ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51468

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 13, 41, 35, 29, 19, 14, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.034 std_dev=0.027
P B 0, 0.210, 0.365, 0.520, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.365 std_dev=0.155
OP1 B 0, 0.254, 0.449, 0.644, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.449 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.123, 0.374, 0.626, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.374 std_dev=0.252
O4' A 0, -0.177, 0.174, 0.525, 2.512 max_d=2.512 avg_d=0.174 std_dev=0.351
C2' A 0, -0.156, 0.210, 0.576, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.210 std_dev=0.366
O2' A 0, -0.141, 0.302, 0.745, 3.343 max_d=3.343 avg_d=0.302 std_dev=0.443
C4' A 0, -0.189, 0.300, 0.789, 3.481 max_d=3.481 avg_d=0.300 std_dev=0.489
O5' B 0, 0.029, 0.523, 1.017, 3.810 max_d=3.810 avg_d=0.523 std_dev=0.494
C3' A 0, -0.203, 0.354, 0.911, 4.085 max_d=4.085 avg_d=0.354 std_dev=0.557
O3' A 0, -0.268, 0.520, 1.307, 5.823 max_d=5.823 avg_d=0.520 std_dev=0.788
C5' A 0, -0.378, 0.493, 1.365, 6.241 max_d=6.241 avg_d=0.493 std_dev=0.871
C5' B 0, -0.052, 0.884, 1.819, 4.997 max_d=4.997 avg_d=0.884 std_dev=0.935
O5' A 0, -0.493, 0.565, 1.624, 7.036 max_d=7.036 avg_d=0.565 std_dev=1.058
C4' B 0, -0.087, 1.064, 2.215, 7.454 max_d=7.454 avg_d=1.064 std_dev=1.151
C3' B 0, -0.261, 0.929, 2.119, 9.354 max_d=9.354 avg_d=0.929 std_dev=1.190
O4' B 0, -0.138, 1.248, 2.634, 8.304 max_d=8.304 avg_d=1.248 std_dev=1.386
O3' B 0, -0.376, 1.036, 2.448, 10.733 max_d=10.733 avg_d=1.036 std_dev=1.412
P A 0, -0.723, 0.770, 2.263, 10.110 max_d=10.110 avg_d=0.770 std_dev=1.493
C2' B 0, -0.267, 1.299, 2.864, 11.324 max_d=11.324 avg_d=1.299 std_dev=1.565
OP2 A 0, -0.613, 0.967, 2.547, 10.257 max_d=10.257 avg_d=0.967 std_dev=1.580
C6 B 0, -0.222, 1.412, 3.047, 9.235 max_d=9.235 avg_d=1.412 std_dev=1.634
C1' B 0, -0.276, 1.417, 3.109, 10.457 max_d=10.457 avg_d=1.417 std_dev=1.693
OP1 A 0, -0.751, 0.992, 2.736, 11.550 max_d=11.550 avg_d=0.992 std_dev=1.743
N1 B 0, -0.357, 1.478, 3.313, 10.809 max_d=10.809 avg_d=1.478 std_dev=1.835
O2' B 0, -0.346, 1.581, 3.507, 13.144 max_d=13.144 avg_d=1.581 std_dev=1.926
C5 B 0, -0.394, 1.546, 3.486, 10.207 max_d=10.207 avg_d=1.546 std_dev=1.940
C2 B 0, -0.578, 1.731, 4.040, 13.216 max_d=13.216 avg_d=1.731 std_dev=2.309
C4 B 0, -0.716, 1.773, 4.262, 12.749 max_d=12.749 avg_d=1.773 std_dev=2.489
O2 B 0, -0.644, 1.893, 4.431, 14.925 max_d=14.925 avg_d=1.893 std_dev=2.538
N3 B 0, -0.748, 1.858, 4.464, 13.942 max_d=13.942 avg_d=1.858 std_dev=2.606
O4 B 0, -0.902, 1.988, 4.878, 14.143 max_d=14.143 avg_d=1.988 std_dev=2.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.02 0.15 0.14 0.09
C2 0.03 0.00 0.14 0.26 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.27 0.17 0.49 0.01 0.80 0.70 0.64
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.11 0.18 0.14 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.06 0.23 0.11 0.11
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.11 0.00 0.09 0.02 0.11 0.20 0.18 0.34 0.25 0.17 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.25 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.09 0.23 0.01 0.37 0.34 0.27
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.17 0.17 0.31 0.23 0.13 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.11 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.20 0.01 0.25 0.38 0.23
C5' 0.02 0.37 0.02 0.02 0.15 0.01 0.10 0.00 0.15 0.25 0.27 0.49 0.34 0.20 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.13 0.12 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.08 0.24 0.01 0.38 0.44 0.31
C8 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.10 0.38 0.02 0.29 0.50 0.40
N1 0.03 0.00 0.11 0.18 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.19 0.13 0.38 0.01 0.64 0.59 0.50
N2 0.05 0.00 0.18 0.34 0.01 0.31 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.38 0.20 0.63 0.02 1.06 0.91 0.86
N3 0.03 0.01 0.14 0.25 0.00 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.25 0.16 0.44 0.01 0.69 0.56 0.54
N7 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.20 0.06 0.33 0.03 0.26 0.53 0.38
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.15 0.02 0.16 0.25 0.16
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.12 0.19 0.14 0.06 0.03 0.00 0.06 0.05 0.07 0.07 0.20 0.08 0.08
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.12 0.21 0.19 0.38 0.25 0.20 0.07 0.06 0.00 0.02 0.16 0.13 0.30 0.19 0.17
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.13 0.20 0.16 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.06 0.11 0.14 0.09
O5' 0.08 0.49 0.09 0.13 0.23 0.02 0.20 0.01 0.24 0.38 0.38 0.63 0.44 0.33 0.15 0.07 0.16 0.09 0.00 0.24 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.13 0.06 0.24 0.00 0.32 0.47 0.29
OP1 0.15 0.80 0.23 0.25 0.37 0.11 0.25 0.12 0.38 0.29 0.64 1.06 0.69 0.26 0.16 0.20 0.30 0.11 0.02 0.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.70 0.11 0.12 0.34 0.08 0.38 0.10 0.44 0.50 0.59 0.91 0.56 0.53 0.25 0.08 0.19 0.14 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.64 0.11 0.13 0.27 0.03 0.23 0.02 0.31 0.40 0.50 0.86 0.54 0.38 0.16 0.08 0.17 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.69 1.53 0.53 0.23 2.09 0.27 1.65 0.57 1.20 1.14 1.97 1.48 0.44 0.44 2.52 0.35 0.29 0.11 0.11 0.10
C2 0.51 1.17 0.41 0.23 1.64 0.28 1.42 0.55 1.03 0.91 1.48 1.10 0.31 0.39 1.86 0.27 0.29 0.10 0.12 0.10
C2' 0.83 1.68 0.59 0.23 2.25 0.25 1.77 0.54 1.32 1.28 2.13 1.64 0.50 0.42 2.70 0.49 0.37 0.15 0.17 0.18
C3' 0.79 1.62 0.56 0.25 2.18 0.28 1.73 0.56 1.28 1.23 2.06 1.58 0.49 0.45 2.65 0.47 0.40 0.23 0.26 0.25
C4 0.55 1.26 0.44 0.26 1.81 0.31 1.49 0.56 1.06 0.96 1.65 1.20 0.37 0.42 2.16 0.29 0.29 0.11 0.11 0.10
C4' 0.70 1.53 0.53 0.30 2.10 0.34 1.64 0.63 1.19 1.14 1.98 1.50 0.48 0.54 2.56 0.36 0.37 0.23 0.24 0.22
C5 0.51 1.08 0.49 0.40 1.59 0.40 1.35 0.57 0.96 0.83 1.42 1.03 0.48 0.50 1.89 0.35 0.32 0.12 0.14 0.11
C5' 0.68 1.44 0.57 0.46 2.00 0.50 1.57 0.72 1.14 1.08 1.88 1.40 0.55 0.67 2.46 0.42 0.47 0.40 0.40 0.37
C6 0.44 0.90 0.47 0.42 1.32 0.43 1.17 0.56 0.83 0.70 1.17 0.87 0.48 0.48 1.56 0.36 0.34 0.12 0.17 0.12
C8 0.60 1.26 0.56 0.43 1.81 0.41 1.48 0.59 1.07 0.97 1.65 1.21 0.55 0.55 2.19 0.38 0.33 0.12 0.14 0.11
N1 0.35 0.90 0.31 0.24 1.32 0.31 1.19 0.52 0.84 0.69 1.17 0.86 0.27 0.35 1.52 0.23 0.29 0.11 0.12 0.10
N2 0.63 1.23 0.56 0.39 1.60 0.36 1.41 0.57 1.09 1.00 1.49 1.16 0.46 0.51 1.73 0.39 0.34 0.12 0.19 0.13
N3 0.60 1.35 0.47 0.23 1.88 0.27 1.55 0.56 1.12 1.03 1.73 1.28 0.37 0.42 2.19 0.30 0.29 0.10 0.11 0.10
N7 0.59 1.13 0.61 0.51 1.63 0.48 1.37 0.60 1.00 0.89 1.47 1.08 0.62 0.60 1.96 0.43 0.35 0.13 0.16 0.12
N9 0.60 1.36 0.49 0.29 1.93 0.32 1.56 0.57 1.11 1.03 1.77 1.30 0.43 0.46 2.33 0.32 0.30 0.11 0.11 0.10
O2' 0.91 1.81 0.66 0.29 2.32 0.30 1.80 0.56 1.36 1.36 2.26 1.80 0.58 0.50 2.77 0.54 0.39 0.19 0.19 0.20
O3' 0.89 1.72 0.60 0.25 2.26 0.27 1.78 0.53 1.35 1.32 2.16 1.69 0.54 0.46 2.72 0.55 0.43 0.26 0.29 0.28
O4' 0.64 1.46 0.53 0.34 2.02 0.39 1.58 0.65 1.13 1.07 1.90 1.42 0.49 0.56 2.46 0.33 0.32 0.18 0.18 0.16
O5' 0.69 1.34 0.65 0.61 1.90 0.63 1.52 0.80 1.11 1.03 1.76 1.30 0.65 0.79 2.34 0.52 0.58 0.50 0.51 0.48
O6 0.57 0.81 0.64 0.60 1.10 0.57 1.01 0.58 0.78 0.68 0.99 0.83 0.68 0.61 1.29 0.52 0.40 0.15 0.24 0.15
OP1 0.79 1.23 0.81 0.86 1.70 0.92 1.35 1.08 1.01 0.96 1.58 1.21 0.86 1.05 2.11 0.74 0.89 0.89 0.89 0.85
OP2 0.85 1.31 0.86 0.89 1.82 0.90 1.53 1.02 1.17 1.08 1.66 1.26 0.87 1.02 2.21 0.79 0.87 0.83 0.84 0.81
P 0.76 1.28 0.76 0.77 1.81 0.80 1.47 0.95 1.08 1.01 1.67 1.25 0.77 0.93 2.23 0.66 0.75 0.72 0.72 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.60 0.16 0.20
C2 0.02 0.00 0.13 0.17 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.02 0.12 0.25 0.61 0.46 0.32
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.06 0.13 0.02 0.10 0.24 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.37 0.22 0.10
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.11 0.02 0.11 0.08 0.17 0.24 0.02 0.01 0.15 0.01 0.14 0.16 0.22 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.03 0.27 0.57 0.62 0.38
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.14 0.04 0.10 0.21 0.08 0.02 0.09 0.00 0.02 0.29 0.11 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.01 0.11 0.35 0.66 0.64 0.49
C5' 0.04 0.20 0.06 0.02 0.17 0.01 0.24 0.00 0.24 0.10 0.19 0.34 0.06 0.05 0.18 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.11 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.01 0.14 0.33 0.69 0.51 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.17 0.61 0.34 0.27
N3 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.01 0.08 0.26 0.58 0.56 0.35
O2 0.04 0.00 0.24 0.24 0.01 0.21 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.24 0.02 0.22 0.38 0.70 0.53 0.47
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.08 0.08 0.14 0.06 0.15 0.04 0.09 0.24 0.00 0.05 0.09 0.07 0.06 0.43 0.14 0.11
O3' 0.05 0.17 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.05 0.11 0.07 0.18 0.24 0.05 0.00 0.17 0.06 0.19 0.11 0.27 0.17
O4 0.02 0.02 0.06 0.15 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.17 0.00 0.04 0.29 0.55 0.69 0.40
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.08 0.22 0.07 0.06 0.04 0.00 0.14 0.62 0.18 0.25
O5' 0.09 0.25 0.09 0.14 0.27 0.02 0.35 0.01 0.33 0.17 0.26 0.38 0.06 0.19 0.29 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.60 0.61 0.37 0.16 0.57 0.29 0.66 0.08 0.69 0.61 0.58 0.70 0.43 0.11 0.55 0.62 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.46 0.22 0.22 0.62 0.11 0.64 0.19 0.51 0.34 0.56 0.53 0.14 0.27 0.69 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.10 0.12 0.38 0.08 0.49 0.01 0.45 0.27 0.35 0.47 0.11 0.17 0.40 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00