ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51454

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 5, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.018, 0.029, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.026, 0.044, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.029, 0.048, 0.068, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.034, 0.058, 0.083, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.058 std_dev=0.024
OP1 B 0, 0.315, 0.475, 0.635, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.475 std_dev=0.160
P B 0, 0.244, 0.458, 0.673, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.458 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.209, 0.457, 0.705, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.457 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.017, 0.297, 0.578, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.297 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.122, 0.562, 1.003, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.562 std_dev=0.441
O4' A 0, -0.390, 0.250, 0.890, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.250 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.042, 0.689, 1.336, 2.919 max_d=2.919 avg_d=0.689 std_dev=0.647
C3' A 0, -0.348, 0.304, 0.957, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.304 std_dev=0.653
C2' A 0, -0.415, 0.261, 0.937, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.261 std_dev=0.676
C8 B 0, -0.147, 0.620, 1.387, 3.293 max_d=3.293 avg_d=0.620 std_dev=0.767
C4' A 0, -0.499, 0.328, 1.156, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.328 std_dev=0.828
C4' B 0, -0.083, 0.789, 1.662, 3.846 max_d=3.846 avg_d=0.789 std_dev=0.873
N7 B 0, -0.236, 0.642, 1.520, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.642 std_dev=0.878
C3' B 0, -0.157, 0.739, 1.634, 3.888 max_d=3.888 avg_d=0.739 std_dev=0.896
O4' B 0, -0.131, 0.768, 1.667, 3.925 max_d=3.925 avg_d=0.768 std_dev=0.899
N9 B 0, -0.251, 0.705, 1.661, 4.083 max_d=4.083 avg_d=0.705 std_dev=0.956
C2' B 0, -0.233, 0.737, 1.707, 4.159 max_d=4.159 avg_d=0.737 std_dev=0.970
C1' B 0, -0.223, 0.780, 1.782, 4.319 max_d=4.319 avg_d=0.780 std_dev=1.002
C5 B 0, -0.329, 0.763, 1.855, 4.641 max_d=4.641 avg_d=0.763 std_dev=1.092
O2' A 0, -0.642, 0.465, 1.572, 4.433 max_d=4.433 avg_d=0.465 std_dev=1.107
C4 B 0, -0.308, 0.826, 1.960, 4.856 max_d=4.856 avg_d=0.826 std_dev=1.134
C6 B 0, -0.392, 0.901, 2.193, 5.509 max_d=5.509 avg_d=0.901 std_dev=1.293
N3 B 0, -0.314, 1.031, 2.376, 5.797 max_d=5.797 avg_d=1.031 std_dev=1.345
N6 B 0, -0.444, 0.907, 2.258, 5.716 max_d=5.716 avg_d=0.907 std_dev=1.351
O2' B 0, -0.496, 0.885, 2.267, 5.808 max_d=5.808 avg_d=0.885 std_dev=1.382
O3' B 0, -0.499, 0.930, 2.360, 6.018 max_d=6.018 avg_d=0.930 std_dev=1.430
N1 B 0, -0.387, 1.078, 2.543, 6.297 max_d=6.297 avg_d=1.078 std_dev=1.465
C5' A 0, -0.863, 0.604, 2.072, 5.879 max_d=5.879 avg_d=0.604 std_dev=1.467
C2 B 0, -0.337, 1.142, 2.620, 6.383 max_d=6.383 avg_d=1.142 std_dev=1.478
O5' A 0, -0.229, 1.566, 3.360, 7.811 max_d=7.811 avg_d=1.566 std_dev=1.795
OP2 A 0, 0.252, 2.416, 4.579, 9.879 max_d=9.879 avg_d=2.416 std_dev=2.164
P A 0, -1.238, 1.251, 3.739, 10.180 max_d=10.180 avg_d=1.251 std_dev=2.488
OP1 A 0, -0.481, 2.131, 4.744, 11.332 max_d=11.332 avg_d=2.131 std_dev=2.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.19 0.02 0.22 0.42 0.19
C2 0.02 0.00 0.40 0.38 0.01 0.26 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.17 0.05 0.52 0.01 0.92 0.75 0.68
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.20 0.01 0.08 0.05 0.16 0.22 0.30 0.49 0.40 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.29 0.11 0.42 0.57 0.39
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.17 0.00 0.07 0.02 0.15 0.17 0.29 0.49 0.36 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.10 0.43 0.45 0.31
C4 0.01 0.01 0.20 0.17 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.03 0.28 0.01 0.35 0.37 0.24
C4' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.10 0.20 0.33 0.25 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.17 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.30 0.01 0.34 0.37 0.24
C5' 0.03 0.57 0.05 0.02 0.27 0.00 0.16 0.00 0.26 0.17 0.45 0.73 0.53 0.10 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.20 0.12 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.03 0.31 0.00 0.50 0.38 0.30
C8 0.01 0.01 0.22 0.17 0.00 0.10 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.03 0.50 0.02 0.53 0.73 0.54
N1 0.02 0.01 0.30 0.29 0.01 0.20 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.13 0.04 0.42 0.01 0.78 0.60 0.53
N2 0.03 0.01 0.49 0.49 0.01 0.33 0.01 0.73 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.22 0.06 0.69 0.02 1.24 1.04 0.95
N3 0.02 0.00 0.40 0.36 0.00 0.25 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.16 0.05 0.46 0.01 0.71 0.61 0.55
N7 0.01 0.01 0.13 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.02 0.45 0.02 0.44 0.63 0.46
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.28 0.02 0.24 0.44 0.24
O2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.05 0.15 0.19 0.27 0.42 0.32 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01 0.30 0.12 0.51 0.67 0.45
O3' 0.04 0.17 0.02 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.08 0.13 0.22 0.16 0.05 0.04 0.04 0.00 0.05 0.14 0.06 0.43 0.41 0.22
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.04 0.07 0.39 0.09
O5' 0.19 0.52 0.29 0.21 0.28 0.01 0.30 0.00 0.31 0.50 0.42 0.69 0.46 0.45 0.28 0.30 0.14 0.14 0.00 0.31 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.11 0.10 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.06 0.04 0.31 0.00 0.48 0.35 0.28
OP1 0.22 0.92 0.42 0.43 0.35 0.17 0.34 0.12 0.50 0.53 0.78 1.24 0.71 0.44 0.24 0.51 0.43 0.07 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.75 0.57 0.45 0.37 0.29 0.37 0.19 0.38 0.73 0.60 1.04 0.61 0.63 0.44 0.67 0.41 0.39 0.02 0.35 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.68 0.39 0.31 0.24 0.05 0.24 0.01 0.30 0.54 0.53 0.95 0.55 0.46 0.24 0.45 0.22 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 1.29 0.81 0.36 0.99 0.41 0.96 0.27 1.16 0.62 1.32 1.15 1.15 0.69 0.79 1.15 0.34 0.57 0.24 0.09 0.24 0.09
C2 0.56 0.75 0.65 0.22 0.68 0.27 0.66 0.20 0.69 0.51 0.73 0.73 0.62 0.55 0.59 0.85 0.14 0.39 0.19 0.09 0.21 0.10
C2' 0.57 1.34 0.64 0.15 0.87 0.14 0.81 0.11 1.10 0.35 1.38 1.12 1.09 0.44 0.60 1.03 0.17 0.30 0.14 0.44 0.68 0.42
C3' 0.64 1.46 0.66 0.15 0.99 0.17 0.97 0.10 1.29 0.49 1.54 1.22 1.34 0.62 0.71 1.02 0.15 0.38 0.13 0.42 0.65 0.42
C4 0.70 1.05 0.78 0.34 0.87 0.39 0.81 0.27 0.92 0.55 1.02 0.98 0.80 0.58 0.72 1.09 0.31 0.51 0.24 0.09 0.21 0.10
C4' 0.80 1.54 0.74 0.24 1.15 0.33 1.18 0.15 1.48 0.73 1.65 1.32 1.60 0.88 0.89 1.06 0.20 0.59 0.12 0.27 0.41 0.25
C5 0.70 0.94 0.81 0.39 0.79 0.42 0.64 0.30 0.66 0.44 0.83 0.93 0.41 0.38 0.66 1.16 0.40 0.51 0.25 0.10 0.18 0.10
C5' 0.73 1.64 0.60 0.11 1.17 0.19 1.21 0.16 1.59 0.67 1.79 1.37 1.73 0.86 0.85 0.92 0.12 0.50 0.21 0.60 0.69 0.56
C6 0.62 0.65 0.77 0.36 0.60 0.38 0.39 0.29 0.34 0.32 0.49 0.71 0.13 0.20 0.55 1.08 0.35 0.44 0.24 0.11 0.16 0.10
C8 0.78 1.22 0.85 0.44 0.90 0.47 0.76 0.33 0.89 0.50 1.15 1.11 0.67 0.46 0.74 1.26 0.48 0.58 0.27 0.09 0.19 0.10
N1 0.54 0.59 0.67 0.26 0.56 0.30 0.45 0.23 0.42 0.38 0.50 0.61 0.28 0.32 0.52 0.89 0.19 0.37 0.21 0.10 0.18 0.10
N2 0.45 0.65 0.54 0.14 0.59 0.18 0.61 0.14 0.65 0.48 0.66 0.61 0.63 0.55 0.51 0.68 0.13 0.30 0.15 0.09 0.23 0.11
N3 0.64 0.96 0.71 0.26 0.82 0.32 0.82 0.22 0.91 0.58 0.97 0.89 0.87 0.66 0.69 0.96 0.20 0.46 0.21 0.09 0.22 0.10
N7 0.75 1.07 0.85 0.46 0.81 0.47 0.60 0.34 0.64 0.41 0.91 1.02 0.33 0.32 0.67 1.27 0.51 0.56 0.27 0.10 0.18 0.11
N9 0.76 1.21 0.82 0.38 0.94 0.43 0.87 0.30 1.04 0.57 1.20 1.10 0.94 0.60 0.76 1.18 0.38 0.56 0.25 0.09 0.21 0.10
O2' 0.46 1.16 0.62 0.16 0.70 0.11 0.59 0.15 0.84 0.20 1.15 0.97 0.77 0.23 0.45 1.02 0.20 0.19 0.18 0.40 0.72 0.41
O3' 0.68 1.36 0.72 0.24 0.97 0.27 0.95 0.10 1.21 0.55 1.42 1.17 1.24 0.65 0.73 1.07 0.22 0.45 0.09 0.20 0.45 0.21
O4' 0.91 1.45 0.86 0.39 1.18 0.51 1.21 0.37 1.44 0.85 1.54 1.30 1.53 0.97 0.98 1.16 0.34 0.74 0.32 0.13 0.19 0.14
O5' 0.96 1.95 0.80 0.32 1.41 0.38 1.43 0.20 1.83 0.87 2.10 1.65 1.93 1.04 1.07 1.14 0.30 0.70 0.23 0.59 0.60 0.52
O6 0.56 0.38 0.77 0.40 0.37 0.39 0.07 0.31 0.12 0.13 0.16 0.51 0.38 0.18 0.39 1.13 0.43 0.40 0.23 0.12 0.14 0.11
OP1 0.65 1.81 0.56 0.58 1.14 0.52 1.16 0.76 1.61 0.58 1.95 1.44 1.72 0.76 0.76 0.83 0.62 0.46 0.83 1.22 1.30 1.21
OP2 0.75 2.03 0.54 0.23 1.29 0.16 1.28 0.42 1.73 0.63 2.14 1.63 1.75 0.83 0.88 0.94 0.25 0.45 0.52 1.03 1.00 0.94
P 0.83 2.01 0.64 0.25 1.35 0.24 1.36 0.33 1.80 0.73 2.14 1.65 1.87 0.93 0.96 1.00 0.25 0.55 0.42 0.88 0.89 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.11 0.13 0.07 0.09
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.01 0.11 0.14 0.14 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.19 0.23 0.15 0.24
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.14 0.00 0.18 0.02 0.20 0.14 0.19 0.14 0.21 0.17 0.11 0.02 0.00 0.01 0.08 0.13 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.04 0.01 0.11 0.13 0.13 0.09
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.18 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.06 0.01 0.11 0.13 0.17 0.09
C5' 0.04 0.05 0.11 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.06 0.13 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.20 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.09 0.02 0.11 0.13 0.19 0.10
C8 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.12 0.14 0.16 0.08
N1 0.02 0.00 0.09 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.08 0.01 0.11 0.14 0.17 0.11
N3 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.01 0.10 0.14 0.12 0.10
N6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.12 0.02 0.11 0.13 0.21 0.11
N7 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.08 0.01 0.11 0.13 0.19 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.03 0.01 0.11 0.13 0.12 0.08
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.17 0.18 0.19 0.06 0.21 0.12 0.21 0.17 0.22 0.17 0.11 0.00 0.04 0.13 0.12 0.26 0.07 0.19
O3' 0.15 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.13 0.09 0.06 0.08 0.09 0.12 0.08 0.03 0.04 0.00 0.12 0.20 0.29 0.15 0.21
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.12 0.00 0.05 0.06 0.13 0.02
O5' 0.11 0.11 0.19 0.08 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.20 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.14 0.23 0.13 0.13 0.03 0.13 0.01 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.26 0.29 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.15 0.05 0.13 0.07 0.17 0.07 0.19 0.16 0.17 0.12 0.21 0.19 0.12 0.07 0.15 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.24 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.19 0.21 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00