ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51482

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.009, 0.033, 0.058, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.022, 0.048, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.014, 0.045, 0.076, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.043 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.012, 0.050, 0.088, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.050 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.013, 0.057, 0.100, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.057 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.005, 0.049, 0.093, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.049 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.010, 0.058, 0.105, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.058 std_dev=0.048
C2' A 0, -0.029, 0.370, 0.769, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.370 std_dev=0.399
P B 0, 0.163, 0.563, 0.964, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.563 std_dev=0.401
OP1 B 0, 0.078, 0.483, 0.888, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.483 std_dev=0.405
O4' A 0, -0.059, 0.407, 0.873, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.407 std_dev=0.466
OP2 B 0, 0.228, 0.807, 1.386, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.807 std_dev=0.579
O2' A 0, 0.233, 0.863, 1.494, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.863 std_dev=0.631
O5' B 0, 0.279, 0.997, 1.715, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.997 std_dev=0.718
C4' A 0, 0.182, 0.911, 1.641, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.911 std_dev=0.729
C3' A 0, 0.299, 1.161, 2.022, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.161 std_dev=0.861
C5' A 0, 0.101, 1.166, 2.230, 3.002 max_d=3.002 avg_d=1.166 std_dev=1.064
O3' A 0, 0.519, 2.019, 3.520, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.019 std_dev=1.500
C5' B 0, 0.465, 2.057, 3.648, 4.123 max_d=4.123 avg_d=2.057 std_dev=1.591
O5' A 0, 0.292, 1.977, 3.663, 4.848 max_d=4.848 avg_d=1.977 std_dev=1.686
P A 0, 0.197, 2.379, 4.561, 6.398 max_d=6.398 avg_d=2.379 std_dev=2.182
C4' B 0, 0.450, 2.864, 5.277, 5.908 max_d=5.908 avg_d=2.864 std_dev=2.414
OP2 A 0, 0.743, 3.174, 5.605, 6.913 max_d=6.913 avg_d=3.174 std_dev=2.431
OP1 A 0, -0.390, 2.420, 5.231, 7.932 max_d=7.932 avg_d=2.420 std_dev=2.811
O3' B 0, 0.418, 3.350, 6.283, 7.047 max_d=7.047 avg_d=3.350 std_dev=2.933
O4' B 0, 0.654, 3.685, 6.716, 7.361 max_d=7.361 avg_d=3.685 std_dev=3.031
C3' B 0, 0.102, 3.154, 6.206, 7.098 max_d=7.098 avg_d=3.154 std_dev=3.052
C6 B 0, 1.236, 5.054, 8.872, 9.040 max_d=9.040 avg_d=5.054 std_dev=3.818
C1' B 0, 0.760, 4.592, 8.425, 9.177 max_d=9.177 avg_d=4.592 std_dev=3.833
N1 B 0, 1.081, 5.035, 8.988, 9.352 max_d=9.352 avg_d=5.035 std_dev=3.953
C2' B 0, 0.244, 4.247, 8.251, 9.299 max_d=9.299 avg_d=4.247 std_dev=4.004
C5 B 0, 1.392, 5.622, 9.852, 9.393 max_d=9.393 avg_d=5.622 std_dev=4.230
C2 B 0, 1.378, 5.710, 10.041, 9.953 max_d=9.953 avg_d=5.710 std_dev=4.332
O2 B 0, 1.573, 5.944, 10.315, 10.274 max_d=10.274 avg_d=5.944 std_dev=4.371
N3 B 0, 1.458, 6.217, 10.976, 10.685 max_d=10.685 avg_d=6.217 std_dev=4.759
C4 B 0, 1.344, 6.192, 11.039, 11.351 max_d=11.351 avg_d=6.192 std_dev=4.848
O2' B 0, 0.284, 5.313, 10.341, 11.615 max_d=11.615 avg_d=5.313 std_dev=5.028
O4 B 0, 1.290, 6.758, 12.226, 13.666 max_d=13.666 avg_d=6.758 std_dev=5.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.27 0.00 0.17 0.01 0.16 0.19 0.25
C2 0.03 0.00 0.27 0.22 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.61 0.51 0.20 0.32 0.01 0.15 0.60 0.22
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.15 0.14 0.11 0.22 0.31 0.26 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.49 0.12 0.38 0.42 0.56
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.23 0.01 0.34 0.04 0.33 0.45 0.25 0.26 0.20 0.46 0.25 0.03 0.01 0.02 0.37 0.38 0.37 0.10 0.29
C4 0.01 0.01 0.15 0.23 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.23 0.10 0.38 0.00 0.22 0.64 0.36
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.19 0.12 0.06 0.04 0.20 0.10 0.31 0.02 0.00 0.02 0.19 0.06 0.29 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.16 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.13 0.06 0.53 0.01 0.40 0.91 0.53
C5' 0.05 0.19 0.15 0.04 0.18 0.01 0.27 0.00 0.29 0.26 0.26 0.18 0.14 0.30 0.16 0.16 0.24 0.02 0.00 0.34 0.27 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.33 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.53 0.19 0.11 0.54 0.00 0.34 0.98 0.51
C8 0.01 0.01 0.11 0.45 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.30 0.10 0.64 0.02 0.65 0.83 0.69
N1 0.02 0.01 0.22 0.25 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.60 0.35 0.17 0.44 0.01 0.19 0.81 0.36
N2 0.04 0.00 0.31 0.26 0.02 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.65 0.68 0.24 0.29 0.02 0.28 0.50 0.15
N3 0.02 0.01 0.26 0.20 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.54 0.51 0.17 0.25 0.01 0.09 0.49 0.19
N7 0.00 0.01 0.04 0.46 0.00 0.20 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.28 0.04 0.67 0.02 0.65 1.05 0.73
N9 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.05 0.00 0.39 0.01 0.33 0.54 0.41
O2' 0.03 0.61 0.01 0.03 0.43 0.31 0.43 0.16 0.53 0.20 0.60 0.65 0.54 0.31 0.23 0.00 0.02 0.21 0.28 0.53 0.10 0.36 0.34
O3' 0.27 0.51 0.02 0.01 0.23 0.02 0.13 0.24 0.19 0.30 0.35 0.68 0.51 0.28 0.05 0.02 0.00 0.17 0.26 0.20 0.59 0.47 0.33
O4' 0.00 0.20 0.03 0.02 0.10 0.00 0.06 0.02 0.11 0.10 0.17 0.24 0.17 0.04 0.00 0.21 0.17 0.00 0.19 0.10 0.13 0.25 0.16
O5' 0.17 0.32 0.49 0.37 0.38 0.02 0.53 0.00 0.54 0.64 0.44 0.29 0.25 0.67 0.39 0.28 0.26 0.19 0.00 0.62 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.19 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.53 0.20 0.10 0.62 0.00 0.43 1.13 0.61
OP1 0.16 0.15 0.38 0.37 0.22 0.06 0.40 0.27 0.34 0.65 0.19 0.28 0.09 0.65 0.33 0.10 0.59 0.13 0.02 0.43 0.00 0.00 0.01
OP2 0.19 0.60 0.42 0.10 0.64 0.29 0.91 0.40 0.98 0.83 0.81 0.50 0.49 1.05 0.54 0.36 0.47 0.25 0.01 1.13 0.00 0.00 0.00
P 0.25 0.22 0.56 0.29 0.36 0.04 0.53 0.01 0.51 0.69 0.36 0.15 0.19 0.73 0.41 0.34 0.33 0.16 0.00 0.61 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.18 2.49 0.77 0.16 3.71 0.61 3.22 0.83 2.41 2.05 3.29 2.17 0.76 0.60 4.37 1.08 0.37 0.20 0.08 0.06
C2 0.81 1.84 0.55 0.18 2.74 0.38 2.45 0.65 1.82 1.52 2.40 1.58 0.46 0.44 3.13 0.69 0.28 0.18 0.06 0.06
C2' 1.29 2.76 0.80 0.38 3.98 0.33 3.39 0.48 2.54 2.23 3.59 2.48 0.62 0.64 4.71 1.05 0.48 0.15 0.26 0.34
C3' 1.38 2.88 0.86 0.21 4.17 0.44 3.57 0.57 2.69 2.35 3.75 2.58 0.73 0.49 4.94 1.17 0.46 0.17 0.23 0.30
C4 1.12 2.19 0.90 0.23 3.25 0.60 2.92 0.79 2.22 1.87 2.85 1.89 0.90 0.33 3.77 0.97 0.35 0.22 0.06 0.07
C4' 1.26 2.66 0.84 0.27 4.02 0.69 3.48 0.89 2.60 2.19 3.53 2.30 0.88 0.75 4.79 1.13 0.37 0.30 0.10 0.04
C5 1.20 2.09 1.16 0.49 3.10 0.70 2.86 0.83 2.24 1.85 2.68 1.78 1.22 0.24 3.56 0.99 0.33 0.26 0.10 0.10
C5' 1.16 2.50 0.85 0.38 3.93 0.71 3.44 0.91 2.54 2.08 3.39 2.10 0.96 0.88 4.72 1.01 0.29 0.52 0.24 0.20
C6 1.07 1.80 1.14 0.55 2.68 0.66 2.52 0.79 1.98 1.62 2.30 1.52 1.19 0.24 3.06 0.85 0.29 0.29 0.13 0.13
C8 1.37 2.42 1.24 0.49 3.58 0.76 3.27 0.89 2.54 2.12 3.11 2.07 1.33 0.33 4.17 1.14 0.37 0.25 0.08 0.09
N1 0.87 1.67 0.81 0.30 2.50 0.50 2.32 0.68 1.78 1.45 2.16 1.41 0.79 0.15 2.85 0.70 0.26 0.24 0.08 0.10
N2 0.67 1.72 0.42 0.53 2.53 0.22 2.25 0.55 1.67 1.39 2.24 1.47 0.35 0.75 2.82 0.48 0.21 0.15 0.14 0.06
N3 0.93 2.09 0.58 0.17 3.10 0.45 2.71 0.71 2.01 1.71 2.74 1.81 0.50 0.53 3.59 0.83 0.32 0.18 0.07 0.06
N7 1.36 2.25 1.36 0.63 3.33 0.79 3.10 0.89 2.44 2.02 2.87 1.92 1.47 0.34 3.84 1.09 0.35 0.28 0.11 0.11
N9 1.24 2.39 0.97 0.26 3.55 0.66 3.17 0.84 2.42 2.03 3.11 2.06 1.00 0.40 4.15 1.08 0.37 0.22 0.06 0.07
O2' 1.31 2.80 0.77 0.29 3.92 0.54 3.28 0.78 2.46 2.22 3.61 2.56 0.54 0.57 4.64 1.19 0.84 0.56 0.64 0.71
O3' 1.86 3.39 1.26 0.48 4.62 0.98 3.96 1.01 3.09 2.81 4.25 3.13 1.13 0.19 5.39 1.73 1.00 0.43 0.58 0.70
O4' 1.24 2.45 0.93 0.47 3.77 0.86 3.33 1.05 2.49 2.06 3.28 2.07 1.04 0.86 4.48 1.15 0.41 0.43 0.20 0.18
O5' 0.70 2.07 0.38 0.53 3.55 0.53 3.13 0.71 2.21 1.68 2.97 1.62 0.49 1.20 4.33 0.52 0.27 0.67 0.41 0.44
O6 1.08 1.64 1.32 0.77 2.44 0.73 2.35 0.80 1.88 1.53 2.07 1.37 1.41 0.44 2.78 0.81 0.25 0.34 0.18 0.16
OP1 0.68 1.86 0.67 0.79 3.46 0.88 3.12 1.00 2.19 1.57 2.78 1.33 0.93 1.51 4.27 0.62 0.43 0.60 0.25 0.34
OP2 0.96 2.29 0.55 0.45 3.80 0.15 3.45 0.18 2.54 1.96 3.18 1.82 0.40 1.02 4.57 0.69 0.50 0.88 0.75 0.83
P 0.77 2.05 0.57 0.45 3.59 0.55 3.23 0.69 2.32 1.73 2.95 1.55 0.70 1.15 4.36 0.59 0.21 0.53 0.30 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.28 0.01 0.01 0.24 0.20 0.28 0.37
C2 0.02 0.00 0.32 0.38 0.02 0.06 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.02 0.20 0.43 0.40 0.84 0.64
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.04 0.04 0.24 0.19 0.32 0.03 0.23 0.59 0.00 0.01 0.04 0.02 0.25 0.36 0.15 0.20
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.35 0.01 0.23 0.02 0.15 0.22 0.41 0.43 0.03 0.01 0.38 0.02 0.39 0.47 0.29 0.28
C4 0.01 0.02 0.04 0.35 0.00 0.16 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.20 0.00 0.04 0.73 0.85 1.33 1.09
C4' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.10 0.10 0.06 0.28 0.03 0.17 0.00 0.03 0.30 0.10 0.07
C5 0.01 0.01 0.24 0.23 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.17 0.01 0.17 0.82 0.97 1.29 1.21
C5' 0.07 0.22 0.19 0.02 0.33 0.01 0.34 0.00 0.28 0.19 0.28 0.19 0.16 0.21 0.36 0.03 0.01 0.31 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.32 0.15 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.55 0.17 0.01 0.23 0.74 0.80 0.99 1.05
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.03 0.49 0.48 0.72 0.70
N3 0.02 0.01 0.23 0.41 0.01 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.20 0.01 0.14 0.56 0.60 1.12 0.85
O2 0.04 0.00 0.59 0.43 0.02 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.52 0.15 0.03 0.34 0.27 0.19 0.67 0.42
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.34 0.28 0.55 0.16 0.55 0.20 0.18 0.52 0.00 0.05 0.36 0.20 0.37 0.43 0.19 0.31
O3' 0.28 0.14 0.01 0.01 0.20 0.03 0.17 0.21 0.17 0.13 0.20 0.15 0.05 0.00 0.22 0.20 0.45 0.56 0.42 0.33
O4 0.01 0.02 0.04 0.38 0.00 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.03 0.36 0.22 0.00 0.04 0.76 0.94 1.48 1.17
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.04 0.00 0.17 0.03 0.23 0.03 0.14 0.34 0.20 0.20 0.04 0.00 0.14 0.22 0.11 0.28
O5' 0.24 0.43 0.25 0.39 0.73 0.03 0.82 0.01 0.74 0.49 0.56 0.27 0.37 0.45 0.76 0.14 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.20 0.40 0.36 0.47 0.85 0.30 0.97 0.31 0.80 0.48 0.60 0.19 0.43 0.56 0.94 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.84 0.15 0.29 1.33 0.10 1.29 0.30 0.99 0.72 1.12 0.67 0.19 0.42 1.48 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.64 0.20 0.28 1.09 0.07 1.21 0.02 1.05 0.70 0.85 0.42 0.31 0.33 1.17 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00