ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51484

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.009, 0.037, 0.066, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.002, 0.033, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.007, 0.050, 0.092, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.004, 0.049, 0.094, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.045
OP1 B 0, 0.274, 0.778, 1.281, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.778 std_dev=0.504
OP2 B 0, 0.272, 0.781, 1.291, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.781 std_dev=0.510
P B 0, 0.270, 0.879, 1.489, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.879 std_dev=0.610
O4' A 0, 0.100, 1.344, 2.589, 2.591 max_d=2.591 avg_d=1.344 std_dev=1.244
C6 B 0, 0.417, 1.735, 3.053, 3.085 max_d=3.085 avg_d=1.735 std_dev=1.318
C2' A 0, 0.122, 1.440, 2.758, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.440 std_dev=1.318
O5' B 0, 0.284, 1.677, 3.070, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.677 std_dev=1.393
O2' A 0, 0.267, 1.736, 3.206, 3.194 max_d=3.194 avg_d=1.736 std_dev=1.470
N1 B 0, 0.581, 2.088, 3.596, 3.724 max_d=3.724 avg_d=2.088 std_dev=1.508
O4' B 0, 0.419, 2.082, 3.746, 3.935 max_d=3.935 avg_d=2.082 std_dev=1.664
C2 B 0, 0.847, 2.549, 4.251, 4.286 max_d=4.286 avg_d=2.549 std_dev=1.702
C5 B 0, 0.508, 2.216, 3.924, 3.888 max_d=3.888 avg_d=2.216 std_dev=1.708
C4' A 0, 0.184, 2.012, 3.840, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.012 std_dev=1.828
N3 B 0, 0.935, 2.780, 4.625, 4.633 max_d=4.633 avg_d=2.780 std_dev=1.845
C1' B 0, 0.514, 2.471, 4.427, 4.640 max_d=4.640 avg_d=2.471 std_dev=1.957
C5' B 0, 0.309, 2.302, 4.295, 4.330 max_d=4.330 avg_d=2.302 std_dev=1.993
O2 B 0, 1.022, 3.028, 5.034, 5.024 max_d=5.024 avg_d=3.028 std_dev=2.006
C3' A 0, 0.185, 2.217, 4.249, 4.248 max_d=4.248 avg_d=2.217 std_dev=2.032
C4 B 0, 0.805, 2.839, 4.874, 4.888 max_d=4.888 avg_d=2.839 std_dev=2.035
C4' B 0, 0.350, 2.742, 5.135, 5.354 max_d=5.354 avg_d=2.742 std_dev=2.392
O4 B 0, 0.992, 3.607, 6.221, 6.262 max_d=6.262 avg_d=3.607 std_dev=2.614
O3' A 0, 0.292, 2.981, 5.669, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.981 std_dev=2.689
C2' B 0, 0.537, 3.315, 6.093, 6.204 max_d=6.204 avg_d=3.315 std_dev=2.778
C3' B 0, 0.434, 3.537, 6.640, 6.764 max_d=6.764 avg_d=3.537 std_dev=3.103
C5' A 0, 0.340, 3.498, 6.657, 6.651 max_d=6.651 avg_d=3.498 std_dev=3.159
O2' B 0, 0.613, 4.122, 7.631, 7.934 max_d=7.934 avg_d=4.122 std_dev=3.509
O5' A 0, 0.316, 4.004, 7.692, 7.732 max_d=7.732 avg_d=4.004 std_dev=3.688
O3' B 0, 0.401, 4.222, 8.044, 8.497 max_d=8.497 avg_d=4.222 std_dev=3.821
OP1 A 0, 0.793, 5.359, 9.925, 9.983 max_d=9.983 avg_d=5.359 std_dev=4.566
P A 0, 0.606, 5.207, 9.809, 9.836 max_d=9.836 avg_d=5.207 std_dev=4.601
OP2 A 0, 0.761, 6.070, 11.379, 11.450 max_d=11.450 avg_d=6.070 std_dev=5.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.69 0.42 0.15
C2 0.02 0.00 0.59 0.93 0.02 0.57 0.02 0.91 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.31 1.01 0.07 0.14 0.01 0.17 0.33 0.28
C2' 0.01 0.59 0.00 0.01 0.28 0.03 0.11 0.02 0.23 0.34 0.44 0.73 0.58 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.81 0.30 0.06
C3' 0.02 0.93 0.01 0.00 0.35 0.01 0.06 0.01 0.26 0.62 0.64 1.22 0.89 0.45 0.10 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.74 0.29 0.12
C4 0.02 0.02 0.28 0.35 0.00 0.24 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.35 0.03 0.30 0.01 0.15 0.78 0.54
C4' 0.01 0.57 0.03 0.01 0.24 0.00 0.08 0.01 0.19 0.31 0.41 0.75 0.55 0.22 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02 0.12 0.87 0.10 0.25
C5 0.01 0.02 0.11 0.06 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.54 0.01 0.26 1.24 0.90
C5' 0.06 0.91 0.02 0.01 0.42 0.01 0.21 0.00 0.37 0.33 0.69 1.17 0.84 0.22 0.08 0.09 0.09 0.04 0.01 0.27 0.36 0.41 0.02
C6 0.01 0.01 0.23 0.26 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.28 0.02 0.43 0.00 0.40 1.20 0.91
C8 0.00 0.03 0.34 0.62 0.01 0.31 0.02 0.33 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.11 0.64 0.05 0.84 0.03 0.14 1.48 0.97
N1 0.02 0.00 0.44 0.64 0.01 0.41 0.01 0.69 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.71 0.04 0.13 0.01 0.27 0.76 0.61
N2 0.03 0.01 0.73 1.22 0.03 0.75 0.03 1.17 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.38 1.39 0.10 0.45 0.02 0.24 0.14 0.13
N3 0.02 0.01 0.58 0.89 0.01 0.55 0.02 0.84 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.28 0.92 0.07 0.10 0.01 0.28 0.27 0.19
N7 0.01 0.03 0.20 0.45 0.01 0.22 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.49 0.05 0.84 0.04 0.32 1.64 1.14
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.51 0.01 0.27 0.90 0.56
O2' 0.01 0.31 0.00 0.02 0.15 0.10 0.11 0.09 0.17 0.11 0.26 0.38 0.28 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.15 1.07 0.10 0.27
O3' 0.01 1.01 0.01 0.01 0.35 0.02 0.05 0.09 0.28 0.64 0.71 1.39 0.92 0.49 0.09 0.04 0.00 0.02 0.37 0.13 0.97 0.18 0.44
O4' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.07 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.42 0.02 0.65 0.38 0.14
O5' 0.33 0.14 0.09 0.11 0.30 0.02 0.54 0.01 0.43 0.84 0.13 0.45 0.10 0.84 0.51 0.07 0.37 0.42 0.00 0.55 0.01 0.02 0.01
O6 0.00 0.01 0.16 0.12 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.15 0.13 0.02 0.55 0.00 0.57 1.45 1.09
OP1 0.69 0.17 0.81 0.74 0.15 0.87 0.26 0.36 0.40 0.14 0.27 0.24 0.28 0.32 0.27 1.07 0.97 0.65 0.01 0.57 0.00 0.03 0.02
OP2 0.42 0.33 0.30 0.29 0.78 0.10 1.24 0.41 1.20 1.48 0.76 0.14 0.27 1.64 0.90 0.10 0.18 0.38 0.02 1.45 0.03 0.00 0.02
P 0.15 0.28 0.06 0.12 0.54 0.25 0.90 0.02 0.91 0.97 0.61 0.13 0.19 1.14 0.56 0.27 0.44 0.14 0.01 1.09 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 0.30 1.15 1.32 0.37 0.83 0.30 0.94 0.16 0.33 0.21 0.43 1.45 1.44 0.63 0.36 0.68 0.16 0.16 0.08
C2 0.22 0.19 0.58 0.82 0.51 0.63 0.45 0.82 0.21 0.13 0.36 0.15 0.69 0.87 0.67 0.20 0.58 0.17 0.15 0.08
C2' 0.99 0.67 1.45 1.63 0.27 1.24 0.32 1.33 0.58 0.73 0.44 0.77 1.66 1.71 0.26 0.82 1.21 0.45 0.58 0.55
C3' 0.95 0.45 1.47 1.76 0.23 1.37 0.20 1.49 0.50 0.62 0.22 0.53 1.64 1.83 0.52 0.85 1.49 0.98 0.95 0.97
C4 0.59 0.22 1.11 1.34 0.49 0.92 0.42 1.04 0.14 0.27 0.25 0.33 1.33 1.43 0.78 0.42 0.78 0.14 0.21 0.10
C4' 0.67 0.21 1.29 1.57 0.50 1.08 0.28 1.16 0.19 0.32 0.32 0.29 1.54 1.68 0.85 0.50 1.14 0.81 0.53 0.63
C5 0.77 0.27 1.36 1.62 0.61 1.15 0.52 1.24 0.15 0.36 0.26 0.43 1.58 1.71 0.98 0.61 0.94 0.14 0.31 0.19
C5' 0.75 0.15 1.45 1.82 0.65 1.30 0.32 1.38 0.21 0.31 0.47 0.19 1.67 1.93 1.10 0.62 1.48 1.40 0.90 1.09
C6 0.71 0.17 1.25 1.56 0.73 1.17 0.66 1.30 0.16 0.27 0.36 0.30 1.37 1.60 1.08 0.63 0.99 0.16 0.38 0.24
C8 0.92 0.43 1.56 1.78 0.48 1.21 0.39 1.24 0.22 0.50 0.20 0.64 1.89 1.93 0.89 0.68 0.95 0.13 0.27 0.18
N1 0.37 0.17 0.77 1.08 0.65 0.85 0.60 1.05 0.24 0.12 0.42 0.14 0.84 1.12 0.87 0.36 0.80 0.17 0.32 0.16
N2 0.14 0.32 0.18 0.36 0.46 0.41 0.41 0.60 0.30 0.26 0.41 0.31 0.28 0.42 0.54 0.24 0.34 0.22 0.05 0.16
N3 0.35 0.15 0.77 0.98 0.44 0.68 0.38 0.86 0.15 0.15 0.28 0.19 0.95 1.05 0.64 0.24 0.61 0.16 0.12 0.07
N7 0.99 0.42 1.66 1.90 0.59 1.33 0.48 1.34 0.20 0.52 0.21 0.65 1.96 2.03 1.05 0.78 1.03 0.14 0.33 0.23
N9 0.70 0.31 1.27 1.48 0.45 0.98 0.37 1.07 0.17 0.36 0.21 0.46 1.56 1.60 0.76 0.48 0.80 0.13 0.20 0.10
O2' 0.94 0.80 1.35 1.44 0.46 1.05 0.45 1.13 0.62 0.78 0.64 0.91 1.61 1.54 0.34 0.71 0.95 0.20 0.36 0.26
O3' 1.04 0.56 1.52 1.80 0.22 1.46 0.35 1.57 0.65 0.73 0.31 0.63 1.66 1.86 0.36 0.96 1.62 1.10 1.17 1.13
O4' 0.44 0.22 1.08 1.31 0.69 0.77 0.54 0.87 0.20 0.17 0.47 0.24 1.40 1.45 1.02 0.22 0.69 0.31 0.09 0.12
O5' 0.25 1.00 0.52 0.88 1.54 0.47 1.18 0.65 0.75 0.68 1.40 0.95 0.76 0.98 1.95 0.39 0.63 0.75 0.18 0.33
O6 0.90 0.18 1.52 1.85 0.92 1.41 0.84 1.47 0.18 0.34 0.43 0.37 1.58 1.86 1.33 0.84 1.11 0.19 0.48 0.33
OP1 0.72 1.49 0.27 0.48 1.97 0.37 1.57 0.54 1.17 1.15 1.88 1.47 0.61 0.56 2.37 0.97 0.20 0.42 0.41 0.18
OP2 1.09 2.01 0.33 0.17 2.60 0.54 2.12 0.60 1.63 1.61 2.48 1.98 0.32 0.24 3.09 1.17 0.10 0.28 0.47 0.21
P 0.92 1.77 0.17 0.31 2.34 0.47 1.92 0.58 1.46 1.41 2.21 1.73 0.32 0.41 2.79 1.07 0.10 0.32 0.49 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.11 0.05 0.02 0.04 0.07 0.03 0.10 0.04 0.01 0.10 0.36 0.72 0.21
C2 0.04 0.00 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.12 0.02 0.14 0.11 0.48 0.87 0.29
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.16 0.14 0.03 0.09 0.15 0.01 0.01 0.07 0.02 0.43 0.49 0.80 0.48
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.41 0.31 0.44 0.19
C4 0.05 0.01 0.06 0.05 0.00 0.08 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.06 0.00 0.06 0.28 0.62 0.88 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.15 0.05 0.03 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.02 0.67 0.30 0.21
C5 0.06 0.02 0.11 0.07 0.00 0.15 0.00 0.42 0.00 0.03 0.00 0.02 0.20 0.02 0.01 0.08 0.33 0.62 0.85 0.30
C5' 0.11 0.24 0.16 0.03 0.38 0.01 0.42 0.00 0.38 0.26 0.31 0.14 0.14 0.05 0.40 0.01 0.01 0.40 0.30 0.03
C6 0.05 0.01 0.14 0.06 0.01 0.15 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.02 0.01 0.11 0.24 0.54 0.85 0.30
N1 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.26 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.03 0.11 0.45 0.84 0.28
N3 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.00 0.31 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.10 0.02 0.12 0.19 0.56 0.90 0.31
O2 0.07 0.00 0.15 0.05 0.03 0.15 0.02 0.14 0.01 0.02 0.03 0.00 0.25 0.19 0.05 0.23 0.08 0.44 0.88 0.30
O2' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.11 0.01 0.20 0.14 0.22 0.08 0.12 0.25 0.00 0.04 0.11 0.02 0.50 0.63 0.85 0.56
O3' 0.10 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.19 0.04 0.00 0.05 0.13 0.30 0.56 0.30 0.10
O4 0.04 0.02 0.07 0.06 0.00 0.09 0.01 0.40 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.05 0.00 0.07 0.31 0.67 0.88 0.33
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.11 0.03 0.12 0.23 0.02 0.13 0.07 0.00 0.11 0.48 0.50 0.10
O5' 0.10 0.11 0.43 0.41 0.28 0.02 0.33 0.01 0.24 0.11 0.19 0.08 0.50 0.30 0.31 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.36 0.48 0.49 0.31 0.62 0.67 0.62 0.40 0.54 0.45 0.56 0.44 0.63 0.56 0.67 0.48 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.72 0.87 0.80 0.44 0.88 0.30 0.85 0.30 0.85 0.84 0.90 0.88 0.85 0.30 0.88 0.50 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.29 0.48 0.19 0.31 0.21 0.30 0.03 0.30 0.28 0.31 0.30 0.56 0.10 0.33 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00