ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.019, 0.031, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.023, 0.037, 0.052, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.024, 0.040, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.023, 0.041, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.023, 0.044, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.034, 0.058, 0.081, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.058 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.040, 0.067, 0.095, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.067 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.040, 0.069, 0.098, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.069 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.052, 0.087, 0.123, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.087 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.061, 0.103, 0.146, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.103 std_dev=0.042
OP2 B 0, 0.247, 0.535, 0.822, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.535 std_dev=0.288
P B 0, 0.231, 0.557, 0.882, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.557 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.329, 0.661, 0.994, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.661 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.283, 0.638, 0.993, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.638 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.480, 0.987, 1.493, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.987 std_dev=0.506
O5' B 0, 0.388, 0.906, 1.424, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.906 std_dev=0.518
C4' A 0, 0.479, 1.025, 1.571, 1.678 max_d=1.678 avg_d=1.025 std_dev=0.546
C3' A 0, 0.507, 1.067, 1.627, 1.681 max_d=1.681 avg_d=1.067 std_dev=0.560
O5' A 0, 0.593, 1.170, 1.747, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.170 std_dev=0.577
OP2 A 0, 0.506, 1.154, 1.801, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.154 std_dev=0.647
C5' A 0, 0.775, 1.451, 2.128, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.451 std_dev=0.676
P A 0, 0.566, 1.262, 1.958, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.262 std_dev=0.696
C5' B 0, 0.689, 1.401, 2.112, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.401 std_dev=0.712
O2' A 0, 0.301, 1.026, 1.751, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.026 std_dev=0.725
O3' A 0, 0.771, 1.668, 2.564, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.668 std_dev=0.897
C4' B 0, 0.976, 1.884, 2.791, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.884 std_dev=0.908
OP1 A 0, 0.698, 1.617, 2.536, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.617 std_dev=0.919
C3' B 0, 1.055, 2.149, 3.244, 4.499 max_d=4.499 avg_d=2.149 std_dev=1.094
O4' B 0, 1.202, 2.378, 3.554, 3.815 max_d=3.815 avg_d=2.378 std_dev=1.176
O3' B 0, 1.020, 2.273, 3.527, 5.217 max_d=5.217 avg_d=2.273 std_dev=1.254
C1' B 0, 1.420, 2.946, 4.473, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.946 std_dev=1.526
C2' B 0, 1.422, 3.007, 4.592, 5.174 max_d=5.174 avg_d=3.007 std_dev=1.585
N9 B 0, 1.492, 3.091, 4.691, 4.772 max_d=4.772 avg_d=3.091 std_dev=1.600
C8 B 0, 1.264, 2.872, 4.479, 4.818 max_d=4.818 avg_d=2.872 std_dev=1.607
N7 B 0, 1.369, 3.129, 4.890, 5.295 max_d=5.295 avg_d=3.129 std_dev=1.760
C4 B 0, 1.756, 3.517, 5.278, 5.207 max_d=5.207 avg_d=3.517 std_dev=1.761
C5 B 0, 1.686, 3.525, 5.363, 5.514 max_d=5.514 avg_d=3.525 std_dev=1.838
N3 B 0, 1.995, 3.885, 5.775, 5.776 max_d=5.776 avg_d=3.885 std_dev=1.890
C6 B 0, 1.917, 3.943, 5.968, 6.049 max_d=6.049 avg_d=3.943 std_dev=2.026
C2 B 0, 2.180, 4.249, 6.318, 6.208 max_d=6.208 avg_d=4.249 std_dev=2.069
N1 B 0, 2.168, 4.295, 6.422, 6.176 max_d=6.176 avg_d=4.295 std_dev=2.127
N6 B 0, 1.882, 4.033, 6.185, 6.479 max_d=6.479 avg_d=4.033 std_dev=2.152
O2' B 0, 1.369, 3.607, 5.844, 6.275 max_d=6.275 avg_d=3.607 std_dev=2.237

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.23 0.02 0.21 0.29 0.16
C2 0.02 0.00 0.43 0.28 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.27 0.31 0.27 0.02 0.18 0.31 0.19
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.23 0.20 0.20 0.34 0.50 0.41 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.59 0.16 0.65 0.69 0.60
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.27 0.00 0.35 0.03 0.38 0.34 0.34 0.26 0.23 0.38 0.22 0.02 0.01 0.03 0.27 0.42 0.38 0.20 0.21
C4 0.01 0.01 0.22 0.27 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.16 0.26 0.01 0.16 0.30 0.17
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.09 0.27 0.06 0.19 0.13 0.24 0.10 0.31 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.26 0.04
C5 0.01 0.01 0.11 0.35 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.07 0.07 0.31 0.01 0.24 0.39 0.26
C5' 0.08 0.22 0.23 0.03 0.16 0.00 0.21 0.00 0.21 0.29 0.19 0.27 0.21 0.30 0.13 0.08 0.21 0.02 0.01 0.25 0.17 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.38 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.12 0.33 0.01 0.26 0.44 0.29
C8 0.01 0.01 0.20 0.34 0.00 0.27 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.19 0.20 0.32 0.02 0.24 0.33 0.24
N1 0.02 0.01 0.34 0.34 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.23 0.29 0.02 0.20 0.38 0.23
N2 0.02 0.01 0.50 0.26 0.01 0.19 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.37 0.37 0.28 0.03 0.21 0.30 0.20
N3 0.01 0.01 0.41 0.23 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.29 0.30 0.26 0.01 0.19 0.28 0.17
N7 0.01 0.01 0.09 0.38 0.00 0.24 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.20 0.11 0.37 0.02 0.33 0.44 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.08 0.01 0.23 0.02 0.14 0.27 0.14
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.11 0.31 0.25 0.08 0.20 0.47 0.17 0.46 0.31 0.45 0.20 0.00 0.06 0.21 0.42 0.27 0.52 0.79 0.50
O3' 0.30 0.27 0.03 0.01 0.12 0.02 0.07 0.21 0.11 0.19 0.17 0.37 0.29 0.20 0.08 0.06 0.00 0.20 0.23 0.15 0.36 0.24 0.23
O4' 0.00 0.31 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.02 0.12 0.20 0.23 0.37 0.30 0.11 0.01 0.21 0.20 0.00 0.15 0.08 0.14 0.38 0.22
O5' 0.23 0.27 0.59 0.27 0.26 0.01 0.31 0.01 0.33 0.32 0.29 0.28 0.26 0.37 0.23 0.42 0.23 0.15 0.00 0.37 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.16 0.42 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.27 0.15 0.08 0.37 0.00 0.35 0.52 0.37
OP1 0.21 0.18 0.65 0.38 0.16 0.14 0.24 0.17 0.26 0.24 0.20 0.21 0.19 0.33 0.14 0.52 0.36 0.14 0.02 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.31 0.69 0.20 0.30 0.26 0.39 0.29 0.44 0.33 0.38 0.30 0.28 0.44 0.27 0.79 0.24 0.38 0.02 0.52 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.19 0.60 0.21 0.17 0.04 0.26 0.01 0.29 0.24 0.23 0.20 0.17 0.33 0.14 0.50 0.23 0.22 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.20 2.03 1.07 0.70 1.61 0.72 1.59 0.53 1.87 1.07 2.07 1.83 1.87 1.22 1.30 1.31 0.66 1.03 0.24 0.36 0.20 0.18
C2 1.08 1.54 0.88 0.60 1.34 0.68 1.25 0.54 1.32 0.91 1.47 1.49 1.16 0.96 1.14 1.02 0.56 1.02 0.24 0.33 0.21 0.19
C2' 0.93 1.56 0.96 1.04 1.22 0.76 1.21 0.73 1.43 0.85 1.59 1.39 1.45 0.96 1.00 1.03 0.98 0.78 0.71 0.51 0.60 0.55
C3' 1.07 1.93 1.04 0.90 1.46 0.73 1.45 0.65 1.76 0.97 1.99 1.69 1.80 1.12 1.16 1.22 0.83 0.86 0.62 0.60 0.54 0.54
C4 1.15 1.80 1.01 0.59 1.52 0.66 1.53 0.48 1.71 1.10 1.83 1.67 1.68 1.26 1.27 1.20 0.53 0.99 0.21 0.36 0.21 0.19
C4' 1.48 2.51 1.37 0.79 1.97 0.87 1.97 0.58 2.34 1.34 2.59 2.23 2.40 1.53 1.60 1.73 0.80 1.22 0.18 0.39 0.15 0.16
C5 1.08 1.67 1.00 0.48 1.45 0.56 1.50 0.39 1.64 1.14 1.72 1.55 1.65 1.31 1.24 1.16 0.40 0.90 0.18 0.38 0.22 0.18
C5' 1.66 2.71 1.59 0.91 2.18 0.99 2.22 0.68 2.60 1.59 2.82 2.42 2.72 1.82 1.81 1.99 0.89 1.35 0.21 0.51 0.15 0.26
C6 0.99 1.45 0.93 0.38 1.30 0.50 1.33 0.34 1.41 1.06 1.47 1.37 1.39 1.19 1.13 1.04 0.32 0.84 0.16 0.38 0.23 0.18
C8 1.16 1.89 1.08 0.55 1.59 0.61 1.65 0.41 1.88 1.20 1.98 1.71 1.95 1.41 1.32 1.30 0.47 0.94 0.19 0.38 0.21 0.19
N1 1.00 1.38 0.85 0.44 1.24 0.56 1.20 0.43 1.25 0.95 1.34 1.33 1.15 1.02 1.09 0.95 0.40 0.91 0.19 0.35 0.23 0.18
N2 1.04 1.40 0.79 0.69 1.21 0.73 1.00 0.62 1.04 0.69 1.25 1.40 0.84 0.69 1.02 0.91 0.66 1.06 0.30 0.31 0.20 0.18
N3 1.15 1.77 0.97 0.66 1.49 0.71 1.42 0.56 1.57 0.99 1.74 1.66 1.45 1.09 1.23 1.14 0.62 1.05 0.25 0.34 0.20 0.19
N7 1.10 1.75 1.06 0.47 1.51 0.54 1.59 0.36 1.77 1.20 1.83 1.60 1.83 1.41 1.27 1.23 0.37 0.88 0.18 0.39 0.22 0.18
N9 1.18 1.93 1.06 0.62 1.59 0.67 1.62 0.48 1.85 1.13 1.98 1.75 1.87 1.32 1.31 1.28 0.56 1.00 0.22 0.37 0.20 0.19
O2' 0.91 1.45 1.01 1.12 1.14 0.77 1.11 0.68 1.30 0.79 1.46 1.31 1.32 0.87 0.94 1.02 1.08 0.77 0.58 0.22 0.45 0.29
O3' 1.26 2.13 1.22 0.94 1.63 0.86 1.56 0.64 1.86 1.07 2.15 1.91 1.85 1.19 1.32 1.45 0.95 1.07 0.48 0.26 0.41 0.27
O4' 1.69 2.69 1.53 0.86 2.20 1.02 2.22 0.70 2.57 1.58 2.78 2.43 2.63 1.80 1.83 1.89 0.85 1.44 0.22 0.38 0.20 0.18
O5' 1.36 2.39 1.32 0.60 1.90 0.67 1.97 0.39 2.33 1.35 2.53 2.11 2.48 1.60 1.53 1.70 0.57 1.04 0.26 0.63 0.26 0.32
O6 0.89 1.30 0.91 0.29 1.19 0.40 1.23 0.24 1.31 1.03 1.34 1.22 1.31 1.15 1.05 0.97 0.23 0.71 0.15 0.39 0.25 0.17
OP1 1.44 2.54 1.45 0.70 2.01 0.73 2.09 0.46 2.49 1.46 2.69 2.23 2.65 1.73 1.63 1.87 0.67 1.08 0.25 0.63 0.21 0.34
OP2 1.30 2.28 1.31 0.76 1.85 0.73 1.97 0.61 2.31 1.41 2.44 2.00 2.49 1.69 1.51 1.59 0.67 1.00 0.55 0.80 0.46 0.60
P 1.47 2.50 1.47 0.74 2.02 0.77 2.12 0.53 2.49 1.52 2.66 2.21 2.66 1.79 1.66 1.84 0.67 1.12 0.31 0.66 0.25 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.00 0.10 0.22 0.71 0.28
C2 0.05 0.00 0.36 0.33 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.28 0.18 0.25 0.28 0.72 0.32
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.18 0.02 0.07 0.24 0.14 0.19 0.26 0.37 0.09 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.39 0.58 0.19
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.28 0.00 0.35 0.03 0.37 0.32 0.36 0.29 0.40 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.43 0.45 0.23 0.26
C4 0.02 0.01 0.18 0.28 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.09 0.31 0.27 0.68 0.28
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.08 0.09 0.14 0.20 0.08 0.28 0.01 0.00 0.02 0.14 0.49 0.12
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.07 0.02 0.47 0.29 0.56 0.30
C5' 0.10 0.14 0.24 0.03 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.16 0.12 0.14 0.16 0.18 0.05 0.05 0.24 0.02 0.01 0.22 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.37 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.07 0.06 0.46 0.31 0.54 0.30
C8 0.02 0.00 0.19 0.32 0.01 0.20 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.20 0.15 0.56 0.28 0.53 0.34
N1 0.04 0.00 0.26 0.36 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.13 0.35 0.29 0.62 0.29
N3 0.04 0.01 0.37 0.29 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.31 0.19 0.21 0.28 0.76 0.33
N6 0.02 0.01 0.09 0.40 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.11 0.03 0.55 0.36 0.48 0.36
N7 0.01 0.01 0.12 0.37 0.00 0.20 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.20 0.10 0.62 0.33 0.49 0.38
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.12 0.01 0.32 0.25 0.66 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.17 0.28 0.34 0.05 0.32 0.42 0.20 0.13 0.40 0.46 0.23 0.00 0.06 0.20 0.26 0.26 0.54 0.09
O3' 0.33 0.28 0.03 0.01 0.14 0.01 0.07 0.24 0.07 0.20 0.17 0.31 0.11 0.20 0.12 0.06 0.00 0.22 0.49 0.81 0.24 0.47
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.09 0.00 0.02 0.02 0.06 0.15 0.13 0.19 0.03 0.10 0.01 0.20 0.22 0.00 0.10 0.25 0.78 0.37
O5' 0.10 0.25 0.23 0.43 0.31 0.02 0.47 0.01 0.46 0.56 0.35 0.21 0.55 0.62 0.32 0.26 0.49 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.28 0.39 0.45 0.27 0.14 0.29 0.22 0.31 0.28 0.29 0.28 0.36 0.33 0.25 0.26 0.81 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.71 0.72 0.58 0.23 0.68 0.49 0.56 0.40 0.54 0.53 0.62 0.76 0.48 0.49 0.66 0.54 0.24 0.78 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.32 0.19 0.26 0.28 0.12 0.30 0.01 0.30 0.34 0.29 0.33 0.36 0.38 0.26 0.09 0.47 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00