ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51476

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 1, 0, 0, 2, 1, 6, 5, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.037, 0.111, 0.184, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.111 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.093, 0.174, 0.255, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.103, 0.205, 0.307, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.126, 0.236, 0.346, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.236 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.140, 0.263, 0.386, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.263 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.221, 0.407, 0.593, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.407 std_dev=0.186
C5' A 0, 0.169, 0.363, 0.557, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.363 std_dev=0.194
O5' A 0, 0.267, 0.562, 0.857, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.562 std_dev=0.295
OP1 A 0, 0.368, 0.702, 1.036, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.702 std_dev=0.334
OP1 B 0, 0.270, 0.612, 0.953, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.612 std_dev=0.342
P A 0, 0.335, 0.679, 1.023, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.679 std_dev=0.344
P B 0, 0.350, 0.708, 1.065, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.708 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.357, 0.722, 1.088, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.722 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.391, 0.783, 1.175, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.783 std_dev=0.392
OP2 A 0, 0.373, 0.791, 1.208, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.791 std_dev=0.418
C5' B 0, 0.303, 0.740, 1.177, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.740 std_dev=0.437
C6 B 0, 0.442, 0.985, 1.527, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.985 std_dev=0.543
C4' B 0, 0.275, 0.838, 1.402, 2.856 max_d=2.856 avg_d=0.838 std_dev=0.563
C5 B 0, 0.467, 1.039, 1.611, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.039 std_dev=0.572
C3' B 0, 0.269, 0.846, 1.422, 2.959 max_d=2.959 avg_d=0.846 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.349, 0.958, 1.567, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.958 std_dev=0.609
N1 B 0, 0.424, 1.083, 1.742, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.083 std_dev=0.659
O3' B 0, 0.094, 0.767, 1.440, 3.646 max_d=3.646 avg_d=0.767 std_dev=0.673
C4 B 0, 0.477, 1.169, 1.861, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.169 std_dev=0.692
C1' B 0, 0.359, 1.063, 1.767, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.063 std_dev=0.704
C2' B 0, 0.294, 1.021, 1.748, 3.747 max_d=3.747 avg_d=1.021 std_dev=0.727
O4 B 0, 0.498, 1.244, 1.990, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.244 std_dev=0.746
N3 B 0, 0.481, 1.250, 2.020, 3.406 max_d=3.406 avg_d=1.250 std_dev=0.770
C2 B 0, 0.443, 1.225, 2.007, 3.691 max_d=3.691 avg_d=1.225 std_dev=0.782
O2' B 0, 0.234, 1.089, 1.945, 4.552 max_d=4.552 avg_d=1.089 std_dev=0.856
O2 B 0, 0.406, 1.332, 2.258, 4.685 max_d=4.685 avg_d=1.332 std_dev=0.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.17 0.05 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.09 0.00 0.19 0.08 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.15 0.05 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.13 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.19 0.08 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.19 0.11 0.12
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.13 0.00 0.19 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.01 0.19 0.12 0.12
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.11 0.00 0.19 0.10 0.11
N2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.08 0.01 0.19 0.08 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.00 0.19 0.07 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.01 0.19 0.14 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.18 0.08 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.15 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.07 0.12 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.16 0.06 0.07
O5' 0.07 0.09 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.17 0.11 0.08 0.08 0.17 0.11 0.02 0.08 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.00 0.19 0.13 0.13
OP1 0.17 0.19 0.15 0.13 0.19 0.12 0.19 0.06 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.15 0.12 0.16 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.08 0.06 0.09 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.04 0.04 0.10 0.03 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.14 0.09 0.04 0.06 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.33 0.45 0.40 0.10 0.48 0.09 0.38 0.14 0.30 0.21 0.46 0.54 0.44 0.13 0.48 0.18 0.07 0.20 0.07
C2 0.40 0.27 0.39 0.36 0.11 0.45 0.10 0.38 0.14 0.26 0.18 0.36 0.44 0.38 0.13 0.43 0.20 0.10 0.20 0.08
C2' 0.55 0.43 0.54 0.47 0.15 0.54 0.11 0.40 0.21 0.38 0.30 0.56 0.65 0.53 0.11 0.54 0.21 0.07 0.18 0.07
C3' 0.57 0.46 0.58 0.50 0.17 0.55 0.13 0.40 0.23 0.41 0.33 0.60 0.69 0.57 0.12 0.55 0.21 0.07 0.18 0.07
C4 0.40 0.28 0.40 0.36 0.11 0.44 0.11 0.36 0.13 0.26 0.18 0.38 0.46 0.39 0.14 0.42 0.17 0.06 0.19 0.07
C4' 0.52 0.40 0.51 0.44 0.13 0.51 0.10 0.38 0.18 0.35 0.27 0.54 0.62 0.50 0.12 0.51 0.19 0.06 0.19 0.07
C5 0.34 0.23 0.35 0.32 0.13 0.38 0.13 0.31 0.12 0.22 0.16 0.31 0.40 0.35 0.17 0.36 0.14 0.08 0.18 0.09
C5' 0.49 0.37 0.48 0.42 0.12 0.48 0.10 0.35 0.16 0.33 0.25 0.51 0.59 0.48 0.12 0.47 0.17 0.08 0.21 0.09
C6 0.29 0.20 0.30 0.29 0.15 0.33 0.15 0.29 0.13 0.19 0.15 0.26 0.34 0.31 0.18 0.31 0.14 0.10 0.18 0.11
C8 0.38 0.26 0.38 0.34 0.13 0.41 0.13 0.32 0.12 0.24 0.17 0.36 0.45 0.38 0.17 0.39 0.15 0.07 0.19 0.08
N1 0.33 0.22 0.33 0.32 0.13 0.38 0.12 0.33 0.12 0.21 0.15 0.29 0.37 0.33 0.16 0.35 0.16 0.08 0.19 0.09
N2 0.43 0.30 0.41 0.38 0.12 0.47 0.11 0.40 0.17 0.29 0.20 0.39 0.46 0.39 0.13 0.46 0.24 0.16 0.24 0.13
N3 0.43 0.30 0.42 0.38 0.11 0.47 0.10 0.39 0.14 0.28 0.20 0.41 0.49 0.41 0.13 0.46 0.20 0.09 0.20 0.08
N7 0.33 0.23 0.34 0.31 0.15 0.36 0.15 0.29 0.13 0.21 0.16 0.31 0.40 0.35 0.19 0.34 0.14 0.09 0.19 0.10
N9 0.42 0.29 0.41 0.37 0.11 0.44 0.11 0.36 0.13 0.27 0.18 0.40 0.49 0.41 0.15 0.43 0.17 0.06 0.19 0.06
O2' 0.56 0.44 0.55 0.47 0.15 0.55 0.11 0.41 0.21 0.40 0.31 0.59 0.66 0.52 0.11 0.56 0.22 0.08 0.20 0.08
O3' 0.65 0.55 0.66 0.57 0.24 0.61 0.18 0.43 0.29 0.49 0.41 0.70 0.79 0.65 0.17 0.61 0.25 0.08 0.16 0.08
O4' 0.45 0.32 0.44 0.39 0.11 0.47 0.10 0.36 0.13 0.29 0.20 0.45 0.53 0.43 0.15 0.47 0.17 0.06 0.20 0.07
O5' 0.45 0.34 0.45 0.39 0.12 0.43 0.12 0.30 0.14 0.29 0.22 0.47 0.56 0.45 0.15 0.42 0.14 0.15 0.27 0.15
O6 0.23 0.17 0.25 0.24 0.18 0.26 0.18 0.23 0.15 0.17 0.15 0.21 0.27 0.26 0.20 0.24 0.14 0.16 0.19 0.15
OP1 0.42 0.30 0.40 0.36 0.13 0.43 0.14 0.35 0.16 0.28 0.19 0.41 0.49 0.39 0.16 0.43 0.21 0.16 0.23 0.16
OP2 0.42 0.31 0.42 0.36 0.09 0.40 0.09 0.28 0.12 0.27 0.20 0.45 0.53 0.42 0.12 0.40 0.12 0.13 0.23 0.12
P 0.41 0.30 0.41 0.36 0.08 0.41 0.09 0.29 0.11 0.26 0.18 0.43 0.51 0.41 0.11 0.40 0.13 0.12 0.23 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.10 0.12 0.15 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.10 0.12 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.08 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.08 0.09 0.12 0.08
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.07 0.07 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.13 0.12 0.10
O4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.02 0.10 0.13 0.16 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05
O5' 0.03 0.06 0.03 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.07 0.12 0.02 0.12 0.03 0.09 0.06 0.09 0.05 0.07 0.13 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.06 0.07 0.15 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.08 0.06 0.12 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05 0.10 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00