ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51455

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.027 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.007, 0.044, 0.082, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.044 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.037, 0.150, 0.263, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.150 std_dev=0.113
O4' A 0, 0.013, 0.147, 0.280, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.147 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.058, 0.199, 0.341, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.199 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.035, 0.262, 0.489, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.262 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.065, 0.309, 0.553, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.309 std_dev=0.244
OP1 B 0, 0.260, 0.507, 0.754, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.507 std_dev=0.247
C4' A 0, -0.010, 0.318, 0.646, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.318 std_dev=0.328
P B 0, 0.211, 0.543, 0.875, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.543 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.263, 0.639, 1.014, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.639 std_dev=0.375
P A 0, 0.352, 0.745, 1.139, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.745 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.161, 0.559, 0.957, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.559 std_dev=0.398
C5' B 0, 0.302, 0.735, 1.167, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.735 std_dev=0.433
C4' B 0, 0.369, 0.835, 1.302, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.835 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.381, 0.851, 1.322, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.851 std_dev=0.471
O5' A 0, 0.053, 0.528, 1.003, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.528 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.380, 0.871, 1.363, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.871 std_dev=0.491
C2' B 0, 0.441, 0.941, 1.441, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.941 std_dev=0.500
C1' B 0, 0.423, 0.924, 1.425, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.924 std_dev=0.501
O3' B 0, 0.368, 0.890, 1.411, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.890 std_dev=0.522
N9 B 0, 0.378, 0.911, 1.443, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.911 std_dev=0.533
O2' B 0, 0.492, 1.034, 1.575, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.034 std_dev=0.542
C8 B 0, 0.308, 0.853, 1.398, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.853 std_dev=0.545
OP1 A 0, 0.379, 0.933, 1.488, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.933 std_dev=0.555
C4 B 0, 0.388, 0.970, 1.553, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.970 std_dev=0.583
N3 B 0, 0.452, 1.046, 1.640, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.046 std_dev=0.594
N7 B 0, 0.278, 0.881, 1.484, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.881 std_dev=0.603
OP2 A 0, 0.225, 0.835, 1.445, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.835 std_dev=0.610
C5 B 0, 0.326, 0.951, 1.577, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.951 std_dev=0.625
C2 B 0, 0.442, 1.095, 1.748, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.095 std_dev=0.653
C6 B 0, 0.345, 1.023, 1.702, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.023 std_dev=0.679
N1 B 0, 0.402, 1.094, 1.786, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.094 std_dev=0.692
N6 B 0, 0.328, 1.046, 1.764, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.046 std_dev=0.718
C5' A 0, -0.064, 0.675, 1.413, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.675 std_dev=0.739

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.02 0.52 0.11 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.22 0.01 0.49 0.15 0.12
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.11 0.10 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.14 0.07 0.45 0.12 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.04 0.14 0.12 0.13 0.09 0.08 0.14 0.08 0.01 0.01 0.03 0.21 0.16 0.24 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.18 0.01 0.47 0.18 0.10
C4' 0.03 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.07 0.19 0.02 0.13 0.08 0.18 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.11 0.39 0.16 0.21
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.15 0.01 0.44 0.23 0.09
C5' 0.03 0.06 0.01 0.04 0.14 0.01 0.30 0.00 0.28 0.44 0.15 0.12 0.06 0.46 0.21 0.11 0.05 0.02 0.01 0.36 0.20 0.17 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.16 0.00 0.45 0.23 0.09
C8 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.19 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.07 0.11 0.03 0.40 0.26 0.09
N1 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.02 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.19 0.01 0.47 0.19 0.10
N2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.11 0.25 0.02 0.50 0.14 0.13
N3 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.09 0.22 0.01 0.49 0.14 0.12
N7 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.18 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.05 0.12 0.03 0.39 0.29 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.16 0.02 0.46 0.17 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.10 0.64 0.19 0.30
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.05 0.14 0.10 0.12 0.08 0.07 0.13 0.07 0.06 0.00 0.02 0.20 0.16 0.25 0.12 0.13
O4' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.11 0.09 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.19 0.04 0.49 0.12 0.17
O5' 0.16 0.22 0.14 0.21 0.18 0.01 0.15 0.01 0.16 0.11 0.19 0.25 0.22 0.12 0.16 0.06 0.20 0.19 0.00 0.15 0.03 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.01 0.36 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.16 0.04 0.15 0.00 0.43 0.27 0.10
OP1 0.52 0.49 0.45 0.24 0.47 0.39 0.44 0.20 0.45 0.40 0.47 0.50 0.49 0.39 0.46 0.64 0.25 0.49 0.03 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.15 0.12 0.21 0.18 0.16 0.23 0.17 0.23 0.26 0.19 0.14 0.14 0.29 0.17 0.19 0.12 0.12 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.12 0.11 0.10 0.10 0.21 0.09 0.03 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.09 0.10 0.30 0.13 0.17 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.11 0.09 0.12 0.15 0.08 0.06 0.05 0.11 0.05
C2 0.06 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.06 0.14 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.09 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.12
C3' 0.15 0.15 0.12 0.11 0.14 0.16 0.11 0.17 0.10 0.12 0.12 0.16 0.08 0.10 0.14 0.13 0.11 0.18 0.17 0.16 0.19 0.17
C4 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.15 0.09
C4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.16 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.12 0.05
C5 0.11 0.12 0.08 0.08 0.11 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.16 0.13 0.11 0.08 0.08 0.14 0.12 0.12 0.22 0.14
C5' 0.16 0.19 0.19 0.20 0.17 0.16 0.16 0.15 0.17 0.15 0.18 0.19 0.18 0.15 0.16 0.20 0.24 0.15 0.15 0.11 0.23 0.13
C6 0.12 0.12 0.07 0.07 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.13 0.13 0.12 0.17 0.14 0.12 0.07 0.07 0.15 0.14 0.15 0.25 0.16
C8 0.12 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.12 0.11 0.22 0.13
N1 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.14 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09 0.11 0.16 0.11
N2 0.07 0.10 0.12 0.14 0.10 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.13 0.08 0.18 0.15 0.09 0.13 0.18 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07
N3 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.14 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05
N7 0.14 0.15 0.11 0.11 0.14 0.14 0.15 0.17 0.16 0.15 0.16 0.15 0.19 0.15 0.14 0.11 0.10 0.17 0.15 0.14 0.25 0.16
N9 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.16 0.09
O2' 0.18 0.17 0.23 0.24 0.17 0.21 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.26 0.29 0.17 0.14 0.12 0.07 0.10
O3' 0.14 0.14 0.10 0.09 0.13 0.14 0.10 0.15 0.09 0.11 0.11 0.15 0.08 0.09 0.13 0.11 0.08 0.16 0.15 0.14 0.17 0.15
O4' 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.15 0.13 0.13 0.10 0.18 0.14 0.11 0.12 0.14 0.09 0.07 0.07 0.14 0.07
O5' 0.17 0.18 0.16 0.16 0.19 0.15 0.23 0.15 0.23 0.22 0.21 0.17 0.27 0.24 0.19 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.12 0.15
O6 0.15 0.17 0.10 0.10 0.16 0.16 0.18 0.21 0.19 0.17 0.18 0.16 0.22 0.19 0.16 0.09 0.08 0.19 0.19 0.19 0.33 0.22
OP1 0.49 0.48 0.45 0.44 0.48 0.48 0.45 0.49 0.44 0.47 0.45 0.49 0.41 0.45 0.49 0.45 0.42 0.52 0.50 0.50 0.56 0.51
OP2 0.19 0.21 0.23 0.23 0.21 0.18 0.23 0.17 0.25 0.22 0.24 0.20 0.28 0.24 0.21 0.23 0.26 0.17 0.16 0.15 0.12 0.11
P 0.13 0.13 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.16 0.14 0.14 0.12 0.11 0.16 0.13 0.13 0.19 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05
C2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.04 0.04 0.05 0.13 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.12 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.08 0.15 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.07 0.09 0.15 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.14 0.08
N1 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03 0.05 0.07 0.14 0.08
N3 0.04 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.04 0.04 0.12 0.06
N6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.12 0.18 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.10 0.16 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.12 0.11 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.04 0.09 0.08 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.04 0.12 0.10 0.05 0.06 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.06 0.07 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.12 0.18 0.16 0.11 0.04 0.11 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.12 0.10 0.06 0.02 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00