ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51486

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.014, 0.042, 0.071, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.006, 0.034, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.008, 0.044, 0.080, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.024, 0.066, 0.108, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.066 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.013, 0.056, 0.098, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.056 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.016, 0.058, 0.101, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.058 std_dev=0.043
N2 A 0, 0.012, 0.065, 0.119, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.065 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.019, 0.301, 0.582, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.301 std_dev=0.281
O2' A 0, 0.032, 0.335, 0.637, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.335 std_dev=0.303
OP2 B 0, 0.077, 0.393, 0.709, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.393 std_dev=0.316
O4' A 0, -0.032, 0.320, 0.673, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.320 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.015, 0.461, 0.907, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.461 std_dev=0.446
C3' A 0, -0.007, 0.471, 0.948, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.471 std_dev=0.478
OP1 B 0, 0.040, 0.543, 1.045, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.543 std_dev=0.502
P B 0, 0.088, 0.601, 1.114, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.601 std_dev=0.513
O3' A 0, 0.039, 0.711, 1.383, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.711 std_dev=0.672
P A 0, 0.074, 0.785, 1.497, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.785 std_dev=0.711
OP2 A 0, 0.071, 0.783, 1.494, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.783 std_dev=0.712
C5' A 0, 0.037, 0.779, 1.522, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.779 std_dev=0.742
O5' A 0, -0.059, 0.790, 1.638, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.790 std_dev=0.848
OP1 A 0, -0.087, 1.322, 2.731, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.322 std_dev=1.409
O5' B 0, 0.137, 1.862, 3.587, 3.938 max_d=3.938 avg_d=1.862 std_dev=1.725
C5 B 0, 0.241, 2.028, 3.814, 4.161 max_d=4.161 avg_d=2.028 std_dev=1.787
C6 B 0, -0.004, 2.091, 4.187, 5.427 max_d=5.427 avg_d=2.091 std_dev=2.095
C5' B 0, 0.036, 2.527, 5.018, 5.178 max_d=5.178 avg_d=2.527 std_dev=2.491
C4 B 0, 0.084, 2.735, 5.385, 5.553 max_d=5.553 avg_d=2.735 std_dev=2.651
O4 B 0, -0.050, 2.911, 5.872, 6.923 max_d=6.923 avg_d=2.911 std_dev=2.961
N1 B 0, -0.104, 3.157, 6.418, 8.097 max_d=8.097 avg_d=3.157 std_dev=3.261
C4' B 0, 0.141, 3.706, 7.271, 8.012 max_d=8.012 avg_d=3.706 std_dev=3.565
O4' B 0, 0.123, 3.694, 7.264, 8.425 max_d=8.425 avg_d=3.694 std_dev=3.570
N3 B 0, 0.015, 3.596, 7.177, 8.244 max_d=8.244 avg_d=3.596 std_dev=3.581
C1' B 0, 0.077, 3.918, 7.759, 9.450 max_d=9.450 avg_d=3.918 std_dev=3.841
C2' B 0, 0.126, 4.120, 8.113, 9.972 max_d=9.972 avg_d=4.120 std_dev=3.994
C2 B 0, -0.123, 3.906, 7.936, 9.621 max_d=9.621 avg_d=3.906 std_dev=4.029
C3' B 0, 0.255, 4.397, 8.538, 9.475 max_d=9.475 avg_d=4.397 std_dev=4.141
O2' B 0, 0.341, 4.969, 9.598, 11.794 max_d=11.794 avg_d=4.969 std_dev=4.629
O2 B 0, -0.028, 5.039, 10.107, 12.025 max_d=12.025 avg_d=5.039 std_dev=5.068
O3' B 0, 0.413, 5.575, 10.737, 11.657 max_d=11.657 avg_d=5.575 std_dev=5.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.08 0.11 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.15 0.04 0.67 0.34 0.20
C2 0.09 0.00 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.18 0.12 0.22 0.01 1.09 0.15 0.17
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.10 0.16 0.13 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04 0.53 0.20 0.16
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.12 0.11 0.17 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.26 0.14 0.10
C4 0.04 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.25 0.02 1.01 0.11 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.44 0.12
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.28 0.02 1.14 0.24 0.15
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.13 0.17 0.12 0.11 0.11 0.15 0.13 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.23 0.39 0.01
C6 0.05 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.26 0.01 1.20 0.32 0.15
C8 0.04 0.00 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.07 0.37 0.02 0.95 0.13 0.12
N1 0.08 0.01 0.10 0.11 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.15 0.09 0.24 0.01 1.17 0.25 0.16
N2 0.11 0.00 0.16 0.17 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.23 0.15 0.20 0.01 1.07 0.14 0.18
N3 0.09 0.01 0.13 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.16 0.12 0.22 0.02 0.98 0.10 0.16
N7 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.33 0.02 1.12 0.29 0.12
N9 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.27 0.02 0.88 0.11 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.13 0.11 0.03 0.02 0.00 0.08 0.05 0.05 0.04 0.40 0.32 0.15
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.08 0.13 0.15 0.23 0.16 0.08 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.07 0.07 0.11 0.03
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.09 0.15 0.12 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.02 0.53 0.59 0.25
O5' 0.15 0.22 0.08 0.03 0.25 0.02 0.28 0.00 0.26 0.37 0.24 0.20 0.22 0.33 0.27 0.05 0.04 0.09 0.00 0.25 0.01 0.03 0.01
O6 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.25 0.00 1.25 0.40 0.16
OP1 0.67 1.09 0.53 0.26 1.01 0.15 1.14 0.23 1.20 0.95 1.17 1.07 0.98 1.12 0.88 0.40 0.07 0.53 0.01 1.25 0.00 0.03 0.02
OP2 0.34 0.15 0.20 0.14 0.11 0.44 0.24 0.39 0.32 0.13 0.25 0.14 0.10 0.29 0.11 0.32 0.11 0.59 0.03 0.40 0.03 0.00 0.00
P 0.20 0.17 0.16 0.10 0.16 0.12 0.15 0.01 0.15 0.12 0.16 0.18 0.16 0.12 0.15 0.15 0.03 0.25 0.01 0.16 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.27 0.85 0.77 1.89 0.43 1.23 0.42 0.68 0.76 1.80 1.28 1.40 0.77 2.51 0.66 0.32 0.04 0.12 0.20
C2 0.60 0.72 1.00 0.76 1.05 0.54 0.72 0.52 0.42 0.52 0.96 0.73 1.29 0.62 1.34 0.69 0.47 0.08 0.17 0.27
C2' 0.26 1.04 1.06 1.13 1.93 0.55 1.25 0.51 0.54 0.49 1.71 0.98 1.64 1.22 2.68 0.27 0.49 0.22 0.13 0.17
C3' 0.48 1.05 1.15 1.10 1.77 0.59 1.07 0.51 0.47 0.53 1.65 1.06 1.81 1.24 2.49 0.43 0.47 0.28 0.18 0.20
C4 0.98 1.39 1.08 0.68 1.60 0.73 1.05 0.59 0.80 1.04 1.66 1.47 1.51 0.63 1.95 1.05 0.46 0.15 0.14 0.28
C4' 0.56 1.23 1.00 0.91 1.79 0.52 1.09 0.47 0.57 0.70 1.75 1.29 1.63 0.98 2.43 0.64 0.37 0.11 0.11 0.20
C5 1.59 1.97 1.43 0.87 1.64 1.17 1.10 0.85 1.17 1.60 2.02 2.15 1.79 0.96 1.68 1.59 0.65 0.26 0.14 0.34
C5' 0.88 1.45 1.08 0.81 1.71 0.66 1.02 0.51 0.68 0.94 1.82 1.62 1.75 0.93 2.24 0.93 0.35 0.11 0.07 0.21
C6 1.81 2.01 1.58 1.03 1.40 1.39 1.06 1.01 1.31 1.76 1.86 2.19 1.83 1.13 1.21 1.84 0.81 0.33 0.16 0.38
C8 1.48 2.02 1.36 0.84 1.86 1.06 1.15 0.78 1.09 1.52 2.21 2.24 1.84 0.96 2.13 1.46 0.56 0.23 0.13 0.32
N1 1.23 1.29 1.19 0.65 0.98 0.96 0.74 0.75 0.90 1.16 1.21 1.38 1.41 0.58 0.96 1.32 0.63 0.26 0.17 0.34
N2 0.44 0.34 1.11 1.16 0.93 0.63 0.70 0.64 0.21 0.11 0.71 0.26 1.30 1.08 1.24 0.33 0.62 0.09 0.19 0.21
N3 0.49 0.86 1.00 0.87 1.43 0.51 0.98 0.51 0.47 0.51 1.27 0.83 1.39 0.79 1.87 0.59 0.45 0.06 0.16 0.24
N7 1.86 2.35 1.64 1.08 1.84 1.36 1.19 0.96 1.32 1.86 2.39 2.64 2.06 1.25 1.86 1.80 0.71 0.29 0.14 0.35
N9 0.97 1.51 1.05 0.69 1.78 0.70 1.12 0.57 0.81 1.07 1.86 1.61 1.55 0.69 2.24 1.03 0.43 0.14 0.13 0.27
O2' 0.31 1.19 1.13 1.39 2.16 0.69 1.45 0.61 0.70 0.61 1.91 1.11 1.61 1.51 2.93 0.11 0.58 0.15 0.10 0.12
O3' 0.41 0.86 1.28 1.37 1.77 0.75 1.08 0.64 0.38 0.30 1.56 0.79 1.95 1.58 2.53 0.26 0.61 0.33 0.26 0.25
O4' 0.68 1.34 0.88 0.71 1.78 0.52 1.11 0.47 0.67 0.84 1.79 1.43 1.46 0.71 2.36 0.82 0.34 0.03 0.14 0.24
O5' 1.22 1.74 1.27 0.82 1.68 0.86 1.00 0.60 0.84 1.23 1.97 2.00 1.93 1.01 2.07 1.19 0.37 0.15 0.05 0.20
O6 2.37 2.46 2.02 1.54 1.50 1.89 1.23 1.34 1.59 2.20 2.12 2.75 2.23 1.74 1.17 2.37 1.07 0.40 0.16 0.41
OP1 1.78 1.72 2.18 1.75 1.05 1.54 0.97 1.37 1.32 1.55 1.58 2.07 2.80 1.86 0.97 1.54 1.37 1.48 1.38 1.33
OP2 1.97 2.58 1.70 1.18 1.99 1.42 1.25 0.96 1.30 1.93 2.62 3.06 2.25 1.51 2.14 1.87 0.63 0.15 0.18 0.27
P 1.58 1.95 1.63 1.12 1.45 1.17 0.83 0.83 0.98 1.47 1.99 2.35 2.26 1.34 1.63 1.47 0.63 0.44 0.34 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.27 0.02 0.00 0.09 0.47 0.76 0.36
C2 0.01 0.00 0.17 0.22 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.01 0.11 0.13 0.43 0.99 0.36
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.19 0.15 0.02 0.13 0.30 0.01 0.01 0.04 0.01 0.35 0.70 0.61 0.43
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.34 0.01 0.32 0.02 0.26 0.20 0.30 0.16 0.03 0.01 0.36 0.02 0.34 0.47 0.23 0.31
C4 0.01 0.01 0.03 0.34 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.12 0.00 0.04 0.25 0.40 0.89 0.25
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.08 0.06 0.07 0.30 0.02 0.14 0.00 0.02 0.12 0.30 0.09
C5 0.02 0.00 0.10 0.32 0.01 0.19 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.17 0.02 0.11 0.28 0.49 0.74 0.22
C5' 0.09 0.11 0.19 0.02 0.22 0.01 0.28 0.00 0.26 0.13 0.14 0.10 0.13 0.21 0.24 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.26 0.01 0.19 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.02 0.32 0.11 0.02 0.14 0.22 0.55 0.74 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.03 0.18 0.07 0.01 0.02 0.11 0.49 0.87 0.35
N3 0.01 0.00 0.13 0.30 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.04 0.02 0.07 0.19 0.39 0.99 0.31
O2 0.03 0.01 0.30 0.16 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.25 0.23 0.03 0.17 0.14 0.40 1.01 0.37
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.30 0.30 0.35 0.13 0.32 0.18 0.22 0.25 0.00 0.03 0.31 0.21 0.35 0.77 0.50 0.39
O3' 0.27 0.11 0.01 0.01 0.12 0.02 0.17 0.21 0.11 0.07 0.04 0.23 0.03 0.00 0.16 0.19 0.37 0.49 0.36 0.50
O4 0.02 0.01 0.04 0.36 0.00 0.14 0.02 0.24 0.02 0.01 0.02 0.03 0.31 0.16 0.00 0.05 0.28 0.32 0.85 0.20
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.07 0.17 0.21 0.19 0.05 0.00 0.11 0.30 0.72 0.30
O5' 0.09 0.13 0.35 0.34 0.25 0.02 0.28 0.00 0.22 0.11 0.19 0.14 0.35 0.37 0.28 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.47 0.43 0.70 0.47 0.40 0.12 0.49 0.02 0.55 0.49 0.39 0.40 0.77 0.49 0.32 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.76 0.99 0.61 0.23 0.89 0.30 0.74 0.05 0.74 0.87 0.99 1.01 0.50 0.36 0.85 0.72 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.36 0.36 0.43 0.31 0.25 0.09 0.22 0.02 0.28 0.35 0.31 0.37 0.39 0.50 0.20 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00