ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51462

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.024, 0.055, 0.086, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.055 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.016, 0.048, 0.079, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.048 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.013, 0.050, 0.086, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.050 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.005, 0.048, 0.090, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.048 std_dev=0.043
OP1 B 0, 0.123, 0.321, 0.520, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.321 std_dev=0.199
O4' A 0, 0.101, 0.366, 0.631, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.366 std_dev=0.265
C2' A 0, 0.171, 0.456, 0.741, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.456 std_dev=0.285
C4' A 0, 0.245, 0.636, 1.028, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.636 std_dev=0.392
C3' A 0, 0.257, 0.670, 1.083, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.670 std_dev=0.413
OP2 B 0, 0.291, 0.714, 1.137, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.714 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.148, 0.586, 1.024, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.586 std_dev=0.438
P A 0, 0.282, 0.737, 1.192, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.737 std_dev=0.455
O2' A 0, 0.273, 0.737, 1.201, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.737 std_dev=0.464
O3' A 0, 0.298, 0.767, 1.236, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.767 std_dev=0.469
OP1 A 0, 0.391, 0.881, 1.372, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.881 std_dev=0.490
P B 0, 0.204, 0.718, 1.233, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.718 std_dev=0.515
C5' A 0, 0.428, 1.130, 1.831, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.130 std_dev=0.702
O5' A 0, 0.393, 1.125, 1.856, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.125 std_dev=0.731
O5' B 0, 0.317, 1.417, 2.518, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.417 std_dev=1.101
C5' B 0, 0.414, 1.800, 3.187, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.800 std_dev=1.387
C3' B 0, 0.425, 2.032, 3.640, 3.930 max_d=3.930 avg_d=2.032 std_dev=1.607
O3' B 0, 0.525, 2.476, 4.428, 4.780 max_d=4.780 avg_d=2.476 std_dev=1.952
C2' B 0, 0.467, 2.542, 4.618, 4.821 max_d=4.821 avg_d=2.542 std_dev=2.076
C4' B 0, 0.581, 2.798, 5.016, 5.130 max_d=5.130 avg_d=2.798 std_dev=2.218
O2' B 0, 0.462, 2.751, 5.039, 5.478 max_d=5.478 avg_d=2.751 std_dev=2.288
O4' B 0, 0.800, 3.966, 7.132, 6.931 max_d=6.931 avg_d=3.966 std_dev=3.166
C1' B 0, 0.765, 4.101, 7.437, 7.265 max_d=7.265 avg_d=4.101 std_dev=3.336
N9 B 0, 0.956, 4.910, 8.863, 8.367 max_d=8.367 avg_d=4.910 std_dev=3.953
C8 B 0, 1.044, 5.225, 9.407, 8.881 max_d=8.881 avg_d=5.225 std_dev=4.182
C4 B 0, 1.173, 5.937, 10.701, 10.143 max_d=10.143 avg_d=5.937 std_dev=4.764
N3 B 0, 1.219, 6.149, 11.080, 10.488 max_d=10.488 avg_d=6.149 std_dev=4.931
N7 B 0, 1.313, 6.536, 11.759, 11.096 max_d=11.096 avg_d=6.536 std_dev=5.223
C5 B 0, 1.378, 6.905, 12.431, 11.775 max_d=11.775 avg_d=6.905 std_dev=5.526
C2 B 0, 1.459, 7.235, 13.011, 12.351 max_d=12.351 avg_d=7.235 std_dev=5.776
C6 B 0, 1.642, 8.173, 14.704, 13.941 max_d=13.941 avg_d=8.173 std_dev=6.531
N1 B 0, 1.665, 8.232, 14.799, 14.059 max_d=14.059 avg_d=8.232 std_dev=6.567
N6 B 0, 1.889, 9.410, 16.930, 16.009 max_d=16.009 avg_d=9.410 std_dev=7.521

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.14 0.04 0.36 0.11 0.14
C2 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.16 0.27 0.02 0.38 0.21 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.06 0.52 0.21 0.26
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.47 0.11 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.10 0.28 0.02 0.38 0.21 0.21
C4' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.27 0.02 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.07 0.34 0.02 0.38 0.27 0.26
C5' 0.06 0.20 0.08 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.26 0.23 0.24 0.19 0.17 0.27 0.16 0.06 0.05 0.02 0.00 0.28 0.13 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.10 0.35 0.01 0.37 0.28 0.26
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.34 0.03 0.38 0.27 0.26
N1 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.14 0.32 0.01 0.38 0.25 0.23
N2 0.05 0.00 0.09 0.08 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.24 0.17 0.19 0.25 0.02 0.39 0.19 0.20
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.14 0.15 0.24 0.02 0.38 0.18 0.19
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.38 0.03 0.38 0.31 0.29
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.26 0.03 0.37 0.19 0.20
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.15 0.02 0.13 0.06 0.18 0.06 0.21 0.24 0.21 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.13 0.18 0.63 0.32 0.34
O3' 0.08 0.14 0.02 0.01 0.09 0.03 0.07 0.05 0.09 0.07 0.12 0.17 0.14 0.06 0.07 0.03 0.00 0.12 0.12 0.09 0.43 0.10 0.16
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.02 0.10 0.05 0.14 0.19 0.15 0.04 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.08 0.21 0.12 0.09
O5' 0.14 0.27 0.13 0.08 0.28 0.02 0.34 0.00 0.35 0.34 0.32 0.25 0.24 0.38 0.26 0.13 0.12 0.13 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.09 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.18 0.09 0.08 0.38 0.00 0.37 0.30 0.27
OP1 0.36 0.38 0.52 0.47 0.38 0.27 0.38 0.13 0.37 0.38 0.38 0.39 0.38 0.38 0.37 0.63 0.43 0.21 0.02 0.37 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.21 0.21 0.11 0.21 0.02 0.27 0.03 0.28 0.27 0.25 0.19 0.18 0.31 0.19 0.32 0.10 0.12 0.02 0.30 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.26 0.19 0.21 0.07 0.26 0.01 0.26 0.26 0.23 0.20 0.19 0.29 0.20 0.34 0.16 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 1.57 0.29 0.32 1.48 0.25 2.03 0.25 2.28 1.68 2.03 1.25 2.74 2.20 1.22 0.29 0.91 0.40 0.17 0.14 0.18 0.18
C2 0.39 0.76 0.26 0.30 0.77 0.20 1.01 0.23 1.08 0.93 0.95 0.64 1.26 1.12 0.69 0.22 0.77 0.32 0.13 0.10 0.15 0.16
C2' 0.48 1.61 0.25 0.35 1.51 0.33 2.13 0.27 2.43 1.74 2.13 1.24 2.97 2.32 1.21 0.36 0.97 0.27 0.16 0.10 0.10 0.09
C3' 0.53 1.66 0.27 0.33 1.53 0.28 2.13 0.25 2.45 1.71 2.18 1.29 2.98 2.29 1.23 0.32 0.93 0.33 0.16 0.10 0.13 0.13
C4 0.61 1.39 0.32 0.29 1.37 0.19 1.84 0.19 2.00 1.62 1.76 1.15 2.34 2.03 1.18 0.22 0.89 0.46 0.12 0.13 0.15 0.14
C4' 0.71 1.84 0.34 0.31 1.69 0.20 2.26 0.21 2.58 1.83 2.33 1.47 3.08 2.39 1.38 0.25 0.90 0.54 0.15 0.16 0.22 0.21
C5 0.77 1.60 0.41 0.25 1.61 0.12 2.12 0.10 2.27 1.93 1.99 1.34 2.62 2.36 1.42 0.16 0.92 0.61 0.08 0.17 0.15 0.12
C5' 0.74 2.03 0.29 0.43 1.84 0.29 2.47 0.31 2.85 1.95 2.58 1.61 3.42 2.58 1.48 0.37 1.07 0.57 0.27 0.31 0.35 0.34
C6 0.75 1.34 0.42 0.23 1.40 0.07 1.79 0.04 1.86 1.74 1.63 1.16 2.11 2.02 1.29 0.10 0.90 0.64 0.06 0.20 0.14 0.11
C8 0.83 2.01 0.42 0.26 1.94 0.15 2.60 0.13 2.88 2.21 2.55 1.64 3.39 2.83 1.64 0.21 0.95 0.62 0.10 0.16 0.15 0.13
N1 0.52 0.88 0.33 0.25 0.92 0.13 1.17 0.13 1.21 1.14 1.07 0.76 1.38 1.31 0.85 0.15 0.79 0.45 0.06 0.15 0.13 0.10
N2 0.26 0.40 0.22 0.31 0.40 0.23 0.50 0.27 0.54 0.46 0.48 0.35 0.62 0.55 0.36 0.24 0.67 0.25 0.16 0.11 0.17 0.20
N3 0.43 1.01 0.25 0.31 0.99 0.23 1.33 0.25 1.46 1.18 1.28 0.83 1.72 1.48 0.85 0.25 0.83 0.34 0.15 0.10 0.16 0.17
N7 0.92 2.03 0.48 0.24 2.01 0.11 2.66 0.08 2.88 2.33 2.54 1.69 3.35 2.92 1.73 0.16 0.95 0.71 0.09 0.18 0.15 0.13
N9 0.66 1.66 0.34 0.30 1.60 0.21 2.16 0.20 2.39 1.84 2.11 1.34 2.83 2.35 1.34 0.25 0.92 0.48 0.14 0.14 0.16 0.15
O2' 0.28 1.31 0.21 0.37 1.24 0.44 1.85 0.31 2.12 1.51 1.82 0.96 2.64 2.06 0.98 0.46 0.96 0.11 0.17 0.20 0.16 0.09
O3' 0.35 1.33 0.20 0.38 1.22 0.35 1.76 0.32 2.03 1.39 1.79 1.01 2.50 1.90 0.96 0.41 0.94 0.19 0.24 0.16 0.20 0.20
O4' 0.76 1.84 0.38 0.29 1.70 0.19 2.24 0.22 2.53 1.84 2.29 1.50 2.99 2.36 1.41 0.20 0.87 0.61 0.18 0.24 0.30 0.28
O5' 0.60 2.03 0.20 0.56 1.83 0.42 2.55 0.42 2.97 1.98 2.67 1.56 3.62 2.69 1.44 0.53 1.25 0.39 0.40 0.40 0.41 0.41
O6 0.93 1.46 0.52 0.18 1.58 0.09 1.97 0.13 1.99 2.00 1.75 1.30 2.21 2.23 1.51 0.05 0.93 0.82 0.11 0.24 0.16 0.15
OP1 0.53 2.14 0.10 0.60 1.86 0.49 2.62 0.50 3.12 1.96 2.82 1.60 3.83 2.72 1.41 0.57 1.25 0.28 0.47 0.46 0.50 0.50
OP2 0.62 2.33 0.13 0.57 2.07 0.48 2.92 0.44 3.45 2.22 3.10 1.76 4.24 3.05 1.60 0.52 1.28 0.37 0.38 0.34 0.34 0.34
P 0.71 2.32 0.20 0.47 2.07 0.35 2.85 0.35 3.34 2.18 3.02 1.79 4.06 2.96 1.62 0.42 1.16 0.47 0.32 0.32 0.34 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.01 0.29 0.10 0.42 0.21
C2 0.02 0.00 0.20 0.22 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.17 0.06 0.58 0.23 1.05 0.55
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.23 0.11 0.06 0.17 0.20 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.13 0.11
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.25 0.00 0.33 0.01 0.34 0.31 0.29 0.17 0.38 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.12 0.27 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.12 0.25 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.10 0.04 0.63 0.21 1.07 0.57
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.05 0.10 0.12 0.07 0.29 0.01 0.00 0.02 0.12 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.08 0.03 0.80 0.27 1.43 0.77
C5' 0.10 0.04 0.23 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.09 0.21 0.01 0.00 0.12 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.34 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.08 0.04 0.81 0.30 1.51 0.80
C8 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.21 0.12 0.04 0.82 0.23 1.33 0.74
N1 0.02 0.00 0.17 0.29 0.00 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.06 0.05 0.71 0.28 1.32 0.70
N3 0.02 0.00 0.20 0.17 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.06 0.50 0.19 0.87 0.46
N6 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.15 0.04 0.89 0.34 1.73 0.91
N7 0.01 0.01 0.03 0.36 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.27 0.17 0.02 0.91 0.30 1.61 0.88
N9 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.01 0.60 0.17 0.94 0.51
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.24 0.29 0.29 0.09 0.31 0.21 0.29 0.21 0.34 0.27 0.18 0.00 0.04 0.20 0.14 0.19 0.16 0.08
O3' 0.31 0.17 0.02 0.01 0.10 0.01 0.08 0.21 0.08 0.12 0.06 0.23 0.15 0.17 0.08 0.04 0.00 0.23 0.15 0.59 0.20 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.20 0.23 0.00 0.31 0.13 0.37 0.25
O5' 0.29 0.58 0.08 0.12 0.63 0.02 0.80 0.00 0.81 0.82 0.71 0.50 0.89 0.91 0.60 0.14 0.15 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.23 0.09 0.27 0.21 0.12 0.27 0.12 0.30 0.23 0.28 0.19 0.34 0.30 0.17 0.19 0.59 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 1.05 0.13 0.14 1.07 0.08 1.43 0.03 1.51 1.33 1.32 0.87 1.73 1.61 0.94 0.16 0.20 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.55 0.11 0.08 0.57 0.02 0.77 0.01 0.80 0.74 0.70 0.46 0.91 0.88 0.51 0.08 0.24 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00