ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51453

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 6, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.025, 0.047, 0.068, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.047 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.037 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.018, 0.063, 0.107, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.063 std_dev=0.044
OP2 B 0, 0.266, 0.464, 0.662, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.464 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.155, 0.364, 0.573, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.364 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.329, 0.581, 0.834, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.581 std_dev=0.252
C2' A 0, 0.347, 0.606, 0.865, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.606 std_dev=0.259
C3' A 0, 0.274, 0.560, 0.846, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.560 std_dev=0.286
C4' A 0, 0.394, 0.691, 0.988, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.691 std_dev=0.297
P B 0, 0.358, 0.697, 1.036, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.697 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.585, 0.996, 1.407, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.996 std_dev=0.411
OP1 B 0, 0.510, 0.992, 1.473, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.992 std_dev=0.482
C5' A 0, 0.736, 1.284, 1.832, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.284 std_dev=0.548
O5' B 0, 0.822, 1.421, 2.020, 2.662 max_d=2.662 avg_d=1.421 std_dev=0.599
O5' A 0, 1.026, 1.675, 2.324, 2.897 max_d=2.897 avg_d=1.675 std_dev=0.649
C5' B 0, 0.258, 1.148, 2.038, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.148 std_dev=0.890
P A 0, 0.920, 2.114, 3.308, 5.009 max_d=5.009 avg_d=2.114 std_dev=1.194
C4' B 0, 0.321, 1.523, 2.725, 5.093 max_d=5.093 avg_d=1.523 std_dev=1.202
O3' B 0, 1.086, 2.484, 3.883, 5.922 max_d=5.922 avg_d=2.484 std_dev=1.399
C3' B 0, 0.844, 2.307, 3.770, 6.307 max_d=6.307 avg_d=2.307 std_dev=1.463
OP2 A 0, 1.173, 2.666, 4.159, 5.471 max_d=5.471 avg_d=2.666 std_dev=1.493
O4' B 0, 0.350, 1.874, 3.398, 6.596 max_d=6.596 avg_d=1.874 std_dev=1.524
OP1 A 0, 0.717, 2.264, 3.811, 5.973 max_d=5.973 avg_d=2.264 std_dev=1.547
C8 B 0, 0.467, 2.131, 3.795, 7.329 max_d=7.329 avg_d=2.131 std_dev=1.664
N7 B 0, 0.418, 2.298, 4.177, 8.239 max_d=8.239 avg_d=2.298 std_dev=1.880
C1' B 0, 0.777, 2.683, 4.589, 8.358 max_d=8.358 avg_d=2.683 std_dev=1.906
C2' B 0, 1.080, 2.987, 4.893, 8.337 max_d=8.337 avg_d=2.987 std_dev=1.907
O2' B 0, 1.332, 3.360, 5.387, 8.897 max_d=8.897 avg_d=3.360 std_dev=2.028
N9 B 0, 0.612, 2.647, 4.682, 8.878 max_d=8.878 avg_d=2.647 std_dev=2.035
C5 B 0, 0.523, 2.969, 5.415, 10.620 max_d=10.620 avg_d=2.969 std_dev=2.446
C4 B 0, 0.610, 3.164, 5.717, 11.028 max_d=11.028 avg_d=3.164 std_dev=2.553
N6 B 0, 0.559, 3.439, 6.318, 12.578 max_d=12.578 avg_d=3.439 std_dev=2.880
C6 B 0, 0.565, 3.487, 6.410, 12.668 max_d=12.668 avg_d=3.487 std_dev=2.922
N3 B 0, 0.699, 3.772, 6.846, 13.171 max_d=13.171 avg_d=3.772 std_dev=3.073
N1 B 0, 0.638, 4.094, 7.550, 14.877 max_d=14.877 avg_d=4.094 std_dev=3.456
C2 B 0, 0.691, 4.188, 7.685, 14.965 max_d=14.965 avg_d=4.188 std_dev=3.497

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.44 0.04 0.61 0.53 0.38
C2 0.07 0.00 0.14 0.10 0.02 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.16 0.18 0.44 0.02 0.62 0.75 0.44
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.08 0.07 0.08 0.11 0.17 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.57 0.06 0.60 0.67 0.49
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.14 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.32 0.04 0.49 0.30 0.16
C4 0.04 0.02 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.09 0.54 0.02 0.85 0.89 0.65
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.10 0.12 0.17 0.12 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.10 0.44 0.25 0.19
C5 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.06 0.64 0.01 1.12 1.18 0.91
C5' 0.07 0.21 0.08 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.25 0.25 0.23 0.22 0.18 0.27 0.17 0.07 0.03 0.02 0.01 0.27 0.32 0.30 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.10 0.10 0.59 0.01 1.08 1.15 0.86
C8 0.02 0.02 0.08 0.06 0.01 0.10 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.08 0.80 0.02 1.33 1.38 1.14
N1 0.06 0.01 0.11 0.07 0.02 0.12 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.23 0.14 0.15 0.51 0.02 0.83 0.94 0.64
N2 0.09 0.01 0.17 0.14 0.02 0.17 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.33 0.20 0.21 0.40 0.03 0.47 0.69 0.33
N3 0.07 0.01 0.14 0.10 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.15 0.17 0.43 0.01 0.59 0.67 0.39
N7 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.76 0.02 1.40 1.48 1.19
N9 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.61 0.02 0.92 0.93 0.74
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.15 0.02 0.11 0.07 0.16 0.12 0.23 0.33 0.26 0.08 0.05 0.00 0.05 0.02 0.59 0.14 0.62 0.76 0.52
O3' 0.05 0.16 0.02 0.01 0.09 0.03 0.08 0.03 0.10 0.06 0.14 0.20 0.15 0.05 0.05 0.05 0.00 0.07 0.19 0.09 0.68 0.23 0.30
O4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.10 0.08 0.15 0.21 0.17 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.29 0.08 0.47 0.29 0.19
O5' 0.44 0.44 0.57 0.32 0.54 0.03 0.64 0.01 0.59 0.80 0.51 0.40 0.43 0.76 0.61 0.59 0.19 0.29 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.10 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.08 0.63 0.00 1.22 1.30 0.99
OP1 0.61 0.62 0.60 0.49 0.85 0.44 1.12 0.32 1.08 1.33 0.83 0.47 0.59 1.40 0.92 0.62 0.68 0.47 0.02 1.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.75 0.67 0.30 0.89 0.25 1.18 0.30 1.15 1.38 0.94 0.69 0.67 1.48 0.93 0.76 0.23 0.29 0.02 1.30 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.44 0.49 0.16 0.65 0.19 0.91 0.02 0.86 1.14 0.64 0.33 0.39 1.19 0.74 0.52 0.30 0.19 0.01 0.99 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.71 0.13 0.29 0.40 0.39 0.55 0.55 0.84 0.15 0.88 0.49 1.06 0.37 0.18 0.15 0.38 0.30 0.43 0.16 0.19 0.15
C2 0.19 0.82 0.17 0.22 0.58 0.34 0.79 0.47 1.03 0.35 1.01 0.61 1.25 0.67 0.33 0.18 0.32 0.30 0.43 0.16 0.18 0.17
C2' 0.14 0.62 0.11 0.25 0.33 0.37 0.45 0.51 0.72 0.10 0.78 0.42 0.92 0.29 0.12 0.14 0.32 0.30 0.38 0.23 0.22 0.17
C3' 0.29 0.33 0.25 0.40 0.12 0.50 0.18 0.62 0.39 0.22 0.45 0.17 0.56 0.11 0.18 0.29 0.47 0.43 0.47 0.16 0.20 0.13
C4 0.25 1.14 0.29 0.24 0.78 0.27 0.99 0.45 1.32 0.44 1.35 0.87 1.59 0.78 0.47 0.20 0.31 0.20 0.38 0.18 0.18 0.17
C4' 0.25 0.46 0.26 0.47 0.19 0.54 0.27 0.69 0.52 0.21 0.59 0.27 0.69 0.15 0.16 0.27 0.56 0.42 0.56 0.22 0.23 0.20
C5 0.51 1.62 0.57 0.39 1.18 0.19 1.40 0.33 1.80 0.73 1.86 1.30 2.08 1.12 0.79 0.44 0.38 0.24 0.31 0.21 0.19 0.19
C5' 0.21 0.66 0.22 0.44 0.31 0.52 0.40 0.71 0.69 0.18 0.80 0.43 0.87 0.21 0.16 0.22 0.55 0.39 0.58 0.32 0.31 0.29
C6 0.63 1.76 0.70 0.51 1.34 0.21 1.58 0.25 1.95 0.89 2.00 1.45 2.19 1.30 0.95 0.54 0.46 0.32 0.27 0.23 0.21 0.20
C8 0.43 1.54 0.50 0.33 1.06 0.20 1.25 0.39 1.67 0.60 1.77 1.21 1.95 0.95 0.68 0.40 0.35 0.19 0.34 0.20 0.19 0.18
N1 0.43 1.33 0.47 0.34 1.03 0.19 1.26 0.30 1.54 0.71 1.54 1.08 1.75 1.08 0.71 0.32 0.34 0.24 0.31 0.20 0.19 0.19
N2 0.31 0.41 0.25 0.35 0.26 0.50 0.43 0.58 0.61 0.20 0.57 0.27 0.80 0.39 0.19 0.37 0.43 0.48 0.54 0.15 0.19 0.18
N3 0.17 0.72 0.15 0.27 0.46 0.40 0.65 0.54 0.91 0.23 0.91 0.51 1.14 0.51 0.23 0.19 0.37 0.33 0.46 0.16 0.18 0.17
N7 0.61 1.84 0.68 0.46 1.32 0.20 1.52 0.31 1.98 0.80 2.09 1.48 2.27 1.19 0.89 0.56 0.44 0.28 0.30 0.22 0.20 0.19
N9 0.23 1.12 0.27 0.24 0.74 0.28 0.92 0.47 1.27 0.38 1.33 0.85 1.53 0.69 0.43 0.19 0.32 0.19 0.39 0.18 0.18 0.16
O2' 0.20 0.53 0.17 0.25 0.29 0.36 0.41 0.49 0.64 0.14 0.67 0.36 0.82 0.29 0.16 0.21 0.31 0.33 0.31 0.41 0.34 0.28
O3' 0.51 0.20 0.47 0.56 0.31 0.62 0.24 0.70 0.16 0.44 0.17 0.28 0.20 0.32 0.43 0.51 0.60 0.59 0.51 0.18 0.24 0.16
O4' 0.23 0.71 0.23 0.41 0.40 0.50 0.51 0.67 0.80 0.22 0.87 0.49 1.01 0.34 0.23 0.24 0.52 0.39 0.55 0.27 0.26 0.25
O5' 0.25 0.69 0.29 0.51 0.33 0.58 0.41 0.77 0.71 0.22 0.83 0.45 0.88 0.23 0.19 0.30 0.63 0.44 0.58 0.42 0.47 0.39
O6 0.88 2.16 0.98 0.75 1.67 0.35 1.89 0.21 2.30 1.13 2.39 1.81 2.50 1.54 1.22 0.80 0.66 0.49 0.26 0.27 0.23 0.21
OP1 0.58 1.35 0.59 0.46 0.94 0.40 1.01 0.47 1.32 0.60 1.47 1.10 1.46 0.77 0.69 0.57 0.45 0.43 0.53 0.52 0.60 0.52
OP2 0.58 0.89 0.66 0.89 0.59 0.93 0.66 1.15 0.91 0.61 1.04 0.68 1.08 0.59 0.55 0.60 1.02 0.75 0.92 0.79 0.77 0.72
P 0.33 0.85 0.39 0.58 0.49 0.64 0.57 0.84 0.86 0.39 0.99 0.61 1.02 0.43 0.35 0.34 0.69 0.48 0.63 0.43 0.44 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.36 0.33 0.19
C2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.44 0.50 0.93 0.53
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.17 0.35 0.36 0.16
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.22 0.32 0.33 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.44 0.46 0.80 0.48
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.38 0.11 0.16
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.52 0.56 0.97 0.64
C5' 0.05 0.11 0.02 0.03 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.17 0.14 0.10 0.19 0.18 0.11 0.05 0.08 0.03 0.01 0.35 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.15 0.03 0.53 0.62 1.10 0.71
C8 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.50 0.45 0.69 0.50
N1 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.03 0.49 0.58 1.07 0.65
N3 0.04 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.04 0.39 0.44 0.78 0.43
N6 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.02 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.16 0.05 0.57 0.71 1.21 0.81
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.54 0.58 0.93 0.66
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.42 0.40 0.61 0.38
O2' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.11 0.11 0.07 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.09 0.47 0.17 0.21
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.08 0.15 0.09 0.16 0.14 0.16 0.12 0.06 0.06 0.00 0.02 0.37 0.39 0.30 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.34 0.39 0.16 0.21
O5' 0.29 0.44 0.17 0.22 0.44 0.02 0.52 0.01 0.53 0.50 0.49 0.39 0.57 0.54 0.42 0.09 0.37 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.50 0.35 0.32 0.46 0.38 0.56 0.35 0.62 0.45 0.58 0.44 0.71 0.58 0.40 0.47 0.39 0.39 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.93 0.36 0.33 0.80 0.11 0.97 0.17 1.10 0.69 1.07 0.78 1.21 0.93 0.61 0.17 0.30 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.53 0.16 0.19 0.48 0.16 0.64 0.02 0.71 0.50 0.65 0.43 0.81 0.66 0.38 0.21 0.28 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00