0.168, 0.758, 1.684, 3.317 max_d=3.317 avg_d=0.758 std_dev=0.926
OP2 A 0, -0.322, 0.632, 1.587, 4.433 max_d=4.433 avg_d=0.632 std_dev=0.954
C4' B 0, -0.250, 0.976, 2.201, 4.412 max_d=4.412 avg_d=0.976 std_dev=1.225
C3' B 0, -0.492, 0.981, 2.454, 6.303 max_d=6.303 avg_d=0.981 std_dev=1.473
O3' B 0, -0.296, 1.217, 2.731, 6.378 max_d=6.378 avg_d=1.217 std_dev=1.514
O4' B 0, -0.549, 1.238, 3.025, 6.593 max_d=6.593 avg_d=1.238 std_dev=1.787
C2' B 0, -0.701, 1.417, 3.534, 8.624 max_d=8.624 avg_d=1.417 std_dev=2.117
C1' B 0, -0.779, 1.503, 3.786, 8.811 max_d=8.811 avg_d=1.503 std_dev=2.282
O2' B 0, -0.894, 1.787, 4.469, 10.635 max_d=10.635 avg_d=1.787 std_dev=2.682
N9 B 0, -1.078, 1.652, 4.381, 10.342 max_d=10.342 avg_d=1.652 std_dev=2.729
C8 B 0, -1.135, 1.665, 4.464, 9.929 max_d=9.929 avg_d=1.665 std_dev=2.799
C4 B 0, -1.422, 1.867, 5.156, 12.616 max_d=12.616 avg_d=1.867 std_dev=3.289
N7 B 0, -1.487, 1.858, 5.203, 11.713 max_d=11.713 avg_d=1.858 std_dev=3.345
N3 B 0, -1.527, 1.993, 5.512, 13.800 max_d=13.800 avg_d=1.993 std_dev=3.520
C5 B 0, -1.655, 1.984, 5.623, 13.457 max_d=13.457 avg_d=1.984 std_dev=3.639
C2 B 0, -1.871, 2.232, 6.335, 16.000 max_d=16.000 avg_d=2.232 std_dev=4.103
C6 B 0, -2.008, 2.249, 6.506, 15.838 max_d=15.838 avg_d=2.249 std_dev=4.257
N1 B 0, -2.094, 2.368, 6.830, 17.083 max_d=17.083 avg_d=2.368 std_dev=4.462
N6 B 0, -2.250, 2.439, 7.128, 16.958 max_d=16.958 avg_d=2.439 std_dev=4.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.11 0.02 0.15 0.25 0.06
C2 0.03 0.00 0.11 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.04 0.23 0.01 0.12 0.53 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.04 0.08 0.08 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.15 0.25 0.07
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.02 0.14 0.27 0.06 0.12 0.07 0.26 0.13 0.02 0.01 0.02 0.22 0.18 0.13 0.28 0.11
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.07 0.02 0.25 0.01 0.15 0.53 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.06 0.04 0.11 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.09 0.25 0.10 0.12
C5 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.07 0.02 0.33 0.01 0.29 0.68 0.41
C5' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.14 0.07 0.07 0.06 0.15 0.06 0.08 0.11 0.01 0.01 0.14 0.14 0.06 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.05 0.03 0.34 0.01 0.31 0.73 0.44
C8 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.19 0.04 0.35 0.02 0.31 0.61 0.40
N1 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.10 0.04 0.29 0.01 0.21 0.65 0.36
N2 0.04 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.27 0.06 0.20 0.01 0.11 0.49 0.21
N3 0.03 0.01 0.12 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.21 0.04 0.20 0.01 0.10 0.46 0.20
N7 0.01 0.01 0.07 0.26 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.03 0.38 0.03 0.40 0.75 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.24 0.02 0.13 0.45 0.23
O2' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.22 0.15 0.18 0.08 0.23 0.04 0.30 0.39 0.33 0.09 0.09 0.00 0.03 0.11 0.18 0.22 0.11 0.27 0.11
O3' 0.12 0.19 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.11 0.05 0.19 0.10 0.27 0.21 0.19 0.04 0.03 0.00 0.08 0.27 0.10 0.15 0.25 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.11 0.08 0.00 0.09 0.04 0.19 0.15 0.09
O5' 0.11 0.23 0.11 0.22 0.25 0.01 0.33 0.01 0.34 0.35 0.29 0.20 0.20 0.38 0.24 0.18 0.27 0.09 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.18 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.22 0.10 0.04 0.38 0.00 0.40 0.82 0.52
OP1 0.15 0.12 0.15 0.13 0.15 0.25 0.29 0.14 0.31 0.31 0.21 0.11 0.10 0.40 0.13 0.11 0.15 0.19 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.53 0.25 0.28 0.53 0.10 0.68 0.06 0.73 0.61 0.65 0.49 0.46 0.75 0.45 0.27 0.25 0.15 0.02 0.82 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.26 0.07 0.11 0.27 0.12 0.41 0.02 0.44 0.40 0.36 0.21 0.20 0.49 0.23 0.11 0.13 0.09 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.51 2.92 1.06 0.30 2.41 0.59 2.72 0.37 3.20 1.90 3.25 2.51 3.55 2.40 1.92 1.26 0.40 1.30 0.38 0.12 0.27 0.12
C2 1.31 2.16 0.93 0.27 1.95 0.54 2.11 0.32 2.26 1.61 2.28 1.99 2.27 1.91 1.64 1.00 0.39 1.19 0.37 0.16 0.29 0.12
C2' 1.27 2.65 0.86 0.33 2.09 0.47 2.34 0.32 2.82 1.54 2.93 2.25 3.10 1.98 1.62 1.02 0.56 1.12 0.33 0.15 0.25 0.15
C3' 1.32 2.71 0.92 0.31 2.17 0.48 2.44 0.31 2.93 1.67 3.02 2.30 3.26 2.13 1.70 1.10 0.54 1.15 0.33 0.14 0.23 0.11
C4 1.38 2.44 1.02 0.27 2.14 0.50 2.43 0.31 2.72 1.82 2.68 2.16 2.92 2.26 1.77 1.16 0.41 1.16 0.32 0.12 0.26 0.13
C4' 1.50 2.96 1.07 0.31 2.39 0.57 2.71 0.35 3.24 1.89 3.32 2.52 3.62 2.38 1.91 1.30 0.45 1.27 0.36 0.11 0.25 0.11
C5 1.25 2.11 1.01 0.26 1.91 0.43 2.19 0.31 2.40 1.74 2.33 1.89 2.59 2.13 1.62 1.13 0.46 1.01 0.26 0.15 0.24 0.16
C5' 1.49 2.86 1.11 0.34 2.35 0.53 2.68 0.30 3.17 1.92 3.22 2.44 3.58 2.41 1.89 1.37 0.49 1.22 0.33 0.11 0.22 0.13
C6 1.10 1.75 0.94 0.25 1.63 0.41 1.84 0.34 1.96 1.54 1.91 1.59 2.08 1.83 1.42 1.01 0.48 0.90 0.24 0.17 0.25 0.19
C8 1.35 2.45 1.07 0.28 2.13 0.46 2.46 0.31 2.80 1.86 2.74 2.14 3.12 2.33 1.76 1.25 0.46 1.08 0.29 0.14 0.24 0.15
N1 1.14 1.77 0.90 0.23 1.65 0.43 1.79 0.28 1.89 1.48 1.87 1.64 1.92 1.72 1.44 0.94 0.42 1.00 0.26 0.13 0.28 0.15
N2 1.31 2.11 0.86 0.33 1.89 0.63 1.92 0.42 2.05 1.43 2.15 1.98 1.98 1.64 1.57 0.90 0.41 1.29 0.49 0.24 0.32 0.16
N3 1.42 2.52 0.99 0.29 2.20 0.58 2.43 0.35 2.71 1.76 2.72 2.25 2.81 2.17 1.79 1.11 0.39 1.26 0.39 0.14 0.28 0.12
N7 1.25 2.16 1.04 0.28 1.93 0.42 2.24 0.33 2.50 1.77 2.42 1.90 2.76 2.19 1.63 1.19 0.49 0.97 0.26 0.17 0.23 0.18
N9 1.43 2.63 1.06 0.28 2.26 0.52 2.58 0.32 2.96 1.89 2.93 2.30 3.26 2.37 1.84 1.24 0.42 1.19 0.33 0.11 0.25 0.13
O2' 1.18 2.65 0.78 0.50 1.99 0.49 2.19 0.39 2.72 1.34 2.92 2.22 2.97 1.76 1.48 0.97 0.78 1.06 0.37 0.31 0.38 0.35
O3' 1.22 2.67 0.84 0.38 2.06 0.43 2.32 0.30 2.83 1.51 2.97 2.24 3.15 1.97 1.58 1.02 0.67 1.07 0.30 0.15 0.22 0.16
O4' 1.62 3.06 1.17 0.36 2.53 0.64 2.88 0.39 3.40 2.05 3.43 2.63 3.81 2.57 2.04 1.43 0.41 1.35 0.38 0.11 0.27 0.12
O5' 1.63 2.89 1.28 0.40 2.45 0.67 2.79 0.42 3.23 2.10 3.24 2.51 3.62 2.58 2.04 1.52 0.35 1.35 0.31 0.28 0.31 0.19
O6 0.94 1.43 0.88 0.30 1.35 0.43 1.54 0.45 1.63 1.35 1.57 1.30 1.75 1.57 1.21 0.94 0.56 0.75 0.28 0.27 0.24 0.25
OP1 1.57 2.87 1.25 0.36 2.43 0.59 2.79 0.39 3.24 2.11 3.24 2.47 3.66 2.60 2.01 1.50 0.41 1.26 0.28 0.23 0.22 0.14
OP2 1.75 2.83 1.49 0.70 2.50 0.96 2.85 0.87 3.20 2.28 3.16 2.51 3.57 2.73 2.16 1.70 0.58 1.49 0.68 0.66 0.66 0.59
P 1.69 2.93 1.38 0.49 2.52 0.75 2.88 0.57 3.31 2.24 3.28 2.55 3.71 2.72 2.13 1.63 0.39 1.39 0.42 0.36 0.36 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.00 0.19 0.76 0.22 0.19
C2 0.03 0.00 0.36 0.31 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.41 0.28 0.24 0.94 0.66 0.42
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.19 0.18 0.18 0.29 0.36 0.13 0.10 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.72 0.33 0.29
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.25 0.00 0.30 0.01 0.33 0.25 0.33 0.27 0.36 0.29 0.18 0.03 0.01 0.01 0.35 0.18 0.62 0.38
C4 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.25 0.15 0.30 0.87 0.45 0.26
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.20 0.13 0.16 0.13 0.17 0.08 0.24 0.02 0.00 0.01 0.42 0.24 0.12
C5 0.01 0.01 0.10 0.30 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.16 0.07 0.44 0.83 0.51 0.21
C5' 0.06 0.25 0.19 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.19 0.20 0.22 0.23 0.22 0.21 0.08 0.07 0.20 0.01 0.01 0.34 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.33 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.12 0.40 0.85 0.60 0.27
C8 0.01 0.01 0.18 0.25 0.01 0.20 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.43 0.08 0.15 0.64 0.73 0.45 0.22
N1 0.03 0.00 0.29 0.33 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.33 0.22 0.29 0.91 0.66 0.36
N3 0.03 0.00 0.36 0.27 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.41 0.28 0.22 0.92 0.58 0.40
N6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.20 0.08 0.49 0.80 0.66 0.27
N7 0.01 0.01 0.10 0.29 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.08 0.08 0.63 0.75 0.57 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.16 0.01 0.36 0.81 0.29 0.15
O2' 0.01 0.25 0.00 0.03 0.12 0.24 0.23 0.07 0.19 0.43 0.16 0.26 0.25 0.41 0.19 0.00 0.06 0.17 0.37 0.62 0.40 0.26
O3' 0.33 0.41 0.04 0.01 0.25 0.02 0.16 0.20 0.23 0.08 0.33 0.41 0.20 0.08 0.16 0.06 0.00 0.21 0.35 0.24 0.86 0.54
O4' 0.00 0.28 0.03 0.01 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.15 0.22 0.28 0.08 0.08 0.01 0.17 0.21 0.00 0.09 0.75 0.37 0.32
O5' 0.19 0.24 0.31 0.35 0.30 0.01 0.44 0.01 0.40 0.64 0.29 0.22 0.49 0.63 0.36 0.37 0.35 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.76 0.94 0.72 0.18 0.87 0.42 0.83 0.34 0.85 0.73 0.91 0.92 0.80 0.75 0.81 0.62 0.24 0.75 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.66 0.33 0.62 0.45 0.24 0.51 0.29 0.60 0.45 0.66 0.58 0.66 0.57 0.29 0.40 0.86 0.37 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.42 0.29 0.38 0.26 0.12 0.21 0.01 0.27 0.22 0.36 0.40 0.27 0.26 0.15 0.26 0.54 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00