ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O2' A 0, 0.007, 0.056, 0.105, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.056 std_dev=0.049
C2' A 0, -0.018, 0.039, 0.096, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.039 std_dev=0.057
O4' A 0, -0.012, 0.055, 0.122, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.055 std_dev=0.067
C3' A 0, -0.020, 0.077, 0.174, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.077 std_dev=0.097
C4' A 0, -0.009, 0.090, 0.190, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.090 std_dev=0.099
O3' A 0, -0.006, 0.119, 0.245, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.119 std_dev=0.125
P B 0, 0.161, 0.299, 0.436, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.299 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.144, 0.282, 0.420, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.282 std_dev=0.138
C5' B 0, 0.160, 0.307, 0.454, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.307 std_dev=0.147
O4 B 0, 0.165, 0.316, 0.468, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.316 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.021, 0.176, 0.332, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.176 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.130, 0.299, 0.469, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.299 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.202, 0.372, 0.542, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.372 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.194, 0.370, 0.546, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.370 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.206, 0.388, 0.571, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.388 std_dev=0.182
C4' B 0, 0.202, 0.385, 0.567, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.385 std_dev=0.183
P A 0, 0.217, 0.405, 0.593, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.405 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.172, 0.370, 0.568, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.370 std_dev=0.198
OP2 B 0, 0.141, 0.347, 0.553, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.347 std_dev=0.206
OP2 A 0, 0.248, 0.462, 0.677, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.462 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.116, 0.331, 0.546, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.331 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.219, 0.436, 0.653, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.436 std_dev=0.217
O3' B 0, 0.264, 0.485, 0.707, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.485 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.275, 0.505, 0.736, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.505 std_dev=0.230
O2' B 0, 0.253, 0.483, 0.714, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.483 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.236, 0.467, 0.698, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.467 std_dev=0.231
C6 B 0, -0.061, 0.672, 1.405, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.672 std_dev=0.733
N3 B 0, -0.063, 0.693, 1.450, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.693 std_dev=0.756
C5 B 0, -0.109, 0.672, 1.453, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.672 std_dev=0.781
C2 B 0, -0.051, 0.769, 1.588, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.769 std_dev=0.820
O2 B 0, -0.426, 1.192, 2.809, 4.774 max_d=4.774 avg_d=1.192 std_dev=1.617

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.08 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.10 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.11 0.09 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.00 0.12 0.11 0.13
C8 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.09 0.06 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.12
N2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.08 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.11 0.09 0.12
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.17 0.16 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.10
O5' 0.04 0.09 0.05 0.10 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.05 0.14 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.14
OP1 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.03 0.11 0.07 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.05 0.17 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.08 0.10 0.12 0.07 0.03 0.09 0.02 0.11 0.06 0.10 0.08 0.06 0.09 0.04 0.08 0.16 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.06 0.10 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.04 0.16 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.90 0.10 0.11 0.05 0.12 0.82 0.14 0.78 0.08 0.79 1.69 0.10 0.13 0.06 0.16 0.16 0.23 0.06 0.11
C2 0.12 0.87 0.10 0.11 0.05 0.13 0.79 0.15 0.76 0.07 0.73 1.65 0.10 0.13 0.04 0.16 0.16 0.19 0.07 0.11
C2' 0.07 0.82 0.06 0.07 0.07 0.08 0.83 0.10 0.80 0.04 0.71 1.59 0.07 0.09 0.05 0.11 0.13 0.16 0.08 0.08
C3' 0.06 0.83 0.05 0.04 0.07 0.06 0.84 0.09 0.81 0.03 0.73 1.60 0.06 0.06 0.05 0.10 0.13 0.16 0.07 0.08
C4 0.11 0.88 0.10 0.10 0.06 0.12 0.81 0.15 0.78 0.07 0.76 1.68 0.10 0.13 0.06 0.15 0.18 0.23 0.06 0.11
C4' 0.12 0.92 0.10 0.09 0.06 0.11 0.80 0.14 0.77 0.09 0.83 1.71 0.10 0.10 0.10 0.16 0.17 0.24 0.05 0.12
C5 0.10 0.87 0.09 0.10 0.07 0.11 0.81 0.15 0.79 0.07 0.75 1.66 0.10 0.12 0.07 0.14 0.20 0.23 0.06 0.10
C5' 0.13 0.95 0.11 0.10 0.07 0.12 0.80 0.16 0.76 0.10 0.86 1.75 0.10 0.11 0.12 0.17 0.19 0.26 0.06 0.14
C6 0.09 0.85 0.09 0.09 0.07 0.11 0.80 0.15 0.78 0.06 0.72 1.62 0.10 0.12 0.07 0.14 0.21 0.22 0.07 0.10
C8 0.09 0.87 0.08 0.08 0.07 0.10 0.84 0.14 0.81 0.06 0.76 1.67 0.09 0.11 0.07 0.13 0.19 0.23 0.06 0.10
N1 0.10 0.85 0.10 0.10 0.06 0.12 0.79 0.15 0.78 0.07 0.72 1.63 0.10 0.13 0.05 0.15 0.19 0.20 0.07 0.10
N2 0.13 0.85 0.12 0.12 0.04 0.14 0.76 0.14 0.73 0.09 0.72 1.61 0.11 0.14 0.03 0.17 0.13 0.13 0.08 0.09
N3 0.12 0.88 0.11 0.11 0.04 0.13 0.80 0.15 0.76 0.08 0.76 1.67 0.10 0.13 0.05 0.17 0.16 0.21 0.07 0.11
N7 0.09 0.86 0.09 0.09 0.08 0.10 0.82 0.14 0.80 0.06 0.75 1.65 0.09 0.11 0.07 0.13 0.20 0.23 0.06 0.10
N9 0.10 0.89 0.10 0.10 0.06 0.11 0.83 0.14 0.79 0.07 0.77 1.68 0.10 0.12 0.06 0.15 0.17 0.23 0.06 0.11
O2' 0.11 0.84 0.10 0.10 0.06 0.11 0.80 0.13 0.75 0.07 0.72 1.58 0.10 0.13 0.05 0.15 0.14 0.17 0.07 0.09
O3' 0.04 0.80 0.04 0.04 0.08 0.04 0.84 0.08 0.81 0.03 0.70 1.56 0.05 0.04 0.05 0.08 0.11 0.14 0.08 0.06
O4' 0.15 0.95 0.13 0.12 0.07 0.14 0.80 0.17 0.75 0.11 0.85 1.75 0.12 0.14 0.11 0.19 0.19 0.27 0.06 0.15
O5' 0.02 0.80 0.05 0.04 0.13 0.03 0.94 0.07 0.90 0.06 0.70 1.60 0.08 0.03 0.10 0.07 0.10 0.15 0.14 0.04
O6 0.09 0.82 0.10 0.10 0.08 0.11 0.77 0.15 0.76 0.07 0.70 1.57 0.11 0.12 0.08 0.13 0.23 0.20 0.08 0.09
OP1 0.03 0.77 0.06 0.04 0.17 0.04 0.99 0.07 0.94 0.08 0.66 1.58 0.09 0.03 0.13 0.07 0.09 0.15 0.18 0.06
OP2 0.04 0.76 0.06 0.04 0.17 0.06 0.97 0.10 0.92 0.09 0.65 1.55 0.08 0.04 0.13 0.08 0.12 0.17 0.18 0.06
P 0.04 0.77 0.07 0.05 0.17 0.04 0.99 0.07 0.95 0.09 0.66 1.57 0.09 0.03 0.13 0.06 0.09 0.15 0.18 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.18 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.18 0.31 0.01 0.35 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.17 0.01 0.23 0.56 0.66 0.94 0.78
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.00 0.17 0.02 0.21 0.01 0.11 0.34 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.21 0.11 0.08
C3' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.06 0.01 0.32 0.02 0.37 0.03 0.21 0.63 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.23 0.08 0.06
C4 0.05 0.01 0.04 0.06 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.30 0.18 0.08 0.15
C4' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.10 0.00 0.39 0.00 0.45 0.04 0.23 0.73 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.19 0.07 0.03
C5 0.05 0.01 0.17 0.32 0.01 0.39 0.00 0.66 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.22 0.04 0.22 0.89 0.87 0.79 0.86
C5' 0.03 0.53 0.02 0.02 0.18 0.00 0.66 0.00 0.72 0.10 0.36 1.14 0.01 0.04 0.16 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01
C6 0.05 0.01 0.21 0.37 0.02 0.45 0.01 0.72 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.25 0.04 0.27 0.95 0.93 0.79 0.89
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.19 0.19 0.11 0.10
N3 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.23 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.14 0.37 0.55 0.82 0.63
O2 0.05 0.00 0.34 0.63 0.01 0.73 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.36 0.01 0.45 1.29 1.41 1.73 1.58
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.11 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.22 0.13 0.09
O3' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.06 0.01 0.22 0.04 0.25 0.03 0.11 0.36 0.03 0.00 0.05 0.03 0.11 0.22 0.08 0.05
O4 0.05 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.04 0.16 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.27 0.13 0.11 0.11
O4' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.27 0.01 0.14 0.45 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.13 0.13 0.03
O5' 0.09 0.56 0.04 0.06 0.30 0.01 0.89 0.00 0.95 0.19 0.37 1.29 0.03 0.11 0.27 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.66 0.21 0.23 0.18 0.19 0.87 0.12 0.93 0.19 0.55 1.41 0.22 0.22 0.13 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.94 0.11 0.08 0.08 0.07 0.79 0.05 0.79 0.11 0.82 1.73 0.13 0.08 0.11 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.78 0.08 0.06 0.15 0.03 0.86 0.01 0.89 0.10 0.63 1.58 0.09 0.05 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00