ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51460

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N2 A 0, -0.006, 0.045, 0.097, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.045 std_dev=0.051
O3' A 0, 0.120, 0.479, 0.839, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.479 std_dev=0.360
P B 0, 0.145, 0.519, 0.893, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.519 std_dev=0.374
OP2 B 0, 0.109, 0.494, 0.878, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.494 std_dev=0.385
C3' A 0, 0.122, 0.830, 1.539, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.830 std_dev=0.709
OP1 B 0, 0.174, 0.892, 1.610, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.892 std_dev=0.718
O4' A 0, 0.044, 0.808, 1.572, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.808 std_dev=0.764
C2' A 0, 0.084, 0.876, 1.667, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.876 std_dev=0.791
C4' A 0, 0.062, 1.095, 2.129, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.095 std_dev=1.033
O2' A 0, 0.116, 1.461, 2.807, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.461 std_dev=1.346
O5' B 0, 0.316, 1.786, 3.257, 3.543 max_d=3.543 avg_d=1.786 std_dev=1.471
C5' A 0, 0.150, 2.031, 3.913, 4.090 max_d=4.090 avg_d=2.031 std_dev=1.882
O5' A 0, 0.161, 2.215, 4.269, 4.480 max_d=4.480 avg_d=2.215 std_dev=2.054
OP2 A 0, 0.254, 2.588, 4.923, 5.140 max_d=5.140 avg_d=2.588 std_dev=2.334
C5' B 0, 0.306, 2.681, 5.055, 5.264 max_d=5.264 avg_d=2.681 std_dev=2.375
P A 0, 0.192, 2.923, 5.654, 5.815 max_d=5.815 avg_d=2.923 std_dev=2.731
OP1 A 0, 0.208, 3.298, 6.387, 6.400 max_d=6.400 avg_d=3.298 std_dev=3.090
C4' B 0, 0.278, 3.801, 7.323, 7.586 max_d=7.586 avg_d=3.801 std_dev=3.523
C3' B 0, 0.376, 3.985, 7.594, 7.937 max_d=7.937 avg_d=3.985 std_dev=3.609
O3' B 0, 0.403, 4.375, 8.348, 8.674 max_d=8.674 avg_d=4.375 std_dev=3.972
O4' B 0, 0.243, 4.535, 8.827, 9.226 max_d=9.226 avg_d=4.535 std_dev=4.292
C8 B 0, 0.247, 4.635, 9.022, 9.242 max_d=9.242 avg_d=4.635 std_dev=4.388
C2' B 0, 0.398, 5.045, 9.693, 10.064 max_d=10.064 avg_d=5.045 std_dev=4.647
N7 B 0, 0.258, 5.242, 10.225, 10.519 max_d=10.519 avg_d=5.242 std_dev=4.983
C1' B 0, 0.316, 5.374, 10.432, 10.791 max_d=10.791 avg_d=5.374 std_dev=5.058
N9 B 0, 0.299, 5.440, 10.580, 10.808 max_d=10.808 avg_d=5.440 std_dev=5.141
O2' B 0, 0.490, 6.105, 11.720, 12.050 max_d=12.050 avg_d=6.105 std_dev=5.615
C5 B 0, 0.323, 6.474, 12.625, 12.886 max_d=12.886 avg_d=6.474 std_dev=6.151
C4 B 0, 0.357, 6.554, 12.751, 12.977 max_d=12.977 avg_d=6.554 std_dev=6.197
N3 B 0, 0.444, 7.615, 14.787, 15.148 max_d=15.148 avg_d=7.615 std_dev=7.171
C6 B 0, 0.377, 7.692, 15.008, 15.306 max_d=15.306 avg_d=7.692 std_dev=7.315
N6 B 0, 0.353, 7.953, 15.553, 15.903 max_d=15.903 avg_d=7.953 std_dev=7.600
C2 B 0, 0.495, 8.604, 16.713, 17.022 max_d=17.022 avg_d=8.604 std_dev=8.109
N1 B 0, 0.467, 8.737, 17.008, 17.260 max_d=17.260 avg_d=8.737 std_dev=8.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.23 0.02 0.12 0.09 0.16
C2 0.06 0.00 0.29 0.09 0.01 0.36 0.01 0.38 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.63 0.35 0.43 0.17 0.02 0.47 0.13 0.29
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.16 0.02 0.10 0.09 0.16 0.13 0.24 0.34 0.28 0.05 0.03 0.00 0.10 0.02 0.11 0.13 0.55 0.30 0.18
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.09 0.07 0.14 0.09 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 1.06 0.19 0.40
C4 0.02 0.01 0.16 0.05 0.00 0.13 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.25 0.21 0.35 0.01 0.67 0.17 0.48
C4' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.08 0.29 0.24 0.48 0.34 0.22 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.55 0.20 0.15
C5 0.01 0.01 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.20 0.08 0.54 0.01 1.18 0.30 0.78
C5' 0.07 0.38 0.09 0.02 0.08 0.00 0.17 0.00 0.09 0.55 0.22 0.56 0.35 0.47 0.19 0.08 0.06 0.02 0.00 0.16 0.23 0.45 0.01
C6 0.02 0.02 0.16 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.16 0.47 0.00 1.22 0.28 0.77
C8 0.02 0.01 0.13 0.09 0.00 0.29 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.14 0.26 0.80 0.01 1.28 0.42 0.96
N1 0.05 0.01 0.24 0.07 0.01 0.24 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.48 0.31 0.32 0.29 0.01 0.86 0.16 0.52
N2 0.08 0.00 0.34 0.14 0.01 0.48 0.01 0.56 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.80 0.42 0.52 0.17 0.04 0.25 0.19 0.18
N3 0.06 0.01 0.28 0.09 0.00 0.34 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.59 0.34 0.43 0.17 0.01 0.31 0.14 0.24
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.22 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.15 0.78 0.01 1.56 0.46 1.07
N9 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.19 0.02 0.46 0.01 0.63 0.20 0.52
O2' 0.02 0.63 0.00 0.02 0.27 0.01 0.10 0.08 0.24 0.39 0.48 0.80 0.59 0.25 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.16 0.76 0.47 0.28
O3' 0.22 0.35 0.10 0.01 0.25 0.02 0.20 0.06 0.24 0.14 0.31 0.42 0.34 0.14 0.19 0.11 0.00 0.13 0.11 0.21 1.31 0.23 0.47
O4' 0.00 0.43 0.02 0.01 0.21 0.00 0.08 0.02 0.16 0.26 0.32 0.52 0.43 0.15 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.11 0.05 0.20 0.12
O5' 0.23 0.17 0.11 0.10 0.35 0.01 0.54 0.00 0.47 0.80 0.29 0.17 0.17 0.78 0.46 0.09 0.11 0.17 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.13 0.08 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.11 0.56 0.00 1.51 0.36 0.94
OP1 0.12 0.47 0.55 1.06 0.67 0.55 1.18 0.23 1.22 1.28 0.86 0.25 0.31 1.56 0.63 0.76 1.31 0.05 0.02 1.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.13 0.30 0.19 0.17 0.20 0.30 0.45 0.28 0.42 0.16 0.19 0.14 0.46 0.20 0.47 0.23 0.20 0.02 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.29 0.18 0.40 0.48 0.15 0.78 0.01 0.77 0.96 0.52 0.18 0.24 1.07 0.52 0.28 0.47 0.12 0.01 0.94 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.13 0.37 0.81 0.50 0.56 1.01 0.28 0.56 0.23 0.64 0.21 0.60 0.51 0.30 0.80 0.93 0.76 1.36 0.41 0.36 0.18 0.14
C2 0.79 0.24 0.55 0.18 0.35 0.71 0.23 0.46 0.29 0.46 0.25 0.36 0.46 0.25 0.55 0.56 0.22 1.05 0.31 0.30 0.19 0.11
C2' 1.10 0.40 0.71 0.37 0.56 0.92 0.28 0.41 0.22 0.59 0.21 0.62 0.49 0.28 0.78 0.86 0.65 1.32 0.14 0.41 0.21 0.35
C3' 1.29 0.70 0.93 0.55 0.86 1.04 0.59 0.53 0.38 0.87 0.46 0.91 0.22 0.59 1.03 1.09 0.80 1.46 0.39 0.37 0.16 0.18
C4 0.83 0.33 0.54 0.31 0.19 0.93 0.41 0.62 0.73 0.28 0.63 0.20 1.10 0.36 0.42 0.60 0.52 1.20 0.38 0.29 0.15 0.11
C4' 1.23 0.49 0.95 0.61 0.73 1.12 0.48 0.73 0.23 0.86 0.26 0.73 0.24 0.55 0.96 1.07 0.85 1.44 0.71 0.76 0.55 0.47
C5 0.57 0.95 0.30 0.22 0.55 0.95 1.03 0.73 1.47 0.29 1.36 0.54 1.93 0.92 0.17 0.35 0.45 1.08 0.37 0.26 0.13 0.13
C5' 0.94 0.13 0.67 0.40 0.31 0.98 0.13 0.71 0.38 0.57 0.38 0.27 0.72 0.22 0.63 0.78 0.63 1.25 0.69 0.81 0.57 0.52
C6 0.36 1.21 0.18 0.11 0.82 0.84 1.30 0.75 1.70 0.53 1.59 0.81 2.09 1.19 0.36 0.19 0.24 0.91 0.34 0.25 0.13 0.15
C8 0.73 0.81 0.43 0.36 0.38 1.06 0.87 0.75 1.37 0.16 1.27 0.37 1.90 0.75 0.20 0.53 0.69 1.21 0.41 0.27 0.13 0.12
N1 0.48 0.65 0.29 0.11 0.42 0.72 0.74 0.60 1.00 0.27 0.92 0.41 1.27 0.70 0.22 0.28 0.12 0.91 0.31 0.26 0.14 0.13
N2 0.87 0.67 0.67 0.14 0.74 0.52 0.66 0.26 0.58 0.80 0.60 0.73 0.49 0.68 0.81 0.64 0.07 0.94 0.25 0.36 0.27 0.09
N3 0.95 0.33 0.68 0.31 0.49 0.83 0.29 0.49 0.22 0.59 0.22 0.51 0.38 0.31 0.70 0.72 0.43 1.19 0.35 0.32 0.19 0.10
N7 0.52 1.24 0.24 0.25 0.73 1.02 1.29 0.80 1.84 0.39 1.74 0.74 2.40 1.12 0.21 0.32 0.58 1.10 0.39 0.26 0.12 0.13
N9 0.91 0.30 0.60 0.39 0.20 1.01 0.37 0.65 0.73 0.32 0.63 0.22 1.15 0.32 0.49 0.70 0.67 1.27 0.40 0.29 0.15 0.12
O2' 1.22 0.71 0.78 0.39 0.78 0.87 0.47 0.23 0.34 0.66 0.45 0.90 0.31 0.39 0.91 0.96 0.67 1.35 0.18 0.88 0.59 0.76
O3' 1.79 1.51 1.43 0.97 1.54 1.34 1.31 0.71 1.18 1.42 1.30 1.63 0.92 1.23 1.61 1.62 1.21 1.83 0.68 0.67 0.42 0.46
O4' 1.10 0.27 0.85 0.57 0.52 1.09 0.26 0.75 0.23 0.69 0.20 0.51 0.53 0.33 0.79 0.95 0.81 1.36 0.74 0.79 0.60 0.51
O5' 0.50 0.79 0.25 0.18 0.42 0.57 0.70 0.29 1.10 0.25 1.10 0.46 1.48 0.54 0.26 0.32 0.21 0.85 0.19 0.37 0.14 0.21
O6 0.18 1.82 0.31 0.17 1.35 0.80 1.87 0.83 2.35 0.93 2.26 1.35 2.75 1.68 0.75 0.28 0.15 0.73 0.33 0.27 0.16 0.17
OP1 0.28 1.45 0.59 0.73 0.96 0.11 1.27 0.29 1.74 0.58 1.79 1.06 2.13 1.02 0.56 0.46 0.47 0.38 0.37 0.45 0.60 0.57
OP2 0.54 0.98 0.26 0.13 0.49 0.73 0.85 0.45 1.34 0.25 1.37 0.56 1.79 0.63 0.25 0.35 0.35 0.96 0.28 0.37 0.16 0.20
P 0.31 1.13 0.30 0.40 0.67 0.36 0.98 0.13 1.43 0.34 1.47 0.75 1.82 0.76 0.32 0.25 0.21 0.65 0.13 0.38 0.29 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.31 0.00 0.51 0.93 0.36 0.50
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.22 0.02 0.62 1.46 0.41 0.62
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.21 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.53 0.79 0.29 0.47
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.31 0.38 0.22 0.10 0.36 0.41 0.24 0.02 0.00 0.01 0.14 0.17 0.50 0.26
C4 0.01 0.00 0.04 0.21 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.39 0.11 0.02 0.59 1.39 0.37 0.60
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.15 0.22 0.10 0.05 0.18 0.22 0.12 0.27 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.07 0.01 0.58 1.55 0.37 0.60
C5' 0.07 0.14 0.21 0.01 0.19 0.00 0.29 0.00 0.28 0.36 0.20 0.11 0.34 0.39 0.20 0.05 0.18 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.31 0.01 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.06 0.02 0.59 1.62 0.40 0.62
C8 0.00 0.01 0.04 0.38 0.01 0.22 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.17 0.01 0.51 1.34 0.33 0.55
N1 0.02 0.00 0.07 0.22 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.54 0.10 0.02 0.61 1.57 0.42 0.63
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.50 0.27 0.02 0.61 1.34 0.39 0.60
N6 0.01 0.01 0.03 0.36 0.01 0.18 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.46 0.13 0.03 0.57 1.68 0.40 0.60
N7 0.00 0.01 0.03 0.41 0.00 0.22 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.20 0.01 0.52 1.53 0.35 0.57
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.09 0.01 0.56 1.24 0.35 0.56
O2' 0.03 0.55 0.00 0.02 0.39 0.27 0.38 0.05 0.47 0.15 0.54 0.50 0.46 0.26 0.19 0.00 0.03 0.23 0.30 0.65 0.25 0.32
O3' 0.31 0.22 0.02 0.00 0.11 0.02 0.07 0.18 0.06 0.17 0.10 0.27 0.13 0.20 0.09 0.03 0.00 0.23 0.57 0.74 0.71 0.65
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.23 0.23 0.00 0.39 0.70 0.46 0.43
O5' 0.51 0.62 0.53 0.14 0.59 0.01 0.58 0.01 0.59 0.51 0.61 0.61 0.57 0.52 0.56 0.30 0.57 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.93 1.46 0.79 0.17 1.39 0.09 1.55 0.04 1.62 1.34 1.57 1.34 1.68 1.53 1.24 0.65 0.74 0.70 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.41 0.29 0.50 0.37 0.13 0.37 0.16 0.40 0.33 0.42 0.39 0.40 0.35 0.35 0.25 0.71 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.50 0.62 0.47 0.26 0.60 0.06 0.60 0.01 0.62 0.55 0.63 0.60 0.60 0.57 0.56 0.32 0.65 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00