ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 6, 2, 2, 9, 4, 4, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.017, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.013, 0.021, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.028, 0.038, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.039, 0.050, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.050 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.034, 0.045, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.045 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.032 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.053, 0.074, 0.095, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.074 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.197, 0.337, 0.477, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.337 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.272, 0.413, 0.553, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.413 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.380, 0.588, 0.796, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.588 std_dev=0.208
O2' A 0, 0.118, 0.357, 0.597, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.357 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.339, 0.582, 0.825, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.582 std_dev=0.243
OP1 B 0, 0.669, 0.940, 1.211, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.940 std_dev=0.271
P B 0, 0.408, 0.697, 0.985, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.697 std_dev=0.288
C5' A 0, 0.583, 0.874, 1.165, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.874 std_dev=0.291
OP2 B 0, 0.427, 0.721, 1.014, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.721 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.275, 0.611, 0.947, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.611 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.514, 0.851, 1.188, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.851 std_dev=0.337
O5' A 0, 0.230, 0.618, 1.006, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.618 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.521, 0.929, 1.337, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.929 std_dev=0.408
P A 0, 0.370, 0.818, 1.266, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.818 std_dev=0.448
C5' B 0, 0.516, 1.277, 2.038, 4.024 max_d=4.024 avg_d=1.277 std_dev=0.761
N1 B 0, 2.938, 3.764, 4.591, 4.758 max_d=4.758 avg_d=3.764 std_dev=0.826
O4' B 0, 0.971, 1.802, 2.632, 5.754 max_d=5.754 avg_d=1.802 std_dev=0.831
OP2 A 0, 0.433, 1.268, 2.104, 5.486 max_d=5.486 avg_d=1.268 std_dev=0.836
C6 B 0, 3.385, 4.260, 5.136, 5.202 max_d=5.202 avg_d=4.260 std_dev=0.876
C3' B 0, 1.352, 2.249, 3.145, 6.017 max_d=6.017 avg_d=2.249 std_dev=0.897
C1' B 0, 0.883, 1.819, 2.756, 6.309 max_d=6.309 avg_d=1.819 std_dev=0.936
C4' B 0, 0.370, 1.314, 2.257, 5.724 max_d=5.724 avg_d=1.314 std_dev=0.943
C2 B 0, 4.267, 5.367, 6.466, 6.159 max_d=6.159 avg_d=5.367 std_dev=1.100
C2' B 0, 0.641, 1.758, 2.875, 7.049 max_d=7.049 avg_d=1.758 std_dev=1.117
O2 B 0, 4.164, 5.285, 6.406, 6.307 max_d=6.307 avg_d=5.285 std_dev=1.121
O3' B 0, 2.645, 3.785, 4.925, 7.675 max_d=7.675 avg_d=3.785 std_dev=1.140
C5 B 0, 4.979, 6.176, 7.372, 7.222 max_d=7.222 avg_d=6.176 std_dev=1.197
N3 B 0, 5.661, 7.251, 8.841, 8.260 max_d=8.260 avg_d=7.251 std_dev=1.590
O2' B 0, 0.578, 2.181, 3.785, 9.545 max_d=9.545 avg_d=2.181 std_dev=1.604
C4 B 0, 6.111, 7.782, 9.452, 8.948 max_d=8.948 avg_d=7.782 std_dev=1.671
O4 B 0, 7.532, 9.643, 11.755, 11.033 max_d=11.033 avg_d=9.643 std_dev=2.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.15 0.01 0.06 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.25 0.02 0.09 0.49 0.23
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.06 0.06 0.08 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.12 0.11 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.14 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.27 0.01 0.08 0.50 0.24
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.12 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.02 0.32 0.01 0.10 0.62 0.30
C5' 0.04 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.04 0.11 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.02 0.33 0.01 0.11 0.65 0.32
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.33 0.02 0.09 0.58 0.29
N1 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.30 0.01 0.10 0.59 0.28
N2 0.04 0.01 0.11 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.05 0.22 0.02 0.08 0.45 0.21
N3 0.03 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.22 0.01 0.08 0.43 0.20
N7 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.04 0.36 0.02 0.11 0.68 0.34
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.25 0.02 0.07 0.45 0.22
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.11 0.12 0.14 0.04 0.16 0.11 0.14 0.12 0.10 0.14 0.08 0.00 0.05 0.08 0.08 0.17 0.10 0.10 0.04
O3' 0.12 0.16 0.03 0.01 0.10 0.03 0.09 0.11 0.11 0.06 0.13 0.19 0.15 0.08 0.06 0.05 0.00 0.09 0.11 0.11 0.28 0.18 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.08 0.09 0.00 0.14 0.03 0.05 0.26 0.15
O5' 0.15 0.25 0.06 0.08 0.27 0.01 0.32 0.01 0.33 0.33 0.30 0.22 0.22 0.36 0.25 0.08 0.11 0.14 0.00 0.36 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.11 0.03 0.36 0.00 0.13 0.72 0.36
OP1 0.06 0.09 0.12 0.14 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.10 0.28 0.05 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.49 0.11 0.12 0.50 0.05 0.62 0.02 0.65 0.58 0.59 0.45 0.43 0.68 0.45 0.10 0.18 0.26 0.02 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.06 0.08 0.24 0.02 0.30 0.01 0.32 0.29 0.28 0.21 0.20 0.34 0.22 0.04 0.14 0.15 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.61 0.64 0.63 0.38 0.46 0.38 0.34 0.32 0.40 0.53 0.88 0.75 0.84 0.40 0.38 0.14 0.17 0.17 0.07
C2 0.39 0.61 0.50 0.50 0.41 0.37 0.39 0.30 0.34 0.38 0.55 0.87 0.53 0.64 0.42 0.34 0.12 0.20 0.19 0.07
C2' 0.48 0.65 0.65 0.61 0.44 0.42 0.45 0.30 0.39 0.44 0.58 0.92 0.72 0.80 0.45 0.39 0.12 0.25 0.12 0.14
C3' 0.51 0.64 0.70 0.65 0.46 0.45 0.49 0.30 0.42 0.45 0.56 0.91 0.80 0.86 0.48 0.40 0.14 0.27 0.12 0.16
C4 0.33 0.50 0.48 0.49 0.35 0.35 0.42 0.26 0.34 0.30 0.44 0.77 0.55 0.69 0.38 0.27 0.11 0.15 0.21 0.07
C4' 0.49 0.61 0.67 0.65 0.41 0.48 0.43 0.34 0.36 0.41 0.52 0.87 0.80 0.87 0.43 0.39 0.13 0.18 0.14 0.09
C5 0.19 0.35 0.33 0.36 0.35 0.26 0.50 0.20 0.41 0.20 0.31 0.61 0.39 0.57 0.39 0.15 0.09 0.13 0.25 0.11
C5' 0.45 0.56 0.64 0.63 0.41 0.46 0.47 0.34 0.38 0.38 0.49 0.83 0.75 0.86 0.45 0.37 0.15 0.15 0.19 0.09
C6 0.13 0.29 0.24 0.27 0.37 0.21 0.55 0.19 0.47 0.20 0.28 0.54 0.27 0.46 0.41 0.13 0.10 0.14 0.28 0.14
C8 0.24 0.37 0.41 0.44 0.34 0.31 0.49 0.23 0.39 0.21 0.32 0.65 0.50 0.66 0.40 0.19 0.10 0.13 0.23 0.09
N1 0.21 0.43 0.32 0.33 0.35 0.22 0.45 0.18 0.39 0.24 0.40 0.68 0.33 0.48 0.38 0.18 0.09 0.14 0.26 0.10
N2 0.53 0.76 0.61 0.60 0.52 0.47 0.41 0.42 0.38 0.51 0.71 1.02 0.61 0.70 0.53 0.47 0.18 0.27 0.13 0.12
N3 0.45 0.64 0.59 0.58 0.42 0.43 0.39 0.34 0.34 0.41 0.57 0.90 0.64 0.75 0.43 0.38 0.14 0.19 0.17 0.08
N7 0.15 0.28 0.31 0.35 0.38 0.26 0.56 0.21 0.45 0.18 0.26 0.54 0.38 0.57 0.44 0.13 0.10 0.13 0.26 0.12
N9 0.36 0.50 0.52 0.53 0.35 0.38 0.42 0.28 0.34 0.31 0.44 0.78 0.61 0.74 0.38 0.29 0.11 0.15 0.20 0.07
O2' 0.67 0.87 0.84 0.79 0.58 0.59 0.44 0.47 0.43 0.62 0.80 1.16 0.91 0.96 0.58 0.55 0.25 0.19 0.23 0.17
O3' 0.77 0.89 0.97 0.90 0.61 0.70 0.54 0.52 0.52 0.68 0.79 1.16 1.10 1.12 0.60 0.65 0.31 0.25 0.24 0.21
O4' 0.48 0.58 0.65 0.65 0.37 0.49 0.38 0.36 0.31 0.39 0.49 0.85 0.78 0.87 0.39 0.39 0.16 0.14 0.18 0.07
O5' 0.22 0.31 0.38 0.35 0.52 0.19 0.69 0.11 0.55 0.28 0.33 0.52 0.49 0.61 0.60 0.18 0.19 0.41 0.18 0.29
O6 0.18 0.18 0.16 0.20 0.46 0.25 0.68 0.29 0.59 0.27 0.23 0.37 0.19 0.39 0.51 0.21 0.14 0.19 0.32 0.20
OP1 0.26 0.34 0.46 0.47 0.41 0.34 0.57 0.25 0.43 0.22 0.28 0.61 0.58 0.73 0.49 0.22 0.10 0.16 0.17 0.09
OP2 0.34 0.36 0.17 0.13 0.87 0.33 1.06 0.43 0.89 0.53 0.54 0.19 0.22 0.37 0.98 0.44 0.51 0.72 0.44 0.59
P 0.15 0.23 0.30 0.29 0.57 0.18 0.75 0.15 0.60 0.28 0.31 0.42 0.42 0.57 0.67 0.17 0.21 0.40 0.18 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.00 0.27 0.09 0.36 0.20
C2 0.01 0.00 0.13 0.22 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.20 0.02 0.09 0.57 0.33 0.66 0.51
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.09 0.01 0.12 0.09 0.14 0.05 0.11 0.23 0.00 0.05 0.10 0.01 0.20 0.12 0.37 0.21
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.23 0.08 0.19 0.40 0.02 0.01 0.14 0.01 0.06 0.07 0.31 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.09 0.00 0.03 0.46 0.23 0.43 0.32
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.19 0.06 0.13 0.29 0.15 0.05 0.10 0.00 0.02 0.14 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.20 0.00 0.17 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.18 0.01 0.06 0.40 0.36 0.31 0.30
C5' 0.06 0.23 0.09 0.01 0.25 0.01 0.35 0.00 0.35 0.16 0.23 0.39 0.10 0.08 0.27 0.02 0.01 0.16 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.23 0.01 0.19 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.01 0.08 0.40 0.36 0.32 0.31
N1 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.01 0.01 0.37 0.16 0.38 0.25
N3 0.01 0.00 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.01 0.06 0.57 0.32 0.64 0.50
O2 0.02 0.01 0.23 0.40 0.02 0.29 0.02 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.38 0.02 0.15 0.75 0.56 0.92 0.76
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.21 0.15 0.22 0.10 0.18 0.12 0.18 0.17 0.00 0.08 0.23 0.14 0.07 0.11 0.24 0.08
O3' 0.09 0.20 0.05 0.01 0.09 0.05 0.18 0.08 0.21 0.07 0.17 0.38 0.08 0.00 0.11 0.08 0.27 0.24 0.24 0.18
O4 0.01 0.02 0.10 0.14 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.11 0.00 0.03 0.48 0.25 0.46 0.35
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.06 0.15 0.14 0.08 0.03 0.00 0.28 0.10 0.35 0.19
O5' 0.27 0.57 0.20 0.06 0.46 0.02 0.40 0.01 0.40 0.37 0.57 0.75 0.07 0.27 0.48 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.33 0.12 0.07 0.23 0.14 0.36 0.16 0.36 0.16 0.32 0.56 0.11 0.24 0.25 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.66 0.37 0.31 0.43 0.23 0.31 0.30 0.32 0.38 0.64 0.92 0.24 0.24 0.46 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.51 0.21 0.10 0.32 0.02 0.30 0.02 0.31 0.25 0.50 0.76 0.08 0.18 0.35 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00