ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.017, 0.043, 0.070, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.073, 0.149, 0.224, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.149 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.100, 0.228, 0.355, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.228 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.124, 0.277, 0.429, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.277 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.064, 0.226, 0.388, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.226 std_dev=0.162
OP1 B 0, 0.072, 0.293, 0.513, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.293 std_dev=0.220
O2' A 0, 0.136, 0.359, 0.583, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.359 std_dev=0.223
O3' A 0, 0.017, 0.257, 0.496, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.257 std_dev=0.240
P B 0, 0.065, 0.320, 0.576, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.320 std_dev=0.255
O5' B 0, 0.044, 0.343, 0.643, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.343 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.199, 0.504, 0.809, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.504 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.207, 0.524, 0.841, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.524 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.150, 0.493, 0.836, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.493 std_dev=0.343
OP2 B 0, 0.082, 0.433, 0.784, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.433 std_dev=0.351
O5' A 0, 0.287, 0.648, 1.008, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.648 std_dev=0.360
OP2 A 0, 0.229, 0.595, 0.960, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.595 std_dev=0.366
P A 0, 0.094, 0.460, 0.826, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.460 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.201, 0.571, 0.942, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.571 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.158, 0.529, 0.900, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.529 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.142, 0.527, 0.912, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.527 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.149, 0.534, 0.919, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.534 std_dev=0.385
OP1 A 0, 0.182, 0.569, 0.957, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.569 std_dev=0.387
C3' B 0, 0.120, 0.517, 0.915, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.517 std_dev=0.398
O4 B 0, 0.219, 0.630, 1.040, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.630 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.120, 0.537, 0.954, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.537 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.132, 0.552, 0.972, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.552 std_dev=0.420
O3' B 0, 0.133, 0.559, 0.986, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.559 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.165, 0.596, 1.027, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.596 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.128, 0.583, 1.039, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.583 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.270, 0.746, 1.221, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.746 std_dev=0.475
O2' B 0, 0.140, 0.629, 1.118, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.629 std_dev=0.489
O2 B 0, 0.074, 0.646, 1.217, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.646 std_dev=0.571

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.03 0.18 0.16 0.19
C2 0.06 0.00 0.11 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.09 0.05 0.35 0.02 0.32 0.35 0.35
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.09 0.07 0.10 0.13 0.11 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.21 0.09 0.20 0.11 0.18
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.10 0.07 0.13 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.29 0.06 0.25 0.12 0.22
C4 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.03 0.32 0.02 0.30 0.32 0.33
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.20 0.04
C5 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.07 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.02 0.36 0.01 0.34 0.37 0.36
C5' 0.05 0.17 0.03 0.04 0.18 0.01 0.26 0.00 0.27 0.26 0.22 0.14 0.13 0.30 0.17 0.06 0.05 0.02 0.01 0.31 0.21 0.39 0.01
C6 0.04 0.01 0.09 0.05 0.01 0.07 0.00 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.04 0.02 0.38 0.00 0.35 0.39 0.38
C8 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.10 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.33 0.03 0.31 0.32 0.33
N1 0.05 0.01 0.10 0.07 0.01 0.06 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.05 0.03 0.37 0.02 0.34 0.38 0.37
N2 0.06 0.00 0.13 0.13 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.13 0.06 0.34 0.04 0.30 0.34 0.34
N3 0.06 0.00 0.11 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.19 0.08 0.06 0.32 0.02 0.29 0.31 0.33
N7 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.10 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.03 0.36 0.04 0.34 0.38 0.37
N9 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.28 0.02 0.27 0.27 0.29
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.05 0.13 0.06 0.17 0.06 0.20 0.23 0.19 0.09 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.17 0.16 0.09 0.07
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.11 0.05 0.13 0.08 0.10 0.05 0.05 0.00 0.01 0.22 0.06 0.19 0.17 0.14
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.02 0.17 0.16 0.15
O5' 0.16 0.35 0.21 0.29 0.32 0.02 0.36 0.01 0.38 0.33 0.37 0.34 0.32 0.36 0.28 0.07 0.22 0.11 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.06 0.02 0.09 0.01 0.31 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.17 0.06 0.02 0.38 0.00 0.36 0.40 0.38
OP1 0.18 0.32 0.20 0.25 0.30 0.14 0.34 0.21 0.35 0.31 0.34 0.30 0.29 0.34 0.27 0.16 0.19 0.17 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.35 0.11 0.12 0.32 0.20 0.37 0.39 0.39 0.32 0.38 0.34 0.31 0.38 0.27 0.09 0.17 0.16 0.02 0.40 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.18 0.22 0.33 0.04 0.36 0.01 0.38 0.33 0.37 0.34 0.33 0.37 0.29 0.07 0.14 0.15 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.12 0.15 0.07 0.06 0.12 0.12 0.05
C2 0.12 0.11 0.14 0.15 0.17 0.14 0.16 0.14 0.13 0.11 0.13 0.10 0.14 0.17 0.20 0.12 0.13 0.20 0.15 0.11
C2' 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.13 0.12 0.09 0.06 0.21 0.11
C3' 0.13 0.17 0.14 0.14 0.20 0.14 0.19 0.12 0.16 0.15 0.18 0.18 0.17 0.16 0.22 0.13 0.13 0.09 0.22 0.13
C4 0.11 0.10 0.13 0.14 0.16 0.13 0.16 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.15 0.17 0.19 0.11 0.13 0.20 0.12 0.10
C4' 0.12 0.13 0.14 0.15 0.15 0.14 0.15 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.19 0.20 0.17 0.11 0.11 0.07 0.18 0.09
C5 0.15 0.12 0.17 0.17 0.16 0.18 0.17 0.16 0.14 0.12 0.13 0.11 0.20 0.21 0.19 0.15 0.16 0.23 0.13 0.13
C5' 0.33 0.32 0.38 0.39 0.33 0.36 0.33 0.32 0.32 0.32 0.33 0.32 0.44 0.44 0.35 0.31 0.33 0.23 0.33 0.27
C6 0.16 0.13 0.19 0.19 0.15 0.20 0.16 0.18 0.14 0.13 0.13 0.12 0.21 0.23 0.18 0.17 0.18 0.25 0.14 0.15
C8 0.16 0.12 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.16 0.15 0.13 0.14 0.11 0.21 0.21 0.20 0.16 0.16 0.22 0.13 0.13
N1 0.14 0.12 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.16 0.13 0.12 0.13 0.11 0.18 0.20 0.19 0.15 0.17 0.25 0.13 0.13
N2 0.13 0.11 0.14 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.13 0.11 0.13 0.10 0.14 0.15 0.20 0.14 0.12 0.14 0.20 0.11
N3 0.10 0.10 0.12 0.13 0.16 0.12 0.16 0.11 0.12 0.09 0.13 0.08 0.13 0.16 0.21 0.10 0.12 0.17 0.14 0.10
N7 0.18 0.14 0.20 0.20 0.17 0.21 0.17 0.18 0.16 0.15 0.14 0.13 0.24 0.24 0.19 0.18 0.18 0.24 0.14 0.15
N9 0.11 0.09 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.11 0.12 0.09 0.12 0.08 0.15 0.17 0.19 0.11 0.11 0.18 0.12 0.09
O2' 0.25 0.22 0.22 0.20 0.12 0.23 0.13 0.22 0.18 0.22 0.17 0.26 0.21 0.18 0.09 0.26 0.23 0.21 0.27 0.22
O3' 0.12 0.17 0.11 0.11 0.17 0.12 0.15 0.11 0.12 0.14 0.17 0.19 0.14 0.11 0.18 0.13 0.11 0.07 0.23 0.12
O4' 0.09 0.08 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.15 0.17 0.16 0.08 0.07 0.12 0.13 0.06
O5' 0.45 0.43 0.44 0.43 0.33 0.45 0.32 0.45 0.37 0.42 0.38 0.47 0.46 0.43 0.28 0.46 0.37 0.29 0.42 0.35
O6 0.19 0.13 0.21 0.22 0.14 0.23 0.17 0.21 0.16 0.14 0.12 0.14 0.25 0.26 0.16 0.19 0.20 0.24 0.18 0.17
OP1 0.43 0.41 0.44 0.43 0.31 0.44 0.30 0.42 0.35 0.40 0.36 0.46 0.47 0.45 0.27 0.43 0.35 0.25 0.42 0.33
OP2 0.39 0.40 0.41 0.42 0.36 0.39 0.36 0.40 0.38 0.40 0.38 0.43 0.42 0.43 0.33 0.38 0.35 0.23 0.46 0.35
P 0.42 0.41 0.42 0.41 0.33 0.42 0.33 0.42 0.37 0.41 0.37 0.45 0.44 0.42 0.29 0.42 0.35 0.25 0.43 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.08 0.12 0.04
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.04 0.10 0.11 0.04 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.13 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.09 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.15 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.14 0.15 0.11 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.17 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.17 0.15 0.11 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.11 0.00 0.01 0.13 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.04 0.17 0.12 0.07 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.13 0.10 0.05 0.06
N3 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.03 0.11 0.13 0.06 0.07
O2 0.05 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.13 0.02 0.06 0.09 0.11 0.08 0.05
O2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.15 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.16 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.11 0.03 0.11 0.03 0.05 0.13 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.13 0.21 0.10
O4 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.01 0.13 0.17 0.16 0.12
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.16 0.07
O5' 0.09 0.10 0.03 0.08 0.14 0.00 0.17 0.01 0.17 0.13 0.11 0.09 0.05 0.15 0.13 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.11 0.08 0.10 0.15 0.11 0.15 0.13 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.17 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.04 0.13 0.15 0.11 0.17 0.11 0.20 0.07 0.05 0.06 0.08 0.16 0.21 0.16 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.05 0.10 0.00 0.12 0.01 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.10 0.12 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00