ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51459

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.031, 0.057, 0.082, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.057 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.028, 0.057, 0.085, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.057 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.021, 0.053, 0.085, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.053 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.016, 0.063, 0.110, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.063 std_dev=0.047
OP2 B 0, 0.101, 0.346, 0.590, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.346 std_dev=0.245
P B 0, 0.080, 0.347, 0.614, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.347 std_dev=0.267
OP1 B 0, 0.132, 0.425, 0.718, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.425 std_dev=0.293
O4' A 0, -0.041, 0.316, 0.673, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.316 std_dev=0.357
C2' A 0, -0.045, 0.336, 0.717, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.336 std_dev=0.381
O2' A 0, -0.079, 0.441, 0.961, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.441 std_dev=0.520
O5' B 0, 0.053, 0.579, 1.104, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.579 std_dev=0.526
C4' A 0, -0.067, 0.525, 1.116, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.525 std_dev=0.592
C3' A 0, -0.088, 0.536, 1.160, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.536 std_dev=0.624
O5' A 0, -0.025, 0.632, 1.289, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.632 std_dev=0.657
OP2 A 0, 0.087, 0.763, 1.438, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.763 std_dev=0.675
C5' A 0, -0.032, 0.751, 1.533, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.751 std_dev=0.782
C4' B 0, 0.314, 1.105, 1.897, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.105 std_dev=0.791
P A 0, -0.014, 0.835, 1.685, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.835 std_dev=0.849
O3' A 0, -0.116, 0.812, 1.740, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.812 std_dev=0.928
O4' B 0, 0.205, 1.186, 2.168, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.186 std_dev=0.982
C5' B 0, 0.334, 1.328, 2.323, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.328 std_dev=0.994
OP1 A 0, -0.089, 1.049, 2.187, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.049 std_dev=1.138
C3' B 0, 0.133, 1.558, 2.983, 4.494 max_d=4.494 avg_d=1.558 std_dev=1.425
O3' B 0, 0.004, 1.576, 3.147, 4.743 max_d=4.743 avg_d=1.576 std_dev=1.572
C1' B 0, -0.043, 1.560, 3.164, 5.288 max_d=5.288 avg_d=1.560 std_dev=1.604
C2' B 0, -0.012, 1.759, 3.530, 5.839 max_d=5.839 avg_d=1.759 std_dev=1.771
O2' B 0, 0.078, 2.028, 3.977, 6.319 max_d=6.319 avg_d=2.028 std_dev=1.950
N9 B 0, -0.452, 1.897, 4.246, 7.684 max_d=7.684 avg_d=1.897 std_dev=2.349
C8 B 0, -0.556, 2.192, 4.940, 8.424 max_d=8.424 avg_d=2.192 std_dev=2.748
C4 B 0, -0.916, 2.081, 5.078, 9.831 max_d=9.831 avg_d=2.081 std_dev=2.997
N3 B 0, -0.970, 2.159, 5.289, 10.299 max_d=10.299 avg_d=2.159 std_dev=3.130
N7 B 0, -0.906, 2.509, 5.924, 10.621 max_d=10.621 avg_d=2.509 std_dev=3.415
C5 B 0, -1.160, 2.435, 6.030, 11.602 max_d=11.602 avg_d=2.435 std_dev=3.595
C2 B 0, -1.384, 2.560, 6.505, 12.834 max_d=12.834 avg_d=2.560 std_dev=3.945
C6 B 0, -1.658, 2.733, 7.124, 14.116 max_d=14.116 avg_d=2.733 std_dev=4.391
N1 B 0, -1.795, 2.773, 7.341, 14.718 max_d=14.718 avg_d=2.773 std_dev=4.568
N6 B 0, -1.913, 3.136, 8.185, 16.064 max_d=16.064 avg_d=3.136 std_dev=5.049

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.13 0.05 0.13 0.22 0.15
C2 0.06 0.00 0.35 0.34 0.01 0.15 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.21 0.38 0.19 0.08 0.01 0.13 0.17 0.13
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.01 0.11 0.14 0.18 0.13 0.28 0.40 0.34 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.15 0.31 0.43 0.34
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.26 0.00 0.29 0.01 0.33 0.25 0.35 0.36 0.30 0.29 0.18 0.01 0.01 0.01 0.08 0.35 0.11 0.16 0.10
C4 0.03 0.01 0.18 0.26 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.10 0.06 0.03 0.09 0.18 0.12
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.16 0.10 0.19 0.15 0.14 0.06 0.23 0.03 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.11 0.29 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.17 0.16 0.06 0.09 0.04 0.11 0.20 0.15
C5' 0.06 0.13 0.14 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.15 0.07 0.18 0.13 0.14 0.03 0.09 0.15 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.16 0.23 0.09 0.10 0.01 0.12 0.21 0.16
C8 0.03 0.03 0.13 0.25 0.02 0.16 0.02 0.15 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.26 0.14 0.11 0.14 0.08 0.15 0.21 0.16
N1 0.05 0.01 0.28 0.35 0.02 0.10 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.17 0.32 0.15 0.06 0.01 0.11 0.19 0.13
N2 0.06 0.01 0.40 0.36 0.02 0.19 0.03 0.18 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.28 0.48 0.22 0.12 0.03 0.17 0.18 0.15
N3 0.06 0.01 0.34 0.30 0.01 0.15 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.36 0.18 0.09 0.02 0.13 0.17 0.13
N7 0.02 0.04 0.06 0.29 0.01 0.14 0.02 0.14 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.25 0.16 0.06 0.17 0.09 0.17 0.23 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.07 0.05 0.09 0.19 0.12
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.23 0.17 0.09 0.16 0.26 0.17 0.28 0.19 0.25 0.13 0.00 0.05 0.16 0.19 0.18 0.19 0.43 0.24
O3' 0.23 0.38 0.02 0.01 0.19 0.03 0.16 0.15 0.23 0.14 0.32 0.48 0.36 0.16 0.07 0.05 0.00 0.18 0.18 0.23 0.36 0.29 0.27
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.11 0.15 0.22 0.18 0.06 0.02 0.16 0.18 0.00 0.05 0.10 0.04 0.08 0.06
O5' 0.13 0.08 0.31 0.08 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.14 0.06 0.12 0.09 0.17 0.07 0.19 0.18 0.05 0.00 0.17 0.02 0.03 0.01
O6 0.05 0.01 0.15 0.35 0.03 0.09 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05 0.18 0.23 0.10 0.17 0.00 0.18 0.27 0.23
OP1 0.13 0.13 0.31 0.11 0.09 0.05 0.11 0.04 0.12 0.15 0.11 0.17 0.13 0.17 0.09 0.19 0.36 0.04 0.02 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.17 0.43 0.16 0.18 0.04 0.20 0.02 0.21 0.21 0.19 0.18 0.17 0.23 0.19 0.43 0.29 0.08 0.03 0.27 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.34 0.10 0.12 0.01 0.15 0.01 0.16 0.16 0.13 0.15 0.13 0.20 0.12 0.24 0.27 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 2.04 0.45 0.41 1.59 0.29 2.04 0.60 2.44 1.52 2.40 1.62 2.86 2.01 1.22 0.69 0.49 0.70 0.33 0.17 0.12 0.10
C2 0.60 1.37 0.47 0.38 1.14 0.33 1.48 0.61 1.63 1.36 1.56 1.12 1.86 1.64 0.98 0.63 0.39 0.66 0.36 0.27 0.11 0.16
C2' 0.28 1.73 0.66 0.74 1.15 0.45 1.51 0.81 1.96 0.97 2.02 1.30 2.34 1.42 0.72 0.91 0.84 0.32 0.48 0.13 0.24 0.18
C3' 0.50 2.10 0.50 0.54 1.43 0.29 1.80 0.69 2.30 1.15 2.40 1.62 2.69 1.63 0.95 0.77 0.64 0.44 0.41 0.18 0.29 0.22
C4 0.66 1.59 0.43 0.32 1.31 0.29 1.73 0.55 1.96 1.51 1.85 1.28 2.31 1.88 1.10 0.61 0.34 0.67 0.32 0.17 0.07 0.09
C4' 0.95 2.55 0.47 0.24 1.96 0.26 2.40 0.50 2.92 1.70 2.95 2.05 3.39 2.25 1.48 0.71 0.31 0.83 0.23 0.25 0.15 0.13
C5 0.63 1.34 0.40 0.22 1.15 0.22 1.56 0.41 1.71 1.52 1.56 1.09 2.04 1.83 1.04 0.55 0.18 0.63 0.24 0.14 0.08 0.07
C5' 1.04 2.60 0.54 0.23 2.03 0.32 2.49 0.46 3.00 1.84 3.01 2.09 3.50 2.38 1.57 0.73 0.21 0.90 0.24 0.29 0.10 0.16
C6 0.57 1.09 0.40 0.21 0.94 0.17 1.31 0.31 1.36 1.44 1.21 0.90 1.63 1.66 0.93 0.53 0.14 0.58 0.18 0.17 0.12 0.08
C8 0.69 1.62 0.40 0.25 1.35 0.25 1.80 0.47 2.05 1.59 1.92 1.30 2.46 1.98 1.15 0.58 0.25 0.67 0.27 0.12 0.07 0.06
N1 0.56 1.10 0.42 0.23 0.93 0.23 1.27 0.43 1.32 1.37 1.22 0.90 1.54 1.56 0.90 0.55 0.17 0.61 0.24 0.22 0.07 0.11
N2 0.57 1.34 0.55 0.52 1.09 0.42 1.36 0.75 1.52 1.19 1.49 1.09 1.68 1.43 0.90 0.69 0.54 0.66 0.45 0.35 0.20 0.22
N3 0.65 1.63 0.47 0.43 1.33 0.36 1.72 0.65 1.96 1.42 1.89 1.31 2.26 1.79 1.08 0.66 0.47 0.69 0.38 0.24 0.11 0.14
N7 0.65 1.38 0.38 0.20 1.19 0.21 1.62 0.39 1.79 1.57 1.62 1.11 2.16 1.90 1.08 0.53 0.16 0.63 0.22 0.13 0.10 0.06
N9 0.70 1.77 0.43 0.33 1.43 0.29 1.88 0.56 2.18 1.55 2.08 1.41 2.58 1.97 1.17 0.63 0.37 0.69 0.32 0.15 0.08 0.09
O2' 0.30 1.71 0.67 0.76 1.14 0.42 1.48 0.76 1.92 0.92 1.99 1.28 2.26 1.35 0.71 0.95 0.87 0.41 0.32 0.18 0.22 0.12
O3' 0.81 2.50 0.41 0.29 1.77 0.22 2.06 0.52 2.60 1.30 2.78 2.01 2.94 1.78 1.23 0.71 0.37 0.74 0.13 0.39 0.38 0.33
O4' 1.10 2.54 0.57 0.28 2.07 0.39 2.56 0.51 3.02 1.94 2.96 2.08 3.49 2.49 1.65 0.74 0.25 0.99 0.29 0.35 0.24 0.26
O5' 0.93 2.24 0.50 0.24 1.78 0.32 2.25 0.47 2.67 1.77 2.62 1.80 3.15 2.26 1.43 0.67 0.21 0.83 0.29 0.22 0.04 0.12
O6 0.52 0.92 0.41 0.30 0.76 0.12 1.11 0.13 1.08 1.39 0.94 0.76 1.34 1.54 0.84 0.51 0.27 0.49 0.13 0.24 0.19 0.15
OP1 0.95 2.33 0.54 0.26 1.81 0.30 2.26 0.40 2.70 1.76 2.70 1.87 3.18 2.24 1.44 0.70 0.20 0.81 0.25 0.23 0.08 0.12
OP2 0.93 1.88 0.58 0.35 1.57 0.38 2.03 0.43 2.32 1.81 2.20 1.52 2.77 2.20 1.37 0.69 0.26 0.84 0.33 0.23 0.18 0.19
P 1.03 2.24 0.60 0.32 1.83 0.39 2.31 0.44 2.70 1.90 2.62 1.82 3.18 2.37 1.52 0.71 0.22 0.90 0.30 0.28 0.10 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.22 0.69 0.29 0.31
C2 0.05 0.00 0.21 0.21 0.01 0.49 0.01 0.94 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.38 0.33 0.43 0.67 0.59 0.69 0.64
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.14 0.09 0.15 0.16 0.21 0.07 0.10 0.04 0.01 0.07 0.04 0.45 0.62 0.40 0.37
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.10 0.16 0.16 0.20 0.10 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.30 0.55 0.21 0.21
C4 0.03 0.01 0.10 0.11 0.00 0.23 0.01 0.46 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.25 0.22 0.30 0.71 0.27 0.25
C4' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.23 0.00 0.10 0.01 0.20 0.25 0.37 0.48 0.13 0.15 0.03 0.13 0.02 0.01 0.03 0.32 0.19 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.09 0.30 0.99 0.45 0.44
C5' 0.09 0.94 0.14 0.05 0.46 0.01 0.28 0.00 0.45 0.39 0.75 0.88 0.34 0.26 0.16 0.10 0.17 0.03 0.01 0.38 0.36 0.01
C6 0.03 0.02 0.09 0.10 0.02 0.20 0.00 0.45 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.22 0.18 0.32 0.84 0.38 0.34
C8 0.02 0.02 0.15 0.16 0.01 0.25 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.40 0.12 0.23 0.59 1.46 0.88 0.90
N1 0.04 0.01 0.16 0.16 0.01 0.37 0.01 0.75 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.26 0.28 0.32 0.51 0.61 0.51 0.44
N3 0.05 0.01 0.21 0.20 0.01 0.48 0.01 0.88 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.37 0.33 0.44 0.61 0.54 0.57 0.53
N6 0.03 0.03 0.07 0.10 0.02 0.13 0.01 0.34 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.16 0.18 0.12 0.33 1.00 0.49 0.46
N7 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.12 0.13 0.53 1.43 0.85 0.85
N9 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.20 0.02 0.30 0.94 0.43 0.45
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.13 0.13 0.14 0.10 0.14 0.40 0.26 0.37 0.16 0.33 0.14 0.00 0.11 0.08 0.41 0.61 0.42 0.35
O3' 0.26 0.33 0.07 0.01 0.25 0.02 0.19 0.17 0.22 0.12 0.28 0.33 0.18 0.12 0.20 0.11 0.00 0.16 0.13 0.44 0.13 0.11
O4' 0.01 0.43 0.04 0.01 0.22 0.01 0.09 0.03 0.18 0.23 0.32 0.44 0.12 0.13 0.02 0.08 0.16 0.00 0.25 0.61 0.44 0.39
O5' 0.22 0.67 0.45 0.30 0.30 0.03 0.30 0.01 0.32 0.59 0.51 0.61 0.33 0.53 0.30 0.41 0.13 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.69 0.59 0.62 0.55 0.71 0.32 0.99 0.38 0.84 1.46 0.61 0.54 1.00 1.43 0.94 0.61 0.44 0.61 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.69 0.40 0.21 0.27 0.19 0.45 0.36 0.38 0.88 0.51 0.57 0.49 0.85 0.43 0.42 0.13 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.64 0.37 0.21 0.25 0.08 0.44 0.01 0.34 0.90 0.44 0.53 0.46 0.85 0.45 0.35 0.11 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00