ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51472

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 9, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.004, 0.032, 0.059, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.030, 0.058, 0.086, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.058 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.016, 0.046, 0.076, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.035, 0.075, 0.114, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.075 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.027, 0.067, 0.107, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.067 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.038, 0.092, 0.145, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.092 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.050, 0.109, 0.169, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.109 std_dev=0.060
C5' A 0, 0.041, 0.107, 0.172, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.107 std_dev=0.066
O3' A 0, 0.053, 0.127, 0.200, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.127 std_dev=0.074
P A 0, 0.038, 0.123, 0.208, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.123 std_dev=0.085
C6 B 0, 0.112, 0.199, 0.287, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.199 std_dev=0.087
C5 B 0, 0.069, 0.165, 0.261, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.165 std_dev=0.096
P B 0, 0.068, 0.183, 0.297, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.183 std_dev=0.115
C4 B 0, 0.028, 0.145, 0.262, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.145 std_dev=0.117
N1 B 0, 0.088, 0.207, 0.325, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.207 std_dev=0.119
OP1 A 0, 0.072, 0.192, 0.312, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.192 std_dev=0.120
O4 B 0, 0.076, 0.197, 0.318, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.197 std_dev=0.121
OP2 B 0, 0.087, 0.213, 0.339, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.213 std_dev=0.126
C2' B 0, 0.120, 0.257, 0.393, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.257 std_dev=0.136
OP2 A 0, 0.028, 0.165, 0.302, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.165 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.107, 0.245, 0.384, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.245 std_dev=0.138
O4' B 0, 0.106, 0.245, 0.383, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.245 std_dev=0.138
C3' B 0, 0.117, 0.259, 0.401, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.259 std_dev=0.142
O5' B 0, 0.082, 0.224, 0.366, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.224 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.096, 0.242, 0.387, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.242 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.118, 0.268, 0.418, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.268 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.031, 0.189, 0.348, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.189 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.042, 0.217, 0.392, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.217 std_dev=0.175
O2' B 0, 0.118, 0.294, 0.471, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.294 std_dev=0.176
O3' B 0, 0.059, 0.259, 0.459, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.259 std_dev=0.200
OP1 B 0, -0.010, 0.198, 0.407, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.198 std_dev=0.208
O2 B 0, 0.047, 0.291, 0.535, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.291 std_dev=0.244

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.11 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.12 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.11 0.07
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.11 0.07
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.11 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.03 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.11 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.04 0.04 0.10 0.04 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.08 0.04 0.07 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.15 0.11 0.07 0.06
C2 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.17 0.10 0.09 0.07
C2' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.15 0.11 0.07 0.06
C3' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.14 0.13 0.07 0.07
C4 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.15 0.13 0.07 0.06
C4' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.15 0.12 0.07 0.06
C5 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.06 0.15 0.17 0.06 0.06
C5' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.15 0.13 0.06 0.05
C6 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.13 0.07 0.05 0.07 0.05 0.15 0.19 0.07 0.06
C8 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.14 0.16 0.06 0.06
N1 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.16 0.15 0.08 0.06
N2 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.17 0.10 0.11 0.09
N3 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.10 0.07 0.08 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.16 0.10 0.08 0.07
N7 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.06 0.08 0.08 0.14 0.18 0.06 0.06
N9 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.15 0.13 0.06 0.05
O2' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.16 0.09 0.08 0.08
O3' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.14 0.12 0.07 0.07
O4' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.15 0.12 0.07 0.06
O5' 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.14 0.16 0.07 0.07
O6 0.10 0.16 0.09 0.07 0.11 0.06 0.10 0.10 0.11 0.12 0.15 0.18 0.11 0.07 0.09 0.07 0.13 0.23 0.08 0.09
OP1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.15 0.15 0.06 0.06
OP2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.10 0.07 0.16 0.14 0.08 0.07
P 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.15 0.14 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.16 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.12 0.16 0.07 0.07
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.09 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.17 0.07 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.17 0.08 0.10
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.13 0.18 0.08 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.17 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.13 0.16 0.07 0.07
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.11 0.16 0.08 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.16 0.10 0.10
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.14 0.16 0.07 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.14 0.07 0.05
O5' 0.06 0.12 0.07 0.09 0.14 0.01 0.14 0.00 0.13 0.11 0.13 0.11 0.08 0.08 0.14 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.16 0.16 0.13 0.17 0.12 0.17 0.10 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.13 0.16 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.03 0.10 0.01 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.06 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00