ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51475

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 8, 3, 3, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.043 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.055 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.052, 0.095, 0.138, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.095 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.061, 0.115, 0.169, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.115 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.086, 0.157, 0.228, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.157 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.080, 0.151, 0.223, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.079, 0.187, 0.294, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.187 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.141, 0.258, 0.375, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.258 std_dev=0.117
OP1 B 0, 0.102, 0.254, 0.407, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.254 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.101, 0.261, 0.421, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.261 std_dev=0.160
O3' B 0, 0.292, 0.455, 0.617, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.455 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.203, 0.367, 0.531, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.367 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.127, 0.297, 0.468, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.297 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.243, 0.414, 0.584, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.414 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.259, 0.431, 0.603, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.431 std_dev=0.172
P B 0, 0.057, 0.238, 0.420, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.238 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.127, 0.311, 0.495, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.311 std_dev=0.184
C1' B 0, 0.303, 0.504, 0.706, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.504 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.307, 0.521, 0.736, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.521 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.304, 0.529, 0.754, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.529 std_dev=0.225
OP2 B 0, 0.079, 0.307, 0.535, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.307 std_dev=0.228
P A 0, 0.133, 0.367, 0.601, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.367 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.325, 0.566, 0.808, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.566 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.292, 0.587, 0.881, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.587 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.190, 0.486, 0.781, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.486 std_dev=0.296
OP1 A 0, 0.159, 0.459, 0.759, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.459 std_dev=0.300
O4 B 0, 0.329, 0.641, 0.953, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.641 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.303, 0.663, 1.024, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.663 std_dev=0.360
N3 B 0, 0.300, 0.664, 1.028, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.664 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.002, 0.584, 1.166, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.584 std_dev=0.582
C5 B 0, 0.005, 0.619, 1.234, 3.334 max_d=3.334 avg_d=0.619 std_dev=0.614
O2 B 0, 0.148, 0.860, 1.572, 3.750 max_d=3.750 avg_d=0.860 std_dev=0.712

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.13 0.01 0.13 0.24 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.01 0.13 0.23 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.16 0.01 0.18 0.28 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05 0.05 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.00 0.19 0.30 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.17 0.25 0.19
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.15 0.00 0.16 0.27 0.18
N2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.12 0.01 0.12 0.23 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.12 0.01 0.11 0.21 0.14
N7 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.18 0.01 0.21 0.30 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.12 0.19 0.14
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
O5' 0.06 0.13 0.03 0.03 0.14 0.01 0.16 0.01 0.16 0.17 0.15 0.12 0.12 0.18 0.13 0.04 0.06 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.18 0.00 0.22 0.33 0.23
OP1 0.06 0.13 0.07 0.08 0.13 0.06 0.18 0.06 0.19 0.17 0.16 0.12 0.11 0.21 0.12 0.07 0.11 0.05 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.24 0.05 0.04 0.23 0.02 0.28 0.01 0.30 0.25 0.27 0.23 0.21 0.30 0.19 0.05 0.07 0.08 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.03 0.03 0.16 0.01 0.19 0.01 0.20 0.19 0.18 0.15 0.14 0.21 0.14 0.05 0.06 0.06 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.28 0.14 0.13 0.19 0.13 0.44 0.10 0.44 0.18 0.25 0.56 0.16 0.17 0.18 0.17 0.08 0.08 0.07 0.06
C2 0.18 0.31 0.14 0.13 0.19 0.15 0.48 0.13 0.50 0.19 0.28 0.63 0.14 0.16 0.18 0.20 0.09 0.09 0.07 0.07
C2' 0.18 0.31 0.15 0.15 0.18 0.15 0.44 0.12 0.45 0.18 0.28 0.60 0.18 0.18 0.17 0.18 0.09 0.09 0.07 0.07
C3' 0.17 0.32 0.15 0.14 0.19 0.14 0.45 0.12 0.45 0.18 0.29 0.62 0.17 0.18 0.18 0.17 0.10 0.10 0.07 0.08
C4 0.17 0.29 0.13 0.13 0.20 0.13 0.49 0.11 0.50 0.18 0.26 0.61 0.13 0.17 0.19 0.17 0.09 0.08 0.07 0.07
C4' 0.16 0.28 0.13 0.12 0.19 0.12 0.44 0.10 0.44 0.17 0.25 0.55 0.15 0.16 0.19 0.16 0.08 0.08 0.07 0.06
C5 0.15 0.29 0.11 0.12 0.21 0.12 0.53 0.11 0.53 0.18 0.26 0.64 0.11 0.16 0.20 0.15 0.10 0.10 0.10 0.10
C5' 0.15 0.28 0.12 0.12 0.19 0.11 0.43 0.10 0.43 0.17 0.26 0.56 0.15 0.16 0.19 0.14 0.08 0.09 0.07 0.07
C6 0.14 0.30 0.11 0.12 0.20 0.11 0.55 0.11 0.55 0.17 0.27 0.68 0.09 0.16 0.19 0.14 0.11 0.11 0.10 0.10
C8 0.16 0.28 0.12 0.13 0.22 0.12 0.51 0.12 0.51 0.18 0.25 0.60 0.13 0.17 0.21 0.15 0.10 0.09 0.10 0.10
N1 0.15 0.32 0.11 0.11 0.19 0.12 0.52 0.11 0.54 0.18 0.28 0.68 0.10 0.15 0.18 0.16 0.09 0.09 0.07 0.07
N2 0.22 0.31 0.17 0.16 0.21 0.20 0.46 0.19 0.49 0.22 0.28 0.60 0.16 0.17 0.19 0.24 0.13 0.10 0.09 0.10
N3 0.19 0.30 0.15 0.14 0.20 0.15 0.46 0.12 0.48 0.19 0.27 0.60 0.15 0.17 0.18 0.20 0.09 0.08 0.06 0.07
N7 0.15 0.28 0.12 0.13 0.22 0.12 0.54 0.12 0.53 0.18 0.25 0.63 0.11 0.17 0.21 0.15 0.11 0.10 0.12 0.11
N9 0.16 0.28 0.13 0.13 0.20 0.13 0.48 0.11 0.48 0.18 0.25 0.59 0.14 0.17 0.19 0.17 0.08 0.08 0.08 0.07
O2' 0.19 0.27 0.16 0.15 0.19 0.16 0.44 0.13 0.45 0.19 0.24 0.53 0.18 0.17 0.17 0.20 0.09 0.09 0.07 0.07
O3' 0.17 0.32 0.15 0.15 0.18 0.15 0.45 0.12 0.45 0.18 0.30 0.62 0.17 0.18 0.18 0.18 0.10 0.11 0.09 0.08
O4' 0.16 0.26 0.13 0.12 0.20 0.12 0.44 0.10 0.44 0.18 0.24 0.53 0.15 0.16 0.19 0.16 0.08 0.08 0.07 0.07
O5' 0.16 0.35 0.16 0.16 0.20 0.15 0.42 0.15 0.41 0.17 0.32 0.65 0.19 0.20 0.20 0.16 0.14 0.13 0.11 0.12
O6 0.14 0.30 0.11 0.12 0.22 0.11 0.58 0.13 0.58 0.17 0.27 0.69 0.09 0.16 0.20 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14
OP1 0.14 0.36 0.13 0.15 0.19 0.13 0.39 0.15 0.38 0.15 0.34 0.65 0.17 0.18 0.21 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13
OP2 0.29 0.54 0.29 0.30 0.29 0.29 0.37 0.29 0.35 0.28 0.51 0.85 0.33 0.32 0.32 0.29 0.27 0.26 0.23 0.25
P 0.18 0.41 0.19 0.20 0.21 0.18 0.38 0.19 0.36 0.18 0.38 0.71 0.23 0.23 0.23 0.18 0.17 0.17 0.14 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.21 0.02 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.03 0.18 0.33 0.36 0.40 0.38
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.16 0.03 0.15 0.31 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06 0.05
C4 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.11 0.14 0.19 0.15
C4' 0.00 0.21 0.01 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.16 0.40 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.11 0.03 0.15 0.44 0.50 0.57 0.51
C5' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.06 0.00 0.31 0.00 0.36 0.04 0.25 0.62 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.23 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.13 0.03 0.20 0.49 0.52 0.56 0.53
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.10 0.15 0.12
N3 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.16 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.16 0.02 0.12 0.26 0.31 0.37 0.33
O2 0.01 0.01 0.13 0.31 0.04 0.40 0.03 0.62 0.02 0.01 0.03 0.00 0.23 0.28 0.06 0.34 0.70 0.75 0.81 0.79
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.23 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.16 0.28 0.03 0.00 0.10 0.01 0.11 0.17 0.13 0.12
O4 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.09 0.14 0.18 0.14
O4' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.12 0.34 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.10 0.09
O5' 0.06 0.33 0.03 0.05 0.11 0.01 0.44 0.01 0.49 0.09 0.26 0.70 0.04 0.11 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.36 0.06 0.09 0.14 0.04 0.50 0.04 0.52 0.10 0.31 0.75 0.07 0.17 0.14 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.40 0.06 0.06 0.19 0.03 0.57 0.01 0.56 0.15 0.37 0.81 0.06 0.13 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.38 0.04 0.05 0.15 0.02 0.51 0.01 0.53 0.12 0.33 0.79 0.04 0.12 0.14 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00