ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51456

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 3, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.020, 0.033, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.026, 0.044, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.027, 0.051, 0.075, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.024
P B 0, 0.241, 0.438, 0.635, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.438 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.609, 0.965, 1.321, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.965 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.306, 0.742, 1.178, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.742 std_dev=0.436
C2' A 0, 0.394, 0.900, 1.406, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.900 std_dev=0.506
OP1 B 0, 0.538, 1.071, 1.603, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.071 std_dev=0.533
C4' A 0, 0.619, 1.243, 1.867, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.243 std_dev=0.624
C5' A 0, 0.833, 1.490, 2.147, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.490 std_dev=0.657
C3' A 0, 0.617, 1.363, 2.109, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.363 std_dev=0.746
O2' A 0, 0.664, 1.433, 2.202, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.433 std_dev=0.769
O5' B 0, 1.157, 2.221, 3.284, 3.323 max_d=3.323 avg_d=2.221 std_dev=1.064
O3' A 0, 0.991, 2.128, 3.265, 3.063 max_d=3.063 avg_d=2.128 std_dev=1.137
O5' A 0, 1.612, 2.836, 4.059, 3.932 max_d=3.932 avg_d=2.836 std_dev=1.224
P A 0, 1.537, 2.925, 4.313, 4.131 max_d=4.131 avg_d=2.925 std_dev=1.388
OP2 A 0, 2.401, 4.005, 5.610, 5.370 max_d=5.370 avg_d=4.005 std_dev=1.604
OP1 A 0, 2.155, 3.838, 5.521, 5.406 max_d=5.406 avg_d=3.838 std_dev=1.683
C5' B 0, 1.601, 3.513, 5.424, 5.210 max_d=5.210 avg_d=3.513 std_dev=1.911
C4' B 0, 2.305, 5.154, 8.003, 7.642 max_d=7.642 avg_d=5.154 std_dev=2.849
C3' B 0, 2.392, 5.400, 8.409, 8.017 max_d=8.017 avg_d=5.400 std_dev=3.008
C8 B 0, 2.892, 5.957, 9.021, 8.357 max_d=8.357 avg_d=5.957 std_dev=3.064
O4' B 0, 2.714, 5.899, 9.084, 8.681 max_d=8.681 avg_d=5.899 std_dev=3.185
O3' B 0, 2.508, 5.781, 9.054, 8.801 max_d=8.801 avg_d=5.781 std_dev=3.273
N7 B 0, 3.204, 6.742, 10.279, 9.569 max_d=9.569 avg_d=6.742 std_dev=3.537
C2' B 0, 3.311, 7.087, 10.863, 10.007 max_d=10.007 avg_d=7.087 std_dev=3.776
N9 B 0, 3.310, 7.093, 10.875, 9.930 max_d=9.930 avg_d=7.093 std_dev=3.783
C1' B 0, 3.322, 7.192, 11.062, 10.289 max_d=10.289 avg_d=7.192 std_dev=3.870
C5 B 0, 3.771, 8.233, 12.696, 11.608 max_d=11.608 avg_d=8.233 std_dev=4.462
O2' B 0, 4.092, 8.679, 13.267, 12.147 max_d=12.147 avg_d=8.679 std_dev=4.587
C4 B 0, 3.850, 8.506, 13.161, 11.964 max_d=11.964 avg_d=8.506 std_dev=4.656
C6 B 0, 4.332, 9.677, 15.023, 13.668 max_d=13.668 avg_d=9.677 std_dev=5.345
N6 B 0, 4.452, 9.948, 15.444, 14.124 max_d=14.124 avg_d=9.948 std_dev=5.496
N3 B 0, 4.427, 10.068, 15.710, 14.384 max_d=14.384 avg_d=10.068 std_dev=5.641
N1 B 0, 4.843, 11.058, 17.273, 15.625 max_d=15.625 avg_d=11.058 std_dev=6.215
C2 B 0, 4.859, 11.169, 17.478, 15.940 max_d=15.940 avg_d=11.169 std_dev=6.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.09 0.02 0.28 0.14 0.08
C2 0.03 0.00 0.31 0.32 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.12 0.28 0.01 0.16 0.47 0.34
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.03 0.08 0.09 0.14 0.17 0.24 0.37 0.31 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.19 0.11 0.57 0.49 0.38
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.28 0.00 0.33 0.03 0.36 0.25 0.36 0.32 0.28 0.31 0.20 0.01 0.01 0.02 0.11 0.39 0.45 0.24 0.19
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.07 0.07 0.28 0.01 0.17 0.42 0.33
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.08 0.06 0.05 0.15 0.08 0.26 0.02 0.00 0.03 0.12 0.28 0.13 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.14 0.04 0.36 0.01 0.33 0.62 0.48
C5' 0.03 0.08 0.09 0.03 0.11 0.01 0.17 0.00 0.16 0.21 0.12 0.06 0.06 0.22 0.12 0.17 0.18 0.03 0.01 0.19 0.14 0.08 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.36 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.07 0.38 0.00 0.39 0.72 0.53
C8 0.01 0.01 0.17 0.25 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.16 0.06 0.34 0.01 0.30 0.46 0.41
N1 0.03 0.00 0.24 0.36 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.10 0.35 0.01 0.29 0.63 0.46
N2 0.03 0.00 0.37 0.32 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.14 0.26 0.01 0.12 0.43 0.30
N3 0.03 0.00 0.31 0.28 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.11 0.24 0.01 0.12 0.36 0.26
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.03 0.39 0.02 0.42 0.68 0.54
N9 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.03 0.01 0.23 0.01 0.15 0.29 0.25
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.16 0.26 0.24 0.17 0.22 0.29 0.17 0.18 0.14 0.31 0.17 0.00 0.07 0.18 0.11 0.26 0.53 0.57 0.33
O3' 0.23 0.17 0.03 0.01 0.07 0.02 0.14 0.18 0.17 0.16 0.16 0.22 0.16 0.20 0.03 0.07 0.00 0.15 0.31 0.23 0.29 0.18 0.17
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.10 0.14 0.11 0.03 0.01 0.18 0.15 0.00 0.12 0.05 0.19 0.15 0.13
O5' 0.09 0.28 0.19 0.11 0.28 0.03 0.36 0.01 0.38 0.34 0.35 0.26 0.24 0.39 0.23 0.11 0.31 0.12 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.23 0.05 0.42 0.00 0.50 0.84 0.62
OP1 0.28 0.16 0.57 0.45 0.17 0.28 0.33 0.14 0.39 0.30 0.29 0.12 0.12 0.42 0.15 0.53 0.29 0.19 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.47 0.49 0.24 0.42 0.13 0.62 0.08 0.72 0.46 0.63 0.43 0.36 0.68 0.29 0.57 0.18 0.15 0.02 0.84 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.34 0.38 0.19 0.33 0.07 0.48 0.02 0.53 0.41 0.46 0.30 0.26 0.54 0.25 0.33 0.17 0.13 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.36 1.88 1.61 1.04 1.81 0.55 2.02 0.23 2.14 1.82 2.06 1.73 2.29 2.03 1.66 1.78 0.87 0.84 0.70 0.13 0.10 0.17
C2 1.01 1.29 1.20 0.71 1.33 0.38 1.52 0.16 1.56 1.48 1.45 1.20 1.67 1.61 1.28 1.18 0.58 0.64 0.65 0.19 0.07 0.18
C2' 1.99 2.43 2.26 1.72 2.32 1.19 2.42 0.76 2.52 2.21 2.53 2.32 2.58 2.35 2.18 2.51 1.57 1.45 1.11 0.15 0.20 0.39
C3' 2.21 2.83 2.45 1.84 2.65 1.29 2.77 0.81 2.92 2.47 2.95 2.67 3.00 2.66 2.45 2.77 1.71 1.61 1.19 0.24 0.33 0.49
C4 1.32 1.87 1.57 0.94 1.81 0.46 2.05 0.14 2.17 1.86 2.08 1.71 2.33 2.09 1.66 1.68 0.75 0.78 0.65 0.09 0.07 0.16
C4' 1.66 2.34 1.89 1.30 2.18 0.75 2.38 0.34 2.55 2.09 2.52 2.14 2.72 2.33 1.97 2.16 1.18 1.06 0.82 0.07 0.09 0.23
C5 1.40 2.17 1.65 0.93 2.06 0.42 2.36 0.17 2.52 2.07 2.42 1.95 2.73 2.38 1.84 1.78 0.74 0.78 0.58 0.09 0.08 0.15
C5' 1.77 2.66 2.02 1.34 2.42 0.74 2.67 0.29 2.91 2.27 2.89 2.41 3.11 2.58 2.15 2.32 1.20 1.10 0.81 0.08 0.16 0.23
C6 1.30 2.06 1.53 0.80 1.98 0.36 2.30 0.23 2.44 2.03 2.32 1.85 2.65 2.35 1.77 1.59 0.65 0.71 0.51 0.14 0.11 0.15
C8 1.52 2.40 1.79 1.06 2.22 0.49 2.52 0.16 2.73 2.15 2.66 2.15 2.96 2.49 1.96 2.01 0.86 0.86 0.62 0.08 0.08 0.15
N1 1.10 1.58 1.29 0.69 1.58 0.33 1.83 0.14 1.91 1.72 1.79 1.44 2.06 1.92 1.47 1.28 0.58 0.64 0.55 0.06 0.08 0.16
N2 0.73 0.78 0.84 0.52 0.87 0.35 1.01 0.27 1.00 1.07 0.89 0.75 1.08 1.12 0.89 0.75 0.51 0.53 0.66 0.33 0.11 0.20
N3 1.13 1.45 1.35 0.84 1.46 0.45 1.65 0.20 1.71 1.58 1.61 1.34 1.83 1.72 1.39 1.39 0.67 0.71 0.68 0.18 0.08 0.17
N7 1.52 2.49 1.79 1.01 2.30 0.45 2.63 0.20 2.87 2.22 2.78 2.22 3.11 2.60 2.01 1.99 0.81 0.83 0.56 0.13 0.10 0.15
N9 1.41 2.05 1.67 1.02 1.95 0.51 2.19 0.16 2.34 1.95 2.26 1.86 2.52 2.20 1.77 1.84 0.83 0.83 0.66 0.09 0.08 0.16
O2' 1.63 1.90 1.88 1.44 1.82 0.99 1.86 0.60 1.92 1.71 1.95 1.84 1.94 1.79 1.72 2.14 1.40 1.18 0.84 0.37 0.36 0.27
O3' 2.15 2.72 2.36 1.82 2.51 1.30 2.55 0.79 2.69 2.26 2.77 2.59 2.73 2.40 2.31 2.75 1.83 1.59 1.06 0.16 0.17 0.34
O4' 1.22 1.88 1.46 0.88 1.77 0.39 2.03 0.14 2.19 1.78 2.11 1.68 2.40 2.04 1.58 1.66 0.78 0.67 0.56 0.18 0.13 0.14
O5' 2.15 3.20 2.41 1.64 2.89 0.98 3.14 0.49 3.42 2.66 3.44 2.91 3.63 3.01 2.57 2.74 1.41 1.40 1.00 0.33 0.40 0.43
O6 1.32 2.28 1.51 0.75 2.15 0.34 2.54 0.36 2.74 2.17 2.60 2.02 2.99 2.59 1.86 1.60 0.63 0.68 0.41 0.27 0.17 0.14
OP1 2.38 3.65 2.57 1.75 3.20 1.11 3.43 0.54 3.78 2.81 3.88 3.31 3.98 3.20 2.79 3.01 1.58 1.58 1.00 0.28 0.36 0.39
OP2 2.68 4.10 2.89 1.97 3.62 1.33 3.91 0.79 4.30 3.22 4.37 3.71 4.54 3.67 3.17 3.28 1.66 1.84 1.26 0.69 0.69 0.71
P 2.38 3.64 2.60 1.76 3.23 1.10 3.51 0.59 3.86 2.91 3.91 3.29 4.09 3.32 2.84 2.98 1.50 1.58 1.10 0.47 0.51 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.22 0.46 0.71 0.40
C2 0.06 0.00 0.25 0.21 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.28 0.12 0.25 0.91 0.96 0.62
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.03 0.08 0.14 0.13 0.13 0.20 0.23 0.11 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.30 0.41 0.51 0.38
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.23 0.20 0.22 0.18 0.25 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.08 0.24 0.22 0.12
C4 0.03 0.01 0.12 0.17 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.07 0.28 0.91 0.90 0.62
C4' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.15 0.05 0.09 0.07 0.13 0.05 0.21 0.04 0.00 0.01 0.20 0.48 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.21 0.06 0.33 1.17 0.93 0.74
C5' 0.08 0.11 0.14 0.02 0.14 0.01 0.21 0.00 0.20 0.27 0.15 0.09 0.24 0.28 0.15 0.11 0.15 0.02 0.01 0.32 0.37 0.02
C6 0.03 0.00 0.13 0.23 0.01 0.04 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.24 0.08 0.33 1.23 0.96 0.76
C8 0.03 0.01 0.13 0.20 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.17 0.08 0.36 1.09 0.80 0.69
N1 0.05 0.00 0.20 0.22 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.27 0.11 0.29 1.10 0.98 0.71
N3 0.06 0.01 0.23 0.18 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.26 0.11 0.23 0.78 0.91 0.56
N6 0.03 0.01 0.11 0.25 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.26 0.07 0.36 1.38 0.95 0.82
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.13 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.06 0.38 1.30 0.88 0.79
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.27 0.80 0.80 0.55
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.12 0.21 0.16 0.11 0.16 0.24 0.17 0.20 0.18 0.24 0.13 0.00 0.13 0.12 0.22 0.31 0.46 0.27
O3' 0.15 0.28 0.08 0.01 0.19 0.04 0.21 0.15 0.24 0.17 0.27 0.26 0.26 0.21 0.13 0.13 0.00 0.14 0.24 0.72 0.36 0.41
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.11 0.07 0.06 0.02 0.12 0.14 0.00 0.09 0.25 0.76 0.30
O5' 0.22 0.25 0.30 0.08 0.28 0.01 0.33 0.01 0.33 0.36 0.29 0.23 0.36 0.38 0.27 0.22 0.24 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.46 0.91 0.41 0.24 0.91 0.20 1.17 0.32 1.23 1.09 1.10 0.78 1.38 1.30 0.80 0.31 0.72 0.25 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.71 0.96 0.51 0.22 0.90 0.48 0.93 0.37 0.96 0.80 0.98 0.91 0.95 0.88 0.80 0.46 0.36 0.76 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.40 0.62 0.38 0.12 0.62 0.10 0.74 0.02 0.76 0.69 0.71 0.56 0.82 0.79 0.55 0.27 0.41 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00