ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51471

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 11, 5, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.012 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C8 A 0, -0.001, 0.026, 0.054, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.026 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.029, 0.062, 0.095, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.062 std_dev=0.033
O6 A 0, -0.007, 0.030, 0.067, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.030 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.049, 0.086, 0.122, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.086 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.046, 0.095, 0.145, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.095 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.076, 0.128, 0.180, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.128 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.069, 0.141, 0.214, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.141 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.078, 0.160, 0.241, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.160 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.130, 0.214, 0.297, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.214 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.040, 0.165, 0.289, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.165 std_dev=0.124
OP1 B 0, 0.058, 0.211, 0.364, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.211 std_dev=0.153
P B 0, 0.033, 0.206, 0.379, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.206 std_dev=0.173
P A 0, 0.040, 0.216, 0.393, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.216 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.036, 0.243, 0.451, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.243 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.039, 0.247, 0.454, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.247 std_dev=0.208
O5' B 0, 0.043, 0.279, 0.515, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.279 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.006, 0.267, 0.528, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.267 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.038, 0.394, 0.750, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.394 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.007, 0.384, 0.761, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.384 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.075, 0.472, 0.869, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.472 std_dev=0.397
C2' B 0, -0.041, 0.386, 0.813, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.386 std_dev=0.427
C5' B 0, -0.149, 0.415, 0.980, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.415 std_dev=0.564
C4' B 0, -0.130, 0.450, 1.030, 3.011 max_d=3.011 avg_d=0.450 std_dev=0.580
C1' B 0, -0.287, 0.456, 1.200, 4.027 max_d=4.027 avg_d=0.456 std_dev=0.744
O4' B 0, -0.317, 0.469, 1.255, 4.297 max_d=4.297 avg_d=0.469 std_dev=0.786
C6 B 0, -0.511, 0.480, 1.471, 5.441 max_d=5.441 avg_d=0.480 std_dev=0.991
N1 B 0, -0.569, 0.488, 1.546, 5.777 max_d=5.777 avg_d=0.488 std_dev=1.057
C5 B 0, -0.856, 0.544, 1.944, 7.633 max_d=7.633 avg_d=0.544 std_dev=1.400
C2 B 0, -0.906, 0.610, 2.126, 8.249 max_d=8.249 avg_d=0.610 std_dev=1.516
O2 B 0, -0.921, 0.698, 2.317, 8.799 max_d=8.799 avg_d=0.698 std_dev=1.619
C4 B 0, -1.259, 0.617, 2.492, 10.146 max_d=10.146 avg_d=0.617 std_dev=1.876
N3 B 0, -1.219, 0.666, 2.552, 10.221 max_d=10.221 avg_d=0.666 std_dev=1.885
O4 B 0, -1.540, 0.733, 3.006, 12.292 max_d=12.292 avg_d=0.733 std_dev=2.273

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.07 0.01 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.11 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.02 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.01 0.11 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09
N1 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.10
N2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.04 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09
N3 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.09 0.03 0.11 0.14 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.09 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.16 0.14 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.07
O5' 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.02 0.09 0.07 0.00 0.09 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.04 0.09 0.00 0.13 0.16 0.13
OP1 0.04 0.09 0.07 0.09 0.08 0.05 0.10 0.03 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.16 0.04 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.04 0.07 0.11 0.02 0.13 0.01 0.15 0.11 0.14 0.12 0.11 0.14 0.09 0.04 0.14 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.06 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.03 0.12 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.27 0.35 0.14 1.73 0.16 1.34 0.30 0.95 0.93 1.64 1.21 0.25 0.30 2.07 0.29 0.15 0.13 0.09 0.07
C2 0.49 0.97 0.33 0.11 1.21 0.08 1.01 0.21 0.77 0.77 1.17 0.93 0.23 0.31 1.34 0.34 0.12 0.12 0.09 0.06
C2' 0.57 1.29 0.35 0.13 1.67 0.11 1.28 0.24 0.93 0.94 1.63 1.26 0.24 0.32 1.99 0.36 0.13 0.13 0.10 0.06
C3' 0.54 1.26 0.35 0.13 1.67 0.12 1.28 0.25 0.92 0.92 1.61 1.23 0.24 0.31 2.00 0.32 0.14 0.13 0.11 0.07
C4 0.46 1.05 0.33 0.12 1.45 0.15 1.18 0.29 0.84 0.80 1.35 0.98 0.23 0.31 1.70 0.24 0.15 0.14 0.10 0.08
C4' 0.53 1.28 0.36 0.14 1.75 0.17 1.35 0.31 0.95 0.93 1.67 1.24 0.26 0.30 2.12 0.27 0.15 0.13 0.10 0.07
C5 0.36 0.86 0.30 0.13 1.24 0.18 1.03 0.31 0.72 0.66 1.12 0.78 0.22 0.30 1.46 0.15 0.16 0.15 0.13 0.11
C5' 0.48 1.21 0.36 0.16 1.70 0.21 1.32 0.34 0.92 0.88 1.60 1.16 0.27 0.30 2.09 0.21 0.17 0.14 0.11 0.09
C6 0.31 0.69 0.29 0.12 0.97 0.16 0.83 0.28 0.59 0.54 0.88 0.63 0.22 0.29 1.12 0.14 0.15 0.17 0.15 0.12
C8 0.39 0.99 0.32 0.15 1.46 0.21 1.17 0.34 0.81 0.74 1.32 0.92 0.23 0.31 1.77 0.15 0.17 0.15 0.12 0.10
N1 0.37 0.74 0.31 0.11 0.96 0.11 0.83 0.22 0.62 0.59 0.91 0.70 0.23 0.30 1.07 0.23 0.13 0.15 0.12 0.09
N2 0.56 0.99 0.35 0.12 1.10 0.11 0.90 0.15 0.74 0.80 1.13 0.98 0.24 0.32 1.17 0.48 0.12 0.12 0.11 0.09
N3 0.53 1.13 0.34 0.11 1.47 0.10 1.18 0.25 0.87 0.86 1.41 1.07 0.23 0.31 1.67 0.34 0.13 0.12 0.09 0.06
N7 0.33 0.84 0.30 0.15 1.26 0.22 1.04 0.34 0.71 0.63 1.13 0.76 0.22 0.31 1.53 0.11 0.17 0.16 0.14 0.12
N9 0.47 1.12 0.33 0.14 1.58 0.18 1.25 0.32 0.88 0.84 1.46 1.05 0.23 0.31 1.89 0.23 0.15 0.14 0.10 0.08
O2' 0.62 1.38 0.36 0.15 1.73 0.12 1.31 0.23 0.96 1.00 1.73 1.38 0.25 0.32 2.05 0.42 0.14 0.14 0.11 0.08
O3' 0.57 1.28 0.35 0.13 1.66 0.11 1.27 0.22 0.92 0.93 1.63 1.27 0.24 0.32 1.99 0.37 0.13 0.13 0.12 0.07
O4' 0.51 1.26 0.36 0.16 1.76 0.20 1.36 0.34 0.96 0.92 1.66 1.20 0.26 0.29 2.15 0.24 0.16 0.14 0.10 0.08
O5' 0.40 1.07 0.31 0.20 1.55 0.26 1.21 0.38 0.83 0.77 1.44 1.00 0.24 0.34 1.92 0.16 0.18 0.12 0.10 0.08
O6 0.22 0.50 0.27 0.14 0.73 0.19 0.63 0.28 0.44 0.39 0.65 0.45 0.23 0.29 0.86 0.10 0.17 0.20 0.19 0.17
OP1 0.38 1.04 0.31 0.19 1.51 0.26 1.17 0.38 0.80 0.75 1.40 0.98 0.24 0.34 1.86 0.15 0.18 0.11 0.10 0.08
OP2 0.29 0.85 0.27 0.23 1.30 0.31 1.02 0.41 0.68 0.61 1.17 0.78 0.23 0.37 1.62 0.14 0.18 0.11 0.12 0.09
P 0.34 0.97 0.29 0.20 1.45 0.29 1.13 0.41 0.76 0.70 1.33 0.90 0.23 0.35 1.81 0.12 0.17 0.12 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.02 0.00 0.16 0.33 0.11 0.13
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.15 0.39 0.28 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.05 0.02 0.08 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01 0.22 0.29 0.10 0.22
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.19 0.00 0.22 0.01 0.19 0.12 0.15 0.08 0.01 0.01 0.21 0.01 0.08 0.09 0.16 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00 0.02 0.15 0.33 0.44 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.14 0.05 0.04 0.08 0.13 0.02 0.09 0.00 0.01 0.14 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.07 0.16 0.28 0.46 0.10
C5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.13 0.04 0.06 0.10 0.05 0.11 0.10 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.01 0.09 0.14 0.29 0.35 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.01 0.14 0.35 0.25 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.15 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.01 0.05 0.15 0.39 0.36 0.09
O2 0.04 0.00 0.14 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.23 0.01 0.12 0.15 0.41 0.23 0.13
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.15 0.13 0.19 0.05 0.18 0.09 0.10 0.14 0.00 0.05 0.16 0.10 0.17 0.25 0.14 0.22
O3' 0.16 0.14 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.11 0.12 0.08 0.11 0.23 0.05 0.00 0.13 0.12 0.25 0.26 0.29 0.26
O4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.13 0.00 0.03 0.16 0.33 0.48 0.10
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.12 0.10 0.12 0.03 0.00 0.12 0.32 0.10 0.09
O5' 0.16 0.15 0.22 0.08 0.15 0.01 0.16 0.01 0.14 0.14 0.15 0.15 0.17 0.25 0.16 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.39 0.29 0.09 0.33 0.14 0.28 0.11 0.29 0.35 0.39 0.41 0.25 0.26 0.33 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.28 0.10 0.16 0.44 0.07 0.46 0.09 0.35 0.25 0.36 0.23 0.14 0.29 0.48 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.22 0.10 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.13 0.22 0.26 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00