ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51466

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C2' A 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
P B 0, 0.000, 0.430, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.430 std_dev=0.430
O2' A 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
OP1 B 0, 0.000, 0.519, 1.037, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C4' A 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C3' A 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
OP2 B 0, 0.000, 0.722, 1.444, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.722 std_dev=0.722
O5' A 0, 0.000, 0.747, 1.494, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.747 std_dev=0.747
OP2 A 0, 0.000, 0.868, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.868 std_dev=0.868
P A 0, 0.000, 0.909, 1.819, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.909 std_dev=0.909
C5' A 0, 0.000, 0.920, 1.840, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.920 std_dev=0.920
O3' A 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
OP1 A 0, 0.000, 1.061, 2.122, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.061 std_dev=1.061
O5' B 0, 0.000, 1.747, 3.494, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.747 std_dev=1.747
C5' B 0, 0.000, 2.483, 4.965, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.483 std_dev=2.483
O3' B 0, 0.000, 2.789, 5.579, 5.579 max_d=5.579 avg_d=2.789 std_dev=2.789
C3' B 0, 0.000, 3.122, 6.245, 6.245 max_d=6.245 avg_d=3.122 std_dev=3.122
C4' B 0, 0.000, 3.385, 6.769, 6.769 max_d=6.769 avg_d=3.385 std_dev=3.385
C2' B 0, 0.000, 4.220, 8.439, 8.439 max_d=8.439 avg_d=4.220 std_dev=4.219
O4' B 0, 0.000, 4.248, 8.496, 8.496 max_d=8.496 avg_d=4.248 std_dev=4.248
C1' B 0, 0.000, 4.793, 9.587, 9.587 max_d=9.587 avg_d=4.793 std_dev=4.793
O2' B 0, 0.000, 4.876, 9.753, 9.753 max_d=9.753 avg_d=4.876 std_dev=4.876
N9 B 0, 0.000, 4.962, 9.924, 9.924 max_d=9.924 avg_d=4.962 std_dev=4.962
N3 B 0, 0.000, 5.145, 10.289, 10.289 max_d=10.289 avg_d=5.145 std_dev=5.145
C4 B 0, 0.000, 5.166, 10.333, 10.333 max_d=10.333 avg_d=5.166 std_dev=5.166
C8 B 0, 0.000, 5.311, 10.623, 10.623 max_d=10.623 avg_d=5.311 std_dev=5.311
N7 B 0, 0.000, 5.679, 11.357, 11.357 max_d=11.357 avg_d=5.679 std_dev=5.679
C5 B 0, 0.000, 5.697, 11.395, 11.395 max_d=11.395 avg_d=5.697 std_dev=5.697
C2 B 0, 0.000, 5.843, 11.686, 11.686 max_d=11.686 avg_d=5.843 std_dev=5.843
C6 B 0, 0.000, 6.394, 12.787, 12.787 max_d=12.787 avg_d=6.394 std_dev=6.394
N1 B 0, 0.000, 6.515, 13.029, 13.029 max_d=13.029 avg_d=6.515 std_dev=6.515
N6 B 0, 0.000, 7.108, 14.217, 14.217 max_d=14.217 avg_d=7.108 std_dev=7.108

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.22 0.20 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.28 0.04 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.08 0.17 0.26 0.21 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.08 0.03 0.04
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.11 0.16 0.25 0.19 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08
C4 0.02 0.01 0.11 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.09 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C8 0.00 0.01 0.08 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00
N1 0.03 0.00 0.17 0.16 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.22 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05
N2 0.04 0.00 0.26 0.25 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.35 0.04 0.08 0.01 0.10 0.08 0.08
N3 0.03 0.00 0.21 0.19 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.24 0.04 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03
O2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.05 0.17 0.26 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.09 0.03 0.04
O3' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.12 0.12 0.22 0.35 0.24 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.20 0.12 0.15
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.09 0.10
O5' 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.11 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.07 0.08 0.11 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.10 0.06 0.04 0.00 0.09 0.20 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.06 0.01 0.03 0.03 0.12 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.06 0.01 0.03 0.04 0.15 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.02 3.93 1.48 1.00 3.07 1.13 3.24 0.86 3.87 2.18 4.20 3.40 4.01 2.64 2.42 1.33 0.41 1.83 0.68 0.19 0.06 0.12
C2 1.40 3.40 0.95 0.66 2.31 0.89 2.12 0.77 2.62 1.09 3.25 2.93 2.37 1.35 1.61 0.86 0.19 1.41 0.58 0.14 0.15 0.07
C2' 2.12 3.92 1.57 1.10 3.08 1.25 3.16 0.96 3.72 2.17 4.09 3.45 3.78 2.57 2.46 1.47 0.53 1.94 0.86 0.43 0.25 0.33
C3' 1.97 3.93 1.42 0.95 3.01 1.10 3.15 0.84 3.77 2.10 4.15 3.39 3.91 2.55 2.36 1.28 0.36 1.79 0.80 0.43 0.30 0.34
C4 1.55 3.80 1.06 0.70 2.67 0.84 2.72 0.67 3.41 1.55 3.97 3.17 3.39 1.98 1.92 0.88 0.15 1.44 0.52 0.12 0.11 0.05
C4' 2.00 3.92 1.42 0.93 3.07 1.07 3.28 0.80 3.92 2.25 4.22 3.37 4.15 2.74 2.43 1.26 0.30 1.79 0.69 0.25 0.07 0.18
C5 1.17 3.68 0.72 0.43 2.39 0.52 2.45 0.43 3.22 1.20 3.87 2.95 3.23 1.68 1.57 0.48 0.11 1.06 0.33 0.05 0.12 0.00
C5' 1.78 3.85 1.20 0.73 2.93 0.85 3.19 0.63 3.89 2.11 4.20 3.25 4.19 2.65 2.26 0.98 0.08 1.57 0.56 0.16 0.02 0.11
C6 0.81 3.36 0.42 0.20 1.99 0.29 1.97 0.27 2.69 0.74 3.42 2.65 2.63 1.17 1.17 0.19 0.30 0.75 0.20 0.01 0.14 0.04
C8 1.46 3.88 0.97 0.60 2.72 0.66 2.91 0.51 3.71 1.66 4.22 3.17 3.91 2.21 1.93 0.72 0.02 1.28 0.41 0.08 0.09 0.02
N1 0.93 3.25 0.54 0.32 1.95 0.49 1.81 0.46 2.40 0.67 3.12 2.65 2.22 1.01 1.18 0.39 0.13 0.94 0.34 0.04 0.16 0.00
N2 1.49 2.98 1.05 0.77 2.11 1.11 1.77 0.97 2.09 0.92 2.67 2.75 1.74 1.04 1.54 1.05 0.36 1.59 0.75 0.20 0.18 0.13
N3 1.70 3.65 1.20 0.83 2.67 1.04 2.61 0.84 3.15 1.55 3.68 3.17 2.98 1.88 1.99 1.10 0.31 1.64 0.65 0.16 0.13 0.09
N7 1.15 3.73 0.70 0.40 2.46 0.44 2.61 0.35 3.43 1.32 4.03 2.97 3.58 1.86 1.63 0.42 0.17 1.00 0.28 0.03 0.10 0.02
N9 1.71 3.91 1.20 0.79 2.86 0.90 3.01 0.70 3.73 1.84 4.19 3.28 3.85 2.32 2.13 1.00 0.21 1.54 0.55 0.13 0.09 0.06
O2' 2.40 3.88 1.84 1.30 3.21 1.48 3.28 1.12 3.72 2.44 4.01 3.51 3.75 2.77 2.69 1.80 0.75 2.20 0.98 0.45 0.25 0.37
O3' 2.07 3.92 1.52 1.03 3.04 1.19 3.14 0.92 3.72 2.15 4.10 3.42 3.83 2.56 2.42 1.40 0.45 1.89 0.91 0.56 0.50 0.47
O4' 1.97 3.89 1.40 0.92 3.05 1.04 3.29 0.78 3.95 2.24 4.23 3.34 4.21 2.75 2.41 1.23 0.29 1.75 0.60 0.11 0.13 0.05
O5' 1.59 3.87 1.04 0.62 2.83 0.71 3.08 0.54 3.84 1.90 4.23 3.20 4.13 2.47 2.09 0.78 0.02 1.39 0.50 0.20 0.09 0.14
O6 0.40 3.05 0.05 0.11 1.64 0.07 1.65 0.01 2.39 0.38 3.12 2.31 2.38 0.86 0.79 0.23 0.58 0.35 0.01 0.10 0.14 0.11
OP1 1.45 3.83 0.90 0.50 2.75 0.56 3.03 0.42 3.81 1.82 4.21 3.13 4.15 2.42 1.99 0.61 0.15 1.24 0.44 0.21 0.16 0.14
OP2 1.14 3.71 0.63 0.29 2.52 0.33 2.79 0.26 3.64 1.51 4.10 2.94 3.96 2.13 1.70 0.27 0.34 0.96 0.30 0.14 0.09 0.08
P 1.41 3.83 0.87 0.48 2.73 0.54 3.02 0.42 3.82 1.79 4.22 3.11 4.16 2.40 1.96 0.56 0.17 1.21 0.41 0.17 0.09 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.09 0.39 0.21
C2 0.00 0.00 0.06 0.57 0.00 0.78 0.01 1.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.28 0.56 0.55 0.80 1.53 0.35 0.96
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.35 0.52 0.31
C3' 0.00 0.57 0.00 0.00 0.26 0.00 0.09 0.01 0.22 0.26 0.42 0.56 0.12 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.46 0.55 0.36
C4 0.00 0.00 0.04 0.26 0.00 0.35 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.23 0.28 0.03 0.47 0.45 0.04
C4' 0.00 0.78 0.01 0.00 0.35 0.00 0.13 0.00 0.30 0.38 0.58 0.76 0.17 0.23 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.10 0.38 0.13 1.01 0.42
C5' 0.00 1.26 0.01 0.01 0.51 0.00 0.20 0.00 0.49 0.58 0.96 1.17 0.28 0.38 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.30 0.01 0.49 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.21 0.22 0.10 0.54 0.77 0.10
C8 0.00 0.01 0.02 0.26 0.01 0.38 0.01 0.58 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.12 0.23 0.29 1.13 0.78 1.61 1.21
N1 0.01 0.00 0.06 0.42 0.01 0.58 0.00 0.96 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.42 0.41 0.43 1.20 0.12 0.55
N3 0.00 0.00 0.06 0.56 0.01 0.76 0.01 1.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.51 0.56 0.73 1.24 0.29 0.81
N6 0.03 0.02 0.05 0.12 0.01 0.17 0.02 0.28 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.10 0.12 0.12 0.35 0.29 1.14 0.41
N7 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.15 0.16 1.00 0.60 1.71 1.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.13 0.81 0.46
O2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.13 0.03 0.07 0.03 0.13 0.12 0.22 0.27 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.17 0.09
O3' 0.00 0.56 0.00 0.00 0.23 0.01 0.09 0.02 0.21 0.23 0.42 0.51 0.12 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.63 0.46 0.31
O4' 0.00 0.55 0.00 0.01 0.28 0.00 0.10 0.00 0.22 0.29 0.41 0.56 0.12 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.07 0.01
O5' 0.20 0.80 0.22 0.27 0.03 0.01 0.38 0.00 0.10 1.13 0.43 0.73 0.35 1.00 0.44 0.00 0.16 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 1.53 0.35 0.46 0.47 0.14 0.13 0.05 0.54 0.78 1.20 1.24 0.29 0.60 0.13 0.28 0.63 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.35 0.52 0.55 0.45 0.06 1.01 0.00 0.77 1.61 0.12 0.29 1.14 1.71 0.81 0.17 0.46 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.96 0.31 0.36 0.04 0.03 0.42 0.01 0.10 1.21 0.55 0.81 0.41 1.14 0.46 0.09 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00