ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.014, 0.048, 0.083, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.048 std_dev=0.034
P B 0, 0.103, 0.354, 0.605, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.354 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.065, 0.420, 0.774, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.420 std_dev=0.355
O3' A 0, -0.017, 0.414, 0.846, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.414 std_dev=0.431
O4' A 0, 0.065, 0.517, 0.970, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.517 std_dev=0.452
C2' A 0, 0.004, 0.460, 0.917, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.460 std_dev=0.457
C4' A 0, 0.111, 0.609, 1.107, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.609 std_dev=0.498
OP2 B 0, 0.212, 0.742, 1.272, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.742 std_dev=0.530
C5' A 0, 0.154, 0.921, 1.688, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.921 std_dev=0.767
O2' A 0, -0.027, 0.779, 1.585, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.779 std_dev=0.806
OP1 B 0, 0.349, 1.196, 2.043, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.196 std_dev=0.847
O5' A 0, 0.106, 0.981, 1.856, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.981 std_dev=0.875
O5' B 0, 0.188, 1.197, 2.206, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.197 std_dev=1.009
OP1 A 0, 0.173, 1.354, 2.535, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.354 std_dev=1.181
P A 0, 0.203, 1.411, 2.619, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.411 std_dev=1.208
OP2 A 0, 0.269, 1.722, 3.175, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.722 std_dev=1.453
C5' B 0, 0.157, 1.953, 3.748, 4.335 max_d=4.335 avg_d=1.953 std_dev=1.795
C4' B 0, 0.466, 3.033, 5.601, 6.278 max_d=6.278 avg_d=3.033 std_dev=2.568
C3' B 0, 0.378, 3.281, 6.185, 7.059 max_d=7.059 avg_d=3.281 std_dev=2.903
O3' B 0, 0.420, 3.501, 6.583, 7.498 max_d=7.498 avg_d=3.501 std_dev=3.081
O4' B 0, 0.716, 3.920, 7.123, 7.847 max_d=7.847 avg_d=3.920 std_dev=3.204
C8 B 0, 1.152, 4.849, 8.547, 8.968 max_d=8.968 avg_d=4.849 std_dev=3.697
C2' B 0, 1.036, 4.775, 8.514, 9.131 max_d=9.131 avg_d=4.775 std_dev=3.739
N7 B 0, 1.280, 5.035, 8.789, 9.012 max_d=9.012 avg_d=5.035 std_dev=3.754
N9 B 0, 1.105, 4.947, 8.788, 9.365 max_d=9.365 avg_d=4.947 std_dev=3.842
C1' B 0, 1.012, 4.873, 8.734, 9.442 max_d=9.442 avg_d=4.873 std_dev=3.861
C5 B 0, 1.336, 5.275, 9.215, 9.465 max_d=9.465 avg_d=5.275 std_dev=3.939
C4 B 0, 1.236, 5.239, 9.242, 9.716 max_d=9.716 avg_d=5.239 std_dev=4.003
C6 B 0, 1.494, 5.602, 9.710, 9.735 max_d=9.735 avg_d=5.602 std_dev=4.108
N6 B 0, 1.589, 5.704, 9.819, 9.556 max_d=9.556 avg_d=5.704 std_dev=4.115
N3 B 0, 1.310, 5.522, 9.733, 10.217 max_d=10.217 avg_d=5.522 std_dev=4.212
N1 B 0, 1.564, 5.878, 10.192, 10.233 max_d=10.233 avg_d=5.878 std_dev=4.314
C2 B 0, 1.478, 5.824, 10.170, 10.437 max_d=10.437 avg_d=5.824 std_dev=4.346
O2' B 0, 1.501, 6.175, 10.849, 11.305 max_d=11.305 avg_d=6.175 std_dev=4.674

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.27 0.01 0.13 0.02 0.26 0.38 0.12
C2 0.04 0.00 0.20 0.08 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.30 0.15 0.18 0.00 0.46 0.73 0.21
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.16 0.07 0.14 0.15 0.24 0.19 0.09 0.03 0.01 0.09 0.03 0.23 0.04 0.13 0.54 0.24
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.11 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.27 0.07 0.18 0.01 0.46 0.74 0.20
C4' 0.02 0.10 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.12 0.10 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.23 0.04 0.18 0.01 0.59 0.89 0.21
C5' 0.04 0.13 0.16 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.11 0.16 0.13 0.05 0.06 0.12 0.13 0.01 0.01 0.06 0.16 0.36 0.04
C6 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.24 0.06 0.17 0.00 0.62 0.93 0.21
C8 0.02 0.02 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.26 0.18 0.15 0.18 0.01 0.57 0.85 0.19
N1 0.03 0.00 0.15 0.07 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.27 0.11 0.17 0.00 0.55 0.85 0.21
N2 0.03 0.00 0.24 0.08 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.40 0.32 0.20 0.18 0.01 0.41 0.68 0.21
N3 0.04 0.01 0.19 0.07 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.29 0.30 0.16 0.18 0.00 0.40 0.65 0.20
N7 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.19 0.11 0.18 0.01 0.66 0.97 0.21
N9 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.24 0.04 0.17 0.01 0.42 0.66 0.18
O2' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.12 0.03 0.26 0.17 0.40 0.29 0.22 0.08 0.00 0.09 0.02 0.24 0.05 0.19 0.66 0.30
O3' 0.27 0.30 0.09 0.01 0.27 0.02 0.23 0.13 0.24 0.18 0.27 0.32 0.30 0.19 0.24 0.09 0.00 0.20 0.17 0.23 0.06 0.33 0.21
O4' 0.01 0.15 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.15 0.11 0.20 0.16 0.11 0.04 0.02 0.20 0.00 0.03 0.04 0.33 0.09 0.06
O5' 0.13 0.18 0.23 0.06 0.18 0.03 0.18 0.01 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.24 0.17 0.03 0.00 0.17 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.04 0.17 0.00 0.68 1.01 0.21
OP1 0.26 0.46 0.13 0.11 0.46 0.04 0.59 0.16 0.62 0.57 0.55 0.41 0.40 0.66 0.42 0.19 0.06 0.33 0.02 0.68 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.73 0.54 0.04 0.74 0.19 0.89 0.36 0.93 0.85 0.85 0.68 0.65 0.97 0.66 0.66 0.33 0.09 0.01 1.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.21 0.24 0.05 0.20 0.06 0.21 0.04 0.21 0.19 0.21 0.21 0.20 0.21 0.18 0.30 0.21 0.06 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.99 1.76 0.97 0.60 1.39 0.68 1.45 0.76 1.73 0.94 1.85 1.55 1.83 1.14 1.10 1.22 0.59 0.80 0.24 0.50 0.14 0.26
C2 0.85 1.40 0.90 0.57 1.19 0.62 1.21 0.72 1.33 0.84 1.42 1.29 1.27 0.99 0.97 1.03 0.55 0.68 0.26 0.45 0.17 0.25
C2' 1.00 1.75 0.94 0.51 1.38 0.64 1.44 0.76 1.73 0.97 1.86 1.54 1.86 1.16 1.11 1.24 0.54 0.80 0.28 0.51 0.34 0.42
C3' 1.02 1.74 0.99 0.56 1.39 0.67 1.44 0.75 1.72 1.00 1.84 1.54 1.83 1.18 1.13 1.30 0.55 0.82 0.25 0.51 0.23 0.33
C4 0.88 1.61 0.86 0.56 1.27 0.61 1.29 0.69 1.53 0.79 1.66 1.43 1.51 0.96 0.98 1.04 0.58 0.73 0.20 0.46 0.15 0.24
C4' 0.97 1.77 0.98 0.64 1.36 0.70 1.41 0.78 1.71 0.92 1.86 1.55 1.81 1.11 1.08 1.23 0.62 0.79 0.26 0.56 0.11 0.27
C5 0.78 1.52 0.72 0.51 1.12 0.53 1.07 0.59 1.31 0.63 1.52 1.34 1.18 0.70 0.84 0.87 0.59 0.73 0.13 0.43 0.14 0.19
C5' 0.86 1.67 0.86 0.55 1.23 0.60 1.24 0.68 1.55 0.75 1.75 1.44 1.62 0.91 0.94 1.09 0.57 0.72 0.17 0.55 0.06 0.22
C6 0.70 1.32 0.64 0.49 0.97 0.48 0.85 0.52 1.01 0.57 1.25 1.19 0.83 0.55 0.73 0.74 0.59 0.71 0.09 0.39 0.15 0.16
C8 0.82 1.66 0.75 0.51 1.18 0.56 1.14 0.62 1.47 0.67 1.72 1.43 1.45 0.76 0.88 0.95 0.59 0.75 0.13 0.44 0.14 0.20
N1 0.73 1.27 0.75 0.54 1.02 0.53 0.96 0.61 1.08 0.62 1.24 1.18 0.95 0.67 0.80 0.84 0.58 0.64 0.18 0.42 0.14 0.19
N2 0.89 1.33 0.96 0.60 1.17 0.69 1.20 0.78 1.29 0.93 1.34 1.24 1.25 1.06 1.01 1.09 0.53 0.71 0.35 0.47 0.22 0.30
N3 0.92 1.55 0.94 0.58 1.29 0.65 1.35 0.75 1.53 0.92 1.60 1.41 1.53 1.12 1.05 1.12 0.55 0.73 0.26 0.46 0.17 0.26
N7 0.76 1.56 0.65 0.48 1.07 0.51 0.98 0.55 1.27 0.61 1.57 1.34 1.14 0.63 0.79 0.82 0.59 0.75 0.09 0.42 0.15 0.17
N9 0.90 1.69 0.87 0.56 1.30 0.62 1.32 0.70 1.62 0.80 1.77 1.49 1.67 0.97 1.00 1.09 0.59 0.75 0.19 0.47 0.15 0.24
O2' 1.10 1.83 1.02 0.48 1.50 0.63 1.59 0.74 1.88 1.12 1.95 1.63 2.04 1.34 1.23 1.37 0.50 0.84 0.28 0.53 0.40 0.50
O3' 1.18 1.80 1.18 0.59 1.52 0.62 1.61 0.49 1.84 1.23 1.91 1.63 1.96 1.41 1.30 1.51 0.58 0.92 0.27 0.59 0.15 0.19
O4' 0.96 1.81 0.99 0.68 1.39 0.71 1.44 0.77 1.75 0.90 1.91 1.58 1.85 1.11 1.08 1.19 0.65 0.78 0.24 0.59 0.06 0.25
O5' 0.85 1.59 0.76 0.41 1.16 0.50 1.14 0.50 1.42 0.76 1.65 1.37 1.46 0.85 0.91 1.01 0.48 0.77 0.12 0.51 0.04 0.17
O6 0.62 1.11 0.46 0.44 0.73 0.41 0.53 0.40 0.64 0.69 0.97 1.01 0.40 0.59 0.59 0.52 0.60 0.78 0.01 0.33 0.19 0.12
OP1 0.91 1.81 1.09 1.12 1.27 1.00 1.21 1.21 1.54 0.67 1.85 1.56 1.55 0.80 0.95 1.19 1.17 0.78 0.71 0.76 0.71 0.71
OP2 1.45 1.81 1.18 0.80 1.54 0.98 1.49 0.57 1.59 1.42 1.79 1.68 1.52 1.41 1.46 1.38 0.84 1.46 0.87 0.91 0.75 0.75
P 0.80 1.46 0.65 0.33 1.03 0.46 0.98 0.43 1.22 0.72 1.49 1.25 1.20 0.75 0.83 0.88 0.44 0.80 0.15 0.52 0.11 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.27 0.54 0.54 0.39
C2 0.01 0.00 0.35 0.35 0.00 0.21 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.19 0.28 0.23 0.69 0.79 0.54
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.13 0.16 0.21 0.27 0.35 0.11 0.12 0.03 0.01 0.02 0.02 0.34 0.59 0.51 0.45
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.24 0.00 0.25 0.03 0.31 0.15 0.35 0.30 0.31 0.19 0.13 0.02 0.00 0.03 0.12 0.07 0.28 0.14
C4 0.01 0.00 0.17 0.24 0.00 0.16 0.01 0.44 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.16 0.12 0.67 0.59 0.42
C4' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.16 0.00 0.20 0.02 0.22 0.21 0.21 0.19 0.24 0.23 0.13 0.15 0.05 0.00 0.07 0.03 0.35 0.12
C5 0.01 0.00 0.08 0.25 0.01 0.20 0.00 0.54 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.06 0.10 0.07 0.72 0.44 0.35
C5' 0.15 0.50 0.13 0.03 0.44 0.02 0.54 0.00 0.59 0.45 0.56 0.43 0.63 0.54 0.35 0.03 0.11 0.06 0.02 0.25 0.29 0.04
C6 0.01 0.00 0.16 0.31 0.00 0.22 0.00 0.59 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.14 0.06 0.72 0.52 0.40
C8 0.01 0.00 0.21 0.15 0.00 0.21 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.10 0.16 0.35 0.75 0.42 0.36
N1 0.01 0.00 0.27 0.35 0.01 0.21 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.22 0.17 0.72 0.70 0.50
N3 0.01 0.00 0.35 0.30 0.01 0.19 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.17 0.28 0.21 0.65 0.76 0.51
N6 0.01 0.00 0.11 0.31 0.01 0.24 0.01 0.63 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.13 0.10 0.04 0.72 0.39 0.34
N7 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.23 0.00 0.54 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.36 0.08 0.10 0.24 0.75 0.31 0.28
N9 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.05 0.06 0.21 0.66 0.50 0.38
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.05 0.15 0.16 0.03 0.09 0.40 0.14 0.27 0.16 0.36 0.15 0.00 0.08 0.14 0.27 0.52 0.48 0.38
O3' 0.17 0.19 0.02 0.00 0.08 0.05 0.06 0.11 0.12 0.10 0.16 0.17 0.13 0.08 0.05 0.08 0.00 0.12 0.32 0.30 0.37 0.29
O4' 0.02 0.28 0.02 0.03 0.16 0.00 0.10 0.06 0.14 0.16 0.22 0.28 0.10 0.10 0.06 0.14 0.12 0.00 0.29 0.39 0.61 0.36
O5' 0.27 0.23 0.34 0.12 0.12 0.07 0.07 0.02 0.06 0.35 0.17 0.21 0.04 0.24 0.21 0.27 0.32 0.29 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.54 0.69 0.59 0.07 0.67 0.03 0.72 0.25 0.72 0.75 0.72 0.65 0.72 0.75 0.66 0.52 0.30 0.39 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.54 0.79 0.51 0.28 0.59 0.35 0.44 0.29 0.52 0.42 0.70 0.76 0.39 0.31 0.50 0.48 0.37 0.61 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.39 0.54 0.45 0.14 0.42 0.12 0.35 0.04 0.40 0.36 0.50 0.51 0.34 0.28 0.38 0.38 0.29 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00