ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.025, 0.056, 0.086, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.056 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.027, 0.063, 0.099, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.084, 0.146, 0.208, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.146 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.050, 0.117, 0.184, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.117 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.041, 0.122, 0.202, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.122 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.106, 0.187, 0.269, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.187 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.155, 0.258, 0.361, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.258 std_dev=0.103
OP2 B 0, 0.101, 0.238, 0.374, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.238 std_dev=0.136
O4 B 0, 0.118, 0.265, 0.413, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.265 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.200, 0.348, 0.496, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.348 std_dev=0.148
C5 B 0, 0.096, 0.250, 0.404, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.250 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.109, 0.264, 0.418, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.154
P B 0, 0.079, 0.239, 0.399, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.239 std_dev=0.160
O5' B 0, 0.113, 0.281, 0.449, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.281 std_dev=0.168
P A 0, 0.151, 0.320, 0.490, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.320 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.160, 0.330, 0.500, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.330 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.183, 0.366, 0.548, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.366 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.064, 0.252, 0.439, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.252 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.098, 0.292, 0.486, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.292 std_dev=0.194
OP1 A 0, 0.217, 0.418, 0.619, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.418 std_dev=0.201
OP1 B 0, 0.097, 0.303, 0.509, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.303 std_dev=0.206
O4' B 0, 0.059, 0.269, 0.480, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.269 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.053, 0.265, 0.477, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.265 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.108, 0.320, 0.532, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.320 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.074, 0.295, 0.516, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.295 std_dev=0.221
C2' B 0, 0.082, 0.326, 0.570, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.326 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.028, 0.274, 0.520, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.274 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.111, 0.359, 0.607, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.359 std_dev=0.248
O2 B 0, 0.061, 0.334, 0.607, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.334 std_dev=0.273
O2' B 0, 0.135, 0.410, 0.685, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.410 std_dev=0.275
O3' B 0, 0.108, 0.409, 0.709, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.409 std_dev=0.301

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.07 0.15 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.05 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.11 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.14 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.07 0.15 0.07
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.07 0.15 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.13 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.15 0.07
N2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.01 0.07 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.14 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.15 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.12 0.04 0.05
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.14 0.06 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.08 0.12 0.07
O5' 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.07 0.16 0.07
OP1 0.09 0.07 0.10 0.11 0.07 0.09 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.14 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.15 0.05 0.03 0.14 0.05 0.15 0.04 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.04 0.06 0.12 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.10 0.05 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.08 0.15 0.09 0.04 0.10 0.03 0.03
C2 0.09 0.17 0.07 0.07 0.14 0.08 0.08 0.05 0.07 0.11 0.18 0.19 0.08 0.08 0.14 0.12 0.04 0.12 0.04 0.04
C2' 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.07 0.07 0.04 0.04
C3' 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.05 0.09 0.04 0.03
C4 0.06 0.12 0.05 0.04 0.13 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.16 0.14 0.07 0.06 0.16 0.08 0.06 0.12 0.05 0.06
C4' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.10 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.04 0.13 0.05 0.06
C5 0.08 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.08 0.17 0.15 0.09 0.09 0.15 0.09 0.10 0.14 0.09 0.10
C5' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.04 0.14 0.07 0.07
C6 0.10 0.15 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.10 0.18 0.19 0.11 0.10 0.14 0.10 0.13 0.16 0.12 0.13
C8 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.11 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.16 0.10 0.09 0.12 0.07 0.08
N1 0.04 0.16 0.06 0.05 0.13 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.18 0.19 0.07 0.04 0.13 0.06 0.09 0.15 0.08 0.10
N2 0.15 0.19 0.13 0.13 0.15 0.14 0.10 0.11 0.11 0.15 0.19 0.21 0.13 0.13 0.14 0.17 0.09 0.12 0.08 0.05
N3 0.10 0.15 0.08 0.07 0.15 0.07 0.10 0.05 0.09 0.11 0.18 0.17 0.10 0.08 0.16 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04
N7 0.11 0.12 0.11 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.12 0.16 0.14 0.11 0.12 0.16 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11
N9 0.06 0.09 0.05 0.05 0.12 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.13 0.11 0.07 0.07 0.16 0.08 0.06 0.11 0.05 0.05
O2' 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.08
O3' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.11 0.05 0.10 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.12 0.10 0.05 0.09 0.06 0.04
O4' 0.07 0.09 0.08 0.06 0.11 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.11 0.07 0.15 0.08 0.04 0.14 0.06 0.06
O5' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.05 0.16 0.06 0.08
O6 0.17 0.18 0.18 0.19 0.14 0.19 0.15 0.20 0.18 0.16 0.19 0.22 0.18 0.18 0.14 0.18 0.19 0.18 0.16 0.16
OP1 0.11 0.12 0.13 0.11 0.15 0.08 0.14 0.06 0.13 0.12 0.14 0.13 0.16 0.11 0.18 0.10 0.09 0.19 0.08 0.10
OP2 0.17 0.09 0.15 0.16 0.11 0.18 0.17 0.17 0.19 0.15 0.08 0.07 0.15 0.18 0.12 0.21 0.18 0.25 0.17 0.19
P 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.07 0.14 0.10 0.09 0.07 0.12 0.11 0.13 0.13 0.10 0.19 0.07 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07 0.07
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.08 0.06
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.08 0.12 0.08
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.13 0.08 0.09
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.04 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.10 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
O5' 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.08 0.13 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.07 0.05 0.10 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.12 0.13 0.08 0.04 0.10 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00