ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.020, 0.068, 0.117, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.068 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.037, 0.174, 0.310, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.174 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.033, 0.177, 0.321, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.144
C2' A 0, 0.051, 0.206, 0.362, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.206 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.098, 0.361, 0.625, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.361 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.102, 0.374, 0.645, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.374 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.114, 0.412, 0.710, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.412 std_dev=0.298
O3' A 0, 0.141, 0.517, 0.893, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.517 std_dev=0.376
P B 0, 0.126, 0.513, 0.900, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.513 std_dev=0.387
OP2 B 0, 0.168, 0.574, 0.979, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.574 std_dev=0.406
C5' A 0, 0.176, 0.653, 1.129, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.653 std_dev=0.476
O5' B 0, 0.110, 0.617, 1.123, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.617 std_dev=0.506
C3' B 0, 0.047, 0.577, 1.107, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.577 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.288, 0.984, 1.679, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.984 std_dev=0.696
C2' B 0, 0.357, 1.241, 2.124, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.241 std_dev=0.884
P A 0, 0.382, 1.306, 2.230, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.306 std_dev=0.924
O2' B 0, 0.268, 1.202, 2.137, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.202 std_dev=0.935
C5' B 0, 0.363, 1.328, 2.293, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.328 std_dev=0.965
O3' B 0, 0.397, 1.382, 2.367, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.382 std_dev=0.985
OP2 A 0, 0.416, 1.421, 2.426, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.421 std_dev=1.005
C4' B 0, 0.403, 1.523, 2.643, 2.660 max_d=2.660 avg_d=1.523 std_dev=1.120
OP1 A 0, 0.467, 1.623, 2.778, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.623 std_dev=1.155
O4' B 0, 0.680, 2.423, 4.166, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.423 std_dev=1.743
C1' B 0, 0.593, 2.335, 4.078, 4.185 max_d=4.185 avg_d=2.335 std_dev=1.743
N9 B 0, 1.065, 3.703, 6.341, 5.946 max_d=5.946 avg_d=3.703 std_dev=2.638
C8 B 0, 1.281, 4.378, 7.476, 6.687 max_d=6.687 avg_d=4.378 std_dev=3.097
N3 B 0, 1.308, 4.679, 8.051, 7.812 max_d=7.812 avg_d=4.679 std_dev=3.372
C4 B 0, 1.374, 4.793, 8.213, 7.744 max_d=7.744 avg_d=4.793 std_dev=3.419
N7 B 0, 1.722, 5.887, 10.052, 8.995 max_d=8.995 avg_d=5.887 std_dev=4.165
C2 B 0, 1.692, 6.002, 10.312, 9.924 max_d=9.924 avg_d=6.002 std_dev=4.310
C5 B 0, 1.785, 6.145, 10.505, 9.661 max_d=9.661 avg_d=6.145 std_dev=4.360
N1 B 0, 2.116, 7.392, 12.668, 11.968 max_d=11.968 avg_d=7.392 std_dev=5.276
C6 B 0, 2.178, 7.523, 12.868, 11.924 max_d=11.924 avg_d=7.523 std_dev=5.345
N6 B 0, 2.608, 8.970, 15.332, 14.063 max_d=14.063 avg_d=8.970 std_dev=6.362

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.03 0.02 0.47 0.22
C2 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.46 0.00 0.16 0.26 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.27 0.06 0.32 0.24 0.01
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.34 0.06 0.53 0.13 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.48 0.02 0.15 0.28 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.19 0.46 0.16
C5 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.62 0.02 0.23 0.20 0.21
C5' 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.33 0.46 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.65 0.00 0.26 0.21 0.25
C8 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.59 0.03 0.19 0.27 0.15
N1 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.57 0.00 0.22 0.22 0.18
N2 0.05 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.12 0.04 0.41 0.01 0.13 0.28 0.15
N3 0.04 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.39 0.01 0.11 0.31 0.14
N7 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.68 0.03 0.27 0.18 0.27
N9 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.43 0.02 0.11 0.35 0.10
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.04 0.08 0.08 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.09 0.24 0.31 0.10
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.23 0.08 0.70 0.00 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.14 0.67 0.40
O5' 0.19 0.46 0.27 0.34 0.48 0.02 0.62 0.01 0.65 0.59 0.57 0.41 0.39 0.68 0.43 0.09 0.23 0.05 0.00 0.71 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.08 0.03 0.71 0.00 0.32 0.24 0.33
OP1 0.02 0.16 0.32 0.53 0.15 0.19 0.23 0.33 0.26 0.19 0.22 0.13 0.11 0.27 0.11 0.24 0.70 0.14 0.02 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.26 0.24 0.13 0.28 0.46 0.20 0.46 0.21 0.27 0.22 0.28 0.31 0.18 0.35 0.31 0.00 0.67 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.14 0.01 0.18 0.12 0.16 0.21 0.02 0.25 0.15 0.18 0.15 0.14 0.27 0.10 0.10 0.27 0.40 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 1.90 0.19 0.23 1.62 0.12 2.05 0.34 2.39 1.51 2.27 1.56 2.80 2.03 1.26 0.22 0.57 0.64 0.26 0.07 0.12 0.15
C2 0.51 1.37 0.04 0.34 1.22 0.15 1.55 0.32 1.74 1.19 1.62 1.14 1.96 1.59 0.95 0.14 0.71 0.47 0.33 0.15 0.13 0.26
C2' 0.90 1.92 0.28 0.21 1.68 0.26 2.09 0.43 2.40 1.60 2.27 1.61 2.77 2.08 1.36 0.31 0.49 0.78 0.24 0.01 0.17 0.09
C3' 0.91 1.90 0.28 0.25 1.66 0.31 2.06 0.49 2.37 1.59 2.25 1.60 2.74 2.05 1.36 0.30 0.53 0.80 0.30 0.10 0.11 0.17
C4 0.60 1.55 0.05 0.32 1.34 0.13 1.71 0.33 1.97 1.29 1.85 1.27 2.27 1.73 1.05 0.12 0.70 0.53 0.31 0.13 0.11 0.24
C4' 0.84 1.97 0.24 0.21 1.68 0.17 2.11 0.40 2.47 1.56 2.36 1.62 2.89 2.07 1.32 0.28 0.54 0.70 0.27 0.08 0.08 0.16
C5 0.53 1.36 0.06 0.35 1.18 0.13 1.50 0.30 1.72 1.13 1.62 1.12 1.99 1.52 0.92 0.13 0.78 0.49 0.30 0.15 0.15 0.28
C5' 0.83 1.94 0.22 0.25 1.65 0.20 2.07 0.41 2.42 1.55 2.32 1.59 2.84 2.04 1.31 0.24 0.60 0.71 0.30 0.15 0.00 0.22
C6 0.44 1.16 0.12 0.38 1.01 0.14 1.28 0.26 1.46 0.97 1.38 0.96 1.68 1.30 0.78 0.19 0.83 0.43 0.31 0.18 0.21 0.33
C8 0.62 1.57 0.06 0.32 1.34 0.12 1.71 0.33 1.98 1.26 1.88 1.29 2.32 1.70 1.04 0.12 0.74 0.54 0.30 0.13 0.12 0.25
N1 0.42 1.16 0.11 0.38 1.01 0.15 1.29 0.27 1.45 0.98 1.37 0.96 1.64 1.31 0.79 0.20 0.81 0.42 0.33 0.18 0.18 0.32
N2 0.50 1.35 0.03 0.34 1.22 0.16 1.54 0.32 1.69 1.21 1.58 1.14 1.87 1.58 0.96 0.15 0.66 0.45 0.34 0.15 0.17 0.23
N3 0.61 1.59 0.05 0.31 1.39 0.14 1.78 0.35 2.02 1.34 1.89 1.31 2.32 1.81 1.09 0.13 0.66 0.53 0.32 0.14 0.13 0.23
N7 0.55 1.40 0.06 0.35 1.20 0.12 1.52 0.30 1.76 1.14 1.67 1.14 2.05 1.53 0.93 0.13 0.79 0.50 0.30 0.15 0.16 0.28
N9 0.67 1.68 0.09 0.29 1.44 0.12 1.84 0.34 2.13 1.36 2.01 1.38 2.48 1.84 1.13 0.14 0.67 0.57 0.29 0.11 0.10 0.22
O2' 0.98 2.09 0.40 0.08 1.81 0.22 2.24 0.34 2.59 1.68 2.46 1.75 3.00 2.20 1.45 0.48 0.33 0.82 0.13 0.12 0.30 0.05
O3' 0.97 1.93 0.33 0.26 1.70 0.38 2.08 0.58 2.38 1.62 2.27 1.63 2.74 2.06 1.40 0.37 0.49 0.87 0.33 0.13 0.15 0.18
O4' 0.75 1.93 0.17 0.24 1.62 0.09 2.06 0.34 2.44 1.49 2.33 1.57 2.87 2.02 1.25 0.22 0.59 0.61 0.27 0.09 0.11 0.18
O5' 0.49 1.73 0.23 0.69 1.37 0.62 1.81 0.94 2.21 1.23 2.14 1.33 2.65 1.74 0.99 0.27 1.07 0.42 0.92 0.88 0.66 0.89
O6 0.38 1.01 0.16 0.40 0.87 0.13 1.11 0.22 1.27 0.83 1.20 0.84 1.45 1.11 0.67 0.24 0.88 0.41 0.28 0.20 0.29 0.35
OP1 0.60 1.84 0.09 0.46 1.47 0.46 1.89 0.72 2.29 1.31 2.24 1.45 2.72 1.81 1.09 0.11 0.81 0.51 0.71 0.72 0.40 0.71
OP2 0.79 1.93 0.24 0.38 1.60 0.38 1.99 0.55 2.35 1.44 2.28 1.57 2.73 1.92 1.25 0.13 0.75 0.66 0.58 0.62 0.31 0.60
P 0.72 1.98 0.17 0.36 1.60 0.35 2.02 0.58 2.43 1.42 2.37 1.59 2.85 1.93 1.22 0.05 0.74 0.58 0.61 0.63 0.33 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.33 0.50 0.68 0.56
C2 0.03 0.00 0.39 0.45 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.59 0.09 0.40 0.66 1.01 0.66
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.19 0.00 0.06 0.11 0.14 0.21 0.29 0.41 0.08 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.36 0.42 0.27 0.38
C3' 0.01 0.45 0.00 0.00 0.22 0.00 0.19 0.02 0.23 0.37 0.35 0.43 0.21 0.31 0.13 0.02 0.00 0.01 0.21 0.18 0.09 0.13
C4 0.02 0.00 0.19 0.22 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.26 0.25 0.05 0.38 0.67 0.95 0.65
C4' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.21 0.12 0.15 0.08 0.18 0.07 0.18 0.03 0.00 0.01 0.07 0.23 0.16
C5 0.02 0.00 0.06 0.19 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.29 0.06 0.03 0.37 0.75 1.04 0.65
C5' 0.03 0.18 0.11 0.02 0.10 0.00 0.15 0.00 0.15 0.25 0.16 0.15 0.18 0.25 0.09 0.06 0.11 0.00 0.00 0.02 0.22 0.01
C6 0.04 0.00 0.14 0.23 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.19 0.05 0.38 0.77 1.08 0.66
C8 0.00 0.01 0.21 0.37 0.00 0.21 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.25 0.35 0.05 0.35 0.75 0.92 0.63
N1 0.04 0.00 0.29 0.35 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.43 0.08 0.40 0.73 1.07 0.67
N3 0.03 0.00 0.41 0.43 0.00 0.15 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.35 0.56 0.09 0.39 0.62 0.94 0.64
N6 0.04 0.00 0.08 0.21 0.02 0.08 0.02 0.18 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.35 0.08 0.04 0.38 0.82 1.11 0.65
N7 0.01 0.00 0.14 0.31 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.29 0.26 0.02 0.34 0.79 1.02 0.63
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.37 0.65 0.86 0.63
O2' 0.01 0.38 0.00 0.02 0.26 0.18 0.29 0.06 0.33 0.25 0.37 0.35 0.35 0.29 0.16 0.00 0.01 0.14 0.17 0.21 0.10 0.21
O3' 0.21 0.59 0.02 0.00 0.25 0.03 0.06 0.11 0.19 0.35 0.43 0.56 0.08 0.26 0.09 0.01 0.00 0.13 0.43 0.52 0.62 0.48
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.14 0.13 0.00 0.35 0.52 0.79 0.65
O5' 0.33 0.40 0.36 0.21 0.38 0.01 0.37 0.00 0.38 0.35 0.40 0.39 0.38 0.34 0.37 0.17 0.43 0.35 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.50 0.66 0.42 0.18 0.67 0.07 0.75 0.02 0.77 0.75 0.73 0.62 0.82 0.79 0.65 0.21 0.52 0.52 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.68 1.01 0.27 0.09 0.95 0.23 1.04 0.22 1.08 0.92 1.07 0.94 1.11 1.02 0.86 0.10 0.62 0.79 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.56 0.66 0.38 0.13 0.65 0.16 0.65 0.01 0.66 0.63 0.67 0.64 0.65 0.63 0.63 0.21 0.48 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00