ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 9, 7, 9, 3, 9, 9, 13, 8, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.035 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.027, 0.050, 0.072, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.050 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.014, 0.046, 0.079, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.046 std_dev=0.033
P B 0, 0.274, 0.520, 0.765, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.520 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.287, 0.594, 0.901, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.594 std_dev=0.307
OP1 B 0, 0.408, 0.803, 1.197, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.803 std_dev=0.395
O4' A 0, -0.110, 0.430, 0.969, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.430 std_dev=0.540
C2' A 0, -0.124, 0.436, 0.996, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.436 std_dev=0.560
O2' A 0, -0.166, 0.538, 1.243, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.538 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.252, 0.967, 1.682, 3.203 max_d=3.203 avg_d=0.967 std_dev=0.715
C4' A 0, -0.083, 0.670, 1.424, 3.547 max_d=3.547 avg_d=0.670 std_dev=0.753
C3' A 0, -0.122, 0.752, 1.627, 4.033 max_d=4.033 avg_d=0.752 std_dev=0.874
O3' A 0, -0.143, 1.113, 2.369, 5.591 max_d=5.591 avg_d=1.113 std_dev=1.256
C5' A 0, -0.262, 1.081, 2.424, 6.276 max_d=6.276 avg_d=1.081 std_dev=1.343
C5' B 0, 0.027, 1.392, 2.757, 5.083 max_d=5.083 avg_d=1.392 std_dev=1.365
O5' A 0, -0.063, 1.537, 3.138, 7.253 max_d=7.253 avg_d=1.537 std_dev=1.601
C4' B 0, 0.088, 1.841, 3.594, 7.416 max_d=7.416 avg_d=1.841 std_dev=1.753
C3' B 0, -0.119, 1.723, 3.564, 9.328 max_d=9.328 avg_d=1.723 std_dev=1.841
O3' B 0, -0.065, 1.999, 4.063, 10.460 max_d=10.460 avg_d=1.999 std_dev=2.064
O4' B 0, 0.138, 2.227, 4.316, 8.243 max_d=8.243 avg_d=2.227 std_dev=2.089
P A 0, -0.391, 1.858, 4.106, 10.284 max_d=10.284 avg_d=1.858 std_dev=2.248
C2' B 0, 0.018, 2.351, 4.683, 11.348 max_d=11.348 avg_d=2.351 std_dev=2.332
C6 B 0, -0.084, 2.285, 4.653, 8.680 max_d=8.680 avg_d=2.285 std_dev=2.368
C1' B 0, 0.135, 2.585, 5.034, 10.509 max_d=10.509 avg_d=2.585 std_dev=2.450
OP2 A 0, -0.505, 1.964, 4.432, 10.731 max_d=10.731 avg_d=1.964 std_dev=2.469
N1 B 0, 0.010, 2.603, 5.195, 10.594 max_d=10.594 avg_d=2.603 std_dev=2.593
OP1 A 0, -0.476, 2.118, 4.712, 11.580 max_d=11.580 avg_d=2.118 std_dev=2.594
O2' B 0, 0.169, 2.880, 5.591, 12.739 max_d=12.739 avg_d=2.880 std_dev=2.711
C5 B 0, -0.218, 2.601, 5.420, 10.296 max_d=10.296 avg_d=2.601 std_dev=2.819
C2 B 0, -0.039, 3.169, 6.377, 12.948 max_d=12.948 avg_d=3.169 std_dev=3.208
O2 B 0, 0.143, 3.635, 7.126, 14.792 max_d=14.792 avg_d=3.635 std_dev=3.492
C4 B 0, -0.407, 3.102, 6.611, 11.370 max_d=11.370 avg_d=3.102 std_dev=3.509
N3 B 0, -0.290, 3.328, 6.945, 13.188 max_d=13.188 avg_d=3.328 std_dev=3.618
O4 B 0, -0.592, 3.498, 7.589, 13.569 max_d=13.569 avg_d=3.498 std_dev=4.091

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.20 0.02 0.25 0.37 0.18
C2 0.04 0.00 0.26 0.45 0.02 0.38 0.02 0.58 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.47 0.28 0.82 0.02 1.25 1.25 1.03
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.11 0.13 0.13 0.20 0.31 0.25 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.18 0.11 0.40 0.17 0.19
C3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.22 0.01 0.22 0.02 0.26 0.35 0.35 0.58 0.43 0.32 0.15 0.02 0.01 0.02 0.22 0.26 0.42 0.13 0.20
C4 0.02 0.02 0.13 0.22 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.14 0.49 0.01 0.58 0.82 0.50
C4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.15 0.00 0.09 0.01 0.14 0.28 0.27 0.49 0.36 0.21 0.07 0.17 0.02 0.01 0.02 0.12 0.17 0.17 0.04
C5 0.01 0.02 0.08 0.22 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.17 0.07 0.54 0.01 0.40 0.98 0.52
C5' 0.06 0.58 0.11 0.02 0.22 0.01 0.14 0.00 0.22 0.42 0.42 0.77 0.52 0.34 0.12 0.09 0.12 0.02 0.01 0.18 0.17 0.21 0.02
C6 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.20 0.22 0.12 0.58 0.01 0.59 1.09 0.62
C8 0.02 0.02 0.13 0.35 0.01 0.28 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.31 0.16 0.75 0.03 0.53 1.06 0.75
N1 0.03 0.01 0.20 0.35 0.02 0.27 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.34 0.22 0.71 0.02 0.99 1.20 0.85
N2 0.04 0.01 0.31 0.58 0.02 0.49 0.02 0.77 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.63 0.33 1.02 0.03 1.66 1.52 1.36
N3 0.03 0.01 0.25 0.43 0.01 0.36 0.01 0.52 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.43 0.27 0.73 0.02 1.07 1.02 0.87
N7 0.02 0.02 0.09 0.32 0.01 0.21 0.00 0.34 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.29 0.08 0.72 0.03 0.48 1.20 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.41 0.02 0.28 0.67 0.36
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.16 0.17 0.17 0.09 0.20 0.16 0.23 0.28 0.22 0.17 0.10 0.00 0.07 0.13 0.11 0.21 0.30 0.15 0.10
O3' 0.15 0.47 0.03 0.01 0.19 0.02 0.17 0.12 0.22 0.31 0.34 0.63 0.43 0.29 0.09 0.07 0.00 0.11 0.22 0.23 0.52 0.23 0.25
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.22 0.33 0.27 0.08 0.01 0.13 0.11 0.00 0.18 0.09 0.17 0.33 0.18
O5' 0.20 0.82 0.18 0.22 0.49 0.02 0.54 0.01 0.58 0.75 0.71 1.02 0.73 0.72 0.41 0.11 0.22 0.18 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.21 0.23 0.09 0.61 0.00 0.50 1.19 0.64
OP1 0.25 1.25 0.40 0.42 0.58 0.17 0.40 0.17 0.59 0.53 0.99 1.66 1.07 0.48 0.28 0.30 0.52 0.17 0.02 0.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 1.25 0.17 0.13 0.82 0.17 0.98 0.21 1.09 1.06 1.20 1.52 1.02 1.20 0.67 0.15 0.23 0.33 0.02 1.19 0.02 0.00 0.01
P 0.18 1.03 0.19 0.20 0.50 0.04 0.52 0.02 0.62 0.75 0.85 1.36 0.87 0.75 0.36 0.10 0.25 0.18 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.81 2.00 0.56 0.34 2.94 0.42 2.39 0.73 1.70 1.50 2.68 1.89 0.49 0.85 3.58 0.36 0.31 0.28 0.16 0.16
C2 0.63 1.52 0.47 0.28 2.31 0.38 2.07 0.68 1.50 1.22 2.01 1.38 0.37 0.63 2.65 0.31 0.33 0.25 0.16 0.16
C2' 1.09 2.35 0.71 0.24 3.29 0.30 2.68 0.65 1.98 1.81 3.04 2.24 0.55 0.68 3.96 0.66 0.50 0.34 0.32 0.34
C3' 1.01 2.25 0.62 0.32 3.25 0.38 2.67 0.74 1.95 1.73 2.97 2.13 0.50 0.85 3.95 0.60 0.53 0.52 0.50 0.49
C4 0.69 1.69 0.51 0.41 2.63 0.46 2.27 0.73 1.62 1.33 2.28 1.52 0.42 0.82 3.15 0.35 0.31 0.28 0.16 0.15
C4' 0.79 2.02 0.54 0.47 3.00 0.55 2.42 0.87 1.71 1.49 2.73 1.91 0.53 1.04 3.69 0.36 0.40 0.49 0.42 0.38
C5 0.76 1.52 0.69 0.69 2.43 0.64 2.20 0.80 1.62 1.28 2.05 1.34 0.64 0.99 2.90 0.53 0.35 0.30 0.19 0.15
C5' 0.78 1.90 0.64 0.72 2.90 0.78 2.38 1.04 1.68 1.42 2.60 1.77 0.68 1.26 3.59 0.48 0.58 0.74 0.64 0.60
C6 0.74 1.30 0.73 0.76 2.11 0.70 2.00 0.81 1.51 1.16 1.74 1.14 0.70 0.99 2.47 0.59 0.38 0.31 0.21 0.16
C8 0.84 1.76 0.75 0.71 2.72 0.64 2.37 0.81 1.73 1.43 2.36 1.59 0.70 1.06 3.30 0.55 0.34 0.31 0.18 0.15
N1 0.51 1.21 0.40 0.40 2.00 0.47 1.89 0.70 1.38 1.03 1.65 1.06 0.35 0.69 2.31 0.33 0.30 0.28 0.17 0.14
N2 0.82 1.60 0.74 0.54 2.18 0.52 1.95 0.71 1.49 1.31 1.98 1.50 0.66 0.72 2.39 0.51 0.45 0.22 0.22 0.21
N3 0.73 1.76 0.53 0.29 2.63 0.39 2.24 0.70 1.60 1.37 2.34 1.63 0.44 0.72 3.09 0.34 0.34 0.25 0.16 0.17
N7 0.92 1.64 0.90 0.89 2.55 0.77 2.30 0.85 1.72 1.40 2.18 1.47 0.86 1.17 3.05 0.67 0.39 0.32 0.20 0.16
N9 0.76 1.82 0.57 0.46 2.79 0.48 2.36 0.75 1.69 1.41 2.46 1.67 0.49 0.89 3.38 0.39 0.31 0.29 0.16 0.15
O2' 1.12 2.39 0.81 0.44 3.19 0.46 2.49 0.73 1.83 1.77 3.06 2.37 0.77 0.86 3.84 0.66 0.54 0.43 0.38 0.38
O3' 1.07 2.32 0.71 0.47 3.25 0.50 2.61 0.79 1.90 1.75 3.03 2.25 0.73 1.03 3.97 0.67 0.57 0.63 0.57 0.55
O4' 0.70 1.86 0.58 0.57 2.81 0.66 2.27 0.92 1.58 1.36 2.54 1.75 0.60 1.10 3.47 0.33 0.33 0.41 0.30 0.28
O5' 1.03 1.98 0.89 0.94 3.05 0.96 2.62 1.16 1.96 1.63 2.68 1.78 0.87 1.36 3.71 0.84 0.91 0.87 0.91 0.88
O6 1.00 1.30 1.06 1.09 1.94 0.96 1.92 0.93 1.56 1.25 1.62 1.19 1.04 1.24 2.22 0.87 0.50 0.33 0.28 0.19
OP1 1.16 1.76 1.17 1.37 2.74 1.46 2.37 1.66 1.80 1.50 2.38 1.60 1.27 1.82 3.37 1.16 1.34 1.55 1.43 1.40
OP2 1.54 2.22 1.44 1.49 3.27 1.49 2.99 1.61 2.39 2.02 2.84 1.95 1.40 1.76 3.87 1.44 1.56 1.52 1.54 1.53
P 1.17 1.93 1.12 1.22 2.96 1.25 2.60 1.41 1.98 1.65 2.57 1.71 1.13 1.62 3.60 1.07 1.19 1.23 1.21 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.14 0.68 0.16 0.30
C2 0.03 0.00 0.16 0.21 0.02 0.14 0.02 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.02 0.14 0.36 0.73 0.55 0.46
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.15 0.03 0.12 0.28 0.01 0.03 0.07 0.01 0.15 0.44 0.23 0.16
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.19 0.01 0.25 0.02 0.26 0.11 0.20 0.35 0.02 0.01 0.20 0.02 0.19 0.39 0.29 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.19 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.21 0.01 0.04 0.43 0.71 0.92 0.59
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.20 0.06 0.10 0.27 0.11 0.02 0.11 0.01 0.02 0.32 0.21 0.10
C5 0.02 0.02 0.12 0.25 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01 0.03 0.16 0.28 0.01 0.10 0.57 0.83 1.01 0.76
C5' 0.02 0.21 0.02 0.02 0.20 0.01 0.33 0.00 0.33 0.11 0.18 0.40 0.10 0.06 0.21 0.01 0.01 0.19 0.31 0.02
C6 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.20 0.01 0.33 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.26 0.02 0.14 0.54 0.85 0.79 0.69
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.09 0.02 0.02 0.29 0.72 0.46 0.42
N3 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.21 0.02 0.10 0.38 0.72 0.73 0.50
O2 0.05 0.01 0.28 0.35 0.02 0.27 0.03 0.40 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.36 0.03 0.24 0.55 0.84 0.65 0.63
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.11 0.11 0.16 0.10 0.16 0.07 0.11 0.24 0.00 0.07 0.12 0.09 0.06 0.48 0.17 0.14
O3' 0.03 0.20 0.03 0.01 0.21 0.02 0.28 0.06 0.26 0.09 0.21 0.36 0.07 0.00 0.24 0.02 0.20 0.54 0.41 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.20 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.03 0.12 0.24 0.00 0.04 0.44 0.70 1.03 0.62
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.10 0.24 0.09 0.02 0.04 0.00 0.12 0.72 0.20 0.34
O5' 0.14 0.36 0.15 0.19 0.43 0.02 0.57 0.01 0.54 0.29 0.38 0.55 0.06 0.20 0.44 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.68 0.73 0.44 0.39 0.71 0.32 0.83 0.19 0.85 0.72 0.72 0.84 0.48 0.54 0.70 0.72 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.55 0.23 0.29 0.92 0.21 1.01 0.31 0.79 0.46 0.73 0.65 0.17 0.41 1.03 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.46 0.16 0.17 0.59 0.10 0.76 0.02 0.69 0.42 0.50 0.63 0.14 0.24 0.62 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00